Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Publié par Bernard Pradines

Sans me livrer à une vraie revue de la littérature scientifique, je repère surtout les publications qui me semblent dignes d’intérêt depuis le 18 mars 2021 (voir les archives 1, archives 2 , archive 3, archive 4) dans le listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

Remarques en français en caractères bleus.

A noter que les mises à jour de cette page ne feront pas systématiquement l'objet d'un avis de publication par courriel comme les autres articles.

18 octobre 2021

Payne RP, Longet S, Austin JA, et al. Immunogenicity of standard and extended dosing intervals of BNT162b2 mRNA vaccine. Cell 2021, published 15 October. Full text: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01221-6

Immunogénicité des intervalles posologiques standard du vaccin Pfizer (3 à 4 semaines entre deux injections) et prolongés (10 semaines). Plutôt 10 semaines que 3 à 4.

Les niveaux d'anticorps après deux doses du vaccin BioNTech/Pfizer sont plus élevés après un intervalle de dosage long (10 semaines -colonne de droite ci-dessous- schéma corporel noir) chez les participants naïfs d'infection par rapport à l'intervalle de dosage de 3 à 4 semaines utilisé dans les études de validation (colonne de gauche ci-dessous - schéma corporel noir). L'intervalle de 10 semaines augmente également les cellules T CD4+ spécifiques du virus exprimant l'IL-2.

Antibody levels after two doses of the BioNTech/Pfizer vaccine are higher after an extended dosing interval in infection-naïve participants compared with the 3-4 week dosing interval used in the licensing studies. The extended regimen also enriches for virus-specific CD4+ T cells expressing IL-2.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

17 octobre 2021

Trois publications notables :

  • Une sur l'efficacité vaccinale en relation en fonction du temps et des trois vaccins suivants : Pfizer, Moderna et Janssen (Johnson et Johnson aux USA).
  • Une sur les évolutions des taux d'anticorps selon ces trois vaccins.
  • Une, italienne, levant le voile sur la relation entre pression sur le système de santé et la possibilité de bénéficier de soins intensifs selon l'âge.

Cohn BA Cirillo PM, Murphy CC, et al. Breakthrough SARS-CoV-2 infections in 620,000 U.S. Veterans, February 1, 2021 to August 13, 2021. medRxiv 2021, posted 14 October. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.10.13.21264966

USA :

Les données nationales sur les infections malgré les vaccin anti-COVID-19 sont nécessaires de toute urgence pour déterminer la politique américaine du fait de l'émergence du variant Delta. Nous comblons cette lacune en comparant l'infection par le SRAS CoV-2 par statut vaccinal du 1er février 2021 au 13 août 2021 dans la Veterans Health Administration, couvrant 2,7% de la population américaine. La protection vaccinale a diminué, passant de 91,9% en mars à 53,9% (p<0,01, n=619.755) à la mi-août 2021. Les baisses ont été les plus importantes pour le vaccin Janssen suivi de PfizerBioNTech et Moderna (voir figure ci-dessous). Les infections au fil du temps étaient corrélées avec l'âge, malgré l'éligibilité au vaccin de cette population âgée, impliquant le variant Delta comme principal déterminant. Ces résultats justifient les efforts continus pour augmenter la vaccination et un retour immédiat et national à des mesures supplémentaires de protection contre l'infection.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

National data on COVID-19 vaccine breakthrough infections is inadequate but urgently needed to determine U.S. policy during the emergence of the Delta variant. We address this gap by comparing SARS CoV-2 infection by vaccination status from February 1, 2021 to August 13, 2021 in the Veterans Health Administration, covering 2.7% of the U.S. population. Vaccine protection declined by mid-August 2021, decreasing from 91.9% in March to 53.9% (p<0.01, n=619,755). Declines were greatest for the Janssen vaccine followed by PfizerBioNTech and Moderna. Patterns of breakthrough infection over time were consistent by age, despite rolling vaccine eligibility, implicating the Delta variant as the primary determinant of infection. Findings support continued efforts to increase vaccination and an immediate, national return to additional layers of protection against infection.

