Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

Publié par Bernard Pradines

Sans me livrer à une vraie revue de la littérature scientifique, je repère surtout les publications qui me semblent dignes d’intérêt depuis le 18 mars 2021 (voir les archives 1, archives 2 , archive 3, archive 4, archive 5) dans le listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

Remarques en français en caractères bleus.

Je suis expert ponctuel 2021-2023 auprès de l'Agence Française de Sécurité du Médicament (ANSM). A ce titre, je déclare mon absence de lien d'intérêt, en particulier  avec l'industrie pharmaceutique. Taper "Bernard Pradines" à l'adresse : https://dpi.sante.gouv.fr/dpi-public-webapp/app/recherche/declarant

A noter que les mises à jour de cette page ne feront pas systématiquement l'objet d'un avis de publication par courriel comme les autres articles.

27 novembre 2021

Aujourd'hui, Spécial Virologie/Variantes. Plusieurs études importantes fournissent des pièces au grand puzzle dont les mutations sont responsables de certaines propriétés du virus.  Coup d'œil à certaines substitutions d'acides aminés dans la Spike protéine qui ont un impact sur l'épidémiologie, les propriétés de transmission et la pathogénicité. 

Today we have a Virology/Variants Special. Several important studies that provide pieces to the big puzzle of which mutations are responsible for which properties of the virus. Let’s take a look at some amino acid substitutions in the spike protein that have an impact on epidemiology, transmission properties and pathogenicity – in other words, that bring us all the crap.

26 novembre 2021

OnCovid Study Group. Time-Dependent COVID-19 Mortality in Patients With CancerAn Updated Analysis of the OnCovid Registry. JAMA Oncol November 24, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamaoncology/fullarticle/2786537?resultClick=1

Mortalité COVID-19 dépendante de la période chez les patients atteints de cancer : une analyse mise à jour du registre OnCovid. 

Dans cette étude basée sur un registre dans 6 pays européens de 2634 patients atteints de COVID-19 et de cancer, il y a eu une amélioration significative en fonction du temps du risque de décès. Après ajustement pour le pays, le sexe, l'âge, les comorbidités, le stade et le statut de la tumeur, le traitement anti-COVID-19, les anticancéreux et les complications liées au COVID-19, les patients diagnostiqués lors de la première vague épidémique présentaient un risque accru de décès à 14 jours (risque ratio 1,85, IC à 95 % : 1,47-2,32) et 3 mois (HR 1,28) par rapport à ceux diagnostiqués lors de la deuxième vague épidémique.

In this registry-based study of 2634 patients in 6 European countries with COVID-19 and cancer, there was significant time-dependent improvement in the risk of death. After adjusting for country, sex, age, comorbidities, tumor stage and status, anti–COVID-19 and anti-cancer therapy, and COVID-19 complications, patients diagnosed in the first outbreak had an increased risk of death at 14 days (hazard ratio 1.85, 95% CI: 1.47-2.32) and 3 months (HR 1.28) compared to those diagnosed in the second outbreak.

25 novembre 2021

Teixeira AL, Krause TM, Ghosh L, et al. Analysis of COVID-19 Infection and Mortality Among Patients With Psychiatric Disorders, 2020. JAMA Netw Open Novemb 23, 2021;4(11):e2134969. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786468?resultClick=1

Analyse de l'infection et de la mortalité par COVID-19 chez les patients atteints de troubles psychiatriques, 2020. 

Cette étude transversale a utilisé un ensemble de données de dossiers de santé électroniques agrégés à partir de nombreuses sources nationales aux États-Unis. Après ajustement complet pour les facteurs démographiques et les conditions de comorbidité, les patients atteints de schizophrénie étaient près de 4 fois plus susceptibles de mourir de COVID-19 que le groupe de référence (OR, 3,74 ; IC à 95 % : 2,66-5,24). Les patients souffrant de troubles de l'humeur avaient un risque de mortalité 2,76 fois plus élevé que le groupe de référence (troubles anxieux 2,39).

This cross-sectional study used an electronic health record data set aggregated from many national sources in the United States. After fully adjusting for demographic factors and co-morbid conditions, patients with schizophrenia were nearly 4 times more likely to die from COVID-19 than the reference group (OR, 3.74; 95% CI: 2.66-5.24). Patients with mood disorders had a 2.76 times greater odds of mortality than the reference group (anxiety disorders 2.39). “Although the explanations for this finding remain elusive, it is tempting to speculate that… chronic low grade inflammation could be one of the mechanisms”.

 

Aranda J, Oriol I, Martín M, et al. Long-term impact of COVID-19 associated acute respiratory distress syndrome. Journal of Infection, Volume 83, Issue 5, 2021, Pages 581-588, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163445321003960

Impact à long terme du syndrome de détresse respiratoire aiguë associé au COVID-19. 

Dans cette étude prospective et complète de suivi de patients qui ont développé un SDRA lors de l'admission pour COVID-19, 80% avaient au moins un symptôme persistant 8 mois après le diagnostic. Les plus courants étaient les difficultés respiratoires et les douleurs articulaires. Il est à noter que 93% avaient développé un trouble de santé mentale au même moment, 8 mois (SSPT, dépression et anxiété).

In this prospective and comprehensive follow-up study of patients who developed ARDS during admission for COVID-19, 80% had at least one persistent symptom 8 months after diagnosis. The most common of these were difficulty breathing and joint pain. Of note, 93% had developed a mental health disorder by the same time, 8 months (PTSD, depression, and anxiety).

24 novembre 2021

Jabagi MJ, Botton J, Bertrand M, et al. Myocardial Infarction, Stroke, and Pulmonary Embolism After BNT162b2 mRNA COVID-19 Vaccine in People Aged 75 Years or Older. JAMA November 22, 2021.  https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2786667?resultClick=1

France :  infarctus du myocarde, accident vasculaire cérébral et embolie pulmonaire après le vaccin COVID-19 à ARNm BNT162b2 (Pfizer) chez des personnes âgées de 75 ans ou plus. 

Dans une étude nationale portant sur des personnes âgées de 75 ans ou plus en France, aucune augmentation de l'incidence d'infarctus du myocarde aigu, d'accident vasculaire cérébral et d'embolie pulmonaire n'a été détectée 14 jours après chaque dose de vaccin à ARNm BNT162b2.

In a nationwide study involving persons aged 75 years or older in France, no increase in the incidence of acute myocardial infarction, stroke, and pulmonary embolism was detected 14 days following each BNT162b2 mRNA vaccine dose.

Bushman M, Kahn R, Taylor BP, et al. Population impact of SARS-CoV-2 variants with enhanced transmissibility and/or partial immune escape. Cell November 18, 2021. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01374-X

USA (Auteurs de Boston) : Impact sur la population des variants du SRAS-CoV-2 avec une transmissibilité augmentée et/ou un échappement immunitaire partiel. 

Étude de modélisation mathématique, montrant que les variants avec une transmissibilité augmentée aggravent fréquemment  l'épidémie, tandis que ceux avec un échappement immunitaire partiel ne parviennent pas à se propager largement, ou provoquent principalement des poussées isolées malgré la vaccination. Cependant, lorsque ces phénotypes sont combinés, un variant peut continuer à se propager même si l'immunité augmente dans la population, limitant l'impact de la vaccination et exacerbant l'épidémie. Les résultats sont cohérents avec la diffusion mondiale par des variants hautement transmissibles tels que l'Alpha et le Delta, ainsi qu'avec l'échec du Beta à atteindre une fréquence élevée dans la plupart des zones.

Mathematical modeling study, showing that variants with enhanced transmissibility frequently increase epidemic severity, whereas those with partial immune escape either fail to spread widely, or primarily cause breakthrough infections. However, when these phenotypes are combined, a variant can continue spreading even as immunity builds up in the population, limiting the impact of vaccination and exacerbating the epidemic. The findings are consistent with the global sweeps by highly transmissible variants such as Alpha and Delta, as well as the failure of Beta to reach high frequency in most areas.

23 novembre 2022

DeSisto CL, Wallace B, Simeone RM, et al. Risk for Stillbirth Among Women With and Without COVID-19 at Delivery Hospitalization — United States, March 2020–September 2021. MMWR Morb Mortal Wkly RepNovember 19, 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7047e1.htm?s_cid=mm7047e1_w#suggestedcitation

Risque de mortinatalité chez les femmes avec et sans COVID-19 lors d'une hospitalisation pour accouchement - États-Unis, mars 2020-septembre 2021. 

Bien que la mortinatalité soit rare dans l'ensemble, un diagnostic de COVID-19 documenté pendant l'accouchement à l'hospitalisation était associé à un risque accru de mortinatalité aux États-Unis (risque relatif ajusté 1,90 ; IC à 95 % : 1,69-2,15) avec une forte association au cours de la période de prédominance de variant Delta.

Although stillbirth was a rare outcome overall, a COVID-19 diagnosis documented during hospitalization delivery was associated with an increased risk for stillbirth in the United States (adjusted relative risk 1.90; 95% CI: 1.69–2.15) with a strong association during the period of Delta variant predominance.

Canaday DH, Oyebanji OA, Keresztesy D, et al. Significant reduction in vaccine-induced antibody levels and neutralization activity among healthcare workers and nursing home residents 6 months following COVID-19 BNT162b2 mRNA vaccination. Clinical Infectious Diseases 2021;, ciab963, https://doi.org/10.1093/cid/ciab963

USA : réduction significative des niveaux d'anticorps induits par le vaccin et de la neutralisation chez les travailleurs de la santé et les résidents des maisons de soins infirmiers 6 mois après la vaccination par l'ARNm du COVID-19 BNT162b2 (Pfizer).

Une baisse marquée des anticorps 6 mois après la vaccination par Pfizer chez 130 résidents de maisons de soins infirmiers (NH) et 95 travailleurs de la santé : les niveaux d'anti-spike, de domaine de liaison aux récepteurs et de neutralisation ont chuté de > 81 %, indépendamment de l'infection antérieure par le SRAS-CoV-2. Notamment, 69 % des résidents de NH sans infection avaient des anticorps neutralisants en dessous de la limite de détection du test.

A marked antibody decline at 6 months post-BNT162b2 mRNA vaccination in 130 nursing home (NH) residents and 95 healthcare workers: anti-spike, receptor-binding domain and neutralization levels dropped > 81% irrespective of prior SARS-CoV-2 infection. Notably, 69% of infection-naive NH residents had neutralizing antibodies at or below the limit of detection of the assay.

Giddings R, Krutikov M, Palmer T, et al. Changes in COVID-19 outbreak severity and duration in long-term care facilities following vaccine introduction, England, November 2020 to June 2021 separator commenting unavailable. Eurosurveillance November 18, 2021. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.46.2100995

Changements dans la gravité et la durée de l'épidémie de COVID-19 dans les établissements de soins de longue durée après introduction du vaccin, Angleterre, novembre 2020 à juin 2021

La gravité de l'épidémie a diminué à mesure que la couverture vaccinale des ESLD (établissements de soins de longue durée) a augmenté, avec une réduction de 81 % du nombre de cas infectés par poussée épidémique et une réduction de 46 % de la durée de cette poussée en comparant les épidémies entre novembre et décembre 2020 avec les épidémies entre mai et Juin 2021. Cependant, le dernier mois de l'étude (juin 2021) a vu une légère augmentation du nombre d'épidémies par rapport aux mois précédents.

Outbreak severity decreased as LTCF (long-term care facilities) vaccination coverage increased, with an 81% reduction in the number of infected cases per outbreak and a 46% reduction in outbreak duration when comparing outbreaks between November and December 2020 with outbreaks between May and June 2021. However, the last month of the study (June 2021) saw a slight increase in outbreak numbers relative to previous months.

22 novembre 2022

Paccou J, Lenne X, Ficheur G, et al. Analysis of Hip Fractures in France During the First COVID-19 Lockdown in Spring 2020. JAMA Netw Open November 17, 2021;4(11):e2134972. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786201?resultClick=1

France. L'étude a inclus 46 393 patients hospitalisés pour une fracture de la hanche de janvier à juillet 2019 (34 589 [74,4%] femmes ; âge moyen [ET] : 82,8 [10,5] ans) et 44 767 patients hospitalisés pour une fracture de la hanche de janvier à juillet 2020 (33 160 [74,1 %] femmes ; âge moyen [ET] : 82,9 [10,5] ans). Pendant le confinement en 2020, 10 429 patients (23,30 %) ont été hospitalisés pour une fracture de la hanche contre 11 782 patients (25,40 %) au cours de la même période en 2019 (HRR*, 0,89 ; IC à 95 %, 0,86-0,91 ; p <0 ,001 ). La période de confinement a été associée à une diminution du nombre de fractures de la hanche de 11% chez les femmes (de 8756 en 2019 à 7788 en 2020) et de 13% chez les hommes (de 3026 en 2019 à 2641 en 2020). Lorsque le nombre absolu de fractures de la hanche a été stratifié par groupe d'âge, la période de confinement a été associée à une diminution du nombre de fractures de la hanche dans tous les groupes d'âge, sauf chez les patients de plus de 89 ans (HRR, 0,97 ; IC à 95 % : 0,92-1,01 ; p = 0.17). Dans le groupe de patients âgés de 80 à 89 ans, le nombre de fractures de la hanche a diminué de 4925 à 4370 (HRR, 0,89 ; IC à 95 %, 0,85-0,92 ; p <0 ,001). Pendant le confinement, les hospitalisations ont diminué de 33 % (HRR, 0,67 ; IC à 95 % : 0,63-0,71 ; p <0 ,001) dans les hôpitaux universitaires publics et de 24 % (HRR, 0,76 ; IC à 95 %, 0,73-0,79 ; p < 0,001) dans les hôpitaux généraux publics mais a augmenté de 46 % (HRR, 1,46 ; IC à 95 %, 1,38-1,54 ; p <0 ,001) dans les hôpitaux privés à but lucratif.

Conclusions et pertinence Dans cette étude de cohorte, les hospitalisations pour fractures de la hanche en France ont diminué de 11% lors du premier verrouillage national COVID-19. D'autres études sont nécessaires pour étudier les conséquences à long terme de la pandémie de COVID-19 sur l'incidence des fractures ostéoporotiques.

* Ratio de taux d'hospitalisations

Hospitalizations for hip fractures in France decreased by 11% during the first nationwide lockdown.

Talic S, Shah S, Wild H, et al. Effectiveness of public health measures in reducing the incidence of covid-19, SARS-CoV-2 transmission, and covid-19 mortality: systematic review and meta-analysis. BMJ November 18, 2021; 375. https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-068302

Efficacité des mesures de santé publique pour réduire l'incidence de la transmission du SRAS-CoV-2 et de la mortalité due au covid-19 : revue systématique et méta-analyse. 

Dans cette revue systématique et méta-analyse, plusieurs mesures de protection individuelle et sociale, y compris le lavage des mains (risque relatif 0,47), le port du masque (0,47) et la distanciation physique (0,75) ont été associées à des réductions de l'incidence de COVID-19. Cependant, en raison de l'hétérogénéité des études, la méta-analyse n'a pas été possible pour mesurer l'efficacité de la quarantaine et de l'isolement, des confinements complets et des fermetures de frontières, d'écoles et de lieux de travail.

In this systematic review and meta-analysis, several personal protective and social measures, including handwashing (relative risk 0.47), mask wearing (0.47), and physical distancing (0.75) were associated with reductions in the incidence of COVID-19. However, owing to the heterogeneity of the studies, meta-analysis was not possible for the outcomes of quarantine and isolation, universal lockdowns, and closures of borders, schools, and workplaces.

Gharpure R, Sami S, Vostok J, et al. SARS-CoV-2 infections, including COVID-19 vaccine breakthrough infections, associated with large public gatherings, United States. Emerg Infect Dis November 18, 2021. https://doi.org/10.3201/eid2801.212220

 Infections par SARS-CoV-2, y compris les infections malgré la vaccination anti-COVID-19, associées à de grands rassemblements publics, États-Unis. 

Une grande épidémie est survenue à Provincetown, Massachusetts. Du 3 au 17 juillet 2021, des milliers de visiteurs se sont rendus à Provincetown et ont participé à de grands rassemblements intérieurs et extérieurs densément peuplés « pour participants masculins adultes » (ou « carnaval », voir l'image ci-dessous). Plusieurs événements successifs ont eu lieu dans des endroits tels que des restaurants, des bars et des maisons d'hôtes. Pas la meilleure idée : parmi les 1128 cas primaires et secondaires associés aux clusters, les auteurs ont identifié 918 (81 %) cas malgré vaccination. Cette enquête met en évidence que le Delta peut se propager rapidement à travers une population hautement vaccinée et peut être transmis à autrui quel que soit le statut vaccinal. 

En juillet 2021, des infections avec syndrome respiratoire aigu sévère ont été observées avec le variant Delta du (SARS-CoV-2), y compris chez des personnes vaccinées. Elles sont apparues après de grands rassemblements publics à Provincetown, Massachusetts, États-Unis, déclenchant une enquête dans plusieurs États. Les services de santé publique ont identifié les cas primaires et secondaires en utilisant les données de surveillance des maladies à coronavirus, les enquêtes sur les cas et la recherche des contacts. Un cas primaire a été défini comme le SARS-CoV-2 détecté moins de 14 jours après le voyage ou la résidence à Provincetown du 3 au 17 juillet 2021. Un cas secondaire a été défini comme le SARS-CoV-2 détecté moins de 14 jours après un contact étroit avec une personne qui était un cas primaire mais sans voyage ni résidence à Provincetown du 3 juillet au 10 août. Ont été identifiés 1 098 cas primaires et 30 cas secondaires associés à 26 cas primaires parmi des personnes complètement et non complètement vaccinées. Ainsi, les grands rassemblements peuvent avoir des effets généralisés sur la transmission du SARS-CoV-2 et les personnes entièrement vaccinées doivent prendre des précautions, telles que le port du masque, pour empêcher la transmission du SARS-CoV-2, en particulier lors d'un épisode de transmission importante ou élevée.

A large outbreak, occurring in Provincetown, Massachusetts. During July 3–17, thousands of visitors traveled to Provincetown and participated in large, densely packed indoor and outdoor gatherings “marketed to adult male participants” (or “carnival”, see picture below). Multiple continuous events were held at venues such as restaurants, bars, and guest houses. Not the best idea: Among the 1128 cluster-associated primary and secondary cases, the authors identified 918 (81%) vaccine breakthrough cases. This investigation highlights that Delta can spread quickly through a highly vaccinated population and can be transmitted to others regardless of vaccination status. Probably the worst news during these dark days.

Worobey M. Dissecting the early COVID-19 cases in Wuhan. Science November 18, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4454

Malgré le SARS, les marchés d'animaux vivants ont continué à vendre des animaux infectés dans le Wuhan pendant de nombreux mois, ce qui a permis d'établir l'origine des retombées zoonotiques et de révéler de multiples passages indépendants des animaux aux humains. Malheureusement, aucun mammifère vivant prélevé au marché de Huanan ou sur tout autre marché d'animaux vivants à Wuhan n'a été testé pour les virus liés au SRAS-CoV-2, et le marché de Huanan a été fermé et désinfecté le 1er janvier 2020. Néanmoins, la plupart les premiers cas symptomatiques étaient liés au marché de Huanan – en particulier dans sa section ouest où les chiens viverrins étaient mis en cage – fournissant des preuves solides d'une origine de la pandémie sur le marché d'animaux vivants .
Cela expliquerait l'extraordinaire prépondérance des premiers cas de COVID-19 sur l'un des rares sites de Wuhan – 11 millions d'habitants – qui vendent certains des mêmes animaux qui nous ont apporté le SARS. Bien qu'il ne soit jamais possible de récupérer des virus apparentés sur des animaux s'ils n'ont pas été échantillonnés au moment de l'émergence, des preuves concluantes d'une origine du marché de Huanan à partir d'animaux sauvages infectés peuvent néanmoins être obtenues grâce à l'analyse des schémas spatiaux des premiers cas et à partir de données génomiques supplémentaires y compris des échantillons positifs pour le SARS-CoV-2 du marché de Huanan, ainsi que grâce à l'intégration de données épidémiologiques supplémentaires. La prévention de futures pandémies dépend de cet effort.

Interesting perspective, providing insights on what happened on Huanan Market in December 2019. A new patient zero? More questions than answers.

