Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Interruption de la revue quotidienne le 22 janvier 2022 au profit de publications ponctuelles

24 janvier 2022

Allemagne débordée : 

Les tests PCR ne sont disponibles que dans une mesure limitée. Ils devraient être "axés sur les groupes vulnérables et le personnel qui les soigne et les traite". Plus précisément, il s'agit du personnel des hôpitaux, des cabinets médicaux, des soins infirmiers, des structures d'aide à l'insertion et des personnes à risque de maladies graves.

Source : 

22 janvier 2022

Le PAXLOVID au Canada d'après Pfizer

Sans me livrer à une vraie revue de la littérature scientifique, je repère surtout les publications qui me semblent dignes d’intérêt depuis le 18 mars 2021 (voir les archives 1, archives 2 , archive 3, archive 4, archive 5) dans le listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

A noter l'interruption de ce service le 7 janvier 2022 :

"Dear friends of COVID Reference,

Today, on 7 January 2022, 21 months after the first CR edition and after 649 daily updates, we have decided to stop working on CR and return to our previous projects.

It has been a pleasure to discover COVID-19 with you.

All the best,

Christian Hoffmann, Rob Camp & Bernd Sebastian Kamps"

Remarques en français en caractères bleus.

Je suis expert ponctuel 2021-2023 auprès de l'Agence Française de Sécurité du Médicament (ANSM). A ce titre, je déclare mon absence de lien d'intérêt, en particulier  avec l'industrie pharmaceutique. Taper "Bernard Pradines" à l'adresse : https://dpi.sante.gouv.fr/dpi-public-webapp/app/recherche/declarant

A noter que les mises à jour de cette page ne feront pas systématiquement l'objet d'un avis de publication par courriel comme les autres articles.

14 janvier 2022

Revue de littérature : le principe de l'application mobile en santé améliore la sécurité des personnes âgées et des prestataires de soins, accélère la prestation des services de santé, réduit les coûts de prestation de services et diminue le risque de morbidité et de mortalité pendant l'épidémie de COVID-19. 

Abbaspur-Behbahani S, Monaghesh E, Hajizadeh A, Fehresti S. Application of mobile health to support the elderly during the COVID-19 outbreak: A systematic review. Health Policy Technol. 2022 Jan 7:100595. doi: 10.1016/j.hlpt.2022.100595. Epub ahead of print. PMID: 35018280; PMCID: PMC8739352.

13 janvier 2022

Le variant Omicron (B.1.1.529) du SARS-CoV-2 a rapidement atteint une diffusion mondiale, représentant la plupart des infections aux États-Unis en décembre 2021. 

Nos analyses ont inclus 52 297 cas avec Omicron et 16 982 cas avec des infections Delta [B.1.617.2]), respectivement. Des admissions à l'hôpital se sont produites parmi 235 (0,5%) et 222 (1,3%) des cas avec des infections aux variants Omicron et Delta, respectivement. Parmi les cas testés pour la première fois en ambulatoire, les rapports de risque pour toute hospitalisation ultérieure et hospitalisation symptomatique associée à une infection par le variant Omicron étaient respectivement de 0,48 (0,36-0,64) et de 0,47 (0,35-0,62) par rapport à Delta. Les taux d'admission aux soins intensifs et de mortalité après un test positif en ambulatoire étaient de 0,26 (0,10-0,73) et 0,09 (0,01-0,75) fois moins élevés parmi les cas d'infection par le variant Omicron que parmi les cas d'infection par le variant Delta. Aucun cas d'infection par le variant Omicron n'a nécessité de ventilation artificielle, contre 11 cas d'infection par le variant Delta tout au long de la période de suivi (p<0,001). La durée médiane du séjour à l'hôpital était de 3,4 (2,8-4,1) jours plus courte pour les cas hospitalisés avec des infections à variant Omicron par rapport aux patients hospitalisés avec des infections à variant Delta, reflétant une réduction de 69,6 % (64,0-74,5 %) de la durée du séjour à l'hôpital.

Ainsi, au cours de la période avec circulation mixte de variants Delta et Omicron, les infections au SARS-CoV-2 avec le variant Omicron étaient associées à un risque considérablement réduit de paramètres cliniques graves et à des durées d'hospitalisation plus courtes.

12 janvier 2022

Le nombre de nouvelles infections à Omicron en Europe a plus que doublé en seulement deux semaines, selon l'OMS.
Selon un calcul de l'OMS, la moitié des personnes pourraient être infectées par le variant Omicron en huit semaines.
Un pic pourrait être atteint mi-janvier : avec 12 millions de contaminations par jour.

Source : Allemagne

https://www.rnd.de/gesundheit/who-hochrechnung-haelfte-europas-koennte-in-zwei-monaten-mit-omikron-infiziert-sein-ZG6QASBXOR6OZPRNT47US5FYMA.html?xing_share=news

Canada et USA :

Les personnes âgées atteintes de démence courent un risque beaucoup plus élevé de ne pas recevoir les soins nécessaires et de développer des problèmes de santé mentale pendant la COVID-19. Bien que l'augmentation de la télémédecine dans le système de santé ait permis aux patients de se connecter virtuellement avec avec les professionnels de santé, on sait peu de choses sur son utilisation et ses effets chez les personnes âgées atteintes de démence et leur santé mentale.

Cette revue systématique visait à explorer l'utilisation, l'accessibilité et la faisabilité de la télémédecine chez les personnes âgées atteintes de démence, ainsi qu'à examiner les impacts potentiels de ces technologies sur la santé mentale, en examinant les résultats issus d'études menées pendant la COVID-19.

Les bases de données PubMed, Scopus et Web of Science ont été consultées avec les mots-clés suivants : (COVID* ou SARS-CoV-2 ou Coronavirus) et ("mental health" ou Depression ou Stress) et (Dementia ou Multi-Infarct Dementia ou Démence vasculaire ou démence frontotemporale) et (personne âgée ou vieillissante ou vieillissante ou âgée) et (Télémédecine ou « consultation à distance » ou télésanté ou technologie).

Résultats : un total de 7 articles d'Asie, d'Europe et des États-Unis ont été inclus dans cette revue. Tout au long des études, des évaluations de la santé cognitive et mentale (par exemple, MoCA, FAST, etc.) ont été effectuées. Malgré les obstacles, la télémédecine a été considérée comme une approche faisable pour aider les personnes atteintes de démence à se connecter avec les professionnels de santé et leur famille tout en réduisant les complications liées aux déplacements (par exemple, difficulté à se déplacer, circulation, distance).

Conclusions : En raison de la pandémie de COVID-19, trouver d'autres moyens de fournir des services aux personnes âgées atteintes de démence grâce à la technologie peut continuer à devenir de plus en plus nécessaire au fil du temps.

Texte complet :

11 janvier 2022

"Deltakron" était probablement un faux positif
Un chercheur à Chypre disait avoir découvert un mélange de coronavirus delta et omicron - "Deltakron". Cependant, les experts supposent que cela est dû à une contamination lors de l'analyse en laboratoire. Selon eux, la détection présumée d'un nouveau variant mixte du coronavirus de Delta et Omikron à Chypre est probablement due à une contamination lors de l'analyse. "Ces génomes sont très probablement des artefacts", a déclaré Richard Neher de l'université de Bâle, expert en variants de virus.

Source :

10 janvier 2022

Juste un rhume? L'association médicale met en garde contre le risque de confusion avec Omicron
L'association médicale Marburger Bund a averti que de nombreuses personnes pourraient confondre une infection à Omicron avec un rhume.
"Les troubles de l'odeur et du goût ne se produisent plus avec une infection à Omicron", a déclaré la présidente Susanne Johna au réseau éditorial allemand (RND).
Elle a appelé à vous tester pour le coronavirus si vous présentez des symptômes de rhume.
La plus grande association médicale d'Allemagne, le Marburger Bund, craint que de nombreuses personnes ne soient infectées par le virus corona sans se faire remarquer. "Il y a un risque que de nombreuses personnes ne perçoivent même pas leur infection à coronavirus  comme telle et supposent seulement qu'elles ont un rhume", a averti la présidente Susanne Johna dans une interview avec le réseau éditorial allemand (RND).

 Il est très important de se tester pour le coronavirus avec un test antigénique même si vous présentez de très légers symptômes.

Source : https://www.rnd.de/politik/corona-omikron-oder-erkaeltung-marburger-bund-warnt-vor-verwechslung-BXGBGBAK4JF75BDWKQFEXNQBAI.html?xing_share=news

9 janvier 2022

8 janvier 2022

Listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

A noter l'interruption de ce service le 7 janvier 2022 :

"Dear friends of COVID Reference,

Today, on 7 January 2022, 21 months after the first CR edition and after 649 daily updates, we have decided to stop working on CR and return to our previous projects.

It has been a pleasure to discover COVID-19 with you.

All the best,

Christian Hoffmann, Rob Camp & Bernd Sebastian Kamps"

7 janvier 2022

Parums DV. Editorial: Current Status of Oral Antiviral Drug Treatments for SARS-CoV-2 Infection in Non-Hospitalized Patients. Med Sci Monit. 2022 Jan 1;28:e935952. doi: 10.12659/MSM.935952. PMID: 34972812.

Le 22 décembre 2022, la FDA a accordé une autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) pour le médicament antiviral oral, nirmatrelvir/ritonavir (Paxlovid®) pour les adultes et les enfants atteints de COVID-19 léger et modéré à risque accru de progression vers un COVID-19 sévère.

Lowe D. Making Paxlovid. Science 2022, published 5 January. https://www.science.org/content/blog-post/making-paxlovid

Difficultés de production du Paxlovid

Paxlovid (PF-07321332), Pfizer’s protease inhibitor drug for SARS-CoV-2 infection, will soon be available, but at first only in limited amounts. Derek Lowe describes the complexities of producing the drug to scale. Like with vaccines, there are supply chain problems.
 

6 janvier 2022

Lipkind HS, Vazquez-Benitez G, DeSilva M, et al. Receipt of COVID-19 Vaccine During Pregnancy and Preterm or Small-for-Gestational-Age at Birth — Eight Integrated Health Care Organizations, United States, December 15, 2020–July 22, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2022;71. DOI: http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm7101e1

Injection du vaccin COVID-19 pendant la grossesse et avant terme ou petit pour l'âge gestationnel à la naissance -

« Dans cette cohorte rétrospective de plus de 40 000 femmes enceintes, la vaccination contre le COVID-19 pendant la grossesse n'était pas associée à une naissance prématurée ou à une petite taille pour l'âge gestationnel à la naissance dans l'ensemble, stratifiée par trimestre de vaccination ou par nombre de doses de vaccin reçues pendant la grossesse, par rapport aux femmes enceintes non vaccinées.

“In this retrospective cohort of >40,000 pregnant women, COVID-19 vaccination during pregnancy was not associated with preterm birth or small-for-gestational-age at birth overall, stratified by trimester of vaccination, or number of vaccine doses received during pregnancy, compared with unvaccinated pregnant women.”

Willett BJ, Grove J, MacLean O, et al. The hyper-transmissible SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits significant antigenic change, vaccine escape and a switch in cell entry mechanism. medRxiv 2022, posted 3 January. https://doi.org/10.1101/2022.01.03.21268111

 Le variant hypertransmissible du SRAS-CoV-2 Omicron présente un changement antigénique significatif, un échappement au vaccin et un changement dans le mécanisme d'entrée dans les cellules. 

Les auteurs montrent que "l'immunité contre l'infection naturelle (sans vaccination) est plus protectrice que deux doses de vaccin mais inférieure à celle de  trois doses".

The authors show that “immunity from natural infection (without vaccination) is more protective than two doses of vaccine but inferior to three doses.”

van der Straten K, Guerra D, van Gils M, et al. Mapping the antigenic diversification of SARS-CoV-2. medRxiv 2022, posted 3 January. https://doi.org/10.1101/2022.01.03.21268582

 Cartographier la diversification antigénique du SARS-CoV-2. medRxiv 2022, publié le 3 janvier. 

Omicron est différent. Après avoir étudié la dérive antigénique du SRAS-CoV-2 en évaluant l'activité neutralisante contre les variants préoccupants (COV), les auteurs concluent que « Omicron forme un nouveau groupe antigénique associé à un échappement immunitaire et nécessite probablement des mises à jour du vaccin pour garantir son efficacité. "

Omicron is different. After studying SARS-CoV-2 antigenic drift by assessing neutralizing activity against variants-of-concern (VOCs), the authors conclude that “Omicron forms a new antigenic cluster associated with immune escape and likely require(es) vaccine updates to ensure vaccine effectiveness.”

Figure 2. Cartographie antigénique du SRAS-CoV-2. Carte antigénique des variants préoccupants du SARS-CoV-2 basée sur des sérums post-SARS-CoV-2. Les préoccupants  du SARS-CoV-2 sont indiqués sous forme de cercles et les sérums sont indiqués sous forme de carrés. Chaque carré correspond aux sérums d'un individu et est coloré par le variant infectant du SARS-CoV-2. Les deux axes de la carte sont la distance antigénique et chaque carré de la grille (1 unité antigénique) représente un changement de deux fois le titre de neutralisation. La distance entre les points de la carte peut être interprétée comme une mesure de la similitude antigénique de la  réactivité où les points les plus rapprochés sont plus semblables.

Figure 2. SARS-CoV-2 antigenic cartography. Antigenic map of SARS-CoV-2 VOCs based on post-SARS-CoV-2 infection sera. SARS-CoV-2 VOCs are shown as circles and sera are indicated as squares. Each square corresponds to sera of one individual and is coloured by the infecting SARS-CoV-2 variant. Both axes of the map are antigenic distance and each grid square (1 antigenic unit) represents a two-fold change in neutralization titre. The distance between points in the map can be interpreted as a measure of antigenic similarity of similarity in reactivity where closer together points are more similar.

5 janvier 2022

Gao Y, Cai C, Grifoni A, et al. Ancestral SARS-CoV-2-specific T cells cross-recognize Omicron (B.1.1.529). Research Square 2022, posted 3 January. https://www.researchsquare.com/article/rs-1217466/v1

Les cellules T "ancestrales" spécifiques au SRAS-CoV-2 reconnaissent Omicron (B.1.1.529). 

Les cellules T CD4+ et CD8+ spécifiques de la protéine Spike du SRAS-CoV-2 induites par une infection antérieure et, plus largement, par la vaccination par l'ARNm, fournissent une réactivité immunitaire hétérologue complète contre B.1.1.529 (Omicron).

SARS-CoV-2 spike-specific CD4+ and CD8+ T cells induced by prior infection and, more extensively, by mRNA vaccination, provide comprehensive heterologous immune reactivity against B.1.1.529 (Omicron).

> 100 public health experts, clinicians, scientists. Covid-19: An urgent call for global “vaccines-plus” action. BMJ 2022, published 3 January. https://doi.org/10.1136/bmj.o1

> 100 experts en santé publique, cliniciens, scientifiques. Covid-19 : un appel urgent à une action mondiale « vaccins-plus ». 