Collier AY, Yu J, McMahan K, et al. Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines. N Engl J Med. 2021 Oct 15. PubMed: https://pubmed.gov/34648703. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2115596

Ces données montrent une cinétique différentielle des réponses immunitaires induites par les vaccins à ARNm et Ad26.COV2.S sur une période de suivi de 8 mois. Comme l'ont montré des études précédentes, les vaccins BNT162b2 (Pfizer) et ARNm-1273 (Moderna) étaient caractérisés par des pics de réponse en anticorps élevés qui ont fortement diminué au bout de 6 mois ; ces réponses ont encore diminué à 8 mois. Les titres d'anticorps chez les receveurs du vaccin à ARNm-1273 étaient généralement plus élevés que ceux des receveurs du vaccin BNT162b2. Le vaccin Ad26.COV2.S (Janssen en Europe) a induit des réponses d'anticorps initiales plus faibles, mais ces réponses étaient relativement stables au cours de la période de suivi de 8 mois, avec peu ou pas de diminution. Ces résultats ont des implications importantes pour la diminution de l'immunité vaccinale, bien que les corrélats de protection contre le SARS-CoV-2 ne soient pas encore définis. A ce denier propos, voir la publication ci-dessus.

These data show differential kinetics of immune responses induced by the mRNA and Ad26.COV2.S vaccines over an 8-month follow-up period. As shown in previous studies,the BNT162b2 and mRNA-1273 vaccines were characterized by high peak antibody responses that declined sharply by 6 months; these responses declined further by 8 months. Antibody titers in recipients of the mRNA-1273 vaccine were generally higher than those in recipients of the BNT162b2 vaccine. The Ad26.COV2.S vaccine induced lower initial antibody responses, but these responses were relatively stable over the 8-month follow-up period, with minimal-to-no evidence of decline.3 These findings have important implications for waning vaccine immunity, although correlates of protection from SARS-CoV-2 are not yet defined.

Trentini F, Marziano V, Guzzetta G, Tirani M, Cereda D, Poletti P, Piccarreta R, Barone A, Preziosi G, Arduini F, Valle PGD, Zanella A, Grosso F, Castillo G, Castrofino A, Grasselli G, Melegaro A, Piatti A, Andreassi A, Gramegna M, Ajelli M, Merler S. The pressure on healthcare system and intensive care utilization during the COVID-19 outbreak in the Lombardy region: a retrospective observational study on 43,538 hospitalized patients. Am J Epidemiol. 2021 Oct 15:kwab252. doi: 10.1093/aje/kwab252. Epub ahead of print. PMID: 34652416.

Au printemps 2020, l'épidémie de COVID-19 a provoqué une demande sans précédent de ressources de soins intensifs en Lombardie, en Italie. À partir des données de 43 538 patients hospitalisés admis entre le 21 février et le 12 juillet 2020, nous avons évalué les variations des admissions en unité de soins intensifs (USI) et de la mortalité sur trois périodes :

  • la phase précoce (20 février-13 mars),
  • la période de plus forte pression sur les services de santé (du 14 mars au 25 avril lorsque les patients COVID-19 ont dépassé la capacité de lits des soins intensifs avant la pandémie) 
  • la phase de diminution (du 26 avril au 12 juillet).

Par rapport à la phase précoce, les patients de plus de 70 ans ont été admis moins souvent dans une unité de soins intensifs pendant la la période de plus forte pression sur les services de santé (0,47, IC à 95 % : 0,41-0,54) avec des délais plus longs (rapport de taux d'incidence 1,82, 95 % IC : 1,52-2,18) et un nombre de décès plus faible en soins intensifs (0,47, IC à 95 % : 0,34-0,64).

Les patients de moins de 56 ans ont subi des variations plus limitées de la probabilité d'admission (0,65, IC à 95 % : 0,56-0,76) et du retard à l'admission en soins intensifs (1,16, IC à 95 % : 0,95-1,42) ainsi qu'une mortalité accrue (1,43, IC à 95 % : 1,00-2,07).

Dans la phase de diminution, toutes les quantités ont diminué pour tous les groupes d'âge. Ces schémas peuvent suggérer que les ressources de soins de santé limitées pendant la phase épidémique de pointe en Lombardie ont entraîné un changement dans les critères d'admission en soins intensifs pour donner la priorité aux patients ayant de meilleures chances de survie.