 

21 novembre 2021

Aujourd'hui, c'est un spécial immunologie. Deux articles importants sur l'impact de la génétique HLA et des infections antérieures à coronavirus humain sur la gravité du COVID-19. Un article sur le dysfonctionnement mitochondrial. Les trois autres articles se concentrent sur le fonctionnement des vaccins chez les patients présentant certaines comorbidités et présentant un risque élevé de mauvaise réponse vaccinale : résultats mitigés chez les patients traités avec des cellules CAR-T, des alpha-bloquants du TNF, du rituximab, de l'ocrélizumab, etc.

Today is an immunology special. Two important papers on the impact of HLA genetics and of previous human coronavirus infections on COVID-19 severity. One paper on mitochondrial dysfunction. The other three papers focus on how vaccines work in patients with certain co-morbidities who are at high risk of poor vaccine response: mixed results in patients treated with CAR-T cells, TNF alpha blockers, rituximab, ocrelizumab etc.

20 novembre 2021

RECOVERY Collaborative Group. Aspirin in patients admitted to hospital with COVID-19 (RECOVERY): a randomised, controlled, open-label, platform trial. Lancet November 17, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01825-0/fulltext

Aspirine chez des patients hospitalisés avec COVID-19 (RÉCUPÉRATION) : un essai de plate-forme randomisé, contrôlé, en ouvert.

Dans cet essai en plateforme ouvert, randomisé, plusieurs traitements possibles ont été comparés aux soins habituels chez les patients hospitalisés pour COVID-19. Parmi les 14 892 patients inclus, l'aspirine n'était pas associée à une réduction de la mortalité à 28 jours ou du risque d'évolution vers une ventilation mécanique invasive ou de décès, mais à une légère augmentation du taux de sortie en vie dans les 28 jours (75 % contre 74 % % ; rapport de taux 1,06, IC à 95 % : 1,02–1,10 ; p = 0,0062).

In this randomised, open-label, platform trial, several possible treatments were compared with usual care in patients hospitalized with COVID-19. Among 14,892 patients enrolled, aspirin was not associated with reductions in 28 day mortality or in the risk of progressing to invasive mechanical ventilation or death, but was associated with a small increase in the rate of being discharged alive within 28 days (75% vs 74%; rate ratio 1.06, 95% CI: 1.02–1.10; p = 0.0062).

19 novembre 2021

Bierle DM, Ganesh R, Tulledge-Scheitel S, et al. Monoclonal Antibody Treatment of Breakthrough COVID-19 in Fully Vaccinated Individuals with High-Risk Comorbidities. The Journal of Infectious Diseases November 16, 2021, jiab570, https://doi.org/10.1093/infdis/jiab570

Traitement par anticorps monoclonal de la COVID-19 chez des personnes entièrement vaccinées présentant des comorbidités à haut risque. 

Dans cette grande cohorte rétrospective de personnes complètement vaccinées, le traitement par anticorps monoclonaux dirigés contre la protéine Spike était significativement associé à un risque d'hospitalisation plus faible (risque relatif : 0,23 ; IC à 95 % : 0,13 – 0,4 ; p < 0,001). Le nombre de patients à traiter pour éviter une hospitalisation était de 225 parmi le groupe de patients à risque le plus faible par rapport à celui de 4 parmi ceux présentant le plus grand nombre de comorbidités médicales.
Après approbation par le Mayo Clinic Institutional Review Board, cette étude rétrospective a été menée chez des patients entièrement vaccinés atteints de COVID-19 qui ont été considérés comme éligibles pour un traitement par bamlanivimab (Eli Lilly, Indianapolis, IN), bamlanivimab-etesevimab (Eli Lilly, Indianapolis, IN) ou casirivimab-imdevimab (Regeneron, New York) en perfusion unique de janvier à
16 août 2021. Tous les patients ont développé une infection confirmée par PCR COVID-19 au moins 2 semaines après la deuxième des deux doses de vaccin à ARNm du SRAS-CoV-2 (Pfizer-BioNTech ou Moderna) ou une dose unique du vaccin Ad26.COV2.S (Johnson et Johnson).

In this large retrospective cohort of fully vaccinated persons, anti-spike monoclonal antibody treatment was significantly associated with a lower risk of hospitalization (Odds Ratio: 0.23; 95% CI: 0.13 – 0.4; p < 0.001). The number needed to treat to prevent one hospitalization was 225 among the lowest-risk patient group compared to NNT of 4 among those with the highest numbers of medical co-morbidities.

18 novembre 2021

Cromer, D, Steain M, Reynaldi A, et al. Neutralising antibody titres as predictors of protection against SARS-CoV-2 variants and the impact of boosting: a meta-analysis. Lancet Microbe November 15, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00267-6/fulltext

Taux d'anticorps neutralisants comme prédicteurs de la protection contre les variants du SRAS-CoV-2 et impact du rappel : une méta-analyse. 

Les auteurs ont intégré les données d'essais de neutralisation in vitro et d'études d'efficacité incorporant plusieurs vaccins largement utilisés et ont utilisé un modèle dérivé utilisé précédemment pour prédire l'efficacité du vaccin à partir du taux de neutralisation in vitro contre les variants du SRAS-CoV-2. Les taux de neutralisation « normalisés » restent fortement corrélés avec la protection contre les variants du SRAS-CoV-2 et la protection observée est cohérente avec les prédictions du modèle précédent. Le modèle peut prédire l'efficacité de tous les vaccins existants contre un nouveau variant une fois que la diminution moyenne du taux de neutralisation du variant par rapport au virus ancestral a été déterminée.

The authors integrated data from in-vitro neutralisation assays and efficacy studies incorporating several vaccines in widespread use and used a previously derived model to predict vaccine efficacy from in-vitro neutralisation titre against SARS-CoV-2 variants. „Normalised“ neutralisation titres remain strongly correlated with protection against SARS-CoV-2 variants and the observed protection was consistent with the predictions of the previous model. The model can predict the efficacy of all existing vaccines against a new variant once the mean decrease in neutralisation titre for the variant compared with ancestral virus has been determined.

Asch DA, Buresh J, Allison KC, et al. Trends in US Patients Receiving Care for Eating Disorders and Other Common Behavioral Health Conditions Before and During the COVID-19 Pandemic. JAMA Netw Open November 16, 2021;4(11):e2134913. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786185?resultClick=1

Evolution du nombre des patients américains recevant des soins pour des troubles alimantairers et d'autres problèmes de santé comportementaux courants avant et pendant la pandémie de COVID-19.

Les séjours hospitaliers pour troubles alimentaires sont en augmentation. Cette augmentation est d'environ le double et est observée dans l'anorexie mentale, la boulimie et d'autres troubles de l'alimentation non spécifiés.

Inpatient stays for eating disorders on the rise. This increase was around two-fold and was seen across anorexia nervosa, bulimia nervosa, and other and unspecified eating disorders.

17 novembre 2021

Oskotsky T, Marić I, Tang A, et al. Mortality Risk Among Patients With COVID-19 Prescribed Selective Serotonin Reuptake Inhibitor Antidepressants. JAMA Netw Open November 15, 2021; 4(11):e2133090. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786136?resultClick=1

 Californie : Risque de mortalité chez les patients atteints de covid 19 chez qui était prescrit un ISRS. 

Constatation intéressante : dans cette étude de cohorte multicentrique analysant les dossiers de santé électroniques de 83 584 patients diagnostiqués avec COVID-19, dont 3 401 patients à qui des ISRS ont été prescrits, un risque relatif réduit de mortalité de 8 % s'est avéré associé à l'utilisation des ISRS, en particulier la fluoxétine (28 %)—par rapport aux patients qui n'ont pas reçu d'ISRS.

Etude observationnelle donc ci-dessus. D'autres recherches et des essais cliniques randomisés sont nécessaires pour élucider l'effet des ISRS en général, ou plus spécifiquement de la fluoxétine et de la fluvoxamine, sur la gravité du COVID-19.

Interesting finding: In this multicenter cohort study analyzing electronic health records of 83,584 patients diagnosed with COVID-19, including 3,401 patients who were prescribed SSRIs, a reduced relative risk of mortality of 8% was found to be associated with the use of SSRIs—specifically fluoxetine (28%)—compared with patients who were not prescribed SSRIs.

16 novembre 2021

Nayar M, Varghese C, Kanwar A, et al. SARS-CoV-2 infection is associated with an increased risk of idiopathic acute pancreatitis but not pancreatic exocrine insufficiency or diabetes: long-term results of the COVIDPAN study. Gut. 2021 Nov 11:gutjnl-2021-326218. PubMed: https://pubmed.gov/34764192. Full text: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-326218

 L'infection par le SRAS-CoV-2 est associée à un risque accru de pancréatite aiguë idiopathique mais pas d'insuffisance pancréatique exocrine ou de diabète : résultats à long terme de l'étude COVIDPAN.

Les patients positifs pour le SRAS-CoV-2 étaient davantage susceptibles d'avoir une pancréatite aiguë idiopathique (34,7 % contre 13,9 %, p < 0,001) avec un risque plus de cinq fois accru après ajustement pour l'âge, le statut tabagique, l'index de masse corporelle et l'origine ethnique (OR : 5,34, p < 0,001)

Patients who were SARS-CoV-2 positive were more likely to have idiopathic acute pancreatitis (34.7% vs 13.9%, p < 0.001) with over five times increased risk after adjusting for age, smoking status, body mass index and ethnicity (OR: 5.34, p < 0.001)

15 novembre 2021

Zuckerman N, Nemet I, Kliker L, et al. The SARS-CoV-2 Lambda variant and its neutralisation efficiency following vaccination with Comirnaty, Israel, April to June 2021. Euro Surveill November 11, 2021; 26(45):pii=2100974. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.45.2100974

Le variant  Lambda et son efficacité de neutralisation après vaccination avec Comirnaty (Pfizer), Israël, d'avril à juin 2021. 

Le variant Lambda (VOI) a été détecté pour la première fois à Lima, au Pérou, en août 2020. En avril 2021, la proportion atteignait près de 100 % des isolats génomiques séquencés détectés au Pérou. Sa propagation en Amérique du Sud s'est produite malgré la présence de lignées supplémentaires, dont l'Alpha et le Gamma. Dans cette étude, les tests de neutralisation du Lambda avec des sérums de 36 individus vaccinés avec deux doses du vaccin Comirnaty ont démontré une diminution faible mais statistiquement significative de 1,6 fois de la capacité de neutralisation du variant Lambda par rapport à la souche sauvage de SARS-CoV-2 . Ainsi, l'efficacité du vaccin contre le Lambda était également compromise par rapport au Delta.

The Lambda variant of interest (VOI) was first detected in Lima, Peru in August 2020. By April 2021, the proportion reached nearly 100% of sequenced genomic isolates detected in Peru. Its spread in South America occurred despite the presence of additional lineages, including Alpha and Gamma. In this study, neutralization assays of the Lambda VOI with sera from 36 individuals vaccinated with two doses of the Comirnaty vaccine demonstrated a subtle yet statistically significant 1.6-fold decrease in neutralization capacity of the Lambda variant compared with the WT SARS-CoV-2 strain. Thus, the vaccine efficacy against the Lambda VOI was similarly compromised as compared with the Delta VOI.

 

Pavord S, Scully M, Lester W, et al. Just how common is TTS after a second dose of the ChAdOx1 nCov-19 vaccine? The Lancet, November 13, 2021. Volume 398, ISSUE 10313, P1801. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02285-6

À quel point le STT est-il fréquent après une deuxième dose du vaccin ChAdOx1 nCov-19 ? The Lancet, 13 novembre 2021. 

Les auteurs estiment nécessaire de distinguer le le syndrome de thrombocytopénie (STT), qui peut avoir plusieurs causes, de la thrombopénie et thrombose immunitaires vaccinales (VITT), qui a une physiopathologie immunitaire très spécifique. Ils pensent que VITT est extrêmement rare après la deuxième dose de ChAdOx1 nCov-19 (AstraZeneca)

NDLR : les auteurs ne déclarent aucun conflit d'intérêt, ce qui est notable dans ce genre de publication sasn oter la prudence dans cete interpétation. 

The authors feel it is necessary to distinguish TTS, which can have a number of causes, from vaccine-induced immune thrombocytopenia and thrombosis (VITT), which has a very specific immune pathophysiology. They believe that VITT is extremely rare after the second dose of ChAdOx1 nCov-19.

Klok FA, Menaka M, Huisman MV, et al. Vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia. Lancet Hamatology, November 11, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanhae/article/PIIS2352-3026(21)00306-9/fulltext

Thrombocytopénie thrombotique immunitaire induite par le vaccin.

Dans ce point de vue, les auteurs discutent de l'épidémiologie, de la physiopathologie et de la gestion diagnostique et thérapeutique optimale du VITT. Les questions les plus urgentes qui subsistent au sujet du VITT comprennent le mécanisme physiopathologique exact et la gestion à long terme de ceux qui survivent au VITT. On ne sait pas quels composants du vaccin déclenchent le VITT, par exemple l'adénovirus lui-même ou les ingrédients ajoutés (adjuvant, aluminium, conservateurs, etc.).

In this Viewpoint, the authors discuss the epidemiology, pathophysiology, and optimal diagnostic and therapeutic management of VITT. The most urgent questions that remain about VITT include the exact pathophysiological mechanism and the long-term management of those who survive VITT. It is uncertain what vaccine components trigger VITT, for example the adenovirus itself or the added ingredients (adjuvant, aluminum, preservatives, etc).

Stafford N. Covid-19: Germany’s doctors call for clear rules to “break chains of infection” as cases soar. BMJ 2021 November 12;375:n2783. https://www.bmj.com/content/375/bmj.n2783

Des politiciens et des médecins allemands ont appelé à une action urgente pour contrôler la propagation du covid-19 après qu'un nombre record de cas ont été signalés le 11 novembre.

L'Allemagne comptait 50 196 nouveaux cas confirmés de covid le 11 novembre contre 39 676 cas le 10 novembre et 9658 le 1er novembre, selon les chiffres de l'Institut Robert Koch, l'agence fédérale responsable du contrôle et de la prévention des maladies. Un total de 235 des décès liés au covid ont été signalés le 11 novembre, contre 23 le 1er novembre.

You could call it “urgent”.

14 novembre 2021

Jafar A, Lasso A, Shorr R, et al. Olfactory recovery following infection with COVID-19: A systematic review. PLOS one, November 9, 2021. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0259321

Jafar A, Lasso A, Shorr R, et al. Récupération olfactive après infection par COVID-19 : une revue systématique. 

Selon cette revue de 44 études, à 6 mois, le taux de récupération olfactive atteignait 85,7%. Des facteurs tels que l'âge, le sexe ou les comorbidités médicales n'ont pas joué un rôle majeur dans le rétablissement.

According to this review of 44 studies, at 6 months the rate of olfactory recovery was as high as 85.7%. Factors such as age, gender, or medical co-morbidities did not play a major role in recovery.

Angyal A, Longet S, Moore SC, et al. T-cell and antibody responses to first BNT162b2 vaccine dose in previously infected and SARS-CoV-2-naive UK health-care workers: a multicentre prospective cohort study. Lancet Microbe November 09, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00275-5/fulltext

Réponses des lymphocytes T et des anticorps à la première dose de vaccin BNT162b2 chez des agents de santé britanniques précédemment infectés et naïfs du SRAS-CoV-2 : une étude de cohorte prospective multicentrique.

Une dose unique du vaccin BNT162b2 (Pfizer) est susceptible de fournir une plus grande protection contre l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les personnes ayant déjà été infectées par le SRAS-CoV-2 que chez les personnes naïves par le SRAS-CoV-2, y compris contre les variants préoccupants.

A single dose of the BNT162b2 vaccine is likely to provide greater protection against SARS-CoV-2 infection in individuals with previous SARS-CoV-2 infection, than in SARS-CoV-2-naive individuals, including against variants of concern.

Peng Y, Wu P, Schartup AT, et al. Plastic waste release caused by COVID-19 and its fate in the global ocean. PNAS November 23, 2021 118 (47) e2111530118; https://doi.org/10.1073/pnas.2111530118

 Libération de déchets plastiques causée par le COVID-19 et son devenir dans l'océan mondial. 

Ce travail montre que plus de huit millions de tonnes de déchets plastiques associés à la pandémie ont été générés dans le monde, avec plus de 25 000 tonnes entrant dans l'océan mondial. La majeure partie du plastique provient des déchets médicaux générés par les hôpitaux, ce qui éclipse la contribution des équipements de protection individuelle et des emballages d'achat en ligne.

This work shows that more than eight million tons of pandemic-associated plastic waste have been generated globally, with more than 25,000 tons entering the global ocean. Most of the plastic is from medical waste generated by hospitals that dwarfs the contribution from personal protection equipment and online-shopping package material.

13 novembre 2021

Se préparer pour une nouvelle vague :

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

Xie Y, Bowe B, Al-Aly Z. Burdens of post-acute sequelae of COVID-19 by severity of acute infection, demographics and health status. Nat Commun November 11, 2021, 12, 6571. https://www.nature.com/articles/s41467-021-26513-3

Conséquences des séquelles à long terme de la COVID-19 selon la gravité de l'infection aiguë, de la démographie et de l'état de santé. 

En utilisant les bases de données de soins de santé du département américain des Anciens Combattants pour constituer une cohorte de 181 384 personnes atteintes de COVID-19 et de 4 397 509 témoins non infectés, les auteurs estiment que les séquelles - définies comme au moins une séquelle de plus que le groupe témoin infecté - était de 73 pour 1000 personnes à 6 mois. Augmentation en fonction de la gravité de l'infection aiguë à 45, 217 et 360 pour 1000 personnes à 6 mois chez les non-hospitalisés, les hospitalisés et ceux qui ont été admis en soins intensifs au cours des 30 premiers jours de l'infection. , respectivement.

Using the healthcare databases of the US Department of Veterans Affairs to build a cohort of 181,384 people with COVID-19 and 4,397,509 non-infected controls, the authors estimate that post-acute sequelae – defined as at least one sequela in excess of a non-infected control group—was 73 per 1000 persons at 6 months. The burden of PASC increased as a function of the severity of the acute infection at 45, 217, and 360 per 1000 persons at 6 months among non-hospitalized, hospitalized, and those who were admitted to intensive care during the first 30 days of infection, respectively.

Montoya JG, Adams AE, Bonetti V, et al. Differences in IgG Antibody Responses following BNT162b2 and mRNA-1273 SARS-CoV-2 Vaccines. Microbiol Spectr 2021 November 10;e0116221. https://journals.asm.org/doi/10.1128/Spectrum.01162-21

Différences dans les réponses d'anticorps IgG après les vaccins BNT162b2 (Pfizer) et ARNm-1273 SARS-CoV-2 (Moderna). 

Dans cette cohorte de 652 cliniciens d'une organisation à but non lucratif, les anticorps anti-protéines de pointe étaient plus élevés avec l'ARNm-1273 qu'avec BNT162b2. Ceci est biologiquement plausible, non pas parce qu'il s'agissait d'une organisation à but non lucratif (comme Covidreference.com), mais parce que l'ARNm-1273 fournit une plus grande quantité d'ARNm (100 g d'ARNm) que BNT162b2 (30 g d'ARNm), qui est traduit en pic protéine.

In this cohort of 652 clinicians at a non-profit organization, spike protein antibodies were higher with mRNA-1273 than with BNT162b2. This is biologically plausible, not because this was a non-profit organization (like Covidreference.com), but because mRNA-1273 delivers a larger amount of mRNA (100 μg mRNA) than BNT162b2 (30 μg mRNA), which is translated into spike protein.

Ganslmeier M, Furceri D, Ostry JD. The impact of weather on COVID-19 pandemic. Sci Rep November 11, 2021, 22027. https://doi.org/10.1038/s41598-021-01189-3

 L'impact de la météo sur la pandémie de COVID-19. 

Pas nouveau : une association négative entre la température et la propagation du virus. Cependant, les preuves empiriques de ce travail suggèrent que les effets de confinement de la météo sont plus importants au moment des repas, lorsque la météo a un impact substantiel sur la probabilité de rassemblements sociaux organisés à l'intérieur par rapport à l'extérieur. Les données indiquent également que la température a des effets plus importants lorsque les mesures de confinement sont levées et que la mobilité est plus grande.

Not new: a negative association between temperature and the spread of the virus. However, the empirical evidence of this work suggests that weather’s containment effects are largest at mealtimes, when weather has a substantial impact on the likelihood of social gatherings held indoors versus outdoors. Data also indicate that temperature has larger effects when containment measures are lifted and mobility is greater.