Le gouvernement britannique actuel dirigé par le Premier ministre Boris Johnson a montré à plusieurs reprises qu'il était inapte et incapable de faire face à la pandémie de COVID-19. Ici, plus de 100 chercheurs et personnels de santé appellent à une action mondiale « vaccins-plus ». Voir aussi le fil Twitter d'Adam Hamdy : https://twitter.com/adamhamdy/status/1477934985185169408. # 9 : « L'histoire de la santé publique est jonchée d'exemples d'intérêts acquis qui résistent aux appels à un meilleur assainissement, à une meilleure sécurité au travail, à un air plus pur, etc., car de telles choses perturbent le statu quo et nécessitent des investissements. Ils préfèrent échanger votre vie contre leur argent. (italique le nôtre)

The current UK government under Prime Minister Boris Johnson has shown repeatedly that they are unfit and unable to deal with the COVID-19 pandemic. Here, more than 100 researchers and healthcare workers call for a global “vaccines-plus” action. See also the Twitter thread by Adam Hamdy: https://twitter.com/adamhamdy/status/1477934985185169408. #9: “The history of public health is littered with examples of vested interests resisting calls for better sanitation, better workplace safety, cleaner air, etc., because such things disrupt the status quo and require investment. They would rather trade your life for their money.” (italics ours)

4 janvier 2022

GOV.UK20220101. Cases in London. GOV.UK Coronavirus in the UK 2022, update 1 January. https://coronavirus.data.gov.uk/details/cases?areaType=region&areaName=London

GOV.UK20220101. Cas à Londres. GOV.UK Coronavirus au Royaume-Uni 2022, mise à jour le 1er janvier. 

Les infections à Londres semblent avoir atteint un pic. 

Infections in London appear to have reached a peak. Hopefully.

UKHSA 20211231. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing: Update on hospitalisation and vaccine effectiveness for Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). UK Health Security Agency 2021, published 31 December. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_update.pdf

UKHSA 20211231. Variants préoccupants du SARS-CoV-2 et variants à l'étude en Angleterre Briefing technique : mise à jour sur l'hospitalisation et l'efficacité du vaccin pour Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). 

Après la troisième dose de vaccin, il y avait une protection de 88 % contre l'hospitalisation due à une infection par Omicron. En comparaison, 6 mois après la deuxième dose, la protection n'était que de 52 % (voir tableau). Les auteurs ont également constaté que le risque d'entrée aux urgences ou en hospitalisation avec Omicron était environ la moitié de celui de Delta. De plus, le risque d'admission aux urgences avec Omicron était d'environ un tiers de celui de Delta.

Paper of the Day. After the third vaccine dose, there was 88% protection against hospitalization due to infection with Omicron. In comparison, 6 months after the second dose, protection was only 52% (see table). The authors also found that the risk of presentation to emergency care or hospital admission with Omicron was approximately half of that for Delta. In addition, the risk of hospital admission from emergency departments with Omicron was approximately one-third of that for Delta.

Miyamoto S, Arashiro T, Adachi Y, et al. Vaccination-infection interval determines cross-neutralization potency to SARS-CoV-2 Omicron after breakthrough infection by other variants. medRxiv 2022, posted 1 January. https://doi.org/10.1101/2021.12.28.21268481

L'intervalle vaccination-infection détermine le pouvoir de neutralisation croisée d'Omicron après une infection par d'autres variants. 

Dans cette petite étude, Omicron était très résistant à la neutralisation chez les individus entièrement vaccinés sans antécédent d'infections par SARS-CoV-2. Cependant, une neutralisation croisée contre Omicron a été induite chez des sujets vaccinés qui ont subi des infections intercurrentes. Fait intéressant, c'était l'intervalle de temps entre la vaccination et l'infection, plutôt que les types de variants, qui était corrélé avec l'ampleur et la puissance des anticorps neutralisants contre Omicron.

In this small study, Omicron was highly resistant to neutralization in fully vaccinated individuals without a history of breakthrough infections. However, cross-neutralization against Omicron was induced in vaccinees that experienced breakthrough infections. Interestingly, it was the time interval between vaccination and infection, rather than the variant types of infection, that was correlated with the magnitude and potency of Omicron-neutralizing antibodies.

MPG 20211202. How well masks protect. Max-Planck-Gesellschaft 2021, published 2 December. https://www.mpg.de/17916867/coronavirus-masks-risk-protection

À quel point les masques protègent-ils. 

Omicron : trois mètres ne suffisent pas pour assurer la protection. Même à cette distance, il faut moins de cinq minutes à une personne non vaccinée debout en face de la respiration d'une personne atteinte de COVID-19 pour être infectée avec une certitude de près de 100 %. Heureusement, les masques FFP2 fonctionnent bien.

Omicron times are good for revising mask habits. Three meters is not enough to ensure protection. Even at that distance, it takes less than five minutes for an unvaccinated person standing in the breath of a person with COVID-19 to become infected with almost 100 percent certainty. Fortunately, FFP2 masks work.

3 janvier 2022

Hause AM, Baggs J, Marquez P, et al. COVID-19 Vaccine Safety in Children Aged 5-11 Years – United States, November 3-December 19, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2021 Dec 31;70(5152):1755-1760. PubMed: https://pubmed.gov/34968370. Full text: https://doi.org/10.15585/mmwr.mm705152a1

Sécurité des vaccins COVID-19 chez les enfants âgés de 5 à 11 ans – États-Unis, 3 novembre 19 décembre 2021. 

Après environ 8 millions de doses administrées à des enfants âgés de 5 à 11 ans, les effets secondaires les plus fréquemment rapportés étaient la douleur au site d'injection, la fatigue et les maux de tête. Ces réactions semblent être plus fréquentes après la deuxième dose.

After approximately 8 million doses administered to children ages 5-11, the most common reported side effects were pain at the injection site, fatigue and headache. These reactions seem to be more common after the second dose.

Schmidt F, Muecksch F, Weisblum Y, et al. Plasma neutralization properties of the SARS-CoV-2 Omicron variant. N Engl J Med 2021, published 30 December. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2119641

Propriétés de neutralisation du plasma du variant Omicron.

Encore une autre étude montrant que le variant Omicron montre un degré sans précédent d'échappement aux anticorps neutralisants, mais que l'injection de rappel fournit une protection supplémentaire contre l'infection pour ce variant et la maladie conséquente.

Yet another study showing that the Omicron variant shows an unprecedented degree of neutralizing antibody escape, but that boosting will provide additional protection against infection with the variant and subsequent disease.

Maslo C, Friedland R, Toubkin M, Laubscher A, Akaloo T, Kama B. Characteristics and Outcomes of Hospitalized Patients in South Africa During the COVID-19 Omicron Wave Compared With Previous Waves. JAMA. 2021 Dec 30. PubMed: https://pubmed.gov/34967859. Full text: https://doi.org/10.1001/jama.2021.24868

Caractéristiques et résultats des patients hospitalisés en Afrique du Sud pendant la vague Omicron par rapport aux vagues précédentes. 

Une étude néerlandaise montre que 68 % à 69 % des patients se présentant aux urgences avec un résultat positif au COVID-19 ont été admis à l'hôpital au cours des 3 premières vagues contre 41,3 % au cours de la vague 4 (Omicron). Les patients hospitalisés au cours de la vague 4 étaient également plus jeunes, avec une proportion plus élevée de femmes et significativement moins de patients présentant des comorbidités.

A Dutch study showing that 68% – 69% of patients presenting to the emergency department with a positive COVID-19 result were admitted to the hospital in the first 3 waves vs 41.3% in wave 4 (Omicron). Patients hospitalized during wave 4 were also younger, with a higher proportion of females, and significantly fewer patients with co-morbidities admitted.

Rodríguez-Flores M, Goicochea-Turcott EW, Mancillas-Adame L, et al. The utility of the Edmonton Obesity Staging System for the prediction of COVID-19 outcomes: a multi-centre study. Int J Obes (2022). https://doi.org/10.1038/s41366-021-01017-8

 L'utilité du système de stadification de l'obésité d'Edmonton pour la prédiction des résultats du COVID-19 : une étude multicentrique. 

Dans cette étude du Mexique, les auteurs montrent que les performances du système de stadification de l'obésité d'Edmonton (EOSS) étaient associées à des résultats défavorables du COVID-19, et qu'il distinguait les risques au-delà de l'indice de masse corporelle (IMC). Chez les patients avec un IMC  ≥ 25 kg/m2, le risque d'intubation augmentait progressivement avec les stades EOSS.

In this study from Mexico, the authors show that the performance of the Edmonton Obesity Staging System (EOSS) was associated with adverse COVID-19 outcomes, and it distinguished risks beyond body mass index (BMI). In patients with a BMI ≥ 25 kg/m², the risk for intubation increased with progressive EOSS stages.

Diaz R, Orlandini A, Castellana N, et al. Effect of Colchicine vs Usual Care Alone on Intubation and 28-Day Mortality in Patients Hospitalized With COVID-19: A Randomized Clinical Trial. JAMA Netw Open. 2021 Dec 1;4(12):e2141328. PubMed: https://pubmed.gov/34964849. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.41328

Effet de la colchicine par rapport aux soins habituels seuls sur l'intubation et la mortalité à 28 jours chez les patients hospitalisés avec COVID-19 : un essai clinique randomisé.

Rien de nouveau. Par rapport aux traitements habituels, la colchicine n'a pas réduit de manière significative la ventilation mécanique ou la mortalité à 28 jours chez les patients hospitalisés pour une pneumonie au COVID-19.

Nothing new. Compared with usual care, colchicine did not significantly reduce mechanical ventilation or 28-day mortality in patients hospitalized with COVID-19 pneumonia.

1er janvier 2022

McGrew S, Taylor HA. Adolescents, Parents, and Covid-19 Vaccination – Who Should Decide? N Engl J Med. 2021 Dec 29. PubMed: https://pubmed.gov/34965336. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMp2116771

Adolescents, parents et vaccination contre la Covid-19 : qui doit décider ? 

Permettre aux adolescents de consentir de manière indépendante à la vaccination contre leaCOVID-19 pourrait augmenter considérablement le recours au vaccin dans cette population. Les auteurs « estiment que permettre aux adolescents de consentir de manière indépendante à la vaccination contre la Covid-19 équivaut à autoriser un consentement indépendant à toute intervention qui est dans le meilleur intérêt des adolescents et soutient un objectif de santé publique important ».

Allowing adolescents to independently consent to COVID-19 vaccination could substantially increase vaccine uptake in this population. The authors “believe that allowing adolescents to independently consent to Covid-19 vaccination is on par with allowing independent consent to any intervention that is in adolescents’ best interest and supports an important public health goal.”

Nemet I, Kliker L, Lustig Y, et al. Third BNT162b2 Vaccination Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron Infection. N Engl J Med. 2021 Dec 29. PubMed: https://pubmed.gov/34965337. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2119358

Troisième vaccination par BNT162b2 : neutralisation de l'infection par le SRAS-CoV-2 Omicron. 

Évidemment, trois doses de Pfizer valent mieux que deux. Avec seulement deux doses, on constate une efficacité de neutralisation significativement plus faible contre Beta, Delta et Omicron que contre le virus de type sauvage.

Obviously, three Pfizer doses are better than two. With just two doses, there was significantly lower neutralization efficiency against Beta, Delta, and Omicron than against the wild-type virus.

Fox-Lewis A, Williamson F, Harrower J, et al. Airborne Transmission of SARS-CoV-2 Delta Variant within Tightly Monitored Isolation Facility, New Zealand (Aotearoa). Emerg Infect Dis. 2021 Dec 29;28(3). PubMed: https://pubmed.gov/34965365. Full text: https://doi.org/10.3201/eid2803.212318

Transmission aéroportée du variant delta du SARS-CoV-2 dans un établissement d'isolement étroitement surveillée, 

Preuve de la propagation aéroportée du SARS-CoV-2 d'un patient asymptomatique à un groupe de 3 personnes qui séjournaient dans des pièces non adjacentes séparées à 2 mètres de distance. Les quatre individus n'avaient aucun contact direct entre eux ou avec des objets partagés, comme le corroborent les images des caméras de sécurité. Cependant, la caméra de sécurité a montré des ouvertures de porte simultanées des chambres 4 fois, pendant 3 à 5 secondes à chaque fois.

Figure 2. Disposition du bloc 2 de l'installation d'isolement en Nouvelle-Zélande dans laquelle la transmission par voie aérienne du  variant Delta du coronavirus 2  s'est produite entre des pièces séparées non adjacentes. Les cercles de couleur indiquent les personnes A–F. Personne A occupait la chambre 277 et le groupe de voyage BCDEF occupaient les chambres contiguës 276 et 278 du côté opposé du couloir, distantes de 2,135 m. La flèche rouge indique la direction de la transmission aéroportée probable du variant Delta de la personne A aux personnes B, C et D. Les flèches bleues indiquent la direction du flux d'air.

Evidence for airborne spread of SARS-CoV-2 from an asymptomatic patient to group of 3 people who were staying in separate nonadjacent rooms 2 meters apart. The four individuals had no direct contact with each other or with any shared objects, as corroborated by security camera footage. However, security camera showed simultaneous door openings of the rooms 4 times, for 3-5 seconds each time.

Jassat W, Abdool Karim S, Mudara C, et al. Clinical Severity of COVID-19 Patients Admitted to Hospitals in Gauteng, South Africa During the Omicron-Dominant Fourth Wave. Lancet Preprints 2021, posted 29 December. https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3996320 

Sévérité clinique des patients COVID-19 admis dans les hôpitaux de Gauteng, en Afrique du Sud, au cours de la quatrième vague à dominance Omicron. Lancet Preprints 2021, publié le 29 décembre.

Meilleur article clinique sur Omicron à ce jour. Omicron a conduit à une maladie moins grave – du moins dans la province de Gauteng en Afrique du Sud. Dans cette analyse de 41 046, 33 423 et 133 551 cas de SRAS-CoV-2 au cours des deuxième, troisième et quatrième vagues sud-africaines de COVID-19, environ 4,9% des cas ont été admis à l'hôpital au cours de la quatrième vague dominée par Omicron)par rapport à 18,9 % et 13,7 % au cours de la deuxième vague dominée par Bêta et de la troisième vague dominée par Delta (p < 0,001). Au cours de la quatrième vague, 28,8 % des admissions étaient des maladies graves contre 60,1 % et 66,9 % lors de la deuxième et troisième vague. Il est important de noter que les patients admis à l'hôpital au cours de la quatrième vague dominée par Omicron étaient à 73% moins susceptibles d'avoir une maladie grave que les patients admis au cours de la troisième vague. Les auteurs mettent en garde sur ce fait : « étant donné que toute combinaison d'un virus moins virulent, de comorbidités, d'une immunité élevée contre une ou plusieurs infections antérieures ou la vaccination peut contribuer de manière importante à cette présentation clinique, il faut prendre soin d'extrapoler cela à d'autres populations avec des profils de comorbidité, prévalence des infections antérieures et couverture vaccinale différents.

Best clinical paper on Omicron so far. Omicron led to less severe disease – at least in the Gauteng province of South Africa. In this analysis of 41,046, 33,423, and 133,551 SARS-CoV-2 cases in the second, third and fourth South African COVID-19 waves, about 4.9% of cases were admitted to hospital during the fourth (Omicron-dominated) wave compared to 18.9% and 13.7% during the second (Beta-dominated) and third (Delta-dominated) waves (p < 0.001). During the fourth wave, 28.8% of admissions were severe disease compared to 60.1% and 66.9% in the second and third waves. Importantly, patients admitted to hospital in the Omicron-dominated fourth wave were 73% less likely to have severe disease than patients admitted during the third wave. The authors caution that “since any combination of a less-virulent virus, co-morbidities, high immunity from prior infection(s) or vaccination may be important contributors to this clinical presentation, care should be taken in extrapolating this to other populations with different co-morbidity profiles, prevalence of prior infection and vaccination coverage.”