During the spring of 2020, the COVID-19 epidemic caused an unprecedented demand for intensive care resources in Lombardy, Italy. Using data on 43,538 hospitalized patients admitted between February 21 and July 12, 2020, we evaluated variations in intensive care unit (ICU) admissions and mortality over three periods: the early phase (February 20-March 13), the period of highest pressure on healthcare (March 14-April 25, when COVID-19 patients exceeded the ICU pre-pandemic bed capacity), and the declining phase (April 26-July 12). Compared to the early phase, patients above 70 years of age were admitted less often to an ICU during highest pressure on healthcare (odds ratio OR 0.47, 95%CI: 0.41-0.54) with longer delays (incidence rate ratio IRR 1.82, 95%CI: 1.52-2.18), and lower chances of death in ICU (OR 0.47, 95%CI: 0.34-0.64). Patients under 56 years of age reported more limited changes in the probability (OR 0.65, 95%CI: 0.56-0.76) and delay to ICU admission (IRR 1.16, 95%CI: 0.95-1.42) and an increased mortality (OR 1.43, 95%CI: 1.00-2.07). In the declining phase, all quantities decreased for all age groups. These patterns may suggest that limited healthcare resources during the peak epidemic phase in Lombardy forced a shift in ICU admission criteria to prioritize patients with higher chances of survival.

16 octobre 2021

CDC 202110. Rates of COVID-19 Cases and Deaths by Vaccination Status. Centers for Disease Control 2021. Link: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status

Taux de cas et de décès de COVID-19 par statut vaccinal. 

Le CDC publie maintenant des données sur le statut vaccinal pour les hospitalisations et les décès, et par âge. Voir le lien ci-dessous.

The CDC is now posting data on vaccination status for hospitalization and death, and by age.

de Gier B, Andeweg S, Backer JA, et al. Vaccine effectiveness against SARSCoV2 transmission to household contacts during dominance of Delta variant (B.1.617.2), AugustSeptember 2021, the Netherlands. medRxiv 2021, posted 14 October. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.10.14.21264959

Efficacité du vaccin contre la transmission du SRAS-CoV-2 par contacts familiaux pendant la dominance du variant Delta (B.1.617.2), août-septembre 2021, Pays-Bas. 

Les auteurs ont comparé les taux de covid secondaire parmi les membres du ménage entre les cas index vaccinés et non vaccinés. Ils ont estimé l'efficacité de la vaccination complète à 63%.

The authors compared secondary attack rates among household members between vaccinated and unvaccinated index cases. They estimated the effectiveness of full vaccination to be 63%.

15 octobre 2021

Nogrady B. ‘I hope you die’: how the COVID pandemic unleashed attacks on scientists. Nature 2021, published 13 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02741-x

« J'espère que tu mourras » : comment la pandémie de COVID a déclenché des attaques contre les scientifiques. 

Une enquête de Nature auprès de plus de 300 scientifiques qui ont accordé des interviews aux médias sur la COVID-19 – dont beaucoup avaient également commenté la pandémie sur les réseaux sociaux – a révélé de nombreux témoignages de harcèlement ou d'abus ; 15% ont déclaré avoir reçu des menaces de mort. Voir aussi l'éditorial de Nature : les scientifiques COVID aux yeux du public ont besoin de protection contre les menaces. Nature 2021, publié le 13 octobre 2021. Texte intégral : https://www.nature.com/articles/d41586-021-02757-3

NDLR : ce n'est plus l'Inquisition mais d'autres acteurs qui menacent les scientifiques. Extrait de courriels insultants reçus par votre serviteur (Bernard Pradines) :

 

Je suis super hyper bien dans ma peau !
 
Tu peux pas imaginer à quel point j'en ai rien à foutre de l'avis des gros c... CO labos comme toi !
 
Bien sure que tu aimes macron puisque tu fais tout ce qu'il t'ordonne, c'est ton maitre !
 
COMPARAISON ZERO AVEC LE LIBAN
 
C'EST TOI LE PSYCHOPATHE QUI A TUÉ DES GENS EN LEUR CONSEILLANT DE SUIVRE LE PROTOCOLE PARACETAMOL À LA MAISON AU LIEU DES SOINS PRECOCES
 
TU AS DES MORTS SUR TA CONSCIENCE!  PAS MOI !
 