Lazarus R, Baos S, Cappel-Porter H, et al. Safety and immunogenicity of concomitant administration of COVID-19 vaccines (ChAdOx1 or BNT162b2) with seasonal influenza vaccines in adults in the UK (ComFluCOV): a multicentre, randomised, controlled, phase 4 trial. Lancet November 11, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02329-1/fulltext

Sécurité et immunogénicité de l'administration concomitante de vaccins COVID-19 (ChAdOx1 ou BNT162b2) avec des vaccins contre la grippe saisonnière chez l'adulte au Royaume-Uni (ComFluCOV) : un essai de phase 4 multicentrique, randomisé et contrôlé.

Dans cet essai portant sur 679 participants, la vaccination concomitante avec ChAdOx1 (AstraZeneca) ou BNT162b2 (Pfizer) plus un vaccin antigrippal adapté à l'âge n'a soulevé aucun problème de sécurité et a préservé les réponses en anticorps aux deux vaccins.

Paper of the day. In this trial on 679 participants, concomitant vaccination with ChAdOx1 or BNT162b2 plus an age-appropriate influenza vaccine raised no safety concerns and preserved antibody responses to both vaccines.

12 novembre 2021

Smith C, Odd D, Harwood R, et al. Deaths in children and young people in England after SARS-CoV-2 infection during the first pandemic year. Nat Med November 11, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01578-1

 Décès chez les enfants et les jeunes en Angleterre après infection par le SRAS-CoV-2 au cours de la première année pandémique. 

L'infection par le SARS-CoV-2 est rarement mortelle chez les enfants et les jeunes (enfants et jeunes <18 ans), mais la quantification du risque de décès est difficile car les enfants et jeunes sont souvent infectés par le SRAS-CoV-2 ne présentant aucun symptôme ou des symptômes minimes. Pour faire la distinction entre les enfants et jeunes décédés des suites d'une infection par le SRAS-CoV-2 et ceux qui sont décédés d'une autre cause mais ont été infectés par coïncidence par le virus, nous avons entrepris un examen clinique de tous les décès d'enfants et jeunes avec un test SARS-CoV-2 positif de mars 2020 à février 2021. Les variants prédominants du SRAS-CoV-2 étaient de type sauvage et Alpha. Nous montrons ici que sur 12 023 568 enfants et jeunes vivant en Angleterre, 3 105 sont décédés, dont 61 positifs pour le SRAS-CoV-2. Parmi ces décès, 25 étaient dus à une infection par le SRAS-CoV-2 (taux de mortalité, deux par million), dont 22 dus à la maladie à coronavirus 2019 - la maladie clinique associée à l'infection par le SRAS-CoV-2 - et 3 étaient dus à une maladie inflammatoire pédiatrique. syndrome multisystémique temporellement associé au SARS-CoV-2. Au total, 99,995% des enfants et jeunes avec un test SARS-CoV-2 positif ont survécu. Le enfants et jeunes de plus de 10 ans, les origines ethniques asiatiques et noires et les comorbidités étaient surreprésentés dans les décès liés au SRAS-CoV-2 par rapport aux autres décès des enfants et jeunes. Ces résultats sont importants pour orienter les décisions sur la protection et la vaccination des enfants. Les nouvaux variants peuvent présenter des risques de mortalité différents et doivent être évalués de la même manière.

Of 12,023,568 children and young people (CYP, <18 years old) living in England, 3,105 died, including 61 who were positive for SARS-CoV-2. Of these deaths, 25 were due to SARS-CoV-2 infection (mortality rate, two per million), including 22 due to COVID-19. Three were due to PIMS. CYP older than 10 years, Asian and Black ethnic backgrounds and comorbidities were over-represented in SARS-CoV-2-related deaths compared with other CYP deaths.

 

Mahil SK, Bechman K, Raharja A, et al. Humoral and cellular immunogenicity to a second dose of COVID-19 vaccine BNT162b2 in people receiving methotrexate or targeted immunosuppression: a longitudinal cohort study. Lancet Rheumatology November 09, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanrhe/article/PIIS2665-9913(21)00333-7/fulltext

Immunogénicité humorale et cellulaire à une deuxième dose du vaccin COVID-19 BNT162b2 chez les personnes recevant du méthotrexate ou une immunosuppression ciblée : une étude de cohorte longitudinale. 

L'immunité humorale fonctionnelle (c'est-à-dire la réponsesen anticorps neutralisants) 14 jours après une deuxième dose de BNT162b2 (Pfizer) n'a pas été altérée par le méthotrexate ou des monothérapies biologiques ciblées (c.-à-d. inhibiteurs du facteur de nécrose tumorale [TNF], inhibiteurs de l'interleukine [IL]-17 ou inhibiteurs de l'IL-23)

Une proportion de patients sous immunosuppression n'a pas présenté de réponses cellulaires T détectables après la deuxième dose.

Functional humoral immunity (ie, neutralising antibody responses) at 14 days following a second dose of BNT162b2 was not impaired by methotrexate or targeted biologics. A proportion of patients on immunosuppression did not have detectable T-cell responses following the second dose.

11 novembre 2021

Vihta KD, Powers KB, Peto T, et al. Symptoms and SARS-CoV-2 positivity in the general population in the UK. Clinical Infectious Diseases, 08 November 2021, https://doi.org/10.1093/cid/ciab945

Symptômes et positivité au SRAS-CoV-2 dans la population générale au Royaume-Uni. 

Après mai-2021, lorsque le variant Delta a émergé, les céphalées et la fièvre ont considérablement augmenté chez les PCR-positifs, mais pas chez les PCR-négatifs. La sensibilité de la détection fondée sur les symptômes est passée de 74 % en utilisant les symptômes « classiques », à 81 % en ajoutant de la fatigue/faiblesse, et à 90 % en incluant les huit symptômes supplémentaires.

After May-2021 when Delta emerged, headache and fever substantially increased in PCR-positives, but not PCR-negatives. Sensitivity of symptom-based detection increased from 74% using ‘classic’ symptoms, to 81% adding fatigue/weakness, and 90% including all eight additional symptoms.

de Gier B, Stijn A, Backer JA, et al. Vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 transmission to household contacts during dominance of Delta variant (B.1.617.2), the Netherlands, August to September 2021. Euro Surveill. 2021;26(44):pii=2100977. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.44.2100977

Efficacité du vaccin contre la transmission du SRAS-CoV-2 aux contacts familiaux pendant la domination de la variante Delta (B.1.617.2), Pays-Bas, d'août à septembre 2021. 

La vaccination confère une protection contre la transmission ultérieure du SRAS-CoV-2 à partir de cas index vaccinés, bien qu'un peu moins pour le variant Delta que pour le variant Alpha.

Vaccination confers protection against onward transmission of SARS-CoV-2 from vaccinated index cases, albeit somewhat less for the Delta than for the Alpha variant.

Walter EB, Talaat KR, Sabharwal C, et al. Evaluation of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine in Children 5 to 11 Years of Age. NEJM November 9, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2116298?query=featured_home

Évaluation du vaccin BNT162b2 Covid-19 chez les enfants de 5 à 11 ans. 

 Le schéma vaccinal consistant en deux doses de 10 μg de BNT162b2 administrées à 21 jours d'intervalle s'est avéré sûr, immunogène et efficace chez des enfants de 5 à 11 ans. Parmi 2 268 enfants, une COVID-19 avec un début 7 jours ou plus après la deuxième dose a été signalée chez 3 receveurs du vaccin BNT162b2 et chez 16 receveurs du placebo (efficacité du vaccin, 90,7 % ; IC à 95 %, 67,7 à 98,3).

NDLR : Noter qu'aucun cas de myocardite ou de péricardite n'a été observé dans cette série. Toutefois, l'affiliation de plusieurs auteurs au département de recherche et développement de Pfizer atténue l'enthousiasme manifesté par les conclusions de l'article.

Paper of the day. Vaccination regimen consisting of two 10-μg doses of BNT162b2 administered 21 days apart was found to be safe, immunogenic, and efficacious in children 5 to 11 years of age. Among 2268 children, COVID-19 with onset 7 days or more after the second dose was reported in 3 recipients of the BNT162b2 vaccine and in 16 placebo recipients (vaccine efficacy, 90.7%; 95% CI, 67.7 to 98.3).

10 novembre 2021

Matta K, Wiernik E, Robineau O, et al. Association of Self-reported COVID-19 Infection and SARS-CoV-2 Serology Test Results With Persistent Physical Symptoms Among French Adults During the COVID-19 Pandemic. JAMA Intern Med November 8, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2785832?resultClick=1

Association des résultats des tests COVID-19 et des sérologies SARS-CoV-2 autodéclarés avec des symptômes physiques persistants chez les adultes français pendant la pandémie de COVID-19.

Les résultats de cette analyse transversale d'une vaste cohorte française basée sur la population suggèrent que les symptômes physiques persistant 10 à 12 mois après la première vague de la pandémie de COVID-19 pourraient être davantage associés à la croyance d'avoir subi une infection au COVID-19 que d'avoir effectivement été infecté par le virus SARS-CoV-2.

NDLR : cette hypothèse nécessite confirmation et ne doit pas faire nier l'existence du covid long.

The results of this cross-sectional analysis of a large, population-based French cohort suggest that physical symptoms persisting 10 to 12 months after the COVID-19 pandemic first wave may be associated more with the belief in having experienced COVID-19 infection than with actually being infected with the SARS-CoV-2 virus.

9 novembre 2021

Weigang S, Fuchs J, Zimmer G, et al. Within-host evolution of SARS-CoV-2 in an immunosuppressed COVID-19 patient as a source of immune escape variants. Nat Commun November 4, 2021, 12, 6405. https://www.nature.com/articles/s41467-021-26602-3

Évolution au sein de l'hôte du SRAS-CoV-2 chez un patient COVID-19 immunodéprimé en tant que source de variants avec échappement immunitaire. 

Modifications génomiques du virus chez un receveur de greffe de rein immunodéprimé qui a contracté le SRAS-CoV-2 au cours de la première phase de la pandémie de COVID-19. Le patient présentait des symptômes respiratoires légers et a été testé positif au SRAS-CoV-2 pendant plus de 145 jours. Au cours de cette longue période, les virus ont subi de multiples substitutions et délétions d'acides aminés dans la protéine de pointe.

Virus genomic changes in an immunosuppressed kidney transplant recipient who acquired SARS-CoV-2 during the early phase of the COVID-19 pandemic. The patient had mild respiratory symptoms and tested positive for SARS-CoV-2 for more than 145 days. During this long period, viruses with multiple amino acid substitutions and deletions in the spike protein evolved.

Mizrahi B, Lotan R, Kalkstein N, et al. Correlation of SARS-CoV-2-breakthrough infections to time-from-vaccine. Nat Commun November 4, 2021, 12, 6379. https://www.nature.com/articles/s41467-021-26672-3

Corrélation des infections  par le SRAS-CoV-2 avec le temps écoulé depuis la vaccination. 

En s'appuyant sur la base de données informatique centralisée de Maccabi Healthcare Services (Israël), les auteurs ont évalué la corrélation entre le délai depuis la vaccination et l'incidence d'infections entre le 1er juin et le 27 juillet 2021. Il y avait une corrélation significative entre ce délai et la protection offerte contre l'nfection par le SRAS-CoV-2. Le risque d'infection était significativement plus élevé chez les sujets vaccinés depuis plus longtemps que ceux qui avaient été vaccinés plus récemment, avec une tendance supplémentaire à un risque plus élevé d'hospitalisation chez les sujets vaccinés dpuis plus longtemps.

Leveraging the centralized computer database of Maccabi Healthcare Services, the authors assessed the correlation between time-from-vaccine and incidence of breakthrough infection between June 1 and July 27, 2021. There was a significant correlation between time-from-vaccine and afforded protection against SARS-CoV-2 infection. The risk for breakthrough infection was significantly higher for longer time-from-vaccine recipients compared with those who were vaccinated more recently, with an additional trend for higher risk for hospitalization among the longer time-from-vaccine recipients.

Islam N, Jdanov DA, Shkolnikov VM, et al. Effects of covid-19 pandemic on life expectancy and premature mortality in 2020: time series analysis in 37 countries. BMJ, 03 November 20212021; 375 https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-066768

Effets de la pandémie de covid-19 sur l'espérance de vie et la mortalité prématurée en 2020 : analyse de séries chronologiques dans 37 pays. 

Plus de 28 millions d'années de vie supplémentaires ont été perdues en 2020 dans 31 pays, avec un taux plus élevé chez les hommes que chez les femmes. Les années de vie perdues associées à la pandémie de COVID-19 en 2020 étaient plus de cinq fois plus élevées que celles associées à l'épidémie de grippe saisonnière en 2015. La réduction la plus élevée de l'espérance de vie a été observée en Russie (hommes : −2,33, femmes : − 2,14), les États-Unis (hommes : -2,27, femmes : -1,61), la Bulgarie, la Lituanie, le Chili et l'Espagne.

More than 28 million excess years of life were lost in 2020 in 31 countries, with a higher rate in men than women. Excess years of life lost associated with the COVID-19 pandemic in 2020 were more than five times higher than those associated with the seasonal influenza epidemic in 2015. The highest reduction in life expectancy was observed in Russia (men: −2.33, women: −2.14), the United States (men: −2.27, women: −1.61), Bulgaria, Lithuania, Chile, and Spain.

Ferreira VH, Marinelli T, Ierullo M, et al. SARS-CoV-2 infection induces greater T-cell responses compared to vaccination in solid organ transplant recipients. J Inf Diseases 05 November 2021,, jiab542, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab542/6406613

Une imminité cellulaire différente. L'infection par le SRAS-CoV-2 induit de plus grandes réponses des lymphocytes T par rapport à la vaccination chez les receveurs de greffe d'organe solide. 

Les receveurs de greffes d'organes solides génèrent des réponses de lymphocytes T robustes après une infection naturelle qui sont en corrélation avec la gravité de la maladie, mais génèrent des réponses de lymphocytes T comparativement plus faibles après la vaccination par ARNm.

Solid organ transplant recipients generate robust T cell responses following natural infection that correlate with disease severity but generate comparatively lower T cell responses following mRNA vaccination.

8 novembre 2021

McNamara LA, Wiegand RE, Burke RM, et al. Estimating the early impact of the US COVID-19 vaccination programme on COVID-19 cases, emergency department visits, hospital admissions, and deaths among adults aged 65 years and older: an ecological analysis of national surveillance data. Lancet November 03, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02226-1/fulltext

Estimation de l'impact précoce du programme américain de vaccination COVID-19 sur les cas de COVID-19, les visites aux services d'urgence, les admissions à l'hôpital et les décès chez les adultes âgés de 65 ans et plus : une analyse écologique des données de surveillance nationale. 

Les vaccins fonctionnent au niveau de la population. Les phases initiales du programme américain de vaccination contre le COVID-19 ont été associées à une réduction des cas de COVID-19, des visites aux services d'urgence et des hospitalisations chez les adultes américains âgés de 65 ans et plus. Les décès dus au COVID-19 ont également diminué.

Vaccines are working at the population level. The initial phases of the US COVID-19 vaccination program were associated with reductions in COVID-19 cases, emergency department visits, and hospital admissions among US adults aged 65 years and older. COVID-19 deaths also declined.

7 noveùbre 2021

Uriu K, Kimura I, Shirakawa K, et al. Neutralization of the SARS-CoV-2 Mu Variant by Convalescent and Vaccine Serum. NEJM November 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114706?query=featured_home

 Neutralisation du variant Mu du SARS-CoV-2 par le sérum de convalescent et par vaccin. 

Mu (B.1.621) représente le variant d'intérêt la plus récemment reconnue L'épicentre de la transmission mu est la Colombie, où le variant est plus nombreux que tous les autres variants, y compris le Gamma. Ce travail montre que mu montre une résistance prononcée aux anticorps générés par l'infection naturelle par le SRAS-CoV-2 et par le vaccin à ARNm BNT162b2 Pfizer).

Mu (B.1.621) represents the most recently recognized variant of interest. The epicenter of mu transmission is Colombia, where the variant has outnumbered all other variants, including Gamma. This work shows that mu shows a pronounced resistance to antibodies elicited by natural SARS-CoV-2 infection and by the BNT162b2 mRNA vaccine.

Tenforde M, Self WH, Adams K, et al. Association Between mRNA Vaccination and COVID-19 Hospitalization and Disease Severity. JAMA November 4, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2786039?resultClick=1

Association entre la vaccination par ARNm, l'hospitalisation au COVID-19 et la gravité de la maladie. 

Dans cette étude cas-témoins qui a inclus 4513 adultes hospitalisés dans 18 États américains, l'hospitalisation pour un diagnostic de COVID-19 par rapport à un diagnostic alternatif était associée à un rapport de risques ajusté  de 0,15 pour une vaccination complète avec un vaccin ARNm autorisé ou approuvé COVID.

In this case-control study that included 4513 hospitalized adults in 18 US states, hospitalization for a COVID-19 diagnosis compared with an alternative diagnosis was associated with an adjusted odds ratio (aOR) of 0.15 for full vaccination with an authorized or approved mRNA COVID-19 vaccine.

Rahav G, Lustig Y, Lavee J, et al. BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccination in immunocompromised patients: A prospective cohort study. EClinicalMedicine. 2021 Nov;41:101158. doi: 10.1016/j.eclinm.2021.101158. Epub 2021 Oct 17. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34693234/

Vaccination par ARNm BNT162b2 COVID-19 chez les patients immunodéprimés : une étude de cohorte prospective. 

Dans cette grande cohorte en Israël, la réponse des anticorps au vaccin Pfizer-BioNTech était très variable selon les différents déficits immunitaires. Des anticorps RBD-IgG ont été détectés chez 154/156 (98,7%) des patients infectés par le VIH, mais seulement chez 96/188 (51,0%) atteints de leucémie lymphoïde chronique/lymphome non hodgkinien et chez 50/110 (45,5%) suite à une transplantation rénale. 

In this large cohort from Israel, antibody response to the Pfizer-BioNTech vaccine was highly variable among different immune deficiencies. RBD-IgG antibodies were detected in 154/156 (98.7%) of patients with HIV, but only in 96/188 (51.0%) with chronic lymphocytic leukemia/non-Hodgkin’s lymphoma and in 50/110 (45.5%) following kidney transplantation.

6 novembre 2021

Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H, Ayoub HH, et al. Association of Prior SARS-CoV-2 Infection With Risk of Breakthrough Infection Following mRNA Vaccination in Qatar. JAMA Network November 1, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2785918?resultClick=1

Association d'une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 avec un risque d'infection après une vaccination par ARNm au Qatar. 

Un hybride d'immunité naturelle et vaccinale semble être associé à une réduction supplémentaire de l'infection percée. Dans cette étude de cohorte de 1 531 736 individus vaccinés par l'ARNm au Qatar, une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 était associée à un risque réduit statistiquement significatif d'infection chez les receveurs à la fois du BNT162b2 (Pfizer-BioNTech, rapport de risque ajusté, 0,62) et les vaccins à ARNm-1273 (Moderna, rapport de risque ajusté, 0,40). Cependant, la la méthodolofgie d'étude observationnelle empêche la comparaison directe du risque d'infection entre les 2 vaccins.

A hybrid of natural and vaccine immunity appears to be associated with additional reduction in breakthrough infection. In this cohort study of 1 531 736 mRNA-vaccinated individuals in Qatar, prior SARS-CoV-2 infection was associated with a statistically significant reduced hazard of breakthrough infection among recipients of both the BNT162b2 (Pfizer-BioNTech, adjusted hazard ratio, 0.62) and the mRNA-1273 vaccines (Moderna, adjusted hazard ratio, 0.40). However, the observational study design precludes direct comparison of infection risk between the 2 vaccines.

Zhong D, Xiao S, Debes AK, et al. Durability of Antibody Levels After Vaccination With mRNA SARS-CoV-2 Vaccine in Individuals With or Without Prior Infection. JAMA November 1, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2785919?resultClick=1

Durabilité des niveaux d'anticorps après la vaccination avec le vaccin à ARNm SARS-CoV-2 chez les individus avec ou sans infection antérieure. 

Les travailleurs de la santé ayant déjà été infectés par le SRAS-CoV-2 ayant bénéficié de 2 doses de vaccin à ARNm (3 expositions indépendantes à l'antigène de la protéine Spike) ont développé des taux d'anticorps de pointe plus élevés que les personnes seulement vaccinées. 