Heskin J, Pallett SJC, Mughal N, et al. Caution required with use of ritonavir-boosted PF-07321332 in COVID-19 management. Lancet 2022, published 1 January. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02657-X

Prudence requise avec l'utilisation du PF-07321332 boosté par le ritonavir dans la gestion du COVID-19. Lancet 2022, publié le 1er janvier.

Paxlovid, le nouveau médicament anti-COVID de Pfizer, est une combinaison de PF-07321332 et de ritonavir. Le ritonavir est une vieux traitement du VIH – en tant qu'inhibiteur puissant de l'isoenzyme CYP3A4, il est largement utilisé pour augmenter les concentrations plasmatiques d'autres médicaments. Il existe un potentiel d'interactions médicament-médicament cliniquement significatives et les auteurs recommandent « que tous les cliniciens prescripteurs se familiarisent avec les interactions potentielles en utilisant des guides de référence dédiés, tels que le vérificateur d'interactions antirétrovirales de l'Université de Liverpool et les directives de traitement antirétrovirales existantes, et en en liaison étroite avec des collègues expérimentés dans le traitement de l'infection par le VIH, afin de réduire le potentiel d'événements indésirables iatrogènes ou potentiellement mortels cliniquement significatifs.

Paxlovid, the new Pfizer anti-COVID drug, is a combination of PF-07321332 and ritonavir. Ritonavir is an old acquaintance from HIV treatment – as a potent inhibitor of the CYP3A4 isoenzyme, it is used widely to enhance plasma drug concentrations of other drugs. There is a potential for clinically significant drug–drug interactions and the authors recommend “that all prescribing clinicians become familiar with potential interactions by use of dedicated reference guides, such as the University of Liverpool antiretroviral drug interaction checker and existing antiretroviral treatment guidelines, and by liaising closely with colleagues experienced in the treatment of HIV infection, to reduce the potential for clinically significant iatrogenic adverse or life-threatening events.”

31 décembre 2021

Collie S, Champion J, Moultrie H, Bekker LG, Gray G. Effectiveness of BNT162b2 Vaccine against Omicron Variant in South Africa. N Engl J Med. 2021 Dec 29. PubMed: https://pubmed.gov/34965358. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2119270

Efficacité du vaccin BNT162b2 c(Pfizer) contre le variant Omicron en Afrique du Sud. 

Efficacité réduite mais maintenue du vaccin Pfizer contre l'hospitalisation pour COVID-19 chez les personnes infectées par Omicron (70 % contre 93 % pour celles atteintes de Delta) en Afrique du Sud. « L'ajout d'une dose de rappel de vaccin peut atténuer cette réduction de l'efficacité du vaccin ».

Reduced-but-maintained effectiveness of the Pfizer vaccine against hospital admission for COVID-19 in people with Omicron infection (70% vs 93% for those with Delta) in South Africa. “The addition of a booster dose of vaccine may mitigate this reduction in vaccine effectiveness”.

Tarke A, Coelho CH, Zhang Z, et al. SARS-CoV-2 vaccination induces immunological memory able to cross-recognize variants from Alpha to Omicron. medRxiv 2021, posted 28 December. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.28.474333v1

Immunité cellulaire : la vaccination contre le SRAS-CoV-2 induit une mémoire immunologique capable de reconnaître les variants d'Alpha à Omicron.

Il existe un degré élevé de préservation des cellules T contre les variants de COVID chez les personnes vaccinées avec les vaccins Pfizer, Moderna, J&J (Janssen) et Novavax.

There is a high degree of T cell preservation against COVID variants in people vaccinated with the Pfizer, Moderna, J&J and Novavax vaccines.

The Virus Monologues 2021. We describe T cell responses to #Omicron… Twitter 2021, posted 29 December. Link: https://twitter.com/virusmonologues/status/1476221654007173125

The Virus Monologues 2021. Nous décrivons les réponses des lymphocytes T à #Omicron… 

Explication des réponses des lymphocytes T au  variant Omicron chez les personnes qui ont reçu une ou deux injections du vaccin J&J (Janssen) ou deux doses de Pfizer. Les auteurs montrent que malgré la sensibilité réduite d'Omicron aux anticorps neutralisants, la majorité de la réponse des lymphocytes T, induite soit par la vaccination, soit par une infection naturelle, reconnaît le variant Omicron. « Une immunité bien conservée des lymphocytes T contre Omicron est susceptible de contribuer à la protection contre la COVID-19 sévère, renforçant les premières observations cliniques en Afrique du Sud. »

Excellent thread explaining T cell responses to the Omicron variant in people who received one or two injections of the J&J vaccine or two Pfizer doses. The authors show that despite Omicron’s reduced susceptibility to neutralizing antibodies, the majority of the T cell response, induced either by vaccination or by natural infection, cross-recognizes the Omicron variant. “Well-preserved T cell immunity to Omicron is likely to contribute to protection from severe COVID-19, supporting early clinical observations from South Africa.”

Keeton R, Tincho MB, Ngomti A, et al. SARS-CoV-2 spike T cell responses induced upon vaccination or infection remain robust against Omicron. medRxiv 2021, posted 28 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.26.21268380

The paper re: the Twitter thread above. While antibodies prevent the virus from growing and spreading, T cells kill infected cells and minimize tissue damage.

Les réponses des lymphocytes T au pic du SRAS-CoV-2 induites lors de la vaccination ou de l'infection restent robustes contre Omicron. 

Ce papier en réponse au fil Twitter ci-dessus. Alors que les anticorps empêchent le virus de se développer et de se propager, les cellules T tuent les cellules infectées et minimisent les dommages tissulaires.

NDLR : Description de l'immunité humorale et de l'immunité cellulaire face au SARS-CoV-2 (figure ci-dessous)

Comprendre ce combat contre l’intrus, c’est analyser l’immunité humorale (anticorps neutralisants) et l’immunité cellulaire portée essentiellement par des cellules T (CD4 et CD8 venant se fixer sur les MHC (Major histocompatibility complex), antigènes tissulaires qui permettent au système immunitaire (plus précisément aux cellules T) de se lier, de se reconnaître et de se tolérer (autoreconnaissance).

Légende de la figure ci-dessous : 

Immunité humorale :

-l'immunité humorale bloque l'interférence entre la protéine Spike du virus et e récepteur ACE2 de la cellule.

-la fonction des anticorps de permettre l'élimination des virus

-les lymphocytes B offrent un blocage durable contre le virus 

Immunité cellulaire :

- les lymphocytes T CD8 visent à l’élimination des cellules infectées

- les lymphocytes T CD 4 sont dévolus à la production d'anticorps

Mortensen LH, Denwood MJ, Christiansen LE, et al. SARS-CoV-2 Omicron VOC Transmission in Danish Households. medRxiv 2021, posted 27 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.27.21268278

Attention, article non relu encore par les pairs.

Le variant Omicron est à propagation rapide du SRAS-CoV-2 qui devrait dépasser le Delta auparavant dominant dans de nombreux pays d'ici la fin de 2021. Nous avons estimé la dynamique de transmission suite à la propagation d'Omicron au sein de ménages danois en décembre 2021. Nous avons utilisé les données des registres danois pour estimer le taux d'attaque secondaire (TAS) des ménages. Définition du TAS Taux d'attaque secondaire = nombre de nouveaux cas parmi les contacts / nombre total de contacts.

Parmi 11 937 ménages (2 225 avec Omicron), nous avons identifié 6 397 infections secondaires au cours d'une période de suivi de 1 à 7 jours. Le TAS était de 31% et 21% dans les ménages avec Omicron et Delta respectivement. Nous avons trouvé une transmission accrue pour les individus non vaccinés et une transmission réduite pour les individus vaccinés par rappel, par rapport aux individus complètement vaccinés. En comparant les ménages infectés par Omicron au Delta, nous avons trouvé un TAS de 1,17 (95%-CI : 0,99-1,38) plus élevé pour les non vaccinés, 2,61 fois (95%-CI : 2,34-2,90) plus élevé pour les complètement vaccinés et 3,66 (95%-CI : 2,65-5,05) fois plus élevé pour les individus vaccinés avec rappel, démontrant des preuves solides de l'évasion immunitaire d'Omicron. Nos résultats confirment que la propagation rapide d'Omicron peut principalement être attribuée à l'échappement immunitaire plutôt qu'à une augmentation inhérente de la transmissibilité de base.

Strong evidence of immune evasiveness of the Omicron variant. When comparing households infected with the Omicron vs the Delta VOC, the authors found a 1.17 times higher secondary attack rate (SAR) for those unvaccinated, 2.61 times higher for those fully vaccinated and 3.66 times higher for booster-vaccinated individuals.

30 décembre 2021

Lu L, Mok BWY, Chen L, et al. Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron variant by sera from BNT162b2 or Coronavac vaccine recipients. medRxiv 2021, posted 14 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.13.21267668

Neutralisation du variant Omicron du SRAS-CoV-2 par les sérums des receveurs du vaccin BNT162b2 (Pfize) ou Coronavac (vaccin chinois). 

Mauvaise nouvelle pour le vaccin Coronavac. Lors du test de la sensibilité à la neutralisation de différentes variants (y compris Omicron) aux sérums de 25 vaccinés par Pfizer et 25 vaccinés par Coronavac, seulement 20 % et 24 % des vaccinés Pfizer avaient des anticorps neutralisants détectables contre les deux variants Omicron, respectivement. Il est important de noter qu'aucun des receveurs de Coronavac n'avait de titres d'anticorps neutralisants détectables contre Omicron. Si les mesures de confinement chinoises ne fonctionnent pas contre Omicron, le pays pourrait être en difficulté.

Bad news for the Coronavac vaccine. When testing the neutralization susceptibility of different variants (including Omicron) to sera from 25 Pfizer vaccine and 25 Coronavac vaccine recipients, only 20% and 24% of the Pfizer vaccine recipients had detectable neutralizing antibody against two Omicron variants, respectively. Importantly, none of the Coronavac recipients had detectable neutralizing antibody titers against the Omicron isolates. If the Chinese lockdown measures don’t work against Omicron, the country may be in trouble.

Sun J, Zheng Q, Madhira V, et al. Association Between Immune Dysfunction and COVID-19 Breakthrough Infection After SARS-CoV-2 Vaccination in the US. JAMA Intern Med. 2021 Dec 28. PubMed: https://pubmed.gov/34962505. Full text: https://doi.org/10.1001/jamainternmed.2021.7024

Association entre le dysfonctionnement immunitaire et l'infection  au COVID-19 après la vaccination contre le SRAS-CoV-2 aux États-Unis. 

Les personnes présentant un dysfonctionnement immunitaire par exemple une infection par le VIH, une polyarthrite rhumatoïde et une greffe d'organe solide, devraient utiliser des interventions non pharmaceutiques (par exemple, le port d'un masque) et des approches renforcées de vaccination (par exemple, une dose supplémentaire ou des tests d'immunogénicité) même après une vaccination complète.

Persons with immune dysfunction (i.e., HIV infection, rheumatoid arthritis, and solid organ transplant) may have higher rates for COVID-19 breakthrough infections and worse outcomes after full or partial vaccination, compared to persons without immune dysfunction. The authors suggest that these persons “should use non-pharmaceutical interventions (eg, mask wearing) and alternative vaccination approaches (eg, additional dose or immunogenicity testing) even after full vaccination.”

29 décembre 2021

Gruell H, Vanshylla K, Tober-Lau P, et al. mRNA booster immunization elicits potent neutralizing serum activity against the SARS-CoV-2 Omicron variant. Research Square 2021, posted 27 December. https://www.researchsquare.com/article/rs-1168453/v1

L'immunisation de rappel par vaccin à ARNm provoque une puissante activité sérique neutralisante contre le variant Omicron du SRAS-CoV-2. Research Square 2021, publié le 27 décembre. 

Les immunisations de rappel par vaccin à ARNm sont indispensables, même chez les individus vaccinés et chez les convalescents. Les auteurs rapportent un manque presque complet d'activité neutralisante contre Omicron après deux doses, alors que les immunisations de rappel par vaccin à ARNm ( troisième dose) ont entraîné une augmentation significative de l'activité neutralisante sérique contre Omicron.

mRNA booster immunizations are critical, even in vaccinated and convalescent individuals. The authors report a near-complete lack of neutralizing activity against Omicron after two doses, whereas mRNA booster immunizations (a third dose) resulted in a significant increase of serum neutralizing activity against Omicron.

Hansen CH, Schelde AB, Mousten-Helm IR, et al. Vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 infection with the Omicron or Delta variants. medRxiv 2021, posted 22 December. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.20.21267966

Efficacité du vaccin contre l'infection par le SRAS-CoV-2 avec les variants Omicron ou Delta. medRxiv 2021, publié le 22 décembre. 

Dans cette pré-impression du Danemark, l'efficacité du vaccin (VE) contre le variant Omicron est de 55,2 % et 36,7 % respectivement pour les vaccins Pfizer et Moderna, respectivement, au cours du premier mois après la primovaccination. L'EV a rapidement baissé en quelques mois seulement. L'EV a été rétablie lors de la revaccination avec le vaccin Pfizer.

In this pre-print from Denmark, vaccine efficacy (VE) against the Omicron variant of 55.2% and 36.7% for the Pfizer and Moderna vaccines, respectively, in the first month after primary vaccination. The VE rapidly declined over just a few months. VE was re-established upon re-vaccination with the Pfizer vaccine.

ICNARC 20211224. ICNARC report on COVID-19 in critical care: England, Wales and Northern Ireland. Published 24 December 2021. https://www.icnarc.org/Our-Audit/Audits/Cmp/Reports

ICNARC 20211224. Rapport de l'ICNARC sur le COVID-19 en soins intensifs : Angleterre, Pays de Galles et Irlande du Nord. Publié le 24 décembre 2021. 

Données de terrain d'avant Omicron montrant que les personnes doublement vaccinées âgées de 60 à 70 ans avaient un risque 60 fois plus faible de se retrouver en soins intensifs par rapport aux personnes non vaccinées (37,3 pour 100 000, contre 0,6 cas pour 100 000 habitants par semaine parmi ceux qui ont été vaccinés).

Data from the pre-Omicron world showing that 60- to 70-year-old double-vaccinated people had a 60-fold lower risk of ending up in intensive care compared to unvaccinated people (37.3 per 100,000, compared to 0.6 cases per 100,000 inhabitants per week among those who were vaccinated).

Khan K, Karim F, Cele S, et al. Omicron infection enhances neutralizing immunity against the Delta variant. Preprint, posted 27 December 2021. https://secureservercdn.net/50.62.198.70/1mx.c5c.myftpupload.com/wp-content/uploads/2021/12/MEDRXIV-2021-268439v1-Sigal.pdf

L'infection par Omicron améliore l'immunité neutralisante contre le variant Delta. Préimpression, publiée le 27 décembre 2021. 

L'infection à Omicron pourrait renforcer l'immunité neutralisante contre le variant Delta, en particulier chez les personnes vaccinées. Si Omicron est moins pathogène que Delta, cela pourrait aider à réduire la maladie grave due à l'infection par le SRAS-CoV-2.

Omicron infection might enhance neutralizing immunity against the Delta variant, especially in individuals who were vaccinated. If Omicron is less pathogenic than Delta, it could help decrease severe disease from SARS-CoV-2 infection.