ET FERMES VITE TA GUEULE SUR LE LIBAN ! ESPECE DE GROS COLON DE MERDE !
Essaye même pas de venir m'expliquer quoi que ce soit sur le Liban ! FERME TA GUEULE C'EST TOUT

 

heu comment vous dire à quel point je me fous de l'avis des :
 
-pedos
-violeurs ( chimique ou physique)
-tueurs avec arme ou par empoisonnement
et des collabos aux trois catégories aux dessus ce que vous êtes indéniablement pour les deux dernières catégories !
JE NE CHERCHE PAS À VOUS CONVAINCRE
 
JE VOUS DIS QUE JE VOUS CONSTATE QUE VOUS ETES UN COLLABO
 
JE ME FOUS TOTALEMENT QUE VOUS CREUVIEZ
 
JE ME FOUS TOTALEMENT DE VOTRE AVIS
 
JE NE FERAI ( FUTUR FERME) JAMAIS AUCUN EFFORT ENVERS LES COLLABOS COMME VOUS !
 

“A survey by Nature of more than 300 scientists who have given media interviews about COVID-19 — many of whom had also commented about the pandemic on social media — has found wide experience of harassment or abuse; 15% said they had received death threats.” See also the Nature editorial: COVID scientists in the public eye need protection from threats. Nature 2021, published 13 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02757-3

Groff D, Sun A, Ssentongo AE, et al. Short-term and Long-term Rates of Postacute Sequelae of SARS-CoV-2 Infection: A Systematic Review. JAMA Netw Open. 2021 Oct 1;4(10):e2128568. PubMed: https://pubmed.gov/34643720. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.28568

Taux à court et à long terme des séquelles post-aigues de l'infection par le SRAS-CoV-2 : une revue systématique. 

Dans cette revue de 57 études comprenant plus de 250 000 survivants de COVID-19, les séquelles les plus courantes étaient des troubles de la mobilité, des anomalies pulmonaires et des troubles de la santé mentale. Les auteurs avertissent que ces effets à long terme « se produisent à une échelle qui pourrait dépasser les capacités de soins de santé existantes, en particulier dans les pays à revenu faible et intermédiaire ».

In this review of 57 studies comprising more than 250,000 survivors of COVID-19, the most common sequelae involved functional mobility impairments, pulmonary abnormalities, and mental health disorders. The authors warn that these long-term effects “occur on a scale that could overwhelm existing health care capacity, particularly in low- and middle-income countries.”

Bergwerk M, Gonen T, Lustig Y, et al. Covid-19 Breakthrough Infections in Vaccinated Health Care Workers. N Engl J Med. 2021 Oct 14;385(16):1474-1484. PubMed: https://pubmed.gov/34320281. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2109072

Israël : Episodes d'infections de Covid-19 chez des travailleurs de la santé vaccinés par Pfizer.

Une analyse des cas d'infections au cours de la période de 4 mois suivant la deuxième dose de vaccin parmi 39 travailleurs de la santé entièrement vaccinés. Les taux d'anticorps neutralisants chez ces patients pendant la période péri-infection étaient inférieurs à ceux des témoins non infectés qui ont été appariés, et des taux plus élevés d'anticorps neutralisants péri-infection étaient associés à une infectivité plus faible (valeurs Ct plus élevées). La plupart des cas de covid étaient légers ou asymptomatiques, bien que 19 % aient souffert de symptômes persistants > 6 semaines.

An analysis of breakthrough infections among 39 fully vaccinated health care workers during the 4-month period after the second vaccine dose. Neutralizing antibody titers in case patients during the peri-infection period were lower than those in matched uninfected controls, and higher peri-infection neutralizing antibody titers were associated with lower infectivity (higher Ct values). Most breakthrough cases were mild or asymptomatic, although 19% had persistent symptoms (> 6 weeks).

Zauche LH, Wallace B, Smoots AN, et al. Receipt of mRNA Covid-19 Vaccines and Risk of Spontaneous Abortion. N Engl J Med. 2021 Oct 14;385(16):1533-1535. PubMed: https://pubmed.gov/34496196. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2113891

 Injection des vaccins à ARNm Covid-19 et risque d'avortement spontané. 

Existe-t-il un risque d'avortement spontané après réception d'un vaccin à ARNm COVID-19 soit avant la conception (30 jours avant le premier jour des dernières règles jusqu'à 14 jours après) ou pendant la grossesse ? Il ne semble pas. Parmi les 2456 participantes inscrites dans le registre des grossesses COVID-19 du "CDC v-safe", les risques cumulatifs d'avortement spontané se situaient dans la fourchette attendue.