Same direction. Health care workers with prior SARS-CoV-2 infection followed by 2 doses of mRNA vaccine (3 independent exposures to spike antigen) developed higher spike antibody measurements than individuals with vaccination alone. A longer interval between infection and first vaccine dose may enhance the antibody response.

5 novembre 2021

Ashrani AA, Crusan DJ, Petterson T, et al. Age- and Sex-Specific Incidence of Cerebral Venous Sinus Thrombosis Associated With Ad26.COV2.S COVID-19 Vaccination. JAMA Intern Med November 1, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2785610?resultClick=1

 Incidence spécifique à l'âge et au sexe de la thrombose du sinus veineux cérébral associée à la vaccination Ad26.COV2.S COVID-19. 

La plupart des événements liés à une thrombose du sinus veineux cérébral associée à la vaccination Janssen sont survenus dans les 15 jours suivant la vaccination. Le risque le plus élevé était chez les femmes âgées de 30 à 49 ans, mais le risque absolu était encore faible dans ce groupe (jusqu'à 29,5 pour 100 000 AP chez les femmes âgées de 40 à 49 ans).

Most CVST events occurred within 15 days after vaccination. The highest risk was among women aged 30 to 49 years, but the absolute CVST risk was still low in this group (up to 29.5 per 100 000 PY among women aged 40-49 years).

 

Bosch W, Cowart JB, Bhakta S, et al. COVID-19 Vaccine-Breakthrough Infections Requiring Hospitalization in Mayo Clinic Florida through August 2021. Clinical Infectious Diseases 2 November 2021, ciab932, https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab932/6415962

 Infections malgré le vaccin COVID-19 nécessitant une hospitalisation à la Mayo Clinic en Floride jusqu'en août 2021. 

Sur 1 089 infections malgré vaccin survenues après le 2 mai 2021, 12 % (n=126) ont nécessité une hospitalisation. Par rapport aux admissions de COVID-19 non vaccinées, les admissions pour les personnes vaccinées étaient plus âgées (moyenne 69,1 contre 59,6 ans, p<0,001), plus susceptibles d'être immunodéprimées (33,3 % contre 14,8 %) ; p<0,001) et avaient un score de risque de complications de la  COVID-19 plus élevé. De plus, la cohorte vaccinée était plus susceptible de souffrir de diabète, d'hypertension, de maladie coronarienne et de maladie rénale chronique.

Of 1089 breakthrough infections occurring after May 2, 2021, 12% (n=126) required hospitalization. When compared to unvaccinated COVID-19 admissions, vaccine breakthrough admissions were older in age (mean 69.1 vs. 59.6 years, p<0.001), more likely to be immunocompromised (33.3% vs. 14.8%); p<0.001) and had a higher COVID-19 Complication Risk score. In addition, the vaccinated cohort was more likely to have diabetes, hypertension, coronary artery disease and chronic kidney disease.

4 novembre 2021

Saciuk Y, Kertes J, Stein NS, et al. Effectiveness of a third dose of BNT162b2 mRNA vaccine. The J Inf Dis November 1, 2021, jiab556, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab556/6415586

Efficacité d'une troisième dose de vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer). Le J Inf Dis 1er novembre 2021.

Davantage d'arguments pour un troisième injection ces jours-ci. Israël a connu une nouvelle vague d'infection principalement basée sur le variant Delta à partir de la mi-juin 2021. Le ministère israélien de la Santé a mis en œuvre une deuxième campagne nationale de vaccination en août 2021, fournissant une troisième dose du vaccin BNT162b2, ciblant initialement les plus de 60 ans, puis l'élargissement de la tranche d'âge de la population cible de semaine en semaine. L'efficacité vaccinale (EV) brute était de 92,9 % (IC à 95 % : 92,6-93,2 %) et l'EV ajustée était de 89,1 % (IC à 95 % : 87,5 à 90,5%).

More arguments for a third jab these days. Israel experienced a new wave of largely Delta variant-based infection from mid-June 2021. The Israel Ministry of Health implemented a second national vaccination campaign in August 2021, providing a third dose of the BNT162b2 vaccine, initially targeting the over-60s, then broadening the target population age bracket on a week-by-week basis. Crude VE was 92.9% (95% CI: 92.6-93.2%) and adjusted VE was 89.1% (95% CI: 87.5-90.5%).

Tang P, Hasan MR, Chemaitelly H. et al. BNT162b2 and mRNA-1273 COVID-19 vaccine effectiveness against the SARS-CoV-2 Delta variant in Qatar. Nat Med November 2, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01583-4

Efficacité des vaccins BNT162b2 (Pfizer) et mRNA-1273 COVID-19 (Moderna) contre le variant SARS-CoV-2 Delta au Qatar. 

L'efficacité du BNT162b2 contre toute infection Delta, symptomatique ou asymptomatique, n'était que de 51,9 % (IC à 95 % : 47,0–56,4 %) ≥ 14 jours après la deuxième dose. L'efficacité correspondante de l'ARNm-1273 était de 73,1 % (IC à 95 % : 67,5 à 77,8 %). Notamment, l'efficacité contre la maladie grave, critique ou mortelle induite par Delta était de 93,4 % (IC à 95 % : 85,4 à 97,0 %) pour BNT162b2 et de 96,1 % (IC à 95 % : 71,6 à 99,5 %) pour l'ARNm-1273 ≥ 14 jours après la deuxième dose.

BNT162b2 effectiveness against any Delta infection, symptomatic or asymptomatic, was only 51.9% (95% CI: 47.0–56.4%) ≥ 14 d after the second dose. Corresponding mRNA-1273 effectiveness was 73.1% (95% CI: 67.5–77.8%). Notably, effectiveness against Delta-induced severe, critical or fatal disease was 93.4% (95% CI: 85.4–97.0%) for BNT162b2 and 96.1% (95% CI: 71.6–99.5%) for mRNA-1273 ≥ 14 d after the second dose.

Elliott P. Haw D, Wang H, et al. Exponential growth, high prevalence of SARS-CoV-2, and vaccine effectiveness associated with the Delta variant. Science November 2, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl9551

Croissance exponentielle, prévalence élevée du SRAS-CoV-2 et efficacité vaccinale associée contre le variant Delta.

Après ajustement pour l'âge et d'autres variables, l'efficacité du vaccin pour les personnes doublement vaccinées a été estimée entre ~ 50 % et ~ 60 % en juin/juillet 2021 en Angleterre. Conclusion importante : « Sans interventions supplémentaires, une promiscuité accrue, y compris à l'intérieur, pendant l'automne et l'hiver en présence du variant Delta peut conduire à une reprise de la croissance, même à des niveaux élevés de vaccination ». 

After adjusting for age and other variables, vaccine effectiveness for double-vaccinated people was estimated at between ~50% and ~60% during June/July in England. Important conclusion: “Without additional interventions, increased mixing, including indoors, during the autumn and winter in the presence of the Delta variant may lead to renewed growth, even at high levels of vaccination”. Forget your freedom day.

Corchado-Garcia J, Zemmour D, Hughes T, et al. Analysis of the Effectiveness of the Ad26.COV2.S Adenoviral Vector Vaccine for Preventing COVID-19. JAMA Netw Open November 2, 2021;4(11):e2132540. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785664?resultClick=1

Analyse de l'efficacité du vaccin vectoriel adénoviral Ad26.COV2.S (Janssen)  pour la prévention du COVID-19. 

Le vaccin J&J est efficace pour réduire l'infection par le SRAS-CoV-2, même avec la propagation de variants telles que Alpha ou Delta qui n'étaient pas présentes dans les études originales. Dans cette cohorte composée de 8889 patients appariés vaccinés et 88 898 non vaccinés, l'efficacité vaccinale était de 73,6%.

The J&J vaccine is effective at reducing SARS-CoV-2 infection, even with the spread of variants such as Alpha or Delta that were not present in the original studies. In this cohort consisting of 8889 vaccinated and 88,898 unvaccinated matched patients, VE was 73.6%.

Levine-Tiefenbrun M, Yelin I, Alapi H. et al. Viral loads of Delta-variant SARS-CoV-2 breakthrough infections after vaccination and booster with BNT162b2. Nat Med November 2, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01575-4

Charges virales d'infections du SRAS-CoV-2 variant Delta après vaccination et rappel avec BNT162b2 (Pfizer). 

Les infections  chez les individus récemment complètement vaccinés montrent des charges virales inférieures (d'une magnitude de dix fois) que les infections chez les individus non vaccinés. Cependant, cet effet commence à diminuer 2 mois après la vaccination et disparaît finalement 6 mois ou plus après la vaccination. Les auteurs constatent que l'effet du BNT162b2 sur la réduction des charges virales est restauré après une dose de rappel.

Breakthrough infections (BTIs) in recently fully vaccinated individuals have lower viral loads (with a magnitude of ten-fold) than infections in unvaccinated individuals. However, this effect starts to decline 2 months after vaccination and ultimately vanishes 6 months or longer after vaccination. Notably, the authors find that the effect of BNT162b2 on reducing BTI viral loads is restored after a booster dose.

3 novembre 2021

Chavez-MacGregor M, Lei X, Zhao H, et al. Evaluation of COVID-19 Mortality and Adverse Outcomes in US Patients With or Without Cancer. JAMA Oncol October 28, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamaoncology/fullarticle/2785677?resultClick=1

Évaluation de la mortalité et des séquelles liées au COVID-19 chez les patients américains atteints ou non de cancer.

En ce qui concerne la gravité du COVID-19, les patients atteints de cancer représentent un groupe hétérogène. Dans cette grande cohorte de patients atteints de COVID-19, les patients ayant récemment reçu un traitement contre le cancer présentaient des taux  significativement plus élevé d'évolution défavorable que les patients sans cancer. Dans les modèles entièrement ajustés, cependant, seuls les patients ayant récemment reçu un traitement contre le cancer présentaient une augmentation statistiquement significative du risque de décès à 30 jours, de séjour en soins intensifs et d'hospitalisation. Les patients sans traitement récent contre le cancer présentaient des risques similaires, voire inférieurs.

With regard to COVID-19 severity, patients with cancer represent a heterogenous group. In this large cohort of patients with COVID-19, those with recent cancer treatment had significantly higher rates of adverse outcomes compared with patients without cancer. In the fully adjusted models, however, only patients with recent cancer treatment had a statistically significant increase in the 30-day risk of death, ICU stay, and hospitalization. Patients with no recent cancer treatment had similar or even lower risks.

1er et 2 novembre 2021 : pas d'article ayant suscité mon intérêt dans la revue de littérature scientifique internationalement reconnue.

31 octobre 2021

Barda N, Dagan N, Cohen C. Effectiveness of a third dose of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine for preventing severe outcomes in Israel: an observational study. Lancet October 29, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext

 Efficacité d'une troisième dose du vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer) COVID-19 pour prévenir les issues graves en Israël : une étude observationnelle. 

Pour les plus de 40 ans ? Il s'agit actuellement des meilleures données en faveur d'une troisième injection. Dans cette grande étude, le groupe ayant reçu la troisième dose et celui des témoins appariés comprenaient chacun 728 321 personnes. Les participants avaient un âge médian de 52 ans (écart interquartile : 37-68). Évalué au moins 7 jours après la troisième dose, comparé à l'injection de seulement deux doses au moins 5 mois auparavant, on a été estimé à 93 % (231 contre 29 événements) l'efficacité du vaccin, 92 % (157 contre 17 événements) pour la maladie grave, et 81 % (44 contre 7 événements) pour les décès liés à la COVID-19. L'efficacité a été observée dans tous les groupes d'âge au-dessus de 40 ans. Seulement chez les personnes âgées de 16 à 39 ans, le taux de ces situations graves était trop faible pour une estimation significative de l'efficacité du rappel (la troisième injection).

Older than 40? This is currently the best data for a third jab. In this large study, the third dose and matched control groups each included 728,321 individuals. Participants had a median age of 52 years (IQR 37–68). Evaluated at least 7 days after the third dose, compared with receiving only two doses at least 5 months previously, was estimated to be 93% (231 vs 29 events) for vaccine effectiveness, 92% (157 vs 17 events) for severe disease, and 81% (44 vs 7 events) for COVID-19-related death. Effectiveness was seen in all age groups above 40. Only in those aged 16–39 years, the rate of these severe outcomes was too small for any meaningful estimation of effectiveness of the booster.

Bozio CH, Grannis SJ, Naleway AL, et al. Laboratory-Confirmed COVID-19 Among Adults Hospitalized with COVID-19–Like Illness with Infection-Induced or mRNA Vaccine-Induced SARS-CoV-2 Immunity — Nine States, January–September 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 29 October 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7044e1.htm?s_cid=mm7044e1_w

COVID-19 confirmé en laboratoire parmi les adultes hospitalisés pour une maladie de type COVID-19 avec immunité induite par le SRAS-CoV-2 induite par une infection ou un ARNm – Neuf États, janvier-septembre 2021. 

Le vaccin est plus efficace qu'une infection préalable. Dans ce réseau américain, une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée en laboratoire a été identifiée parmi 324 (5,1%) des 6328 personnes entièrement vaccinées et parmi 89 des 1020 (8,7%) personnes non vaccinées, précédemment infectées. Chez les adultes non vaccinés ayant déjà été infectés par le SRAS-CoV-2, les données de laboratoire étaient 5,49 fois plus élevées que les données chez les receveurs entièrement vaccinés d'un vaccin à ARNm COVID-19 qui n'avaient pas d'infection documentée antérieure (intervalle de confiance de 95 % : 2,75–10,99).

Vaccine is better than previous infection. In this US network, laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection was identified among 324 (5.1%) of 6328 fully vaccinated persons and among 89 of 1020 (8.7%) unvaccinated, previously infected persons. The adjusted odds of laboratory-confirmed COVID-19 among unvaccinated adults with previous SARS-CoV-2 infection were 5.49-fold higher than the odds among fully vaccinated recipients of an mRNA COVID-19 vaccine who had no previous documented infection (95% confidence interval: 2.75–10.99).

30 octobre 2021

Sonabend R, Whittles LK, Imai N, et al. Non-pharmaceutical interventions, vaccination, and the SARS-CoV-2 delta variant in England: a mathematical modelling study. Lancet October 27, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02276-5/fulltext

Interventions non médicamenteuses (INM), vaccination et variant delta du SRAS-CoV-2 en Angleterre : une étude de modélisation mathématique. 

Message principal : avec le variant Delta, il pourrait ne pas être possible de lever complètement les INM même sans une troisième vague d'hospitalisations et de décès, même si la couverture vaccinale est élevée.

Main message: with the Delta variant, it might not be possible to fully lift NPIs without a third wave of hospital admissions and deaths, even if vaccination coverage is high.

Singanayagam A, Hakki S, Dunning J, et al. Community transmission and viral load kinetics of the SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) variant in vaccinated and unvaccinated individuals in the UK: a prospective, longitudinal, cohort study. Lancet Inf Dis October 29, 2021. https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00648-4/fulltext

Transmission communautaire et cinétique de la charge virale du variant SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) chez les individus vaccinés et non vaccinés au Royaume-Uni : une étude de cohorte prospective, longitudinale. 

Même conclusion que dans la publication précédente. La vaccination n'est pas suffisante pour bloquer le Delta. Les auteurs ont suivi longitudinalement les cas index et leurs contacts (indépendamment des symptômes) dans la communauté tôt après l'exposition au Delta, en effectuant quotidiennement une RT-PCR quantitative pendant 14 à 20 jours. Le taux d'attaque secondaire chez les contacts familiaux complètement vaccinés était élevé, à 25 %, mais cette valeur était inférieure à celle des contacts non vaccinés (38 %). Les individus complètement vaccinés avec infection avaient une charge virale maximale similaire à celle des cas non vaccinés.

Same. Vaccination is not sufficient to prevent Delta. The authors longitudinally followed index cases and their contacts (regardless of symptoms) in the community early after exposure to the Delta, performing daily quantitative RT-PCR for 14–20 days. Secondary attack rate in fully vaccinated household contacts was high at 25%, but this value was lower than that of unvaccinated contacts (38%). However, fully vaccinated individuals with breakthrough infections had peak viral load similar to unvaccinated cases.

29 octobre 2021

Goldberg Y, Mandel Ml, Bar-On YM, et al. Waning Immunity after the BNT162b2 Vaccine in Israel. NEJM October 27, 2021 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114228?query=featured_home

Immunité décroissante après le vaccin BNT162b2 (Pfizer) en Israël. 

Parmi 5 279 926 adultes complètement vaccinés, l'apparition et la prédominance rapide du la variant Delta en juin 2021 ont entraîné une augmentation spectaculaire du nombre de cas. Cette analyse montre que cela a été observé dans tous les groupes d'âge, avec et sans correction pour les facteurs de confusion mesurés. Les résultats fournissent une base épidémiologique à la décision du ministère israélien de la Santé, le 30 juillet 2021, d'approuver l'administration d'un rappel (troisième dose) du vaccin COVID-19 aux personnes qui avaient été vaccinées au moins 5 mois auparavant.

Among 5,279,926 fully vaccinated adults, the appearance and rapid predominance of the Delta variant in June 2021 resulted in a dramatic increase in the numbers. This analysis shows that this was seen in all age groups, with and without correction for measured confounding factors. The results provide an epidemiologic basis for the decision by the Israeli Ministry of Health on July 30, 2021, to approve the administration of a booster (third dose) of COVID-19 vaccine to persons who had been vaccinated at least 5 months previously.

28 octobre 2021

Acosta AM, Garg S, Pham H, et al. Racial and Ethnic Disparities in Rates of COVID-19–Associated Hospitalization, Intensive Care Unit Admission, and In-Hospital Death in the United States From March 2020 to February 2021. JAMA Netw Open October 21, 2021;4(10):e2130479. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785325?resultClick=1

Disparités raciales et ethniques dans les taux d'hospitalisation associée au COVID-19, d'admission en unité de soins intensifs et de décès à l'hôpital aux États-Unis de mars 2020 à février 2021. 

Dans cette grande analyse transversale, les Indiens d'Amérique ou natifs de l'Alaska, les Latino-Américains, les Noirs et les Asiatiques ou les insulaires du Pacifique étaient plus susceptibles que les Blancs d'avoir une hospitalisation liée au COVID-19, une admission en soins intensifs ou un décès à l'hôpital au cours de la première année de la pandémie américaine de COVID-19.

In this large cross-sectional analysis, American Indian or Alaska Native, Latino, Black, and Asian or Pacific Islander persons were more likely than White persons to have a COVID-19–associated hospitalization, ICU admission, or in-hospital death during the first year of the US COVID-19 pandemic.

Arora P, Rocha C, Kempf A. et al. The spike protein of SARS-CoV-2 variant A.30 is heavily mutated and evades vaccine-induced antibodies with high efficiency. Cell Mol Immunol October 25, 2021. https://www.nature.com/articles/s41423-021-00779-5

La protéine de pointe du variante A.30 du SRAS-CoV-2 subit une forte mutation et échappe aux anticorps induits par le vaccin avec une grande efficacité.

Le variante A.30 (également appelée A.VOI.V2), qui a été détectée chez plusieurs patients en Angola et en Suède au printemps 2021, probablement originaire de Tanzanie, peut échapper au contrôle par les anticorps induits par le vaccin et pourrait montrer une capacité accrue d'entrer dans les cellules par la voie de la cathepsine L, ce qui peut augmenter en particulier la propagation extrapulmonaire. Une surveillance étroite est justifiée.

The variant A.30 (also termed A.VOI.V2), which was detected in several patients in Angola and Sweden in Spring 2021 and likely originated in Tanzania, can evade control by vaccine-induced antibodies and might show an increased capacity to enter cells in a cathepsin L-dependent manner, which may aid particularly in an extrapulmonary spread. Close monitoring warranted

Patone M, Handunnetthi L, Saatci D, et al. Neurological complications after first dose of COVID-19 vaccines and SARS-CoV-2 infection. Nat Med October 25, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01556-7

Complications neurologiques après la première dose de vaccins COVID-19 et infection par le SRAS-CoV-2. 

Un risque accru de complications neurologiques est noté chez les personnes qui ont reçu des vaccins anti-COVID-19, le risque étant plus élevé du fait du COVID-19. Il y a un risque sensiblement plus élevé de tous les effets secondaires neurologiques dans les 28 jours après un test SARS-CoV-2 positif, y compris le syndrome de Guillain-Barré (IRR, 5,25 ; IC à 95 % : 3,00-9,18).