28 décembre 2021

Garcia-Beltran WF, St Denis KJ, Hoelzemer A, et al. mRNA-based COVID-19 vaccine boosters induce neutralizing immunity against SARS-CoV-2 Omicron variant. Cell 2021, 23 December. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01496-3

Paper describing the importance of COVID-19 vaccine boosters. Three mRNA vaccine doses elicit potent variant cross-neutralization, including Omicron.

Emergence du variant SARS-CoV-2 Omicron (BA.1/B.1.1.529) abritant jusqu'à 36 mutations dans la protéine de pointe (Spike), la cible des anticorps neutralisants. Compte tenu de son potentiel d'échapper à l'immunité humorale induite par le vaccin, nous avons mesuré la puissance de neutralisation des sérums de 88 receveurs du vaccin ARNm-1273 (Moderna), 111 du BNT162b (Pfizer) et 40 du Ad26.COV2.S (Janssen) contre les pseudovirus* de type sauvage, Delta et Omicron SARS-CoV-2. Nous avons inclus les personnes qui ont reçu leur première série récemment (<3 mois), à distance (6-12 mois) ou après une dose de « rappel » supplémentaire, tout en tenant compte d'une infection antérieure par le SRAS-CoV-2. La neutralisation d'Omicron était indétectable chez la plupart des sujets vaccinés. Cependant, les individus qui avaient reçu une dose de rappel avec des vaccins à ARNm ont présenté une neutralisation puissante d'Omicron, seulement 4 à 6 fois inférieure à celle de type sauvage, suggérant une réactivité croisée accrue des réponses d'anticorps neutralisants. De plus, nous constatons que le pseudovirus Omicron infecte plus efficacement que les autres variants testés. Dans l'ensemble, cette étude met en évidence l'importance de doses d'ARNm supplémentaires pour élargir les réponses d'anticorps neutralisants contre des variants très différents du SRAS-CoV-2.

*Pseudovirus : virus porteurs d’une protéine spike hyper-mutée, en l’occurrence hébergeant vingt mutations naturellement observées dans des souches  de SARS-CoV-2.

Cliquer sur l'image pour l'agrandir :

Wolter N, Jassat W, Walaza S, et al. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in South Africa. medRxiv 2021, posted 21 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.21.21268116

Les premières analyses suggérent un risque réduit d'hospitalisation et de maladie grave parmi les cas probables d'Omicron en Afrique du Sud. On ne sait pas encore si ces résultats seront reproduits dans les pays à population plus âgée (âge moyen en Afrique du Sud : 28 ans ; en Allemagne : 46 ans).

Early analyses suggesting a reduced risk of hospitalization and severe disease among probable Omicron cases in South Africa. It is not yet clear if these results will be reproduced in countries with older populations (mean age in South Africa: 28 years; in Germany: 46 years).

27 décembre 2021

Maimon N, Mizrahi A, Belbshtein U, et al. Effects of BNT162b2 Covid-19 Vaccine Booster in Long-Term Care Facilities in Israel. N Engl J Med 2021, published 22 December. https://doi.org/10.1056/NEJMc2117385

Effets du rappel du vaccin BNT162b2 Covid-19 dans les établissements de soins de longue durée en Israël. 

Précision : en dehors de la France, les soins de longue durée s'entendent généralement pour toutes les personnes nécessitant des soins de toutes sortes au long cours tels que ceux qui sont prodigués en France en EHPAD ou même à domicile. Ici, j'ai demandé la précision à l'auteur par mail ce matin. (NDLR)

En juillet 2021, lors d'une recrudescence des cas de COVID-19 en Israël, des injections de rappel du vaccin Pfizer ont été rapidement pratiquées dans les établissements de soins de longue durée. Comparativement aux personnes de 60 ans ou plus dans la population générale, les taux d'infection dans les établissements de soins de longue durée ont diminué de 71 % et les taux d'hospitalisation de 80 %.

In July 2021, during a surge in COVID-19 cases in Israel, booster injections of the Pfizer vaccine were rapidly deployed in long-term care facilities. Compared to people 60 years of age or older in the general population, infection rates in long-term care facilities decreased by 71%, and hospitalization rates fell by 80%.

25 décembre 2021

Planas D, Maes P, Guivel-Benhassine F, et al. Considerable escape of SARS-CoV-2 Omicron to antibody neutralization. Nature 2021, published 23 December. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03827-2

Echappement considérable du SARS-CoV-2 Omicron à la neutralisation des anticorps. Nature 2021, publié le 23 décembre. 

Les auteurs ont examiné la sensibilité d'Omicron à neuf anticorps monoclonaux  cliniquement approuvés ou en développement, et aux anticorps présents dans 115 sérums de receveurs du vaccin anti-COVID-19 ou de personnes convalescentes. Omicron était totalement ou partiellement résistant à la neutralisation par tous les anticorps monoclonaux testés. 

Le variant SARS-CoV-2 Omicron a été identifié pour la première fois en novembre 2021 au Botswana et en Afrique du Sud. Il s'est depuis répandu dans de nombreux pays et devrait rapidement devenir dominant dans le monde entier. La lignée est caractérisée par la présence d'environ 32 mutations dans la protéine de pointe (Spike), situées principalement dans le domaine N-terminal (NTD) et le domaine de liaison au récepteur (RBD). Elles sont susceptibles d'améliorer la capacité virale et de permettre l'échappement à l'efficacité des anticorps. Nous avons isolé un virus Omicron infectieux en Belgique provenant d'un voyageur revenant d'Egypte. Les sérums de vaccinés par Pfizer ou AstraZeneca, échantillonnés 5 mois après la vaccination complète, ont à peine inhibé Omicron. Les sérums de patients convalescents COVID-19 collectés 6 ou 12 mois après les symptômes présentaient une activité neutralisante faible ou nulle contre Omicron. L'administration d'une dose de rappel de Pfizer ainsi que la vaccination des individus précédemment infectés ont généré une réponse neutralisante anti-Omicron, avec des titres 6 à 23 fois plus faibles contre Omicron que contre Delta. Ainsi, Omicron échappe à la plupart des anticorps monoclonaux thérapeutiques et dans une large mesure aux anticorps induits par le vaccin. Omicron reste cependant neutralisé par les anticorps générés par une dose de vaccin de rappel.

The authors examined the sensitivity of Omicron to 9 monoclonal antibodies (mAbs) clinically approved or in development, and to antibodies present in 115 sera from COVID-19 vaccine recipients or convalescent individuals. Omicron was totally or partially resistant to neutralization by all mAbs tested. Read more about 1) sera from Pfizer or AstraZeneca vaccine recipients, 2) sera from COVID-19 convalescent patients collected 6 or 12 months post symptoms and 3) neutralizing response after administration of a booster Pfizer dose and of previously-infected individuals.

24 décembre 2021

ICL 2021. Report 50 – Hospitalisation risk for Omicron cases in England. Imperial College London 2021, 22 December.  https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-Severity-Omicron

Imperial College de Londres 2021. Rapport 50 – Risque d'hospitalisation pour les cas Omicron en Angleterre. Imperial College Londres 2021

Les estimations de l'Imperial College de Londres suggèrent que les cas Omicron, par rapport à Delta, pourraient être 20% à 25% moins susceptibles d'être hospitalisés et 40% à 45% moins susceptibles d'être hospitalisés pendant une nuit ou plus.

Voir aussi l'article publié par The Guardian :  https://www.theguardian.com/world/2021/dec/22/risk-of-hospital-stay-40-lower-with-omicron-than-delta-uk-data-suggests

Estimates of the Imperial College London suggest Omicron cases, compared to Delta, could be 20% to 25% less likely to attend hospital, and 40% to 45% less likely to be hospitalized for a night or more.

See also the article published by The Guardian: https://www.theguardian.com/world/2021/dec/22/risk-of-hospital-stay-40-lower-with-omicron-than-delta-uk-data-suggests

Suliman R. Update of key COVID-19 metrics in Gauteng, South Africa. Twitter 2021, posted 22 December. https://twitter.com/rid1tweets/status/1473733362644885505/photo/1

• Cases and test positivity declining
• Cases trajectory halving time about 5.5 days
• Hospital admissions at or passed its peak
• Deaths rising, but much lower relative to previous wave (~14%)

Mise à jour des principales évaluations de la COVID-19 à Gauteng, Afrique du Sud. Twitter 2021, publié le 22 décembre. 

• Nombre des cas et de positivité des tests en baisse
• Evolution des cas réduite de moitié en environ 5,5 jours
• Admissions à l'hôpital aupic ou après lui 
• Décès en hausse, mais beaucoup plus faibles par rapport à la vague précédente (~14%)

Cliquer sur l'image ci-dessous pour l'agrandir :

FDA 2021. Coronavirus (COVID-19) Update: FDA Authorizes First Oral Antiviral for Treatment of COVID-19. U. S. Food and Drug Administration 2021, published 22 December. https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-first-oral-antiviral-treatment-covid-19

FDA 2021. Mise à jour sur le coronavirus (COVID-19) : la FDA autorise le premier antiviral oral pour le traitement du COVID-19. U.S. Food and Drug Administration 2021, publié le 22 décembre. 

Autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) de la FDA pour Paxlovid (nirmatrelvir) pour le traitement du COVID-19 léger à modéré chez les adultes et les patients pédiatriques de > 12 ans qui présentent un risque élevé de progression vers un COVID-19 sévère.

FDA emergency use authorization (EUA) for Paxlovid (nirmatrelvir) for the treatment of mild-to-moderate COVID-19 in adults and pediatric patients > 12 years of age who are at high risk for progression to severe COVID-19.

23 décembre 2021

SachdeV DD, Ng RC, Sankaran M, et al. Contact tracing outcomes among household contacts of fully vaccinated COVID-19 patients — San Francisco, California, January 29-July 2, 2021. Clin Inf Dis 20 December 2021, ciab1042, https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab1042/6470866

Résultats de la recherche des contacts parmi les contacts familiaux de patients COVID-19 entièrement vaccinés - San Francisco, Californie, 29 janvier-2 juillet 2021. 

La transmission globale d'un patient symptomatique complètement vacciné à des contacts familiaux a été suspectée dans 14 des 105 (13 %) des familles. Le séquençage génomique viral d'échantillons provenant de 44 % des patients complètement vaccinés a montré que 82 % des patients séquencés étaient infectés par unevariant préoccupant ou intéressant.

Overall transmission from a symptomatic fully vaccinated patient with breakthrough infection to household contacts was suspected in 14 of 105 (13%) of households. Viral genomic sequencing of samples from 44% of fully vaccinated patients showed that 82% of those sequenced were infected by a variant of concern or interest.

Andrejko KL, Pry J, Myers JF, et al. Predictors of SARS-CoV-2 infection following high-risk exposure. Clin Inf Dis December 21, 2021, ciab1040. https://academic.oup.com/cid/advance-article-abstract/doi/10.1093/cid/ciab1040/6473597?redirectedFrom=fulltext

 Prédicteurs de l'infection par le SARS-CoV-2 après une exposition à haut risque. 

Le risque relatif était 3,0 fois plus élevé lorsque des expositions à haut risque se produisaient avec des membres de la famille (par rapport à d'autres contacts), 2,1 fois plus élevé lorsque les expositions se produisaient à l'intérieur (par rapport à l'extérieur ) et 2,15 fois plus élevées lorsque les expositions duraient ≥ 3 heures (vs. les durées plus courtes) chez les individus non vaccinés et partiellement vaccinés.

Adjusted odds of case status were 3.0-fold higher when high-risk exposures occurred with household members (vs. other contacts), 2.1-fold higher when exposures occurred indoors (vs. outdoors only), and 2.15-fold higher when exposures lasted ≥ 3 hours (vs. shorter durations) among unvaccinated and partially-vaccinated individuals.

Lewus NM, Naioto EA, Self WH, et al. Effectiveness of mRNA vaccines in preventing COVID-19 hospitalization by age and burden of chronic medical conditions among immunocompetent US adults, March–August 2021. J Inf Dis December 21, 2021, jiab619, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab619/6472998

Efficacité des vaccins à ARNm dans la prévention des hospitalisations liées au COVID-19 selon l'âge et le poids des maladies chroniques chez les adultes américains immunocompétents, mars-août 2021. 

L'efficacité du vaccin (EV) contre les hospitalisations associées au COVID-19 diminue à peu près proportionnellement au nombre de maladies chroniques, à la fois globalement et en stratification par l'âge. Dans cette étude cas-témoins portant sur 1669 cas COVID-19 hospitalisés (11 % entièrement vaccinés) et 1950 témoins RT-PCR négatifs (54 % entièrement vaccinés), l'EV était plus élevée, à 96 % chez les patients sans maladie chronique, que chez les patients atteints de ≥ 3 maladies chroniques (83 %).

Vaccine effectiveness (VE) against COVID-19-associated hospitalization decreases roughly proportionally to the number of chronic medical conditions, both overall and stratified by age. In this case-control study in 1669 hospitalized COVID-19 cases (11% fully vaccinated) and 1950 RT-PCR-negative controls (54% fully vaccinated), VE was higher at 96% among patients with no chronic medical conditions than patients with ≥ 3 chronic conditions (83%).

Chun JY, Park S, Jung J, et al. Guillain-Barré syndrome after vaccination against COVID-19. Lancet Neurology December 17, 2021. https://doi.org/10.1016/S1474-4422(21)00416-6

Syndrome de Guillain-Barré après vaccination contre la COVID-19. Lancet Neurology 17 décembre 2021. https://doi.org/10.1016/S1474-4422(21)00416-6

Deux femmes âgées en rémission d'un lymphome diffus à grandes cellules B ont développé le syndrome de Guillain-Barré après avoir reçu le vaccin BNT162b2 (Pfizer) . Cependant, il reste difficile de savoir si cela était une coïncidence.

Two older women in remission from diffuse large B cell lymphoma developed Guillain-Barré syndrome after receiving the BNT162b2 vaccine. However, it remains unclear whether this was coincidental.

22 décembre 2021

Kugelman N, Nahshon C, Shaked-Mishan P, et al. Maternal and Neonatal SARS-CoV-2 Immunoglobulin G Antibody Levels at Delivery After Receipt of the BNT162b2 Messenger RNA COVID-19 Vaccine During the Second Trimester of Pregnancy. JAMA Pediatr December 21, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2787270?resultClick=1

Taux d'anticorps maternels et néonataux contre l'immunoglobuline G du SARS-CoV-2 à l'accouchement après vaccin BNT162b2 Messenger ARN COVID-19 (Pfizer) au cours du deuxième trimestre de la grossesse. 

Dans cette étude de cohorte de 130 femmes enceintes qui ont reçu le vaccin à ARNm BNT162b2 au cours de leur deuxième trimestre, les titres d'anticorps étaient positifs pour toutes les femmes pendant l'accouchement, et les titres néonataux étaient supérieurs aux titres maternels, représentant 100 % de transfert d'anticorps placentaires.

In this cohort study of 130 pregnant women who received the BNT162b2 mRNA vaccine during their second trimester, antibody titers were positive for all women during delivery, and neonatal titers were higher than maternal titers, representing 100% placental antibody transfer.

Ward JL, Harwood R, Smith C, et al. Risk factors for PICU admission and death among children and young people hospitalized with COVID-19 and PIMS-TS in England during the first pandemic year. Nat Med December 21, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01627-9

Facteurs de risque d'admission à l'USIP (Unité de Soins Intensifs Pédiatriques) et de décès chez les enfants et les jeunes hospitalisés avec COVID-19 et PIMS-TS en Angleterre au cours de la première année pandémique. 