CDC (NDLR): Center of Disease Control and Prevention dont le quartier général est basé à Atlanta en Georgie (USA). Attention, des faux circulent prétendant reproduire des publications du CDC. Il faut donc aller à la source pour vérifier : https://www.cdc.gov/

Is there a risk of spontaneous abortion after receipt of an mRNA COVID-19 vaccine either before conception (30 days before the first day of the last menstrual period through 14 days after) or during pregnancy? It doesn’t seem so. Among 2456 participants enrolled in the CDC v-safe COVID-19 pregnancy registry, the cumulative risks of spontaneous abortion were within the expected range.

14 octobre 2021

House of Commons 20211012. Coronavirus: lessons learned to date. UK Health and Social Care Committee 2021, published 12 October. Full text: https://committees.parliament.uk/work/657/coronavirus-lessons-learnt/news/157991/coronavirus-lessons-learned-to-date-report-published/

Grande-Bretagne, premier bilan :

La planification prospective, la souplesse et l'organisation décisive de l'effort de développement et de déploiement des vaccins auront sauvé des millions de vies dans le monde et devraient être un guide pour les futures pratiques gouvernementales ;

Les retards dans la mise en place d'un système adéquat de tests, de traçage et d'isolement ont entravé les efforts pour comprendre et contenir l'épidémie et n'a pas atteint son objectif officiel d'éviter les blocages ;

La décision initiale de retarder un confinement complet – malgré cette pratique ailleurs dans le monde – reflétait un fatalisme à propos de la propagation du SARS-CoV-2 qui aurait dû être vigoureusement contesté à l'époque ;

Les aspects sociaux n'ont pas reçu une priorité suffisante dans les premiers stades de la pandémie ;

L'expérience de la pandémie de covid souligne la nécessité d'une stratégie urgente et à long terme pour lutter contre les inégalités en santé ; 

La préparation du Royaume-Uni à une pandémie avait été largement clamée à l'avance, mais a moins bien fonctionné que dans de nombreux autres pays.

Britain’s initial response to the COVID-19 pandemic “ranks as one of its most important public health failures”. The report blames the British government for “many thousands of deaths which could have been avoided.”

13 octobre 2021

Saiag E, Goldshmidt H, Sprecher E, Ben-Ami R, Bomze D. Immunogenicity of a BNT162b2 vaccine booster in health-care workers. Lancet Microbe 2021, published 11 October. Full text: https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00272-X/fulltext

Israël :

Le vaccin Pfizer-BioNTech mRNA COVID19 (BNT162b2) s'est avéré très efficace dans la prévention de l'infection symptomatique par le SRAS-CoV-2, avec une efficacité vaccinale de 94 % dans un essai clinique randomisé et une efficacité de 94 à 95 % dans des études en conditions réelles.  Des taux d'efficacité similaires (97 % contre l'infection symptomatique et 86 % contre l'infection asymptomatique) ont été observés chez les travailleurs de la santé. La baisse de l'efficacité du vaccin, parallèlement à la propagation du variant Delta (B.1.617.2), a incité le ministère israélien de la Santé à recommander, début août 2021, une dose de rappel pour les personnes âgées de 60 ans ou plus ayant reçu une deuxième dose du vaccin au moins 5 mois plus tôt.
Nous rapportons ici l'effet d'une troisième dose de BNT162b2 sur les concentrations d'IgG anti-SRAS-CoV-2 chez les employés du centre médical de Tel-Aviv vaccinés entre le 1er et le 18 août 2021. Les concentrations de protéines anti-spike ont été établies avec le test ADVIA Centaur SARS-CoV-2 IgG, qui fournit une valeur d'indice jusqu'à 150,00, où un indice égal ou supérieur à 1,00 est considéré comme réactif (positif) pour les anticorps IgG SARS-CoV-2. L'étude a été approuvée par le comité d'examen institutionnel du centre médical de Tel-Aviv (numéro d'approbation TLV-21-0576).