Although this study found an increased risk of neurological complications in those who received COVID-19 vaccines, the risk is greater from COVID-19. There was a substantially higher risk of all neurological outcomes in the 28 days after a positive SARS-CoV-2 test including Guillain–Barré syndrome (IRR, 5.25; 95% CI: 3.00–9.18).

 

27 octobre 2021

Taylor CA, Patel K, Pham H, et al. Severity of Disease Among Adults Hospitalized with Laboratory-Confirmed COVID-19 Before and During the Period of SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) Predominance — COVID-NET, 14 States, January–August 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 22 October 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7043e1.htm?s_cid=mm7043e1_w

Gravité de la maladie chez les adultes hospitalisés avec COVID-19 confirmé en laboratoire avant et pendant la période de prédominance du SRAS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) 

Les taux d'hospitalisation associée au COVID-19 chez les adultes ont augmenté de juillet à août 2021, le variant Delta devenant prédominant aux États-Unis. Bien que Delta soit plus transmissible, cette étude n'a pas trouvé de proportions significativement plus élevées d'hospitalisations avec admission en soins intensifs, utilisation de la ventilation artificielle ou décès à l'hôpital chez les adultes hospitalisés non enceintes.

Rates of COVID-19–associated hospitalization in adults increased during July–August 2021 as the Delta variant became predominant in the United States. Although Delta is more transmissible, this study did not find significantly higher proportions of hospitalizations with ICU admission, receipt of IMV, or in-hospital death in non-pregnant hospitalized adults.

Nordström P, Ballin M, Nordström A, et al. Effectiveness of heterologous ChAdOx1 nCoV-19 and mRNA prime-boost vaccination against symptomatic Covid-19 infection in Sweden: A nationwide cohort study. Lancet Regional Health October 18, 2021. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666776221002350?via%3Dihub

Efficacité de la vaccination hétérologue ChAdOx1 nCoV-19 et ARNm prime-boost contre l'infection symptomatique de Covid-19 en Suède : une étude de cohorte à l'échelle nationale. 

Cette étude a comparé plus de 100 000 personnes ayant reçu une première vaccination hétérologue AZ/BioNTech ou Moderna et 430 100 personnes ayant reçu une première vaccination homologue AZ/BioNTech. La vaccination hétérologue a montré une efficacité de 67% à 79% contre le COVID-19 symptomatique, supérieure à l'efficacité de 50% de la vaccination homologue.

Pour résumer, la première vaccination  hétérologue utilisant ChAdOx1 nCoV-19 (AstraZeneca) comme première dose et BNT162b2 (Pfizer) ou ARNm-1273 (Moderna) comme deuxième dose a été associée à une efficacité de 67 % et 79 % dansla prévention de l'infection symptomatique à Covid-19. De plus, il y avait une très faible incidence d'événements indésirables thromboemboliques au cours du suivi associés à ces schémas hétérologues. Les résultats de cette étude soutiennent l'utilisation de programmations vaccinales hétérologues comme alternative efficace pour augmenter l'immunité de la population contre le Covid-19, ce qui pourrait avoir des implications importantes pour les stratégies de vaccination et par conséquent dans la lutte contre la pandémie.

This study compared >100,000 individuals who received heterologous AZ/BioNTech or Moderna and 430,100 individuals that received homologous AZ/BioNTech prime-boost vaccination. Heterologous vaccination showed 67% to 79% effectiveness against symptomatic COVID-19, higher than the 50% effectiveness from homologous vaccination.

Harder T, Külper-Schiek W, Reda S, et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against SARS-CoV-2 infection with the Delta (B.1.617.2) variant: second interim results of a living systematic review and meta-analysis, 1 January to 25 August 2021. Euro Surveill. 2021;26(41):pii=2100920. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.41.2100920

Efficacité des vaccins COVID-19 contre l'infection par le SRAS-CoV-2 avec le variant Delta (B.1.617.2) : deuxièmes résultats intermédiaires d'une revue systématique en cours et d'une méta-analyse, du 1er janvier au 25 août 2021. Euro Surveill. 2021;26(41):pii=2100920. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.41.2100920

La principale conclusion de cette revue : les vaccins COVID-19 approuvés dans l'UE ont une efficacité modérée à élevée contre les formes légères à modérées d'infections au SRAS-CoV-2 causées par le variant Delta, tandis que l'efficacité vaccinale contre les maladies graves et l'hospitalisation reste élevée à très haute.

The main conclusion of this review: COVID-19 vaccines approved in the EU have a moderate to high effectiveness against mild to moderate forms of SARS-CoV-2 infections caused by the Delta variant, while VE against severe disease and hospitalization remains high to very high.

26 octobre 2021

Becker JH, Lin JJ, Doernberg M, et al. Assessment of Cognitive Function in Patients After COVID-19 Infection. JAMA Netw Open October 22, 2021;4(10):e2130645. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785388?resultClick=1

Évaluation de la fonction cognitive chez les patients après une infection au COVID-19. 

Une cohorte de 740 patients atteints de COVID-19, indiquant une fréquence relativement élevée de troubles cognitifs plusieurs mois plus tard. Les déficits les plus importants concernaient la vitesse de traitement de l'information (18 %), le fonctionnement exécutif (16 %), la fluence phonémique (lettre initiale) (15 %) et la fluence des catégories (20 %), l'encodage de la mémoire (24 %) et le rappel de la mémoire (23 %).

A cohort of 740 patients with COVID-19, indicating a relatively high frequency of cognitive impairment several months later. The most prominent deficits were in processing speed (18%), executive functioning (16%), phonemic (initial letter) fluency (15%) and category fluency (20%), memory encoding (24%), and memory recall (23%).

Hillson K, Clemens SC, Madhi SA, et al. Fertility rates and birth outcomes after ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccination. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02282-0

Taux de fécondité et état des naissances après la vaccination ChAdOx1 nCoV-19 (Astrazeneca) (AZD1222). https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02282-0

Non, il n'y a pas de problème de fertilité. La fertilité n'a pas été affectée parmi 9755 participants aux essais contrôlés randomisés. De plus, le taux de fausse couche n'était pas plus élevé dans le groupe ChAdOx1 nCoV-19.

No, there is no fertility issue. Fertility was unaffected among 9755 participants in RCTs. In addition, the rate of miscarriage was not higher in the ChAdOx1 nCoV-19 group.

Xu S, Huang R, Sy LS, et al. COVID-19 Vaccination and Non–COVID-19 Mortality Risk — Seven Integrated Health Care Organizations, United States, December 14, 2020–July 31, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 22 October 2021. DOI: https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7043e2.htm?s_cid=mm7043e2_w

Vaccination COVID-19 et risque de mortalité non lié à la COVID-19 — Sept organisations de soins de santé intégrés, États-Unis, 14 décembre 2020 – 31 juillet 2021. 

Il n’y a pas de risque accru de mortalité chez les bénéficiaires du vaccin anti-COVID-19. De décembre 2020 à juillet 2021, les personnes ayant reçu le vaccin anti-COVID-19 présentaient des taux de mortalité non liés à COVID-19 inférieurs à ceux des personnes non vaccinées après ajustement en fonction de l'âge, du sexe, de la race et de l'origine ethnique et du lieu d'étude.

There is no increased risk for mortality among COVID-19 vaccine recipients. During December 2020–July 2021, COVID-19 vaccine recipients had lower rates of non–COVID-19 mortality than did unvaccinated persons after adjusting for age, sex, race and ethnicity, and study site.

25 octobre 2021

Chagla Z, Ma H, Sander B, et al. Assessment of the Burden of SARS-CoV-2 Variants of Concern Among Essential Workers in the Greater Toronto Area, Canada. JAMA Netw Open October 19, 2021, 4(10):e2130284. doi:10.1001/jamanetworkopen.2021.30284

 Évaluation du fardeau des variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 parmi les travailleurs essentiels de la région du Grand Toronto, Canada. 

Pas de surprise : les variants préoccupants du SARS-CoV-2, similaires au SARS-CoV-2 de type sauvage, sont associés de manière disproportionnée aux quartiers à faible revenu et avec une proportion plus élevée de travailleurs de première ligne.

No surprise: VOC of SARS-CoV-2, similar to wildtype SARS-CoV-2, are disproportionately associated with neighborhoods with lower income and with a higher proportion of essential workers.

24 octobre 2021

Andreano E, Paciello I, Piccini G, et al. Hybrid immunity improves B cells and antibodies against SARS-CoV-2 variants. Nature October 20, 2021. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04117-7

L'immunité hybride améliore les cellules B et les anticorps contre les variants du SRAS-CoV-2. 

Un regard détaillé sur les réponses des cellules B. Les auteurs ont analysé au niveau unicellulaire les cellules B mémoire de cinq personnes naïves et cinq personnes convalescentes vaccinées avec le vaccin à ARNm BNT162b2 pour disséquer la nature de la réponse des cellules B et des anticorps. Les personnes précédemment exposées à l'infection par le SRAS-CoV-2 répondent à la vaccination avec davantage de cellules B produisant des anticorps qui ne sont pas susceptibles d'échapper aux variants et qui ont un pouvoir de neutralisation plus élevé.

A detailed look at the B-cell responses. The authors analyzed at single-cell level the memory B cells of five naive and five convalescent people vaccinated with the BNT162b2 mRNA vaccine to dissect the nature of the B cell and antibody response. People previously exposed to SARS-CoV-2 infection, respond to vaccination with more B cells producing antibodies that are not susceptible to escape variants and that have higher neutralization potency.

23 octobre 2021

Lalwani P, Araujo-Castillo RV, Ganoza CA, et al. High anti-SARS-CoV-2 antibody seroconversion rates before the second wave in Manaus, Brazil, and the protective effect of social behaviour measures: results from the prospective DETECTCoV-19 cohort. Lancet Global Health November 1, 2021. https://www.thelancet.com/journals/langlo/article/PIIS2214-109X(21)00355-7/fulltext

Taux élevés de séroconversion des anticorps anti-SRAS-CoV-2 avant la deuxième vague à Manaus, au Brésil, et effet protecteur des mesures de comportement social : résultats de la cohorte prospective DETECTCoV-19. 

La ville de Manaus, au Brésil, a connu deux effondrements de son système de santé en raison de la pandémie de COVID-19. Sur la base de la surveillance des anticorps des donneurs de sang, la proportion cumulée de la population infectée a été estimée à plus de 70 %. Cette étude montre que plusieurs comportements modifiables augmentent le risque de séroconversion, notamment le non-respect des mesures d'intervention non pharmaceutiques telles que le non-port de masque lors des contacts, l'assouplissement des mesures de protection comme la distanciation et le non-travail à distance.

The city of Manaus, Brazil, has seen two collapses of its health system due to the COVID-19 pandemic. Based on blood donor antibody surveillance, the cumulative proportion of the population infected was estimated to be more than 70%. This study shows that several modifiable behaviors increased the risk of seroconversion, including non-compliance with non-pharmaceutical interventions measures such as not wearing a mask during contact, relaxation of protective measures like distancing, and non-remote working.

Pfizer. Press release, October 21, 2021. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-announce-phase-3-trial-data-showing

Source Pfizer-BioNTech. Communiqué de presse, 21 octobre 2021. 

C'est l'heure d'une troisième injection ? Malheureusement, cela n'a été publié que sous forme de communiqué de presse des deux laboratoires associés. Dans cet essai contrôlé randomisé de phase 3 évaluant l'efficacité et l'innocuité d'une dose de rappel de 30 µg du vaccin Pfizer-BioNTech COVID-19 chez plus de 10 000 personnes âgées de 16 ans et plus, les participants qui ont déjà effectué la première série à deux doses ont été randomisés 1:1 pour recevoir soit une dose de rappel de 30 µg (le même dosage que ceux de la série primaire) ou un placebo. Le délai médian entre la deuxième dose et la dose de rappel ou le placebo était de 11 mois. À partir de J7, il y a eu 5 cas de COVID-19 dans le groupe de rappel et 109 cas dans le groupe placebo. L'efficacité relative observée du vaccin était de 95,6 % (IC à 95 % : 89,3, 98,6)

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Time for a third jab? Unfortunately, this has been published only as a press release. In this phase 3 RCT evaluating the efficacy and safety of a 30-µg booster dose of the Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine in more than 10,000 individuals 16 years of age and older, participants who previously completed the primary two-dose series were randomized 1:1 to receive either a 30-µg booster dose (the same dosage strength as those in the primary series) or placebo. The median time between second dose and the booster dose or placebo was 11 months. From day 7, there were 5 cases of COVID-19 in the booster group and 109 cases in the non-boosted group. The observed relative vaccine efficacy was 95.6% (95% CI: 89.3, 98.6).

Temple C, Hoang R, Hendrickson RG. Toxic Effects from Ivermectin Use Associated with Prevention and Treatment of Covid-19. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114907?query=featured_home

Effets toxiques de l'utilisation d'ivermectine associés à la prévention et au traitement du Covid-19. 

L'Oregon Poison Center a récemment reçu un nombre croissant d'appels concernant l'exposition à l'ivermectine. Six des 21 cas (à partir d'août 2021) ont été hospitalisés pour des effets toxiques, notamment des épisodes graves de confusion, d'ataxie, de convulsions et d'hypotension. 

The Oregon Poison Center recently received an increasing number of calls regarding ivermectin exposure. Six of the 21 cases (from August 2021) were hospitalized for toxic effects, including severe episodes of confusion, ataxia, seizures, and hypotension. Just saying.

Magnus MC, Gjessing HK, Eide HN. Covid-19 Vaccination during Pregnancy and First-Trimester Miscarriage. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114466?query=featured_home

Une confirmation supplémentaire : 

Vaccination contre le Covid-19 pendant la grossesse et fausses couches du premier trimestre. 

Grande base de données norvégienne, ne montrant aucune preuve d'un risque accru de fausse couche précoce après la vaccination contre le COVID-19.

Large database from Norway, showing no evidence of an increased risk for early pregnancy loss after COVID-19 vaccination.

22 octobre 2021

Reis BY, Barda N, Leshchinsky M. Effectiveness of BNT162b2 Vaccine against Delta Variant in Adolescents. NEJM October 2021, https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114290?query=featured_home

Israël :

Efficacité du vaccin BNT162b2 (Pfizer) contre le variant Delta chez les adolescents. 

Chez 94 354 vaccinés israéliens âgés de 12 à 18 ans qui ont été appariés avec succès à 94 354 témoins non vaccinés, l'efficacité contre l'infection documentée par le SRAS-CoV-2 était de 90 % (IC à 95 % : 88 % à 92 %) les jours 7 à 21 après la deuxième dose.

In 94,354 vaccine recipients from Israel between the ages of 12 and 18 years who were successfully matched with 94,354 unvaccinated controls, effectiveness against documented SARS-CoV-2 infection was 90% (95% CI: 88% – 92%) on days 7 to 21 after the second dose.

Olson SM, Newhams MM, Halasa NB, et al. Effectiveness of Pfizer-BioNTech mRNA Vaccination Against COVID-19 Hospitalization Among Persons Aged 12–18 Years — United States, June–September 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 19 October 2021.

Résultats similaires aux USA.

Same findings from the US. Among hospitalized patients aged 12–18 years, vaccine effectiveness of 2 doses of the Pfizer/BioNTech vaccine against COVID-19 hospitalization during June–September 2021, was 93% (95% CI: 83%–97%).

 

Chin ET, Leidner D, Zhang Y, et al.  Effectiveness of the mRNA-1273 Vaccine during a SARS-CoV-2 Delta Outbreak in a Prison. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114089?query=featured_home

Et en prison en Californie.

The Sierra Conservation Center (SCC) in Jamestown, California, is a low-to-medium security prison for men. During an outbreak among residents (468 were fully vaccinated and 359 were unvaccinated), the estimated vaccine effectiveness was 56.6% against infection and 84.2% against symptomatic infection.

Sheikh A, Robertson C, Taylor B. BNT162b2 and ChAdOx1 nCoV-19 Vaccine Effectiveness against Death from the Delta Variant. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2113864?query=featured_home

Au Royaume-Uni.

Overall, vaccine effectiveness against death from the Delta variant 14 or more days after the second vaccine dose was 90% for BNT162b2 and 91% for ChAdOx1 nCoV-19.

21 octobre 2021

RECOVERY Collaborative Group. Colchicine in patients admitted to hospital with COVID-19 (RECOVERY): a randomised, controlled, open-label, platform trial. Lancet Resp Med October 18, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00435-5/fulltext

Colchicine : encore plouf. Chez les adultes hospitalisés avec COVID-19, la colchicine n'a pas été associée à des réductions de la mortalité à 28 jours, de la durée du séjour à l'hôpital ou du risque de progression vers une ventilation mécanique invasive ou de décès

Pouwels KB, Pritchard E, Matthews PC, et al. Effect of Delta variant on viral burden and vaccine effectiveness against new SARS-CoV-2 infections in the UK. Nat Med October 14, 2021. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01548-7

Effet du variant Delta sur la charge virale et l'efficacité du vaccin contre les nouvelles infections au SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni. 

La vaccination avec deux doses de BNT162b2 (Pfizer) ou de ChAdOx1 (AstraZeneca) réduit considérablement le risque de nouvelles infections SARS-CoV-2 PCR-positives. Cependant, alors que les deux vaccins offraient des avantages similaires lorsque Alpha était dominant, les avantages de deux doses de ChAdOx1 étaient moindres en présence de Delta que pour deux doses de BNT162b2, bien que deux doses de ChAdOx1 offrent toujours une protection similaire à celle d'une infection naturelle précédente. Avec le Delta, les infections survenant après deux vaccinations avaient une charge virale maximale similaire à celle des individus non vaccinés. La vaccination réduit les nouvelles infections, mais l'efficacité sur le pic de charge virale et son atténuation sont diminuées avec le Delta.

Vaccination with two doses of BNT162b2 or ChAdOx1 substantially reduces the risk of new PCR-positive SARS-CoV-2 infections. However, while the two vaccines provided similar benefits when Alpha was dominant, benefits from two ChAdOx1 doses were reduced more in the presence of Delta than for two BNT162b2 doses, although two ChAdOx1 doses still provide similar protection as that from previous natural infection. With Delta, infections occurring after two vaccinations had similar peak viral burden as those in unvaccinated individuals. Vaccination reduces new infections, but effectiveness and attenuation of peak viral burden are reduced with Delta.

20 octobre 2021

Sun S, Savitz DA, Wellenius GA, et al. Changes in Adverse Pregnancy Outcomes Associated With the COVID-19 Pandemic in the United States. JAMA Netw Open October 15, 2021;4(10):e2129560. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785014

 Changements dans l'incidence de complications de la grossesse associées à la pandémie de COVID-19 aux États-Unis.

L'étude la plus vaste et la plus complète à ce jour sur les conséquences défavorables sur la grossesse, comparant 152 903 accouchements pendant la période pandémique COVID-19 et 172 095 accouchements pendant la période de référence. La période pandémique n'a pas été associée à une modification du risque de mortinatalité et n'a fourni que des preuves modestes d'un risque plus faible de naissance prématurée.

C'est tout le charme de la science : de se nuancer, parfois de se contredire. En tout cas faisant toujours appel à l'esprit critique et à l'ouverture au changement d'opinion.

The largest and most comprehensive study to date on adverse pregnancy outcomes, comparing 152903 deliveries during the COVID-19 pandemic period and 172095 deliveries during the referent period. The pandemic period was not associated with a changing risk of stillbirth and provided only modest evidence of a lower risk of preterm birth.

Yonker LM, Boucau J, Regan J, et al. Virologic features of SARS-CoV-2 infection in children. The Journal of Infectious Diseases, October 14, 2021, jiab509, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab509/6396772

Caractéristiques virologiques de l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les enfants. 

Parmi 110 enfants atteints de COVID-19 (âge médian de 10 ans), l'âge n'a pas eu d'impact sur la charge virale du SRAS-CoV-2. Les enfants étaient les plus contagieux au cours des cinq premiers jours de la maladie.

Among 110 children with COVID-19 (median age 10 years), age did not impact SARS-CoV-2 viral load. Children were most infectious within the first five days of illness.