Dans les rares cas où les enfants et les jeunes ont dû être hospitalisés, les facteurs de risque de maladie grave étaient similaires à ceux signalés pour les adultes.

In the rare instances when children and young people did require hospitalization, risk factors for severe disease were similar to those reported for adults.

Riou C, Keeton R, Moyo-Gwete T. Escape from recognition of SARS-CoV-2 Beta variant spike epitopes but overall preservation of T cell immunity. Science Translational Medicine December 21, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abj6824

Complexité de l'immunité cellulaire en situation de baisse du taux des anticorps neutraliants (NDLR). 

Échapperment à la reconnaissance des épitopes de pointe du variant SARS-CoV-2 Bêta mais préservation globale de l'immunité des cellules T. 

Cette étude montre que malgré la perte de reconnaissance des épitopes CD4 immunogènes, les réponses des lymphocytes T CD4 et CD8 à Beta sont globalement préservées. Ces observations peuvent expliquer pourquoi plusieurs vaccins ont conservé la capacité de protéger contre la COVID-19 sévère même avec une perte substantielle de l'activité des anticorps neutralisants contre le Bêta.

This study shows that in spite of loss of recognition of immunogenic CD4 epitopes, CD4 and CD8 T cell responses to Beta are preserved overall. These observations may explain why several vaccines have retained the ability to protect against severe COVID-19 even with substantial loss of neutralizing antibody activity against Beta.

Katikireddi SV, Cerqueira-Silva T, Vasileiou  E et al. Two-dose ChAdOx1 nCoV-19 vaccine protection against COVID-19 hospital admissions and deaths over time: a retrospective, population-based cohort study in Scotland and Brazil. Lancet December 20, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02754-9/fulltext

Protection vaccinale ChAdOx1 nCoV-19 à deux doses contre les hospitalisations et les décès liés au COVID-19 au fil du temps : une étude de cohorte rétrospective basée sur la population en Écosse et au Brésil. 

Le déclin de la protection vaccinale de ChAdOx1 nCoV-19 (AstraZeneca) en prévention des hospitalisations et des décès liés à la COVID-19  devient évident dans les trois mois suivant la deuxième dose de vaccin.

Waning vaccine protection of ChAdOx1 nCoV-19 against COVID-19 hospital admissions and deaths became evident within three months of the second vaccine dose.

21 décembre 2021

Levy M, Recher M, Hubert H, et al. Multisystem Inflammatory Syndrome in Children by COVID-19 Vaccination Status of Adolescents in France. JAMA December 20, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2787495?resultClick=1

Syndrome inflammatoire multisystémique de l'enfant par le statut vaccinal COVID-19 des adolescents en France. JAMA 20 décembre 2021.

La plupart des adolescents (26/33) atteints de multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) pour lesquels la vaccination était indiquée en France n'avaient pas été vaccinés. Parmi les 7 cas qui avaient reçu un vaccin, aucun n'était complètement vacciné.

Most adolescents (26/33) with MIS-C for whom vaccination was indicated in France had not been vaccinated. Among the 7 cases who had received a vaccine, none was fully vaccinated.

Reindl-Schwaighofer R, Heinzel A, Mayrdorfer M, et al. Comparison of SARS-CoV-2 Antibody Response 4 Weeks After Homologous vs Heterologous Third Vaccine Dose in Kidney Transplant Recipients A Randomized Clinical Trial. JAMA Intern Med, December 20, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2787200?resultClick=1

Comparaison de la réponse des anticorps anti-SARS-CoV-2 4 semaines après la troisième dose de vaccin homologue vs hétérologue chez les receveurs d'une greffe de rein. Un essai clinique randomisé. 

Parmi les 197 receveurs de greffe de rein, 39% ont développé des anticorps SARS-CoV-2 après le troisième vaccin. Il n'y avait pas de différence statistiquement significative entre les groupes, avec un taux de réponse en anticorps de 35 % et 42 % pour les vaccins à ARNm et Ad26COVS1 (Janssen), respectivement.

Among 197 kidney transplant recipients, 39% developed SARS-CoV-2 antibodies after the third vaccine. There was no statistically significant difference between groups, with an antibody response rate of 35% and 42% for the mRNA and the Ad26COVS1 (Janssen) vaccines, respectively.

20 décembre 2021

Premières estimations anglaises de l'efficacité vaccinale contre Omicron après une troisième dose (rappel) avec Pfizer :

71,4% (41,8-86) pour ceux qui ont reçu initialement 2 doses d'AZ

75,5% (56,1-86,3) pour ceux qui ont reçu initialement 2 doses de Pfizer

Cliquer sur l'image ci-dessous pour l'agrandir :

Source :

Bundle N, Dave N, Pharris A, et al. COVID-19 trends and severity among symptomatic children aged 0–17 years in 10 European Union countries, 3 August 2020 to 3 October 2021. Euro Surveill. 2021;26(50):pii=2101098. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101098

Tendances et gravité de la COVID-19 chez les enfants symptomatiques âgés de 0 à 17 ans dans 10 pays de l'Union européenne, du 3 août 2020 au 3 octobre 2021.

Parmi un total de 820 404 cas pédiatriques symptomatiques (12,4 % de tous les âges), une hospitalisation a été signalée pour 9611 (1,2 %) cas, une admission en unité de soins intensifs pour 640 (0,08 % de tous les cas, 6,7 % des cas hospitalisés) et un décès pour 84 (0,01 %). Les probabilités ajustées d'hospitalisation, d'admission en unité de soins intensifs et de décès étaient respectivement sept, neuf et 27 fois plus élevées parmi les cas présentant au moins une comorbidité par rapport à ceux qui n'en présentaient aucune.

Among a total of 820,404 symptomatic pediatric cases (12.4% of all ages), hospitalization was reported for 9611 (1.2%) cases, ICU admission for 640 (0.08% of all cases, 6.7% of hospitalized cases) and death for 84 (0.01%). The adjusted odds of hospitalization, ICU admission and death were seven, nine and 27 times higher, respectively, among cases with at least one co-morbidity compared with those with none.

19 décembre 2021

He X, Liu C, Peng J, et al. COVID-19 induces new-onset insulin resistance and lipid metabolic dysregulation via regulation of secreted metabolic factors. Sig Transduct Target Ther 6, 427 (2021). https://www.nature.com/articles/s41392-021-00822-x

La COVID-19 induit l'apparition d'une résistance à l'insuline  et une dérégulation métabolique des lipides via la régulation des facteurs métaboliques sécrétés. 

Résistance à l'insuline d'apparition récente, glycémie élevée, ainsi que HDL-C réduit chez les patients COVID-19, qui persiste même après l'élimination du virus. Il est démontré que l'infection par le SARS--CoV-2 augmente l'expression du facteur de transcription RE1-silence (REST), qui module l'expression de facteurs métaboliques sécrétés, notamment la myéloperoxydase, l'apeline et la myostatine au niveau transcriptionnel, entraînant une perturbation du glucose et du métabolisme des lipides.

New-onset insulin resistance, elevated blood glucose, as well as reduced HDL-C in COVID-19 patients, which persists even after virus elimination. It is shown that SARS-CoV-2 infection increases the expression of RE1-silencing transcription factor (REST), which modulates the expression of secreted metabolic factors including myeloperoxidase, apelin, and myostatin at the transcriptional level, resulting in the perturbation of glucose and lipid metabolism.

18 décembre 2021

Patone M, Mei XW, Handunnetthi L, et al. Risks of myocarditis, pericarditis, and cardiac arrhythmias associated with COVID-19 vaccination or SARS-CoV-2 infection. Nat Med December 14, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01630-0

Risques de myocardite, de péricardite et d'arythmies cardiaques associés à la vaccination COVID-19 ou à l'infection par le SARS--CoV-2. 

En utilisant la base de données "English National Immunization" (NIMS) de la COVID-19, les auteurs estiment respectivement le risque à deux, un et six événements de myocardites supplémentaires pour 1 million de personnes vaccinées avec ChAdOx1 (AstraZeneca), BNT162b2 (Pfizer) et mRNA-1273 (Moderna), dans les 28 jours suivant une première dose et à dix événements supplémentaires (supérieur au nombre atendu en population génrale hors Covid) par 1 million de vaccinés dans les 28 jours après une deuxième dose de mRNA-1273. Ceci doit être mis en parallèle avec les 40 myocardites supplémentaires pour 1 million de patients dans les 28 jours suivant un test positif au SARS--CoV-2. Des analyses de sous-groupes par âge ont montré que le risque accru de myocardite associée aux deux vaccins à mRNA (ARNm) n'était présent que chez les moins de 40 ans.

Using the English National Immunisation (NIMS) database of COVID-19, the authors estimate an extra two, one and six myocarditis events per 1 million people vaccinated with ChAdOx1, BNT162b2 and mRNA-1273, respectively, in the 28 days following a first dose and an extra ten events per 1 million vaccinated in the 28 days after a second dose of mRNA-1273. This compares with an extra 40 myocarditis events per 1 million patients in the 28 days following a SARS-CoV-2 positive test. Subgroup analyses by age showed the increased risk of myocarditis associated with the two mRNA vaccines was present only in those younger than 40.

Husby A, Hansen JV, Fosbøl E, et al. SARS-CoV-2 vaccination and myocarditis or myopericarditis: population based cohort study. BMJ December 16, 2021; 375. https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-068665

Vaccination contre le SARS--CoV-2, myocardites ou myopéricardites : étude de cohorte en population. 

Même problème, Danemark. Le nombre absolu d'événements était faible. Même dans le groupe d'âge le plus jeune (12-39 ans), les taux absolus de myocardites ou de myopéricardites étaient respectivement de 1,6 (intervalle de confiance à 95 % : 1,0 – 2,6) et 5,7 (3,3 – 9,3) pour 100 000 personnes dans les 28 jours suivant la vaccination par BNT162b2 et ARNm -1273. Les cas cliniques étaient principalement légers.

Same issue, Denmark. The absolute number of events were low. Even in the youngest age group (12-39 years), the absolute rates of myocarditis or myopericarditis were 1.6 (95% confidence interval: 1.0 – 2.6) and 5.7 (3.3 – 9.3) per 100,000 individuals within 28 days of BNT162b2 vaccination and mRNA-1273 vaccination, respectively. Clinical outcomes were predominantly mild.

Lu L, Mok BW, Chen LL, et al. Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron variant by sera from BNT162b2 or Coronavac vaccine recipients. Clin Inf Dis, December 16, 2021, ciab1041. https://doi.org/10.1093/cid/ciab1041

Neutralisation du variant Omicron du SARS--CoV-2 par les sérums des receveurs du vaccin BNT162b2 (Pfizer) ou Coronavac (Vaccin chinois Sinovac). 

Moins de 25% des receveurs de BNT162b2 et aucun receveur de Coronavac avaient un anticorps neutralisant détectable contre le variant Omicron (tous les individus avaient reçu deux doses de vaccins COVID-19, les échantillons ont été collectés 56 jours après la première dose).

Less than 25% of BNT162b2 recipients and no Coronavac recipients had detectable neutralizing antibody against the Omicron variant (all individuals had received two doses of COVID-19 vaccines, specimens were collected 56 days after the first dose).

17 déceùbre 2021

Brandal LT, MacDonaald E, Veneti L, et al. Outbreak caused by the SARS-CoV-2 Omicron variant in Norway, November to December 2021. Eurosurveillance Volume 26, Issue 50, 16/Dec/2021 https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147

Episode causé par le variant Omicron du SARS--CoV-2 en Norvège, de novembre à décembre 2021. 

Une fête de Noël dans un restaurant à Oslo, le 26 novembre 2021 (un mois avant Noël ! NDLR). La plupart des cas (98 %) et des non-cas (93 %) étaient complètement vaccinés (deux doses) avec un délai médian depuis la dernière dose de vaccin de 79 jours pour les cas et de 87 jours pour les non-cas. Aucun n'a déclaré avoir reçu une dose de rappel. Parmi les 81 cas, les symptômes les plus courants étaient la toux (83 %), suivie par l'écoulement nasal/le nez bouché (78 %), la fatigue/la léthargie (74 %), les maux de gorge (72 %), les céphalées (68 %) et la fièvre ( 54%), plus de la moitié de grade  3 ou 4 (sur 5). Le 13 décembre, les auteurs avaient détecté près de 70 autres invités susceptibles d'être infectés lors de cet événement.

A Christmas party in a restaurant in Oslo, 26 November. Most of the cases (98%) and non-cases (93%) were fully vaccinated with a median time since having received the last vaccine dose of 79 days for cases and 87 days for non-cases. None reported having received a booster dose.  Among the 81 cases, the most common symptoms were cough (83%), followed by runny/stuffy nose (78%), fatigue/lethargy (74%), sore throat (72%), headache (68%) and fever (54%), more than half of grades 3 or 4 (out of 5). By 13 December, the authors had detected nearly 70 other guests who were likely infected at the venue.

Espenhain L, Funk T, Overvad M, et al. Epidemiological characterisation of the first 785 SARS-CoV-2 Omicron variant cases in Denmark, December 2021. Eurosurveillance – Volume 26, Issue 50, 16 December 2021. https://www.eurosurveillance.org/content/eurosurveillance/26/50

Caractérisation épidémiologique des 785 premiers cas de variant du SARS-CoV-2 Omicron au Danemark, décembre 2021. 

Au total, 599 (76 %) cas étaient complètement vaccinés et 56 autres (7,1 %) avaient reçu une vaccination complète plus une dose de rappel. Un taux d'attaque élevé a été signalé lors de l'un événement à savoir un rassemblement saisonnier avec 150 participants, où 71 (47 %) participants ont été infectés.

A total of 599 (76%) cases were fully vaccinated and an additional 56 (7.1%) had received full vaccination plus a booster dose. A high attack rate was reported at one of the events, a seasonal gathering with 150 participants, where 71 (47%) participants got infected.

Young-Xu Y, Zwain GN, Powell EI, et al. Estimated Effectiveness of COVID-19 Messenger RNA Vaccination Against SARS-CoV-2 Infection Among Older Male Veterans Health Administration Enrollees, January to September 2021. JAMA Netw Open December 15, 2021. 2021;4(12):e2138975. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2787183

Estimation de l'efficacité de la vaccination par ARN messager contre l'infection par le SARS-CoV-2 chez les hommes âgés inscrits à l'administration de la santé des vétérans, janvier à septembre 2021. 

L'efficacité estimée du vaccin à ARNm pré-Delta (EV) contre toutes infections par le SARS-CoV-2 était de 94,5% au cours du premier mois après la vaccination complète et a diminué à 87,9% au mois 3. Au cours de la période de Delta élevé, l'EV estimée était de 62,0 % au cours du premier mois et a diminué à 57,8 % au mois 3.

The estimated pre-Delta mRNA vaccine effectiveness (VE) against any SARS-CoV-2 infection was 94.5% in the first month after complete vaccination and decreased to 87.9% by month 3. During the high-Delta period, the estimated VE was 62.0% in the first month and decreased to 57.8% by month 3.

16 décembre 2021

Coyer L, Boyd A, Schinkel J, et al. Differences in SARS-CoV-2 infections during the first and second wave of SARS-CoV-2 between six ethnic groups in Amsterdam, the Netherlands: A population-based longitudinal serological study. Lancet Regional Health December 13, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7762(21)00270-2/fulltext

Différences dans les infections au SARS-CoV-2 au cours de la première et de la deuxième vague de SARS-CoV-2 entre six groupes ethniques à Amsterdam, aux Pays-Bas : une étude sérologique longitudinale basée sur la population. 

L'incidence du SARS-CoV-2 était plus élevée dans les plus grands groupes ethniques minoritaires d'Amsterdam, en particulier pendant la deuxième vague. Par rapport aux participants d'origine néerlandaise, l'incidence cumulée du SARS-CoV-2 était plus élevée chez les participants sud-asiatiques surinamais (rapport de risque = 1,66), surinamais africain (1,97), turc (2,67), marocain (3,13) et ghanéen (6,00) origine.

SARS-CoV-2 incidence was higher in the largest ethnic minority groups of Amsterdam, particularly during the second wave. Compared to participants of Dutch origin, cumulative SARS-CoV-2 incidence was higher in participants of South Asian Surinamese (adjusted hazard ratio = 1.66), African Surinamese (1.97), Turkish (2.67), Moroccan (3.13) and Ghanaian (6.00) origin.

Ruhl L, Pink I, Kühne JF, et al. Endothelial dysfunction contributes to severe COVID-19 in combination with dysregulated lymphocyte responses and cytokine networks. Sig Transduct Target Ther December 10, 2021, 6, 418. https://www.nature.com/articles/s41392-021-00819-6

La dysfonction endothéliale contribue à un COVID-19 sévère en combinaison avec des réponses lymphocytaires dérégulées et des réseaux de cytokines.

La première étude montre que les dommages endothéliaux sont un autre facteur majeur de la gravité du COVID-19, ainsi que d'un dérèglement immunitaire important. Le COVID-19 sévère n'est pas seulement caractérisé par un phénotype immunitaire hautement actif et des cascades pro-inflammatoires, mais également par des lésions endothéliales importantes, ce qui peut expliquer l'implication de plusieurs organes dans ces cas.

The first study showing that endothelial damage is another major driver of COVID-19 severity together with substantial immune dysregulation. Severe COVID-19 is not only characterized by a highly activated immune phenotype and pro-inflammatory cascades but also by substantial endothelial injuries, which may explain multiorgan involvement in these cases.

15 décembre 2021

Another Omicron Special, a week later: the picture becomes clearer. And darker. But some glimmers of hope: three jabs may work and protect against symptomatic disease (75%), some trust in T cells, and sotrovimab as a treatment option. All papers today are only pre-prints, have not been peer-reviewed and were selected from a total of > 100 articles published through three pre-print servers medRxiv, BioRxiv and Arxiv. We have include the UKHSA report, including the first real-life data from the UK, as well as some early clinical data from Denmark.

Omicron Special : une semaine plus tard, le tableau devient plus clair. Et plus sombre. Mais quelques lueurs d'espoir : trois injections peuvent fonctionner et protéger contre les maladies symptomatiques (75 %), un certaine espoir dans les cellules T se fait jour et le sotrovimab comme option de traitement. Tous les articles d'aujourd'hui ne sont que des pré-impressions, n'ont pas été évalués par des pairs et ont été sélectionnés parmi un total de > 100 articles publiés via trois serveurs de pré-impression medRxiv, BioRxiv et Arxiv. Sont inclus le rapport UKHSA, y compris les premières données du Royaume-Uni, ainsi que quelques premières données cliniques du Danemark.

Source : https://covidreference.com/top10  de ce jour

UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 31, December 10, 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

Agence britannique de sécurité sanitaire. Variants préoccupants du SARS-CoV-2 et variants faisant l'objet d'une enquête en Angleterre. Briefing technique 31, 10 décembre 2021.

Les principaux résultats : le taux d'attaque secondaire des familles sous le même toit à l'aide des données de recherche de contacts en routine est de 21,6 % (IC à 95 % : 16,7%-27,4%) pour Omicron, contre 10,7% (IC à 95 % : 10,5%-10,8%) pour Delta. L'efficacité du vaccin a été estimée par périodes après la deuxième dose  et la troisième. L'analyse finale comprenait 56 439 cas de Delta et 581 cas d'Omicron. Dans toutes les périodes, l'efficacité vaccinale était inférieure pour Omicron par rapport au Delta. À partir de 2 semaines après une dose de rappel de Pfizer, l'efficacité du vaccin était de 71 % chez ceux qui ont reçu l'AstraZeneca comme vaccin principal et d'environ 76 % chez ceux qui ont reçu le Pfizer comme traitement principal. Ces premières estimations suggèrent que l'efficacité du vaccin contre les maladies symptomatiques avec le variant Omicron est nettement inférieure à celle du variant Delta. Néanmoins, une efficacité vaccinale modérée à élevée de 70 à 75 % est observée au début de la période suivant une dose de rappel.

The main findings: the household secondary attack rate using routine contact tracing data is 21.6% (95% CI: 16.7%-27.4%) for Omicron, versus 10.7% (95% CI: 10.5%-10.8%) for Delta. Vaccine effectiveness was estimated by period after dose 2 and dose 3. The final analysis included 56,439 Delta and 581 Omicron cases. In all periods, effectiveness was lower for Omicron compared to Delta. From 2 weeks after a Pfizer booster dose, vaccine effectiveness was 71% among those who received AstraZeneca as the primary course and around 76% among those who received Pfizer as the primary course. These early estimates suggest that vaccine effectiveness against symptomatic disease with the Omicron variant is significantly lower than compared to the Delta variant. Nevertheless, moderate to high vaccine effectiveness of 70 to 75% is seen in the early period after a booster dose.

Il arrive doucement :

Omicron au Danemark : plus fréquent parmi les jeunes contaminés ?

Source :

14 décembre 2021

Publication anglaise du 11 décembre 2021

Traduction personnelle (B. Pradines) :

L’introduction du variant Omicron B.1.1.529 en Angleterre devrait conduire à une augmentation substantielle de la transmission du SARS-CoV-2, qui, en l'absence de contrôle strict, a le potentiel pour produire un nombre de cas considérablement plus élevé que celui enregistré au cours de la vague hivernale Alpha B.1.1.7 en 2020-2021.

Ceci est dû à la transmissibilité apparemment élevée d'Omicron et à sa capacité à infecter des personnes déjà immunisées contre le SARS-CoV-2 à la suite d'une infection antérieure ou de la vaccination. Nos hypothèses concernant la dimension dans laquelle Omicron pourrait échapper à la réponse immunitaire sont en accord avec les connaissances existantes sur la neutralisation des variants préoccupants antérieurs, les premières études sur la neutralisation d'Omicron et les estimations préliminaires de l'efficacité vaccinale.

La plupart des scénarios envisagés prévoit que, en l’absence de mise en œuvre de mesures supplémentaires, les admissions à l'hôpital résultant de la vague de transmission d’Omicron pourraient dépasser les pics enregistrés en Angleterre lors de la vague hivernale précédente en 2020-2021. Un supplément de mesures de contrôle pourrait donc être nécessaire pour minimiser la charge liée à la morbidité et protéger les services de santé.

Source :

13 décembre 2021

Nishikawa M, Kanno H, Zhou Y. et al. Massive image-based single-cell profiling reveals high levels of circulating platelet aggregates in patients with COVID-19. Nat Commun 12, 7135 (2021). https://www.nature.com/articles/s41467-021-27378-2

 Le profilage unicellulaire massif basé sur des imageries révèle des niveaux élevés d'agrégats plaquettaires circulants chez les patients atteints de COVID-19. 

Cette étude du Japon rapporte des agrégats plaquettaires circulants dans COVID-19 obtenus par le profilage massif basé sur l'imagerie monocellulaire et la surveillance  du sang de 110 patients COVID-19. Étonnamment, une présence anormale d'agrégats plaquettaires excessifs a été trouvée chez près de 90 % de tous les patients COVID-19.

This study from Japan reports the landscape of circulating platelet aggregates in COVID-19 obtained by massive single-cell image-based profiling and temporal monitoring of the blood of 110 COVID-19 patients. Surprisingly, an anomalous presence of excessive platelet aggregates was found in nearly 90% of all COVID-19 patients.

11 décembre 2021

France, DREES via La revue du Praticien (source au dessous du graphique) :

Suetens C, Kinross P, Berciano PG, et al. Increasing risk of breakthrough COVID-19 in outbreaks with high attack rates in European long-term care facilities, July to October 2021. Euro Surveill, December 9, 2021;26(49):pii=2101070. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.49.2101070

Risque croissant du COVID-19 avec des taux d'attaque élevés dans les établissements de soins de longue durée européens, juillet à octobre 2021. 

Cette étude montre qu'il existe un risque d'épidémie de COVID-19 dans les ESLD des pays européens malgré la très forte utilisation du vaccin COVID-19 par les résidents et le personnel. Dans certains cas, les épidémies peuvent entraîner une morbidité et une mortalité élevées parmi les résidents. Le risque d'hospitalisation et de décès liés au COVID-19 est plus élevé dans les grands ESLD que dans les petits ESLD, ce qui peut refléter une proportion plus élevée de personnes âgées fragiles dans les grands ESLD ou un nombre plus élevé de contacts avec le personnel et les visiteurs.

NDLR. Le tableau ci-dessous objective un taux français de vaccinations relativement faible dans l'échantillon considéré et un taux de mortalité qui est le deuxième après l'Espagne.

This study shows that there is a risk for outbreaks of COVID-19 in LTCFs in European countries despite the very high uptake of the COVID-19 vaccine by residents and staff. In some cases, the outbreaks can result in high morbidity and high mortality among residents. The risk for COVID-19-related hospitalization and death was higher in large LTCFs than in small LTCFs, which may reflect a higher proportion of frail elderly people in large LTCFs or a higher number of contacts with staff and visitors.

Cliquer sur le tableau pour l'agrandir :

10 décembre 2021

Arbel R, Hammerman A, Sergienko R. BNT162b2 Vaccine Booster and Mortality Due to COVID-19. NEJM December 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2115624?query=featured_home

Israël. Rappel du vaccin BNT162b2 et mortalité due à COVID-19. 

Les auteurs ont obtenu des données pour tous les membres des Clalit Health Services (843 208 participants) âgés de 50 ans ou plus au début de l'étude et ayant reçu deux doses de BNT162b2 au moins 5 mois plus tôt. Le rapport de risque ajusté de décès dû au COVID-19 dans le groupe avec rappel, par rapport au groupe sans rappel, était de 0,10 (IC à 95 % : 0,07 à 0,14 ; P < 0,001).

90%. The authors obtained data for all members of Clalit Health Services (843,208 participants) who were 50 years of age or older at the start of the study and had received two doses of BNT162b2 at least 5 months earlier. The adjusted hazard ratio for death due to COVID-19 in the booster group, as compared with the non-booster group, was 0.10 (95% CI: 0.07 to 0.14; P < 0.001).

Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M, et al. Protection against Covid-19 by BNT162b2 Booster across Age Groups. NEJM December 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2115926?query=featured_home

Protection contre la Covid-19 par rappel de BNT162b2 selon les tranches d'âge. 

Même conclusion que ci-dessus. Ces auteurs ont extrait des données de la base de données du ministère israélien de la Santé concernant 4 696 865 personnes âgées de 16 ans ou plus qui avaient reçu deux doses de BNT162b2 au moins 5 mois plus tôt. Chez les personnes de 60 ans ou plus, la mortalité était inférieure d'un facteur 14,7 (IC à 95 % : 10,0 à 21,4) dans l'analyse primaire et de 4,9 (IC à 95 % : 3,1 à 7,9) dans l'analyse secondaire. La dose de rappel a eu un effet similaire dans différents groupes d'âge (bien que dans le groupe d'âge le plus jeune, un facteur de réduction plus important par rapport aux infections confirmées ait été observé).

Same direction. These authors extracted data from the Israel Ministry of Health database regarding 4,696,865 persons 16 years of age or older who had received two doses of BNT162b2 at least 5 months earlier. Among those 60 years of age or older, mortality was lower by a factor of 14.7 (95% CI: 10.0 to 21.4) in the primary analysis and 4.9 (95% CI: 3.1 to 7.9) in the secondary analysis. The booster dose had a similar effect across different age groups (although in the youngest age group, a larger reduction factor vs confirmed infections was observed).

Agostino H, Burstein B, Moubayed D, et al. Trends in the Incidence of New-Onset Anorexia Nervosa and Atypical Anorexia Nervosa Among Youth During the COVID-19 Pandemic in Canada. JAMA Netw Open December 7, 2021;4(12):e2137395. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786919?resultClick=1

Dommages collatéraux. Tendances de l'incidence de l'anorexie mentale d'apparition récente et de l'anorexie mentale atypique chez les jeunes pendant la pandémie de COVID-19 au Canada. 

Dans un large échantillon national de jeunes au cours de la première vague de la pandémie, les cas mensuels d'anorexie mentale d'apparition récente ou d'anorexie mentale atypique ont augmenté de plus de 60 % (24,5 à 40,6), et les hospitalisations mensuelles ont presque triplé (7,5 à 20,0) par rapport aux taux prépandémiques.

In a broad national sample of youth during the first wave of the pandemic, monthly cases of new-onset anorexia nervosa or atypical anorexia nervosa increased by more than 60% (24.5 to 40.6), and monthly hospitalizations nearly tripled (7.5 to 20.0) compared with prepandemic rates.

9 décembre 2021

Pfizer and BioNTech Provide Update on Omicron Variant. Wednesday, December 08, 2021 – 06:54am. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant

Pfizer et BioNTech communiquent une mise à jour sur le variant Omicron. Mercredi 08 décembre 2021 – 06h54. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant

Des études préliminaires en laboratoire démontrent que trois doses du vaccin Pfizer/BioNTech COVID-19 neutralisent le variant Omicron (lignée B.1.1.529) tandis que deux doses montrent des titres de neutralisation considérablement réduits. Les seules données présentées ici : « Le titre moyen d'anticorps neutralisants contre le variant Omicron mesuré dans les échantillons était de 154 (après trois doses), contre 398 contre le variant Delta (après trois doses) et 155 contre la souche ancestrale (après deux doses).

NDLR : notre les différences de conclusions entre ce communiqué et les publications ci-dessous.

Preliminary laboratory studies demonstrate that three doses of the Pfizer/BioNTech COVID-19 vaccine neutralize the Omicron variant (B.1.1.529 lineage) while two doses show significantly reduced neutralization titers. The only data presented here: “The geometric mean titer of neutralizing antibody against the Omicron variant measured in the samples was 154 (after three doses), compared to 398 against the Delta variant (after three doses) and 155 against the ancestral strain (after two doses).”

Chen J, Wang R, Gilby NB, et al. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv. Preprint. 2021 Dec 1: arXiv:2112.01318v1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8647651/

Chen J, Wang R, Gilby N.-B., et al. Omicron (B.1.1.529) : infectiosité, infection malgré le  vaccin et résistance aux anticorps. ArXiv. Préimpression. 

Les auteurs ont utilisé un modèle d'intelligence artificielle (IA), s'appuyant sur des dizaines de milliers de points de données expérimentaux, modèle largement validé par des données expérimentales sur le SRAS-CoV-2. Ils prédisent qu'Omicron est environ dix fois plus infectieux que le virus d'origine ou environ deux fois plus infectieux que le variant Delta. En utilisant les structures de 132 complexes anticorps-RBD connus, ils révèlent également que la capacité d'échappement vaccinal d'Omicron est environ deux fois plus élevée que celle du Delta et qu'Omicron peut réduire considérablement l'efficacité de plusieurs associations d'anticorps. 