Purpura LJ, Alukal J, Chong AM, Liu L, Cantos A, Shah J, et al. SARS-CoV-2 shedding in semen and oligozoospermia of patient with severe coronavirus disease 11 weeks after infection. Emerg Infect Dis October 13, 2021. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/1/21-1521_article

Excrétion du SRAS-CoV-2 dans le sperme et oligozoospermie d'un patient atteint d'une grave maladie à coronavirus 11 semaines après l'infection. 

Et n'oublions pas les problèmes des hommes. Cet article décrit la détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 par qRT-PCR dans le sperme associée à une oligozoospermie sévère retrouvée chez 1 (un) patient 81 jours après l'apparition d'un COVID-19 sévère. De plus, 4 autres participants à l'étude avaient une oligozoospermie. Soulagement d'entendre que la récupération du nombre de spermatozoïdes a été observée chez 2 participants. Cependant, les 2 autres n'ont pas fourni d'échantillons ultérieurs.

And let’s not forget men’s issues. This paper describes the detection of SARS-CoV-2 RNA by qRT-PCR in semen and severe oligozoospermia in 1 (one) patient 81 days after onset of severe COVID-19. In addition, 4 other study participants had oligozoospermia. Relieving to hear that sperm count recovery was observed in 2 participants. However, the other 2 did not provide longitudinal samples.

19 octobre 2021

Riley J, Huntley JM, Miller JA, Slaichert ALB, Brown GD. Mask effectiveness for preventing secondary cases of COVID-19, Johnson County, Iowa, USA. Emerg Infect Dis 2022, October 12, 2021.  https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/1/21-1591_article

En septembre 2020, le département de la santé publique de l'Iowa a publié des directives indiquant que les personnes exposées à une personne atteinte de COVID-19 n'ont pas besoin de se mettre en quarantaine si le patient et le contact portaient des masques faciaux au moment de l'exposition. L'utilisation du masque par les deux parties a réduit de moitié le taux d'attaque secondaire, de 25,6% à 12,5%.

Comme quoi aucune arme n'est à soi seule suffisante pour contrer les risque. C'est l'association de plusieurs moyens qui peut y parvenir.

In September 2020, the Iowa Department of Public Health released guidance stating that persons exposed to someone with COVID-19 need not quarantine if the case-patient and the contact wore face masks at the time of exposure. Mask use by both parties reduced the secondary attack rate by half, from 25.6% to 12.5%.

Yang B, Sullivan SG, Du Z, Tsang TK, Cowling BJ. Effectiveness of international travel controls for delaying local outbreaks of COVID-19. Emerg Infect Dis October 13, 2021. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/1/21-1944_article

 Efficacité des contrôles des voyages internationaux pour retarder les épidémies locales de COVID-19. 

En analysant les données de 165 pays, les auteurs ont constaté que la mise en œuvre précoce des contrôles des voyages internationaux entraînait un retard moyen de 5 semaines dans le premier pic épidémique de cas.

Analyzing data from 165 countries the authors found that early implementation of international travel controls led to a mean delay of 5 weeks in the first epidemic peak of cases.

18 octobre 2021

Payne RP, Longet S, Austin JA, et al. Immunogenicity of standard and extended dosing intervals of BNT162b2 mRNA vaccine. Cell 2021, published 15 October. Full text: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01221-6

Immunogénicité des intervalles posologiques standard du vaccin Pfizer (3 à 4 semaines entre deux injections) et prolongés (10 semaines). Plutôt 10 semaines que 3 à 4.

Les niveaux d'anticorps après deux doses du vaccin BioNTech/Pfizer sont plus élevés après un intervalle de dosage long (10 semaines -colonne de droite ci-dessous- schéma corporel noir) chez les participants naïfs d'infection par rapport à l'intervalle de dosage de 3 à 4 semaines utilisé dans les études de validation (colonne de gauche ci-dessous - schéma corporel noir). L'intervalle de 10 semaines augmente également les cellules T CD4+ spécifiques du virus exprimant l'IL-2.

Antibody levels after two doses of the BioNTech/Pfizer vaccine are higher after an extended dosing interval in infection-naïve participants compared with the 3-4 week dosing interval used in the licensing studies. The extended regimen also enriches for virus-specific CD4+ T cells expressing IL-2.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

17 octobre 2021

Trois publications notables :

  • Une sur l'efficacité vaccinale en relation en fonction du temps et des trois vaccins suivants : Pfizer, Moderna et Janssen (Johnson et Johnson aux USA).
  • Une sur les évolutions des taux d'anticorps selon ces trois vaccins.
  • Une, italienne, levant le voile sur la relation entre pression sur le système de santé et la possibilité de bénéficier de soins intensifs selon l'âge.

Cohn BA Cirillo PM, Murphy CC, et al. Breakthrough SARS-CoV-2 infections in 620,000 U.S. Veterans, February 1, 2021 to August 13, 2021. medRxiv 2021, posted 14 October. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.10.13.21264966

USA :

Les données nationales sur les infections malgré les vaccin anti-COVID-19 sont nécessaires de toute urgence pour déterminer la politique américaine du fait de l'émergence du variant Delta. Nous comblons cette lacune en comparant l'infection par le SRAS CoV-2 par statut vaccinal du 1er février 2021 au 13 août 2021 dans la Veterans Health Administration, couvrant 2,7% de la population américaine. La protection vaccinale a diminué, passant de 91,9% en mars à 53,9% (p<0,01, n=619.755) à la mi-août 2021. Les baisses ont été les plus importantes pour le vaccin Janssen suivi de PfizerBioNTech et Moderna (voir figure ci-dessous). Les infections au fil du temps étaient corrélées avec l'âge, malgré l'éligibilité au vaccin de cette population âgée, impliquant le variant Delta comme principal déterminant. Ces résultats justifient les efforts continus pour augmenter la vaccination et un retour immédiat et national à des mesures supplémentaires de protection contre l'infection.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

National data on COVID-19 vaccine breakthrough infections is inadequate but urgently needed to determine U.S. policy during the emergence of the Delta variant. We address this gap by comparing SARS CoV-2 infection by vaccination status from February 1, 2021 to August 13, 2021 in the Veterans Health Administration, covering 2.7% of the U.S. population. Vaccine protection declined by mid-August 2021, decreasing from 91.9% in March to 53.9% (p<0.01, n=619,755). Declines were greatest for the Janssen vaccine followed by PfizerBioNTech and Moderna. Patterns of breakthrough infection over time were consistent by age, despite rolling vaccine eligibility, implicating the Delta variant as the primary determinant of infection. Findings support continued efforts to increase vaccination and an immediate, national return to additional layers of protection against infection.

Collier AY, Yu J, McMahan K, et al. Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines. N Engl J Med. 2021 Oct 15. PubMed: https://pubmed.gov/34648703. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2115596

Ces données montrent une cinétique différentielle des réponses immunitaires induites par les vaccins à ARNm et Ad26.COV2.S sur une période de suivi de 8 mois. Comme l'ont montré des études précédentes, les vaccins BNT162b2 (Pfizer) et ARNm-1273 (Moderna) étaient caractérisés par des pics de réponse en anticorps élevés qui ont fortement diminué au bout de 6 mois ; ces réponses ont encore diminué à 8 mois. Les titres d'anticorps chez les receveurs du vaccin à ARNm-1273 étaient généralement plus élevés que ceux des receveurs du vaccin BNT162b2. Le vaccin Ad26.COV2.S (Janssen en Europe) a induit des réponses d'anticorps initiales plus faibles, mais ces réponses étaient relativement stables au cours de la période de suivi de 8 mois, avec peu ou pas de diminution. Ces résultats ont des implications importantes pour la diminution de l'immunité vaccinale, bien que les corrélats de protection contre le SARS-CoV-2 ne soient pas encore définis. A ce denier propos, voir la publication ci-dessus.

These data show differential kinetics of immune responses induced by the mRNA and Ad26.COV2.S vaccines over an 8-month follow-up period. As shown in previous studies,the BNT162b2 and mRNA-1273 vaccines were characterized by high peak antibody responses that declined sharply by 6 months; these responses declined further by 8 months. Antibody titers in recipients of the mRNA-1273 vaccine were generally higher than those in recipients of the BNT162b2 vaccine. The Ad26.COV2.S vaccine induced lower initial antibody responses, but these responses were relatively stable over the 8-month follow-up period, with minimal-to-no evidence of decline.3 These findings have important implications for waning vaccine immunity, although correlates of protection from SARS-CoV-2 are not yet defined.

Trentini F, Marziano V, Guzzetta G, Tirani M, Cereda D, Poletti P, Piccarreta R, Barone A, Preziosi G, Arduini F, Valle PGD, Zanella A, Grosso F, Castillo G, Castrofino A, Grasselli G, Melegaro A, Piatti A, Andreassi A, Gramegna M, Ajelli M, Merler S. The pressure on healthcare system and intensive care utilization during the COVID-19 outbreak in the Lombardy region: a retrospective observational study on 43,538 hospitalized patients. Am J Epidemiol. 2021 Oct 15:kwab252. doi: 10.1093/aje/kwab252. Epub ahead of print. PMID: 34652416.

Au printemps 2020, l'épidémie de COVID-19 a provoqué une demande sans précédent de ressources de soins intensifs en Lombardie, en Italie. À partir des données de 43 538 patients hospitalisés admis entre le 21 février et le 12 juillet 2020, nous avons évalué les variations des admissions en unité de soins intensifs (USI) et de la mortalité sur trois périodes :

  • la phase précoce (20 février-13 mars),
  • la période de plus forte pression sur les services de santé (du 14 mars au 25 avril lorsque les patients COVID-19 ont dépassé la capacité de lits des soins intensifs avant la pandémie) 
  • la phase de diminution (du 26 avril au 12 juillet).

Par rapport à la phase précoce, les patients de plus de 70 ans ont été admis moins souvent dans une unité de soins intensifs pendant la la période de plus forte pression sur les services de santé (0,47, IC à 95 % : 0,41-0,54) avec des délais plus longs (rapport de taux d'incidence 1,82, 95 % IC : 1,52-2,18) et un nombre de décès plus faible en soins intensifs (0,47, IC à 95 % : 0,34-0,64).

Les patients de moins de 56 ans ont subi des variations plus limitées de la probabilité d'admission (0,65, IC à 95 % : 0,56-0,76) et du retard à l'admission en soins intensifs (1,16, IC à 95 % : 0,95-1,42) ainsi qu'une mortalité accrue (1,43, IC à 95 % : 1,00-2,07).

Dans la phase de diminution, toutes les quantités ont diminué pour tous les groupes d'âge. Ces schémas peuvent suggérer que les ressources de soins de santé limitées pendant la phase épidémique de pointe en Lombardie ont entraîné un changement dans les critères d'admission en soins intensifs pour donner la priorité aux patients ayant de meilleures chances de survie.

During the spring of 2020, the COVID-19 epidemic caused an unprecedented demand for intensive care resources in Lombardy, Italy. Using data on 43,538 hospitalized patients admitted between February 21 and July 12, 2020, we evaluated variations in intensive care unit (ICU) admissions and mortality over three periods: the early phase (February 20-March 13), the period of highest pressure on healthcare (March 14-April 25, when COVID-19 patients exceeded the ICU pre-pandemic bed capacity), and the declining phase (April 26-July 12). Compared to the early phase, patients above 70 years of age were admitted less often to an ICU during highest pressure on healthcare (odds ratio OR 0.47, 95%CI: 0.41-0.54) with longer delays (incidence rate ratio IRR 1.82, 95%CI: 1.52-2.18), and lower chances of death in ICU (OR 0.47, 95%CI: 0.34-0.64). Patients under 56 years of age reported more limited changes in the probability (OR 0.65, 95%CI: 0.56-0.76) and delay to ICU admission (IRR 1.16, 95%CI: 0.95-1.42) and an increased mortality (OR 1.43, 95%CI: 1.00-2.07). In the declining phase, all quantities decreased for all age groups. These patterns may suggest that limited healthcare resources during the peak epidemic phase in Lombardy forced a shift in ICU admission criteria to prioritize patients with higher chances of survival.

16 octobre 2021

CDC 202110. Rates of COVID-19 Cases and Deaths by Vaccination Status. Centers for Disease Control 2021. Link: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status

Taux de cas et de décès de COVID-19 par statut vaccinal. 

Le CDC publie maintenant des données sur le statut vaccinal pour les hospitalisations et les décès, et par âge. Voir le lien ci-dessous.

The CDC is now posting data on vaccination status for hospitalization and death, and by age.

de Gier B, Andeweg S, Backer JA, et al. Vaccine effectiveness against SARSCoV2 transmission to household contacts during dominance of Delta variant (B.1.617.2), AugustSeptember 2021, the Netherlands. medRxiv 2021, posted 14 October. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.10.14.21264959

Efficacité du vaccin contre la transmission du SRAS-CoV-2 par contacts familiaux pendant la dominance du variant Delta (B.1.617.2), août-septembre 2021, Pays-Bas. 

Les auteurs ont comparé les taux de covid secondaire parmi les membres du ménage entre les cas index vaccinés et non vaccinés. Ils ont estimé l'efficacité de la vaccination complète à 63%.

The authors compared secondary attack rates among household members between vaccinated and unvaccinated index cases. They estimated the effectiveness of full vaccination to be 63%.

15 octobre 2021

Nogrady B. ‘I hope you die’: how the COVID pandemic unleashed attacks on scientists. Nature 2021, published 13 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02741-x

« J'espère que tu mourras » : comment la pandémie de COVID a déclenché des attaques contre les scientifiques. 

Une enquête de Nature auprès de plus de 300 scientifiques qui ont accordé des interviews aux médias sur la COVID-19 – dont beaucoup avaient également commenté la pandémie sur les réseaux sociaux – a révélé de nombreux témoignages de harcèlement ou d'abus ; 15% ont déclaré avoir reçu des menaces de mort. Voir aussi l'éditorial de Nature : les scientifiques COVID aux yeux du public ont besoin de protection contre les menaces. Nature 2021, publié le 13 octobre 2021. Texte intégral : https://www.nature.com/articles/d41586-021-02757-3

NDLR : ce n'est plus l'Inquisition mais d'autres acteurs qui menacent les scientifiques. Extrait de courriels insultants reçus par votre serviteur (Bernard Pradines) :

 

Je suis super hyper bien dans ma peau !
 
Tu peux pas imaginer à quel point j'en ai rien à foutre de l'avis des gros c... CO labos comme toi !
 
Bien sure que tu aimes macron puisque tu fais tout ce qu'il t'ordonne, c'est ton maitre !
 
COMPARAISON ZERO AVEC LE LIBAN
 
C'EST TOI LE PSYCHOPATHE QUI A TUÉ DES GENS EN LEUR CONSEILLANT DE SUIVRE LE PROTOCOLE PARACETAMOL À LA MAISON AU LIEU DES SOINS PRECOCES
 
TU AS DES MORTS SUR TA CONSCIENCE!  PAS MOI !
 
ET FERMES VITE TA GUEULE SUR LE LIBAN ! ESPECE DE GROS COLON DE MERDE !
Essaye même pas de venir m'expliquer quoi que ce soit sur le Liban ! FERME TA GUEULE C'EST TOUT

 

heu comment vous dire à quel point je me fous de l'avis des :
 
-pedos
-violeurs ( chimique ou physique)
-tueurs avec arme ou par empoisonnement
et des collabos aux trois catégories aux dessus ce que vous êtes indéniablement pour les deux dernières catégories !
JE NE CHERCHE PAS À VOUS CONVAINCRE
 
JE VOUS DIS QUE JE VOUS CONSTATE QUE VOUS ETES UN COLLABO
 
JE ME FOUS TOTALEMENT QUE VOUS CREUVIEZ
 
JE ME FOUS TOTALEMENT DE VOTRE AVIS
 
JE NE FERAI ( FUTUR FERME) JAMAIS AUCUN EFFORT ENVERS LES COLLABOS COMME VOUS !
 

“A survey by Nature of more than 300 scientists who have given media interviews about COVID-19 — many of whom had also commented about the pandemic on social media — has found wide experience of harassment or abuse; 15% said they had received death threats.” See also the Nature editorial: COVID scientists in the public eye need protection from threats. Nature 2021, published 13 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02757-3

Groff D, Sun A, Ssentongo AE, et al. Short-term and Long-term Rates of Postacute Sequelae of SARS-CoV-2 Infection: A Systematic Review. JAMA Netw Open. 2021 Oct 1;4(10):e2128568. PubMed: https://pubmed.gov/34643720. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.28568

Taux à court et à long terme des séquelles post-aigues de l'infection par le SRAS-CoV-2 : une revue systématique. 

Dans cette revue de 57 études comprenant plus de 250 000 survivants de COVID-19, les séquelles les plus courantes étaient des troubles de la mobilité, des anomalies pulmonaires et des troubles de la santé mentale. Les auteurs avertissent que ces effets à long terme « se produisent à une échelle qui pourrait dépasser les capacités de soins de santé existantes, en particulier dans les pays à revenu faible et intermédiaire ».

In this review of 57 studies comprising more than 250,000 survivors of COVID-19, the most common sequelae involved functional mobility impairments, pulmonary abnormalities, and mental health disorders. The authors warn that these long-term effects “occur on a scale that could overwhelm existing health care capacity, particularly in low- and middle-income countries.”

Bergwerk M, Gonen T, Lustig Y, et al. Covid-19 Breakthrough Infections in Vaccinated Health Care Workers. N Engl J Med. 2021 Oct 14;385(16):1474-1484. PubMed: https://pubmed.gov/34320281. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2109072

Israël : Episodes d'infections de Covid-19 chez des travailleurs de la santé vaccinés par Pfizer.

Une analyse des cas d'infections au cours de la période de 4 mois suivant la deuxième dose de vaccin parmi 39 travailleurs de la santé entièrement vaccinés. Les taux d'anticorps neutralisants chez ces patients pendant la période péri-infection étaient inférieurs à ceux des témoins non infectés qui ont été appariés, et des taux plus élevés d'anticorps neutralisants péri-infection étaient associés à une infectivité plus faible (valeurs Ct plus élevées). La plupart des cas de covid étaient légers ou asymptomatiques, bien que 19 % aient souffert de symptômes persistants > 6 semaines.

An analysis of breakthrough infections among 39 fully vaccinated health care workers during the 4-month period after the second vaccine dose. Neutralizing antibody titers in case patients during the peri-infection period were lower than those in matched uninfected controls, and higher peri-infection neutralizing antibody titers were associated with lower infectivity (higher Ct values). Most breakthrough cases were mild or asymptomatic, although 19% had persistent symptoms (> 6 weeks).

Zauche LH, Wallace B, Smoots AN, et al. Receipt of mRNA Covid-19 Vaccines and Risk of Spontaneous Abortion. N Engl J Med. 2021 Oct 14;385(16):1533-1535. PubMed: https://pubmed.gov/34496196. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2113891

 Injection des vaccins à ARNm Covid-19 et risque d'avortement spontané. 

Existe-t-il un risque d'avortement spontané après réception d'un vaccin à ARNm COVID-19 soit avant la conception (30 jours avant le premier jour des dernières règles jusqu'à 14 jours après) ou pendant la grossesse ? Il ne semble pas. Parmi les 2456 participantes inscrites dans le registre des grossesses COVID-19 du "CDC v-safe", les risques cumulatifs d'avortement spontané se situaient dans la fourchette attendue.

CDC (NDLR): Center of Disease Control and Prevention dont le quartier général est basé à Atlanta en Georgie (USA). Attention, des faux circulent prétendant reproduire des publications du CDC. Il faut donc aller à la source pour vérifier : https://www.cdc.gov/

Is there a risk of spontaneous abortion after receipt of an mRNA COVID-19 vaccine either before conception (30 days before the first day of the last menstrual period through 14 days after) or during pregnancy? It doesn’t seem so. Among 2456 participants enrolled in the CDC v-safe COVID-19 pregnancy registry, the cumulative risks of spontaneous abortion were within the expected range.