The authors used an artificial intelligence (AI) model, trained via tens of thousands of experimental data points and extensively validated by experimental data on SARS-CoV-2. They predict that Omicron is about ten times more infectious than the original virus or about twice as infectious as the Delta variant. Using the structures of 132 known antibody-RBD complexes, they also reveal that Omicron’s vaccine-escape capability is about twice as high as that of the Delta variant and that Omicron may significantly reduce the efficacy of several antibody cocktails. Let’s hope they are wrong.

Pulliam JR, van Schalkwyk C, Govender N, et al. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. MedRxiv December 02, 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.11.21266068

Pulliam JR, van Schalkwyk C, Govender N, et al. Risque accru de réinfection par le SRAS-CoV-2 associé à l'émergence du variant Omicron en Afrique du Sud. 

Des données d'Afrique du Sud suggèrent que le variant Omicron est associé à une capacité substantielle à échapper à l'immunité d'une infection antérieure. Le rapport de risque estimé pour la réinfection par rapport à l'infection primaire pour la période du 1er novembre 2021 au 27 novembre 2021 par rapport à la vague 1 était de 2,39 (IC95 : 1,88–3,11).

Data from South Africa suggesting that the Omicron variant is associated with a substantial ability to evade immunity from prior infection. The estimated hazard ratio for reinfection versus primary infection for the period from 1 November 2021 to 27 November 2021 versus wave 1 was 2.39 (CI95: 1.88–3.11).

8 décembre 2021

Wang SY, Juthani PV, Borfges KA, et al. Severe breakthrough COVID-19 cases in the SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) variant era. Lancet Microbe December 03, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00306-2/fulltext

 Cas graves de COVID-19 à l'ère du variant Delta du SARS-CoV-2 (B.1.617.2).

Bien que les patients atteints d'infections aigues graves aient été nettement plus âgés et porteurs de davantage de  comorbidités, la durée l'hospitalisation était plus courte et le devenir était meilleur que chez ceux qui n'étaient pas vaccinés.

Though patients with severe breakthrough infections were markedly older and more co-morbid, hospitalisation was shorter and outcome was better than among those who were unvaccinated.

Stuart AS, Shaw RH, Liu X, et al. Immunogenicity, safety, and reactogenicity of heterologous COVID-19 primary vaccination incorporating mRNA, viral-vector, and protein-adjuvant vaccines in the UK (Com-COV2): a single-blind, randomised, phase 2, non-inferiority trial. Lancet December 06, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02718-5/fulltext

Immunogénicité, sécurité et réactogénicité de la primovaccination hétérologue COVID-19 incorporant des vaccins à ARNm, à vecteur viral et à adjuvant protéique au Royaume-Uni (Com-COV2) : un essai de non-infériorité de phase 2 randomisé en simple aveugle.

Ce grand essai contrôlé randomisé montre que la vaccination COVID-19 hétérologue (mix and match) est sûre, tolérée et immunogène. En particulier, l'ARNm-1273 (Moderna) en tant que rappel hétérologue après l'amorce par ChAd (AstraZeneca) ou par BNT (Pfizer) a induit une réponse d'anticorps de liaison et de neutralisation plus élevée que l'un ou l'autre des programmes homologues.

Paper of the day. This large RCT shows that heterologous (mix and match) COVID-19 vaccination is safe, tolerated, and immunogenic. In particular, mRNA-1273 as a heterologous boost after ChAd or BNT prime induced a higher binding and neutralising antibody response than either homologous schedule.

Cinétique de l'immunogénicité selon le calendrier vaccinal.  Vaccin BNT=BNT162b2, Pfizer-BioNTech. ChAd=ChAdOx1 vaccin nCoV-19, AstraZeneca. ELU=unités de laboratoire ELISA. m1273=vaccin ARNm-1273, Moderna. Vaccin NVX=NVXCoV2373, Novavax.

Paper of the day. This large RCT shows that heterologous (mix and match) COVID-19 vaccination is safe, tolerated, and immunogenic. In particular, mRNA-1273 as a heterologous boost after ChAd or BNT prime induced a higher binding and neutralising antibody response than either homologous schedule.

7 décembre 2021

Pannus P, Neven KY, De Craeye S, et al. Poor antibody response to BioNTech/Pfizer COVID-19 vaccination in SARS-CoV-2 naïve residents of nursing homes. Clinical Infectious Diseases, 2021;, ciab998, https://doi.org/10.1093/cid/ciab998

 Mauvaise réponse en anticorps à la vaccination BioNTech/Pfizer COVID-19 chez les résidents naïfs du SARS-CoV-2 des nursing homes (équivalentes aux EHPAD)

Les résidents jamais contaminés par le SARS-CoV-2 avaient des réponses d'anticorps inférieures au vaccin à ARNm BNT162b2 que le personnel jamais contaminé. Ces réponses médiocres impliquaient des niveaux inférieurs d'IgG dans tous les domaines de la protéine de pointe, une moindre présence d'IgG visant le domaine RBD et des niveaux inférieurs d'anticorps neutralisant la souche ciblée par le vaccin. Aucun des 78 résidents naïfs n'avait d'anticorps neutralisant détectable au Delta.

Les résidents des NH courent un risque élevé de morbidité et de décès liés au COVID-19 et peuvent mal réagir à la vaccination en raison de leur vieillesse et de comorbidités fréquentes.

SARS-CoV-2 naïve residents had lower Ab responses to the BNT162b2 mRNA vaccine than naïve staff. These poor responses involved lower levels of IgG to all spike domains, lower avidity of RBD IgG, and lower levels of Ab neutralizing the vaccine strain. None of 78 naïve residents had detectable neutralizing Ab to Delta.

Greinacher A, Selleng K, Palankar R, et al. Insights in ChAdOx1 nCoV-19 vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia. Blood. 2021 Dec 2;138(22):2256-2268. PubMed: https://pubmed.gov/34587242. Full text: https://doi.org/10.1182/blood.2021013231

La thrombocytopénie thrombotique immunitaire induite par le vaccin ChAdOx1 nCoV-19. 

Les résultats de cette étude soutiennent un mécanisme en 2 étapes sous-jacent à la VITT qui ressemble à la pathogenèse de la thrombocytopénie (auto-immune) induite par l'héparine.

NDLR : une confirmation de la théorie déjà établie par Greinacher au début de la vaccination par AstraZeneca

The results of this study support a 2-step mechanism underlying VITT that resembles the pathogenesis of (autoimmune) heparin-induced thrombocytopenia.

6 décembre 2021

Dyer O. Covid-19: South Africa’s surge in cases deepens alarm over omicron variant. BMJ December 3, 2021;375:n3013. https://www.bmj.com/content/375/bmj.n3013

Owen Dyer summarizes the latest findings on Omicron.

L'Afrique du Sud, le premier pays à avoir détecté le variant omicron du virus SARS-CoV-2, connaît une augmentation sans précédent du nombre de cas, ce qui donne du poids aux inquiétudes selon lesquelles ce variant pourrait s'avérer être le plus transmissible jamais vu.

Le nombre de nouveaux cas parmi les personnes qui ont déjà eu un test positif suggère qu'omicron est beaucoup plus susceptible que les variants précédents de réinfecter les personnes qui ont eu le covid, a déclaré l'Institut national des maladies transmissibles du pays.

Dans l'épicentre de l'épidémie, Gauteng, la province peuplée qui contient Pretoria et Johannesburg, 74% des échantillons séquencés au cours des trois dernières semaines de novembre impliquaient le nouveau variant. Cela suggère qu'omicron surpasse rapidement le variant delta qui avait déjà remplacé le variant bêta local. Avec seulement des cas sporadiques identifiés dans au moins 23 autres pays, l'expérience de l'Afrique du Sud offre actuellement l'aperçu le plus net de l'évolution future possible du variant.

« Sur la base d'une modélisation mathématique menée par l'ECDC [le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies], l'ECDC a déclaré dans un communiqué le 2 novembre 2021 qu’il y a des indices qu'omicron pourrait causer plus de la moitié de toutes les infections au SRAS-CoV-2 dans l'UE/EEE au cours des prochains mois ». Le conseiller scientifique du gouvernement français, Jean-François Delfraissy, a déclaré qu'omicron pourrait prendre la place de delta d'ici la fin janvier 2022.

Le nombre de nouveaux cas quotidiens en Afrique du Sud double à un rythme beaucoup plus rapide que lors des trois vagues précédentes dans le pays. La moyenne glissante sur sept jours des nouveaux cas quotidiens s'élevait à 266 lorsque le premier échantillon a été isolé le 8 novembre 2021, à 674 lorsque des scientifiques sud-africains l'ont identifié comme un possible nouveau variant préoccupant le 23 novembre et à 5092 le 2 décembre.

La poussée semble encore s'accélérer, comme en témoigne la proportion de tests revenus positifs, qui est passée de 10,3 % des tests (4373 cas) au 30 novembre à 16,5 % des tests au 1er décembre (8561 nouveaux cas), 22,4 % des tests sur 2 décembre (11 535 nouveaux cas), et 24,3 % des tests le 3 décembre (16 055 nouveaux cas).

Le taux de décès n'a pas encore montré une augmentation similaire. Des rapports anecdotiques provenant d'hôpitaux sud-africains suggèrent que les jeunes figurent en bonne place parmi les nouveaux cas. "Nous avons constaté une augmentation assez marquée [des admissions à l'hôpital] dans tous les groupes d'âge, en particulier chez les moins de 5 ans", a déclaré Wassila Jassat, épidémiologiste à l'Institut national des maladies transmissibles.

L'Afrique du Sud a un faible taux de vaccination d’environ 36% de la population adulte, mais le taux est particulièrement faible chez les jeunes, en particulier chez les hommes. "Les fake news dans l'espace des médias sociaux ont eu un impact énorme" parmi cette population, a déclaré le mois dernier le ministre de la Santé Joe Phaahla.

Les premiers échantillons identifiés ont été collectés le 8 novembre auprès d'un homme de 34 ans et d'un homme de 23 ans à Johannesburg.

Risque de réinfection

Il n'y a toujours pas de données sur le statut vaccinal des personnes infectées par l'omicron. Sur la base de ses mutations connues, les fabricants de vaccins ont exprimé leur optimisme quant au fait que la vaccination continuera à protéger contre les pires conséquences de la covid-19 provoquées par le nouveau variant. Mais une étude de publiée en ligne par des chercheurs sud-africains a révélé qu'elle pourrait être plus dangereuse qu’avec d'autres variants pour les personnes dont l'immunité a été acquise lors d'une infection antérieure.

Le pays a connu trois vagues précédentes, entraînées par le virus d'origine, le variant bêta et le variant delta. Dans la vague d'omicron qui se développe rapidement - qui n'a pas encore été officiellement déclarée comme une quatrième vague - la proportion de nouveaux cas impliquant des personnes qui ont déjà subi la covid-19 est plus de trois fois plus élevée que lors des deuxièmes et troisièmes vagues, selon l'étude.

Si cette découverte est confirmée ailleurs, l'omicron constituerait un danger particulier dans les pays ayant des taux élevés d'immunité naturelle mais des taux de vaccination relativement faibles, comme l'Afrique du Sud, la Russie et les États-Unis.

Lien avec le VIH suspecté

Tulio de Oliveira, le scientifique sud-africain qui a identifié le variant omicron, a déclaré au Los Angeles Times que "l'histoire la plus plausible" de l'origine du variant était liée à ses multiples mutations qui se sont accumulées dans le corps d'une personne vivant avec le VIH dont le système immunitaire affaibli avait du mal à éliminer le virus pendant des semaines ou des mois. L'Afrique du Sud était auparavant le point d'origine probable du variant bêta.

Comme le pays a une prévalence du VIH de 19% chez les personnes âgées de 15 à 49 ans, cette importante population non traitée pourrait « devenir une usine de variants pour le monde entier », a averti de Oliveira. Avec la prévalence élevée du VIH en Afrique et un taux de vaccination à l'échelle du continent inférieur à 7 %, il a été laissé pour compte dans la pandémie, écrit-il avec ses collègues dans Nature.

Les interdictions de voyager ont effectivement puni l'Afrique du Sud pour avoir rapidement informé l'Organisation mondiale de la santé du variant, ont-ils noté, ce qui a découragé la transparence. Les nombreuses annulations de vols entraînent désormais une pénurie de réactifs pour les kits de test dont l'Afrique du Sud a besoin pour suivre la poussée d'omicron, a déclaré l'Institut national des maladies transmissibles, et l'OMS a averti qu'elle empêchait également l'envoi d'échantillons à l'étranger.

5 décembre 2021

Hoertel N, Sánchez-Rico M, Herrera-Morueco JJ. et al. Comorbid medical conditions are a key factor to understand the relationship between psychiatric disorders and COVID-19-related mortality: Results from 49,089 COVID-19 inpatients. Mol Psychiatry, November 26, 2021. https://doi.org/10.1038/s41380-021-01393-7

 Les comorbidités sont un facteur clé pour comprendre la relation entre les troubles psychiatriques et la mortalité liée au COVID-19 : résultats de 49 089 patients hospitalisés COVID-19. 

Parmi les patients hospitalisés pour COVID-19, ceux souffrant de troubles psychiatriques ont un risque accru de décès, ce qui pourrait s'expliquer par leur plus grand nombre de pathologies médicales.

Among patients hospitalized for COVID-19, those with psychiatric disorders have increased risk of death, which could be explained by their greater number of medical conditions.

4 décembre 2021

Ce jour, deux articles qui vont dans le sens d'une plus grande efficacité du Moderna par rapport au Pfizer. Rien d'étonnant si l'on considère les dosages différents, les effets secondaires observés et les résultats d'études déjà publiées. Une prudence toutefois. Même si ces articles paraissent dans de grandes revues internationales reconnues, ici le NEJM, un éventuel lien d'intérêt non déclaré doit toujours être suspecté.

Dickerman BA, Gerlovin H, Madenci AL, et al. Comparative Effectiveness of BNT162b2 and mRNA-1273 Vaccines in U.S. Veterans. NEJM December 1, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2115463?query=featured_home

The authors used the electronic health records of U.S. veterans who received a first dose of the BNT162b2 or mRNA-1273 vaccine in early 2021, during a period marked by predominance of the Alpha variant. The risks of outcomes were low, regardless of the vaccine received. However, recipients of the BNT162b2 vaccine had a 27% higher risk of documented SARS-CoV-2 infection and a 70% higher risk of hospitalization for COVID-19 than recipients of the mRNA-1273 vaccine over 24 weeks of follow-up in a period.

Rosenberg ERS, Dorabawila V, Easton D, et al. Covid-19 Vaccine Effectiveness in New York State. NEJM December 1, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2116063?query=featured_home

By analyzing large cohorts of New York State residents, the authors observed declines in vaccine effectiveness from May through August 2021. Trends were inversely correlated with increasing Delta prevalence and plateaued among persons 18 to 64 years of age during the period in which the prevalence of Delta exceeded 85%. These changes occurred simultaneously across age, product, and time cohorts, with the largest declines seen among BNT162b2 recipients.

3 décembre 2021

Shi T, Pan J, Katikireddi SV, et al. Risk of COVID-19 hospital admission among children aged 5–17 years with asthma in Scotland: a national incident cohort study. Lancet Resp Med November 30, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00491-4/fulltext

Risque d'admission à l'hôpital pour COVID-19 chez les enfants âgés de 5 à 17 ans souffrant d'asthme en Écosse : une étude nationale de cohorte d'incidents. 

Sur 4339 enfants d'âge scolaire avec une infection confirmée, 67 (1,5%) ont été admis à l'hôpital avec COVID-19. En cas de prescriptions de corticostéroïdes par voie orale comme marqueur de l'asthme non contrôlé, le risque relatif ajusté était de 3,38 (1,84 à 6,21) pour les enfants ayant reçu au moins trois cures de corticostéroïdes prescrites. Les auteurs concluent que les enfants d'âge scolaire souffrant d'asthme ayant été récemment hospitalisés ou ayant reçu deux cures ou plus de corticostéroïdes oraux présentent un risque nettement accru d'hospitalisation pour COVID-19 et doivent être considérés comme une priorité pour les vaccinations.

Of 4339 school-aged children with confirmed infection, 67 (1.5%) were admitted to hospital with COVID-19. When using oral corticosteroid prescriptions as the marker of uncontrolled asthma, the adjusted HR was 3.38 (1.84–6.21) for those with three or more prescribed courses of corticosteroids. The authors conclude that school-aged children with asthma with previous recent hospital admission or two or more courses of oral corticosteroids are at markedly increased risk of COVID-19 hospital admission and should be considered a priority for vaccinations.

2 décembre 2021

Tran Kiem C, Bosetti P, Paireau J, et al. SARS-CoV-2 transmission across age groups in France and implications for control. Nat Commun November 25, 2021, 12, 6895. https://www.nature.com/articles/s41467-021-27163-1

Transmission du SARS-CoV-2 à travers les tranches d'âge en France et implications pour le contrôle épidémique. 

France : cette grande publication s'adresse à tous ceux qui soutiennent encore qu'il suffit de protéger uniquement les personnes âgées. La lutte contre la pandémie nécessite un effort dans toutes les tranches d'âge : en analysant l'épidémie française à l'été 2020, les auteurs ont constaté que si le rebond a commencé chez les jeunes adultes, il a atteint les individus âgés de ≥ 80  ans après 4 semaines, malgré des réductions substantielles des contacts, indiquant des flux de transmission substantiels à travers les âges. Bien que la protection des personnes âgées réduise la mortalité, elle est insuffisante pour permettre un assouplissement significatif de la distanciation sociale. Lorsque l'épidémie reste gérable (R proche de 1), il vaut mieux cibler ceux qui contribuent le plus à la transmission que protéger les individus à risque.

This great paper is for all who still argue that it is sufficient to protect only the elderly. Pandemic control requires an effort in all age groups: analyzing the French epidemic in summer 2020, the authors found that while the rebound started in young adults, it reached individuals aged ≥ 80 years after 4 weeks, despite substantial contact reductions, indicating substantial transmission flows across ages. While shielding older individuals reduces mortality, it is insufficient to allow any significant relaxation of social distancing. When the epidemic remains manageable (R close to 1), targeting those most contributing to transmission is better than shielding at-risk individuals.

Meslé M, Brown J, Mook P, et al. Estimated number of deaths directly averted in people 60 years and older as a result of COVID-19 vaccination in the WHO European Region, December 2020 to November 2021. Euro Surveill. 2021;26(47):pii=2101021. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.47.2101021

Estimation du nombre de décès directement évités chez les personnes de 60 ans et plus à la suite de la vaccination contre le COVID-19 dans la Région européenne de l'OMS, de décembre 2020 à novembre 2021. 

Les auteurs estiment que la mise en œuvre généralisée des programmes de vaccination contre le COVID-19 pour les personnes âgées a évité une médiane de 469 186 décès (possiblement : 129 851 à 733 744) chez les personnes de 60 ans et plus dans 33 pays (51 % des 911 302 décès attendus ; possiblement : 23-62%).

The authors estimate that the widespread implementation of COVID-19 vaccination programs for older people has averted a median of 469,186 deaths (sensitivity range: 129,851–733,744) in people 60 years and older in 33 countries (51% of 911,302 expected deaths; sensitivity range: 23–62%).

1er décembre 2021

Delaugerre C Foissac F, Abdoul H, et al. Prevention of SARS-CoV-2 transmission during a large, live, indoor gathering (SPRING): a non-inferiority, randomised, controlled trial. Lancet November 26, 2021. https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00673-3/fulltext

Prévention de la transmission du SARS-CoV-2 lors d'un grand rassemblement intérieur en direct (SPRING) : un essai contrôlé, randomisé et de non-infériorité. 

France : ce grand essai randomisé à Paris avec 6678 participants montre que les taux d'infection parmi les participants à un grand événement de rassemblement en salle sont similaires à ceux des non-participants, compte tenu de la mise en œuvre d'une stratégie de prévention complète comprenant dépistage antigénique dans les 3 jours précédents, masque porté, et ventilation optimisée. Attention toutefois : l'étude a été menée dans un contexte de faible circulation du SARS-CoV-2 en France (fin mai 2021).

This large randomized trial from Paris with 6678 participants shows that infection rates among attendees at a large, indoor gathering event are similar to those in non-attendees, given implementation of a comprehensive prevention strategy including antigen-screening within the 3 days prior, medical mask wearing, and optimised ventilation. Important caveat: the study was conducted in the context of low circulation of SARS-CoV-2 in France (end of May 2021).

Menichetti F, Popoli P, Puopolo M, et al. Effect of High-Titer Convalescent Plasma on Progression to Severe Respiratory Failure or Death in Hospitalized Patients With COVID-19 Pneumonia – A Randomized Clinical Trial. JAMA Netw Open November 29, 2021;4(11):e2136246. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786680?resultClick=1

Effet du plasma convalescent à titre élevé sur la progression vers une insuffisance respiratoire grave ou la mort chez les patients hospitalisés atteints de pneumonie COVID-19 - Un essai clinique randomisé.

Chez les patients atteints de pneumonie COVID-19 modérée à sévère, le plasma de convalescent (PC) anti-SARS-CoV-2 à titre élevé n'a pas réduit la progression vers une insuffisance respiratoire sévère ou la mort dans les 30 jours. Le critère d'évaluation principal a été observé chez 59 des 231 patients (25,5%) traités par PC et traitement standard et chez 67 des 239 patients (28,0%) qui ont reçu un traitement standard seul. Les événements indésirables sont survenus plus fréquemment dans le groupe PC (12 sur 241 [5,0 %]) par rapport au groupe témoin (4 sur 246 [1,6 %] ; P = ,04).

In patients with moderate to severe COVID-19 pneumonia, high-titer anti–SARS-CoV-2 convalescent plasma (CP) did not reduce the progression to severe respiratory failure or death within 30 days. The primary end point occurred in 59 of 231 patients (25.5%) treated with CP and standard therapy and in 67 of 239 patients (28.0%) who received standard therapy alone.

30 novembre 2021

29 novembre 2021

Baker N, Van Noorden R. Coronapod: everything we know about the new COVID variant. Nature 26 November 2021. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03562-8

Coronapod : tout ce que nous savons sur le nouvelle variant COVID. 

B.1.1.529 (Omicron) a plus de 30 modifications de la protéine de pointe - et le souci est que ces mutations peuvent entraîner une transmissibilité accrue, la gravité de la maladie ou même l'échappement aux anticorps. 

B.1.1.529 (Omicron) has more than 30 changes to the spike protein – and the concern is that these mutations may result in increased transmissibility, severity of disease or even antibody evasion. Noah Baker and Richard van Noorden discuss what is known.

Gangneux JP, Dannaoui E, Fekkar A, et al. Fungal infections in mechanically ventilated patients with COVID-19 during the first wave: the French multicentre MYCOVID study. Lancet Resp Medicine, November 26, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00442-2/fulltext

Infections fongiques chez les patients sous ventilation mécanique atteints de COVID-19 lors de la première vague : l'étude multicentrique française MYCOVID. 

Cette grande étude rétrospective portant sur 565 patients a révélé une prévalence élevée d'infections fongiques invasives (25 %) ainsi qu'une mortalité élevée associée à une aspergillose pulmonaire associée à la COVID-19 avérée ou probable chez les patients ventilés mécaniquement atteints de COVID-19.

This large retrospective study on 565 patients found a high prevalence of invasive fungal infections (25%) as well as high mortality associated with proven or probable COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA) in mechanically ventilated patients with COVID-19.

Chua GT, Wah Kwan MY, Chui CS, et al. Epidemiology of Acute Myocarditis/Pericarditis in Hong Kong Adolescents Following Comirnaty Vaccination. Clin Inf Dis, November 29, 2021. https://academic.oup.com/cid/advance-article-abstract/doi/10.1093/cid/ciab989/6445179?redirectedFrom=fulltext

Épidémiologie de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents de Hong Kong après la vaccination par Comirnaty (Pfizer). 

Incidence selon l'âge de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents après la vaccination Comirnaty en Asie. Cette étude visait à étudier les caractéristiques cliniques et l'incidence de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents de Hong-Kong après la vaccination Comirnaty.

Il s'agit d'une étude de cohorte de population à Hong-Kong qui a observé les événements indésirables après la vaccination via un système de pharmacovigilance pour les vaccins antiCOVID-19. Tous les adolescents âgés de 12 à 17 ans ont été suivis après la vaccination Comirnaty dans le cadre d'un programme de surveillance des événements indésirables et d'évaluation du vaccin. Les caractéristiques cliniques et l'incidence globale de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents après vaccination Comirnaty ont été analysées.

Entre le 14 juin 2021 et le 4 septembre 2021, 33 adolescents chinois ayant développé une myocardite/péricardite aiguë suite à la vaccination Comirnaty ont été identifiés. 29 (87,88 %) étaient des hommes et 4 (12,12 %) étaient des femmes, avec un âge médian de 15,25 ans. 6 (18,18 %) et 27 (81,82 %) ont développé une myocardite/péricardite aiguë après avoir reçu respectivement la première et la deuxième et dose. Tous les cas sont bénins et n'ont nécessité qu'une prise en charge classique. L'incidence globale de myocardite/péricardite aiguë était de 18,52 (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 11,67-29,01) pour 100 000 personnes vaccinées. L'incidence après la première et la deuxième dose était de 3,37 (IC à 95 % 1,12-9,51) et de 21,22 (IC à 95 % 13,78-32,28 pour 100 000 personnes vaccinées, respectivement). Chez les adolescents de sexe masculin, l'incidence après la première et la deuxième dose était de 5,57 (95 % IC 2,38-12,53) et 37,32 (IC 95 % 26,98-51,25) pour 100 000 personnes vaccinées.

Il existe une augmentation significative du risque de myocardite/péricardite aiguë après la vaccination Comirnaty chez les adolescents chinois de sexe masculin, en particulier après la deuxième dose.

NDLR (Bernard Pradines). Il serait intéressant de connaitre les incidences respectives hors vaccination, y compris chez les sujets témoins ayant contracté la pathologie. Ceci n'enlève pas l'intérêt observationnel de cette étude rétrospective. En particulier dans la surveillance de cette population en phase post-vaccinale. Ou encore pour trouver des voies préventives : autres vaccins par exemple.

In this population cohort study in Hong Kong that monitored adverse events following immunization through a pharmacovigilance system for COVID-19 vaccines, among male adolescents, the incidence after the first and second doses were 5.57 (95% CI: 2.38-12.53) and 37.32 (95% CI: 26.98-51.25) per 100,000 persons vaccinated.

Callaway E. Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert. Nature NEWS 27 November 2021. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w

Pour comprendre la menace que représente le B.1.1.529, les chercheurs suivent de près sa propagation en Afrique du Sud et au-delà. Des chercheurs d'Afrique du Sud ont mobilisé leurs efforts pour étudier rapidement le variant bêta, identifié là-bas fin 2020, et un effort similaire commence pour le B.1.1.529.

L'équipe de Moore – qui a fourni certaines des premières données sur la capacité de Beta à échapper à l'immunité – a déjà commencé à travailler sur le B.1.1.529. Ils prévoient de tester la capacité du virus à échapper aux anticorps bloquant les infections, ainsi qu'à d'autres réponses immunitaires. Ce variant héberge un nombre élevé de mutations de la protéine de pointe que les anticorps reconnaissent, ce qui réduit potentiellement leur puissance. "Nous savons que de nombreuses mutations sont problématiques, mais beaucoup d'autres semblent contribuer à de nouveaux échappements", explique Moore. Il y a même des indices par la modélisation informatique que le B.1.1.529 pourrait échapper à l'immunité conférée par un autre composant du système immunitaire : les cellules T, dit Moore. Son équipe espère obtenir ses premiers résultats dans deux semaines.

"Une question brûlante est" est-ce que cela réduit l'efficacité du vaccin, parce qu'il y a tellement de changements ? "", déclare Aris Katzourakis, qui étudie l'évolution du virus à l'Université d'Oxford, au Royaume-Uni. Moore dit que des infections réfractaires ont été signalées en Afrique du Sud chez des personnes qui ont reçu l'un des trois types de vaccins utilisés là-bas, Johnson & Johnson (Janssen en Europe), Pfizer-BioNTech et Oxford-AstraZeneca. Deux voyageurs mis en quarantaine à Hong-Kong qui ont été testés positifs pour le variant avaient été vaccinés avec le vaccin Pfizer selon des articles de presse. Une personne avait voyagé depuis l'Afrique du Sud; l'autre a été infectée lors d'une mise en quarantaine à l'hôtel.

Des chercheurs d'Afrique du Sud étudient également si le B.1.1.529 provoque une maladie plus grave ou plus bénigne que celle produite par d'autres variants, a déclaré Lessells. « La question vraiment clé concerne la gravité de la maladie. »

Jusqu'à présent, la menace que représente le B.1.1.529 au-delà de l'Afrique du Sud est loin d'être claire, selon les chercheurs. On ne sait pas non plus si le variant est plus transmissible que le Delta, dit Moore, car il y a actuellement un faible nombre de cas de COVID-19 en Afrique du Sud. «Nous sommes dans une accalmie», dit-elle. Katzourakis dit que les pays où le Delta est très répandu devraient surveiller le B.1.1.529. « Nous devons voir ce que fait ce virus en termes de succès compétitif et s’il augmentera en prévalence. »

Ewan Callaway summarizes what is known on Omicron and whether this variant poses a threat to COVID vaccines’ effectiveness

Israel A, Merzon E, Schäffer AA, et al. Elapsed time since BNT162b2 vaccine and risk of SARS-CoV-2 infection: test negative design study. BMJ November 24, 2021;375:e067873. PubMed: https://pubmed.gov/34819275. Full text: https://doi.org/10.1136/bmj-2021-067873

Temps écoulé depuis le vaccin BNT162b2 et risque d'infection par le SRAS-CoV-2.

Encore plus de preuves d'une protection décroissante. Dans cette grande population d'adultes testés pour le SARS-CoV-2 par RT-PCR après deux doses de vaccin à ARNm BNT162b2, une augmentation progressive du risque d'infection a été observée chez les individus qui ont reçu leur deuxième dose de vaccin après au moins 90 jours.

More evidence for waning protection. In this large population of adults tested for SARS-CoV-2 by RT-PCR after two doses of mRNA BNT162b2 vaccine, a gradual increase in the risk of infection was seen for individuals who received their second vaccine dose after at least 90 days.