14 octobre 2021

House of Commons 20211012. Coronavirus: lessons learned to date. UK Health and Social Care Committee 2021, published 12 October. Full text: https://committees.parliament.uk/work/657/coronavirus-lessons-learnt/news/157991/coronavirus-lessons-learned-to-date-report-published/

Grande-Bretagne, premier bilan :

La planification prospective, la souplesse et l'organisation décisive de l'effort de développement et de déploiement des vaccins auront sauvé des millions de vies dans le monde et devraient être un guide pour les futures pratiques gouvernementales ;

Les retards dans la mise en place d'un système adéquat de tests, de traçage et d'isolement ont entravé les efforts pour comprendre et contenir l'épidémie et n'a pas atteint son objectif officiel d'éviter les blocages ;

La décision initiale de retarder un confinement complet – malgré cette pratique ailleurs dans le monde – reflétait un fatalisme à propos de la propagation du SARS-CoV-2 qui aurait dû être vigoureusement contesté à l'époque ;

Les aspects sociaux n'ont pas reçu une priorité suffisante dans les premiers stades de la pandémie ;

L'expérience de la pandémie de covid souligne la nécessité d'une stratégie urgente et à long terme pour lutter contre les inégalités en santé ; 

La préparation du Royaume-Uni à une pandémie avait été largement clamée à l'avance, mais a moins bien fonctionné que dans de nombreux autres pays.

Britain’s initial response to the COVID-19 pandemic “ranks as one of its most important public health failures”. The report blames the British government for “many thousands of deaths which could have been avoided.”

13 octobre 2021

Saiag E, Goldshmidt H, Sprecher E, Ben-Ami R, Bomze D. Immunogenicity of a BNT162b2 vaccine booster in health-care workers. Lancet Microbe 2021, published 11 October. Full text: https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00272-X/fulltext

Israël :

Le vaccin Pfizer-BioNTech mRNA COVID19 (BNT162b2) s'est avéré très efficace dans la prévention de l'infection symptomatique par le SRAS-CoV-2, avec une efficacité vaccinale de 94 % dans un essai clinique randomisé et une efficacité de 94 à 95 % dans des études en conditions réelles.  Des taux d'efficacité similaires (97 % contre l'infection symptomatique et 86 % contre l'infection asymptomatique) ont été observés chez les travailleurs de la santé. La baisse de l'efficacité du vaccin, parallèlement à la propagation du variant Delta (B.1.617.2), a incité le ministère israélien de la Santé à recommander, début août 2021, une dose de rappel pour les personnes âgées de 60 ans ou plus ayant reçu une deuxième dose du vaccin au moins 5 mois plus tôt.
Nous rapportons ici l'effet d'une troisième dose de BNT162b2 sur les concentrations d'IgG anti-SRAS-CoV-2 chez les employés du centre médical de Tel-Aviv vaccinés entre le 1er et le 18 août 2021. Les concentrations de protéines anti-spike ont été établies avec le test ADVIA Centaur SARS-CoV-2 IgG, qui fournit une valeur d'indice jusqu'à 150,00, où un indice égal ou supérieur à 1,00 est considéré comme réactif (positif) pour les anticorps IgG SARS-CoV-2. L'étude a été approuvée par le comité d'examen institutionnel du centre médical de Tel-Aviv (numéro d'approbation TLV-21-0576).

Au total, 346 agents de santé ont reçu une dose de rappel de BNT162b2. L'âge médian était de 67 ans (IQR 64-73 ans) ; 215 étaient des femmes et 131 étaient des hommes. Le délai médian entre la première et la troisième dose du vaccin était de 32,0 semaines (écart interquartile 31,7–32,1 semaines). Tous les travailleurs ont vu leurs concentrations d'anticorps mesurées au départ, et un deuxième échantillon a été obtenu environ 10 jours après l'administration de la dose de rappel (médiane de 10 jours, IQR de 10 à 11 jours). L'indice médian d'IgG ADVIA Centaur SARS-CoV-2 au départ était de 3,67 (écart interquartile 2,00–7,10), et a augmenté à > 150 (la limite supérieure de quantification) chez 95,7% des vaccinés (annexe ). Seuls deux receveurs n'étaient pas réactifs après la vaccination pour des raisons encore inconnues (une étude de suivi est en cours). Aucun événement indésirable grave n'a été signalé.
Certaines études publiées au cours des 4 derniers mois ont décrit l'immunogénicité d'une troisième dose de vaccins COVID-19 chez des receveurs de transplantation d'organes immunodéprimés. À notre connaissance, ce travail apporte le plus grand rapport concernant une troisième dose de vaccin BNT162b2. chez les travailleurs de la santé. Nos résultats montrent une immunoréactivité élevée au vaccin chez des travailleurs de la santé qui sont généralement immunocompétents. Un suivi supplémentaire est nécessaire pour déterminer l'effet d'une troisième dose sur les résultats cliniques tels que la maladie symptomatique, l'hospitalisation et le décès.

 

The authors report on 346 health-care workers (median age: 67 years) of a hospital in Tel-Aviv, Israel, who received a third dose of the BioNTech/Pfizer vaccine. “The median (…) SARS-CoV-2 IgG index at baseline was 3.67 (IQR 2.00–7.10), and increased to >150 (the upper limit of quantification) in 95.·7% of vaccine recipients.”

Lucas C, Vogels CBF, Yildirim I, et al. Impact of circulating SARS-CoV-2 variants on mRNA vaccine-induced immunity. Nature. 2021 Oct 11. PubMed: https://pubmed.gov/34634791. Full text: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04085-y

 Impact des variantes circulantes du SRAS-CoV-2 sur l'immunité induite par vaccin à ARNm. 

L'émergence de variants du SRAS-CoV-2 avec des mutations dans les principaux sites de liaison aux anticorps neutralisants peut affecter l'immunité humorale induite par l'infection ou la vaccination. Nous avons analysé le développement des anticorps anti-SARS-CoV-2 et des réponses des lymphocytes T chez des individus précédemment infectés (guéris) ou non infectés (naïfs) qui ont reçu des vaccins à ARNm contre le SRAS-CoV-2. Alors que les individus précédemment infectés présentaient des titres d'anticorps plus élevés que les individus non infectés après vaccination, ces derniers ont atteint des niveaux comparables de neutralisation de la souche ancestrale après la deuxième dose de vaccin. Une analyse complète de la neutralisation plasmatique à l'aide de 16 isolats authentiques de variants distincts du SRAS-CoV-2 circulant localement a révélé une gamme de réduction de la capacité de neutralisation associée à des mutations spécifiques dans le gène de la protéine Spike : les lignées avec E484K et N501Y/T (par exemple, B.1.351 variant sud-africain et P.1 brésilien ) avaient la plus grande réduction, suivies par les lignées avec L452R (par exemple, B.1.617.2 Delta). Alors que les deux groupes ont conservé une capacité de neutralisation contre tous les variants, le plasma d'individus vaccinés précédemment infectés a affiché une meilleure capacité de neutralisation globale par rapport au plasma d'individus non infectés qui ont également reçu deux doses de vaccin, indiquant que les rappels vaccinaux constituent une future stratégie pertinente pour atténuer l'impact des variants sur l'activité neutralisante des anticorps.

Analysis of plasma neutralization using 16 SARS-CoV-2 variants. The Beta (B.1.351, ‘South Africa’) and Gamma (P.1, ‘Brazil’) strains, showed the greatest reduction, followed by the Delta (B.1.617.2, ‘India’) and Alfa (B.1.1.7, ‘England’) strains. Plasma from previously infected vaccinated individuals produced very high neutralizing antibodies against most variants of concern.

12 octobre 2021

Loyal L, Braun J, Henze L, et al. Cross-reactive CD4+ T cells enhance SARS-CoV-2 immune responses upon infection and vaccination. Science. 2021 Oct 8;374(6564):eabh1823. PubMed: https://pubmed.gov/34465633. Full text: https://doi.org/10.1126/science.abh1823

Les cellules T CD4+ à réaction croisée améliorent les réponses immunitaires du SRAS-CoV-2 lors de l'infection et de la vaccination.

Les auteurs ont identifié un peptide de coronavirus immunodominant universel trouvé dans le domaine peptidique de fusion de la spike protéine du coronavirus. Ce peptide est reconnu par les lymphocytes T CD4+ chez 20 % des individus non exposés, plus de 50 % des convalescents du SARS-CoV-2 et 97 % des sujets traités avec le vaccin Pfizer-BioNTech. Bien qu'omniprésentes, ces cellules T réactives au coronavirus diminuent avec l'âge, ce qui peut expliquer en partie la susceptibilité accrue des personnes âgées au COVID-19. 

The authors “identified a universal immunodominant coronavirus peptide found within the fusion peptide domain of coronavirus spike protein. This peptide is recognized by CD4+ T cells in 20% of unexposed individuals, more than 50% of SARS-CoV-2 convalescents, and 97% of subjects treated with the Pfizer–BioNTech COVID-19 vaccine. Although ubiquitous, these coronavirus-reactive T cells decreased with age, which may explain in part the increased susceptibility of elderly people to COVID-19.”

Emecen AN, Keskin S, Boncukcu Eren E, et al. Impact of social contacts on SARS-CoV-2 exposure among healthcare workers. Occupational Medicine 2021, published 11 October. Full text: https://doi.org/10.1093/occmed/kqab141

 Impact des contacts sociaux sur l'exposition au SRAS-CoV-2 chez les travailleurs de la santé.

Les interactions entre les travailleurs de la santé (TS) peuvent présenter un risque élevé d'exposition au SRAS-CoV-2. Dans cette étude réalisée en Turquie, 260 des 329 clusters (79 %) étaient des clusters de contact TS à TS. L'exposition à haut risque était plus élevée chez les contacts TS à TS (44 %) que chez les contacts patients à TS (5 %).

Interactions between healthcare workers (HCW) may pose a high risk for SARS-CoV-2 exposure. In this study from Turkey, 260 of 329 exposed clusters (79%) were HCW-to-HCW contact clusters. High-risk exposure was higher in the HCW-to-HCW contacts (44%), when compared to patient-to-HCW contacts (5%).

11 octobre 2021

Cousien A, Acquaviva E, Kernéis S, Yazdanpanah Y, Delorme R. Temporal Trends in Suicide Attempts Among Children in the Decade Before and During the COVID-19 Pandemic in Paris, France. JAMA Netw Open. 2021 Oct 1;4(10):e2128611. PubMed: https://pubmed.gov/34618041. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.28611

Tendances temporelles des tentatives de suicide chez les enfants au cours de la décennie avant et pendant la pandémie de COVID-19 à Paris, France. 

Les auteurs décrivent une augmentation spectaculaire des tentatives de suicide chez les enfants fin 2020 et début 2021 après le début de la pandémie de COVID-19 en France. "Cette dynamique aberrante des tentatives de suicide était indépendante de sa saisonnalité annuelle et de sa tendance sur la période de 10 ans."

The authors describe a dramatic increase in suicide attempts among children in late 2020 and early 2021 after the start of the COVID-19 pandemic in France. “This aberrant dynamic of suicide attempts was independent from its annual seasonality and its trend over the 10-year period.”

Woo EJ, Mba-Jonas A, Dimova RB, Alimchandani M, Zinderman CE, Nair N. Association of Receipt of the Ad26.COV2.S COVID-19 Vaccine With Presumptive Guillain-Barré Syndrome, February-July 2021. JAMA. 2021 Oct 7. PubMed: https://pubmed.gov/34617967. Full text: https://doi.org/10.1001/jama.2021.16496

Association du vaccin Ad26.COV2.S COVID-19 (Johnson et Johnson, Janssen en France) avec un syndrome présumé de Guillain-Barré, février-juillet 2021. 

De février 2021 à juillet 2021, 130 cas présumés de syndrome de Guillain-Barré (SGB) ont été signalés au sein du Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) des États-Unis suite à la vaccination avec le vaccin Johnson & Johnson. Le rapport global estimé entre les taux observés et attendus était de 4,18, ce qui correspond à une augmentation absolue des taux de 6,36 pour 100 000 années-personnes.

February 2021 to July 2021, 130 cases of presumptive Guillain-Barré syndrome (GBS) were reported within the US Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) following vaccination with the Johnson & Johnson vaccine.  The overall estimated observed to expected rate ratio was 4.18, corresponding to an absolute rate increase of 6.36 per 100 000 person-years.

 

Mevorach D, Anis E, Cedar N, et al. Myocarditis after BNT162b2 mRNA Vaccine against Covid-19 in Israel. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614328. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2109730

Israël : 

Parmi 304 personnes présentant des symptômes de myocardite, 21 ont eu un autre diagnostic. Sur les 283 cas restants, 142 sont survenus après l'injection du vaccin BNT162b2 ; parmi ces cas, 136 diagnostics étaient certains ou probables. La présentation clinique a été jugée légère chez 129 (95 %) ; un cas fulminant a été mortel. La différence de risque globale entre la première et la deuxième dose était de 1,76 pour 100 000 personnes (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 1,33 à 2,19), avec la plus grande différence parmi ceux de sexe masculin âgés de 16 à 19 ans (différence, 13,73 pour 100 000 personnes ; IC à 95 % : 8,11 à 19,46). Par rapport à l'incidence attendue sur la base des données historiques, le rapport d'incidence standardisé était de 5,34 (IC à 95 %, 4,48 à 6,40) et était le plus élevé après la deuxième dose chez les personnes de sexe masculin âgées de 16 à 19 ans (13,60 ; IC à 95 % , 9h30 à 19h20). Le rapport 30 jours après la deuxième dose de vaccin chez les personnes complètement vaccinées, par rapport aux personnes non vaccinées, était de 2,35 (IC à 95 %, 1,10 à 5,02); ce rapport était  le plus élevé chez celles de sexe masculin âgés de 16 à 19 ans (8,96 ; IC à 95 %, 4,50 à 17,83), avec un rapport de 1 sur 6 637.

Among 304 persons with symptoms of myocarditis, 21 had received an alternative diagnosis. Of the remaining 283 cases, 142 occurred after receipt of the BNT162b2 vaccine; of these cases, 136 diagnoses were definitive or probable. The clinical presentation was judged to be mild in 129 recipients (95%); one fulminant case was fatal. The overall risk difference between the first and second doses was 1.76 per 100,000 persons (95% confidence interval [CI], 1.33 to 2.19), with the largest difference among male recipients between the ages of 16 and 19 years (difference, 13.73 per 100,000 persons; 95% CI, 8.11 to 19.46). As compared with the expected incidence based on historical data, the standardized incidence ratio was 5.34 (95% CI, 4.48 to 6.40) and was highest after the second dose in male recipients between the ages of 16 and 19 years (13.60; 95% CI, 9.30 to 19.20). The rate ratio 30 days after the second vaccine dose in fully vaccinated recipients, as compared with unvaccinated persons, was 2.35 (95% CI, 1.10 to 5.02); the rate ratio was again highest in male recipients between the ages of 16 and 19 years (8.96; 95% CI, 4.50 to 17.83), with a ratio of 1 in 6637.

Witberg G, Barda N, Hoss S, et al. Myocarditis after Covid-19 Vaccination in a Large Health Care Organization. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614329. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2110737

 Myocardite après vaccination Covid-19 dans une grande organisation de soins de santé.

Parmi plus de 2,5 millions de membres du service de santé vaccinés âgés de 16 ans ou plus, 54 cas répondaient aux critères de myocardite. L'incidence estimée pour 100 000 personnes ayant reçu au moins une dose de vaccin était de 2,13 cas (intervalle de confiance à 95 % [IC], 1,56 à 2,70). L'incidence la plus élevée de myocardite (10,69 cas pour 100 000 personnes ; IC à 95 % : 6,93 à 14,46) a été signalée chez des patients de sexe masculin âgés de 16 à 29 ans. Au total, 76 % des cas de myocardite ont été décrits comme légers et 22 % comme intermédiaires ; 1 cas était associé à un choc cardiogénique. Après un suivi médian de 83 jours après le début de la myocardite, 1 patient a été réadmis à l'hôpital et 1 est décédé de cause inconnue après sa sortie. Sur 14 patients qui présentaient une dysfonction ventriculaire gauche à l'échocardiographie lors de l'admission, 10 présentaient encore une dysfonction au moment de la sortie de l'hôpital. Parmi ces patients, 5 ont subi des tests ultérieurs qui ont révélé une fonction cardiaque normale.

Among more than 2.5 million vaccinated HCO members who were 16 years of age or older, 54 cases met the criteria for myocarditis. The estimated incidence per 100,000 persons who had received at least one dose of vaccine was 2.13 cases (95% confidence interval [CI], 1.56 to 2.70). The highest incidence of myocarditis (10.69 cases per 100,000 persons; 95% CI, 6.93 to 14.46) was reported in male patients between the ages of 16 and 29 years. A total of 76% of cases of myocarditis were described as mild and 22% as intermediate; 1 case was associated with cardiogenic shock. After a median follow-up of 83 days after the onset of myocarditis, 1 patient had been readmitted to the hospital, and 1 had died of an unknown cause after discharge. Of 14 patients who had left ventricular dysfunction on echocardiography during admission, 10 still had such dysfunction at the time of hospital discharge. Of these patients, 5 underwent subsequent testing that revealed normal heart function.

Mallapaty S. Heart-inflammation risk from Pfizer COVID vaccine is very low. Nature 2021, published 8 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02740-y

Le point sur les myocardites après vaccin à ARNm.

COVID-19 Mental Disorders Collaborators. Global prevalence and burden of depressive and anxiety disorders in 204 countries and territories in 2020 due to the COVID-19 pandemic. Lancet 2021, published 8 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02143-7

Prévalence mondiale et fardeau des troubles dépressifs et anxieux dans 204 pays et territoires en 2020 en raison de la pandémie de COVID-19. 

Une revue systématique des troubles dépressifs majeurs et des troubles anxieux pendant la pandémie de COVID-19. Les taux d'infection quotidiens par le SRAS-CoV-2 et les réductions de la mobilité humaine étaient associés à une prévalence accrue de troubles dépressifs majeurs. Les femmes étaient plus touchées que les hommes pour le trouble dépressif majeur, et les groupes d'âge plus jeunes étaient plus touchés que les groupes plus âgés.

A systematic review of major depressive disorder and anxiety disorders during the COVID-19 pandemic. Daily SARS-CoV-2 infection rates and reductions in human mobility were associated with increased prevalence of major depressive disorder. Females were more affected than males for major depressive disorder, and younger age groups were more affected than older age groups.

 

10 octobre 2021

Das-Munshi J, Change CK, Bakolis I, et al. All-cause and cause-specific mortality in people with mental disorders and intellectual disabilities, before and during the COVID-19 pandemic: cohort study. Lancet Regional Health 2021, published 7 October. Full text: https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7762(21)00214-3/fulltext

 Mortalité toutes causes et causes spécifiques chez les personnes atteintes de troubles mentaux et de déficiences intellectuelles, avant et pendant la pandémie de COVID-19 : étude de cohorte. 

Démences au Royaume-Uni, presque 4 foi plus de décès liés aux démences du fait de la covid-19.

Données d'une analyse prospective de 167 122 personnes au Royaume-Uni : « Les personnes atteintes de troubles mentaux et de déficiences intellectuelles couraient un plus grand risque de décès par rapport à la population générale avant, pendant et après le premier pic de décès dus au COVID-19, avec des risques similaires quelle que soit l'ethnie. » Les auteurs concluent que la pandémie de COVID-19 a exacerbé les inégalités de santé préexistantes chez les personnes vivant avec des troubles mentaux et une déficience intellectuelle.

Avant que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ne déclare la COVID-19 comme une urgence de santé publique le 30 janvier 2020, le ratio standardisé de mortalité (SMR)  toutes causes confondues dans toutes les cohortes psychiatriques représentaient plus du double de la population générale. Au deuxième trimestre de 2020, lorsque le Royaume-Uni a subi des pics substantiels de décès dus ) la COVID-19, les SMR toutes causes confondues ont encore augmenté, les SMR du COVID-19 étaient élevés dans toutes les pathologies (notamment : troubles d'apprentissage : SMR : 9,24 (IC à 95 % : 5,98) -13,64), troubles envahissants du développement : 5,01 (IC 95 % : 2,40-9,20), troubles de l'alimentation : 4,81 (IC 95 % : 1,56-11,22), troubles du spectre schizophrénique : 3,26 (IC 95 % : 2,55-4,10), démence : 3,82 (IC à 95 % : 3,42, 4,25) troubles de la personnalité 4,58 (IC à 95 % : 3,09-6,53)). Les décès dus à d'autres causes sont restés au moins le double de la moyenne dans la population sur l'ensemble de l'année. L'augmentation des  SMR était similaire d'un groupe ethnique à l'autre.

Data from a prospective analysis of 167,122 people in the UK: “People with mental disorders and intellectual disabilities were at a greater risk of death relative to the general population before, during and after the first peak of COVID-19 deaths, with similar risks by ethnicity.” The authors conclude that the COVID-19 pandemic has exacerbated pre-existing health inequalities in people living with mental disorders and intellectual disabilities.

9 octobre 2021

Tartof SY, Slezak JM, Fischer H, et al. Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study. Lancet. 2021 Oct 4:S0140-6736(21)02183-8. PubMed: https://pubmed.gov/34619098. Full text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02183-8

Efficacité du vaccin à ARNm BNT162b2 COVID-19 jusqu'à 6 mois dans un grand système de santé intégré aux États-Unis : une étude de cohorte rétrospective. 

Étude rétrospective, n = 3 436 957. L'efficacité du vaccin BioNTech/Pfizer contre les infections pat SRAS-CoV-2 est passée de 88 % au cours du premier mois après la vaccination complète à 47 % après 5 mois. La bonne nouvelle : l'efficacité du vaccin contre les hospitalisations pour infections par le variant Delta pour tous les âges était de 93 % jusqu'à 6 mois.

Retrospective study, n = 3,436,957. Effectiveness of the BioNTech/Pfizer vaccine against SARS-CoV-2 infections declined from 88% during the first month after full vaccination to 47% after 5 months. The good news: vaccine effectiveness against hospital admissions for infections with the Delta variant for all ages was 93% up to 6 months.

 

Steenblock C, Schwarz PEH, Ludweig B, et al. COVID-19 and metabolic disease: mechanisms and clinical management. Diabetes Endocrinol 2021, published 4 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S2213-8587(21)00244-8

COVID-19 et maladies métaboliques : mécanismes et prise en charge clinique. 

Les patients présentant un dysfonctionnement métabolique (c.-à-d. obésité, hypertension, stéatose hépatique non alcoolique et diabète) présentent un risque accru de développer un COVID-19 sévère. Une infection par le SRAS-CoV-2 pourrait entraîner l'apparition d'un diabète ou une aggravation de troubles métaboliques préexistants. Les auteurs discutent de la façon dont les troubles métaboliques et endocriniens pourraient prédisposer les patients à développer un COVID-19 sévère.

Patients with metabolic dysfunction (i.e., obesity, hypertension, non-alcoholic fatty liver disease, and diabetes) at an increased risk of developing severe COVID-19, and infection with SARS-CoV-2 might lead to new-onset diabetes or aggravation of pre-existing metabolic disorders. The authors discuss how metabolic and endocrine disorders might predispose patients to develop severe COVID-19.

Ariya M, Karimi J, Abolghasemi S, et al. Food insecurity arises the likelihood of hospitalization in patients with COVID-19. Sci Rep 11, 20072 (2021). Full text: https://doi.org/10.1038/s41598-021-99610-4

L'insécurité alimentaire entraîne la probabilité d'hospitalisation chez les patients atteints de COVID-19. 

Etude iranienne portant sur 219 patients atteints de COVID-19 : les personnes en insécurité alimentaire étaient 3,9 fois plus susceptibles d'être hospitalisées que celles en sécurité alimentaire. (L'insécurité alimentaire peut être définie comme « une disponibilité incertaine ou limitée d'aliments sains et adéquats ou une capacité incertaine ou limitée d'acquérir des aliments acceptables de manière socialement acceptable »).

In this study from Iran of 219 COVID-19 patients, people with food insecurity were 3.9 times more likely to be hospitalized than those with food security. (Food insecurity can be defined as “uncertain or limited availability of adequate and healthy food or uncertain or limited ability to acquire acceptable foods in socially acceptable ways”).

COVIDSurg Collaborative. Effect of COVID-19 pandemic lockdowns on planned cancer surgery for 15 tumour types in 61 countries: an international, prospective, cohort study. Oncology 2021, published 5 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S1470-2045(21)00493-9

 Effet des blocages de la pandémie de COVID-19 sur la chirurgie programmée du cancer pour 15 types de tumeurs dans 61 pays : une étude de cohorte internationale prospective. 

Bien que la chirurgie, principale modalité de traitement des cancers solides, ait été prioritaire pour se poursuivre pendant les épidémies de COVID-19, 2003 (10 %) des 20 006 patients éligibles n'ont pas été opérés après un suivi médian de 23 semaines.

Although surgery, the main modality of cure for solid cancers, was prioritized to continue during COVID-19 outbreaks, 2003 (10%) of 20,006 eligible patients did not receive surgery after a median follow-up of 23 weeks.

8 octobre 2021

Chemaitelly H, Tang P, Hasan MR, et al. Waning of BNT162b2 Vaccine Protection against SARS-CoV-2 Infection in Qatar. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614327. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114114

Etude de la population résidente du Qatar (n = presque 1 000 000).

Diminution de la protection vaccinale BNT162b2 contre l'infection par SRAS-CoV-2 au Qatar. 

L'efficacité estimée du BNT162b2 (Pfizer) pour prévenir l'infection par le SRAS-CoV-2 était négligeable au cours des 2 premières semaines après la première dose. Il a augmenté à 36,8 % (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 33,2 à 40,2) au cours de la troisième semaine après la première dose et a atteint son pic à 77,5 % (IC à 95 %, 76,4 à 78,6) au cours du premier mois après la deuxième dose . L'efficacité a diminué progressivement par la suite, la baisse s'accélérant après le quatrième mois pour atteindre environ 20 % au cours des mois 5 à 7 après la deuxième dose. L'efficacité contre l'infection symptomatique était plus élevée que l'efficacité contre l'infection asymptomatique, mais a diminué de la même manière. L'efficacité spécifique au variant a diminué de la même manière. L'efficacité contre les cas graves, critiques ou mortels a augmenté rapidement à 66,1 % (IC à 95 %, 56,8 à 73,5) au cours de la troisième semaine après la première dose et a atteint 96 % ou plus au cours des 2 premiers mois après la seconde dose; cette efficacité a persisté à environ ce niveau pendant 6 mois.

A study of the resident population of Qatar (n = almost 1,000,000). Effectiveness any SARS-CoV-2 infection declined to approximately 20% in months 5 through 7 after the second BioNTech/Pfizer dose. The excellent news: Effectiveness against any severe, critical, or fatal case of Covid-19 reached 96% or higher in the first 2 months after the second dose and persisted at approximately this level for 6 months.

Levin EG, Lustig Y, Cohen C, et al. Waning Immune Humoral Response to BNT162b2 Covid-19 Vaccine over 6 Months. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614326. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114583

Diminution de la réponse humorale humorale au vaccin BNT162b2 Covid-19 sur 6 mois. 

Les auteurs ont testé 4868 professionnels de santé pour la présence d'IgG anti-spike et d'anticorps neutralisants 6 mois après la vaccination avec le vaccin BioNTech/Pfizer. Le niveau d'anticorps IgG a diminué à un rythme constant, tandis que le niveau d'anticorps neutralisants a diminué rapidement pendant les 3 premiers mois avec une diminution relativement lente par la suite. Les titres d'anticorps neutralisants étaient considérablement plus faibles chez les hommes que chez les femmes, et plus faibles chez les personnes de 65 ans ou plus que chez les 18 ans à 45 ans.

The authors tested 4868 health care workers for the presence of anti-spike IgG and neutralizing antibodies 6 months after vaccination with the BioNTech/Pfizer vaccine. The level of IgG antibodies decreased at a consistent rate, whereas the neutralizing antibody level decreased rapidly for the first 3 months with a relatively slow decrease thereafter. Neutralizing antibody titers were substantially lower among men than among women, and lower among persons 65 years of age or older than among those 18 to less than 45 years of age.

7 octobre 2021

Al-Aly Z, Bowe B, Xie Y, Xu E. One-year Risks and Burdens of Incident Cardiovascular Disease in COVID-19: Cardiovascular Manifestations of Long COVID. Research Square 2021, posted 5 October. Full text: https://www.researchsquare.com/article/rs-940278/v1

Risques et charges sur un an des incidents de maladies cardiovasculaires dans COVID-19 : Manifestations cardiovasculaires du long COVID. 

Dans cette cohorte de plus de 150 000 personnes atteintes de COVID-19, les auteurs documentent que même au-delà des 30 premiers jours d'infection, « les personnes atteintes de COVID-19 courent un risque accru de maladie cardiovasculaire incidente couvrant plusieurs catégories, notamment les atteintes cérébrovasculaires, les dysrythmies, l'ischémie et les cardiopathies non ischémiques, la péricardite, la myocardite, l'insuffisance cardiaque et la maladie thromboembolique.

In this cohort of more than 150,000 people with COVID-19, the authors document that even beyond the first 30 days of infection, “people with COVID-19 are at increased risk of incident cardiovascular disease spanning several categories including cerebrovascular disorders, dysrhythmias, ischemic and non-ischemic heart disease, pericarditis, myocarditis, heart failure, and thromboembolic disease.”

Shiels MS, Haque AT, Haozous EA, et al. Racial and Ethnic Disparities in Excess Deaths During the COVID-19 Pandemic, March to December 2020. Ann Intern Med. 2021 Oct 5. PubMed: https://pubmed.gov/34606321. Full text: https://doi.org/10.7326/M21-2134

Disparités raciales et ethniques dans les augmentations de décès pendant la pandémie de COVID-19, de mars à décembre 2020. 

Les décès excédentaires normalisés selon l'âge pour 100 000 personnes chez les hommes et les femmes noirs, amérindiens/indigènes de l'Alaska (AI/AN) et latinos étaient plus du double de ceux des hommes et femmes blancs et asiatiques. Pour estimer l'excès de décès aux États-Unis, les auteurs ont utilisé les données des certificats de décès provenant des estimations de la population des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et du US Census Bureau.

Age-standardized excess deaths per 100,000 persons among Black, American Indian/Alaska Native (AI/AN), and Latino males and females were more than double those in White and Asian males and females. To estimate excess deaths in the US, the authors used death certificate data from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and US Census Bureau population estimates.

6 octobre 2021

Shitrit P, Zuckerman NS, Mor O, Gottesman BS, Chowers M. Nosocomial outbreak caused by the SARS-CoV-2 Delta variant in a highly vaccinated population, Israel, July 2021. Euro Surveill. 2021 Sep;26(39). PubMed: https://pubmed.gov/34596015. Full text: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.39.2100822

Epidémie nosocomiale causée par le variant SARS-CoV-2 Delta dans une population largement vaccinée en Israël, juillet 2021. 

Les auteurs décrivent une enquête sur une épidémie de COVID-19 en Israël qui a commencé à partir d'un patient COVID-19 non identifié (mi-juillet 2021), avec une propagation nosocomiale rapide et étendue. Le centre médical Meir dispose de 780 lits, la plupart des chambres accueillent trois à quatre patients, distantes de 1 m avec des rideaux de séparation entre les lits. Depuis mars 2020, les patients sont encouragés à porter des masques chirurgicaux. Bien que leur utilisation soit inconstante, elle a été appliquée lors des rencontres patient-personnel de part et d'autre. Dans le service dédié au COVID-19, les membres du personnel ont travaillé avec un équipement de protection individuelle (EPI) complet : masque N-95 (équivalent du FFP2), écran facial, blouse, gants et couvre-cheveux.

Sur les 42 cas de cette épidémie, 38 ont été complètement vaccinés avec deux doses du vaccin BioNTech/Pfizer. Le taux d'attaque chez les individus exposés a atteint 23,3 % chez les patients et 10,3 % chez le personnel. De manière inquiétante, « plusieurs transmissions se sont probablement produites entre deux personnes portant toutes deux des masques chirurgicaux et, dans un cas, utilisant un EPI complet, y compris un masque N-95, un écran facial, une blouse et des gants ».

The authors describe an investigation of a COVID-19 outbreak in Israel that started from one unidentified COVID-19 patient (mid-July 2021), with extensive, rapid nosocomial spread. Of the 42 cases in this outbreak, 38 were fully vaccinated with two doses of the BioNTech/Pfizer vaccine. The attack rate among exposed individuals reached 23.3% in patients and 10.3% in staff. Worryingly, “several transmissions probably occurred between two individuals both wearing surgical masks, and in one instance using full PPE, including N-95 mask, face shield, gown and gloves.”

5 octobre 2021

Mair MJ, Berger JM, Berghoff AS, et al. Humoral Immune Response in Hematooncological Patients and Health Care Workers Who Received SARS-CoV-2 Vaccinations. JAMA Oncol. 2021 Sep 30:1-8. PubMed: https://pubmed.gov/34591965. Full text: https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2021.5437

Réponse immunitaire humorale chez les patients hémato-oncologiques et les travailleurs de la santé qui ont reçu des vaccins contre le SRAS-CoV-2. 

Dans cette étude rétrospective de 595 patients atteints de maladies hémato-oncologiques et d'un groupe témoin de 58 travailleurs de la santé (TS), les taux d'anticorps après immunisation complète étaient plus élevés chez les TS (médiane, 2500 U/mL ; 485-2500 U/mL) que chez les patients atteints de cancer (médiane, 117,0 U/mL ; 0-2 500 U/mL ; P < 0,001). Des sous-groupes spécifiques, tels que les patients ayant reçu un traitement ciblant les lymphocytes B, ont présenté une séroconversion altérée. Les auteurs suggèrent des essais de vaccination dédiés chez les patients atteints de cancer.

In this retrospective study of 595 patients with hematooncological diseases and a control group of 58 health care workers (HCWs), antibody levels after full immunization were higher in HCWs (median, 2500 U/mL; range, 485-2500 U/mL) than in patients with cancer (median, 117.0 U/mL; range, 0-2500 U/mL; P < 0.001). Specific subgroups, such as patients who received B cell–targeting therapy, showed impaired seroconversion. The authors suggest dedicated vaccination trials in patients with cancer.

4 octobre 2021

Townsend JP, Hassler HB, Wang Z, et al. The durability of immunity against reinfection by SARS-CoV-2: a comparative evolutionary study. Microbes 2021, published 1 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00219-6

Durée de l'immunité contre la réinfection par le SARS-CoV-2 : une étude évolutive comparative. Des résultats avec une grande dispersion.

Combien de temps durera l'immunité contre le COVID-19 ? Ici, les auteurs utilisent des données sur la durabilité de l'immunité chez les proches parents du coronavirus du SRAS-CoV-2 (SARS-CoV-1, MERS-CoV, coronavirus humain 229E, OC43 et NL63) pour estimer les délais de réinfection. Ils concluent que « la réinfection par le SRAS-CoV-2 dans des conditions endémiques se produirait probablement entre 3 mois et 5,1 ans après le pic de réponse en anticorps, avec une médiane de 16 mois ».

How long will immunity against COVID-19 last? Here, the authors use data on the durability of immunity among close coronavirus relatives of SARS-CoV-2 (SARS-CoV-1, MERS-CoV, human coronavirus 229E, OC43, and NL63) to estimate times to reinfection. They conclude that “reinfection by SARS-CoV-2 under endemic conditions would likely occur between 3 months and 5.1 years after peak antibody response, with a median of 16 months.”

Shroff RT, Chalasani P, Wei R, et al. Immune responses to two and three doses of the BNT162b2 mRNA vaccine in adults with solid tumors. Nat Med. 2021 Sep 30. PubMed: https://pubmed.gov/34594036. Full text: https://doi.org/10.1038/s41591-021-01542-z

Réponses immunitaires à deux et trois doses du vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer) chez les adultes atteints de tumeurs solides. 

Les auteurs rapportent des données à 1 semaine après une troisième immunisation avec le vaccin BioNTech/Pfizer chez 20 patients atteints de tumeurs solides. Seize patients ont présenté une augmentation médiane de trois fois les réponses des anticorps neutralisants, mais aucune amélioration n'a été observée dans les réponses des lymphocytes T. Les événements indésirables étaient bénins.

The authors report data at 1 week after a third immunization with the BioNTech/Pfizer vaccine in 20 patients with solid tumors. Sixteen patients demonstrated a median threefold increase in neutralizing antibody responses, but no improvement was observed in T cell responses. Adverse events were mild.

3 octobre 2021

Eyre DW, Taylor D, Purver M, et al. The impact of SARS-CoV-2 vaccination on Alpha & Delta variant transmission. medRxiv 2021, posted 29 September. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.09.28.21264260

L'impact de la vaccination contre le SRAS-CoV-2 sur la transmission des variants Alpha et Delta. 

Les vaccins réduisent la transmission, mais l'importance peut varier selon le vaccin et la souche SARS-CoV-2. Données d'une étude de cohorte observationnelle rétrospective de 139 164 contacts de 51 798 cas index infectés par le SRAS-CoV-2.

Résultats : 51 798/139 164 (37,2 %) des contacts testés étaient positifs à la PCR. Deux doses de vaccins BNT162b2 (Pfizer) ou ChAdOx1 (AstraZeneca) dans les cas index du variant Alpha ont réduit indépendamment la positivité de la PCR chez les contacts (0,18 [IC à 95 % 0,12-0,29] et 0,37 [0,22-0,63] respectivement). Le variant Delta a atténué les réductions de transmission associées au vaccin : deux doses de BNT162b2 ont réduit la transmission du Delta (0,35[0,26-0,48]), plus que le ChAdOx1 (0,64[0,57-0,72] ; p<0,001). La variation de la charge virale (valeurs Ct) n'expliquait qu'une proportion modeste des réductions de transmission associées au vaccin. Les réductions de transmission ont diminué au fil du temps depuis la deuxième injection, atteignant pour le Delta des niveaux similaires à ceux des individus non vaccinés en 12 semaines pour le ChAdOx1 et s'atténuant considérablement pour le BNT162b2. La protection contre la vaccination chez les contacts a également diminué au cours des 3 mois suivant la deuxième vaccination.

Conclusions : la vaccination réduit la transmission du Delta, mais moins que celle du variant Alpha. L'impact de la vaccination diminue avec le temps. Des facteurs autres que la charge virale mesurée par PCR sont importants dans la réduction de la transmission associée au vaccin. Les vaccinations de rappel peuvent aider à contrôler la transmission et à prévenir les infections.

Vaccines reduce transmission, but the extent may vary with the vaccine and the SARS-CoV-2 strain. Data from a retrospective observational cohort study of 139,164 contacts of 51,798 SARS-CoV-2-infected index cases.

Dyson L, Hill EM, Moore S, et al. Possible future waves of SARS-CoV-2 infection generated by variants of concern with a range of characteristics. Nat Commun. 2021 Sep 30;12(1):5730. PubMed: https://pubmed.gov/34593807. Full text: https://doi.org/10.1038/s41467-021-25915-7

Futures vagues possibles d'infection par le SRAS-CoV-2 générées par des variants préoccupants présentant une gamme de caractéristiques. 

Comment les nouveaux variants façonneront-ils les futures vagues de COVID-19 ? Comme prévu, le modèle des auteurs démontre qu'une nouvelle souche avec une capacité de transmission substantielle par rapport aux variants résidents ou avec des propriétés d'échappement immunitaire, peut générer une vague d'infections et d'hospitalisations comparable aux vagues précédentes. « De plus, un variant moins transmissible, mais présentant un échappement immunitaire partiel, pourrait provoquer une vague d'infection qui ne serait révélée qu'une fois les mesures de contrôle assouplies. »

How will new variants shape future COVID-19 waves? As expected, the authors’ model demonstrate that a new strain with a substantial transmission advantage over resident variants, or with immune escape properties, can generate a wave of infections and hospitalizations comparable to previous waves. “Moreover, a variant that is less transmissible, but shows partial immune-escape could provoke a wave of infection that would not be revealed until control measures are further relaxed.”

Nguyen S, Chan R, Cadena J, et al. Budget constrained machine learning for early prediction of adverse outcomes for COVID-19 patients. Sci Rep. 2021 Oct 1;11(1):19543. PubMed: https://pubmed.gov/34599200. Full text: https://doi.org/10.1038/s41598-021-98071-z

Les auteurs présentent une méthode pour évaluer le risque de détérioration chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2 au moment de l'évaluation clinique. L'étude suggère que "les variables qui prédisaient le mieux la mortalité étaient l'âge avancé, une urémie élevée, une kaliémie élevée, une pression artérielle diastolique élevée et des taux élevés de D-dimères".

The authors present a method to evaluate risk of deterioration for patients with SARS-CoV-2 infection at the time of clinical evaluation. The study suggests that “the variables that best predicted mortality as the outcome were older age, elevated BUN, elevated serum potassium, elevated diastolic blood pressure, and elevated D-dimer levels.”

Publié dans Covid-19, bibliographie

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