Au total, 346 agents de santé ont reçu une dose de rappel de BNT162b2. L'âge médian était de 67 ans (IQR 64-73 ans) ; 215 étaient des femmes et 131 étaient des hommes. Le délai médian entre la première et la troisième dose du vaccin était de 32,0 semaines (écart interquartile 31,7–32,1 semaines). Tous les travailleurs ont vu leurs concentrations d'anticorps mesurées au départ, et un deuxième échantillon a été obtenu environ 10 jours après l'administration de la dose de rappel (médiane de 10 jours, IQR de 10 à 11 jours). L'indice médian d'IgG ADVIA Centaur SARS-CoV-2 au départ était de 3,67 (écart interquartile 2,00–7,10), et a augmenté à > 150 (la limite supérieure de quantification) chez 95,7% des vaccinés (annexe ). Seuls deux receveurs n'étaient pas réactifs après la vaccination pour des raisons encore inconnues (une étude de suivi est en cours). Aucun événement indésirable grave n'a été signalé.
Certaines études publiées au cours des 4 derniers mois ont décrit l'immunogénicité d'une troisième dose de vaccins COVID-19 chez des receveurs de transplantation d'organes immunodéprimés. À notre connaissance, ce travail apporte le plus grand rapport concernant une troisième dose de vaccin BNT162b2. chez les travailleurs de la santé. Nos résultats montrent une immunoréactivité élevée au vaccin chez des travailleurs de la santé qui sont généralement immunocompétents. Un suivi supplémentaire est nécessaire pour déterminer l'effet d'une troisième dose sur les résultats cliniques tels que la maladie symptomatique, l'hospitalisation et le décès.

 

The authors report on 346 health-care workers (median age: 67 years) of a hospital in Tel-Aviv, Israel, who received a third dose of the BioNTech/Pfizer vaccine. “The median (…) SARS-CoV-2 IgG index at baseline was 3.67 (IQR 2.00–7.10), and increased to >150 (the upper limit of quantification) in 95.·7% of vaccine recipients.”

Lucas C, Vogels CBF, Yildirim I, et al. Impact of circulating SARS-CoV-2 variants on mRNA vaccine-induced immunity. Nature. 2021 Oct 11. PubMed: https://pubmed.gov/34634791. Full text: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04085-y

 Impact des variantes circulantes du SRAS-CoV-2 sur l'immunité induite par vaccin à ARNm. 

L'émergence de variants du SRAS-CoV-2 avec des mutations dans les principaux sites de liaison aux anticorps neutralisants peut affecter l'immunité humorale induite par l'infection ou la vaccination. Nous avons analysé le développement des anticorps anti-SARS-CoV-2 et des réponses des lymphocytes T chez des individus précédemment infectés (guéris) ou non infectés (naïfs) qui ont reçu des vaccins à ARNm contre le SRAS-CoV-2. Alors que les individus précédemment infectés présentaient des titres d'anticorps plus élevés que les individus non infectés après vaccination, ces derniers ont atteint des niveaux comparables de neutralisation de la souche ancestrale après la deuxième dose de vaccin. Une analyse complète de la neutralisation plasmatique à l'aide de 16 isolats authentiques de variants distincts du SRAS-CoV-2 circulant localement a révélé une gamme de réduction de la capacité de neutralisation associée à des mutations spécifiques dans le gène de la protéine Spike : les lignées avec E484K et N501Y/T (par exemple, B.1.351 variant sud-africain et P.1 brésilien ) avaient la plus grande réduction, suivies par les lignées avec L452R (par exemple, B.1.617.2 Delta). Alors que les deux groupes ont conservé une capacité de neutralisation contre tous les variants, le plasma d'individus vaccinés précédemment infectés a affiché une meilleure capacité de neutralisation globale par rapport au plasma d'individus non infectés qui ont également reçu deux doses de vaccin, indiquant que les rappels vaccinaux constituent une future stratégie pertinente pour atténuer l'impact des variants sur l'activité neutralisante des anticorps.

Analysis of plasma neutralization using 16 SARS-CoV-2 variants. The Beta (B.1.351, ‘South Africa’) and Gamma (P.1, ‘Brazil’) strains, showed the greatest reduction, followed by the Delta (B.1.617.2, ‘India’) and Alfa (B.1.1.7, ‘England’) strains. Plasma from previously infected vaccinated individuals produced very high neutralizing antibodies against most variants of concern.

12 octobre 2021

Loyal L, Braun J, Henze L, et al. Cross-reactive CD4+ T cells enhance SARS-CoV-2 immune responses upon infection and vaccination. Science. 2021 Oct 8;374(6564):eabh1823. PubMed: https://pubmed.gov/34465633. Full text: https://doi.org/10.1126/science.abh1823

Les cellules T CD4+ à réaction croisée améliorent les réponses immunitaires du SRAS-CoV-2 lors de l'infection et de la vaccination.

Les auteurs ont identifié un peptide de coronavirus immunodominant universel trouvé dans le domaine peptidique de fusion de la spike protéine du coronavirus. Ce peptide est reconnu par les lymphocytes T CD4+ chez 20 % des individus non exposés, plus de 50 % des convalescents du SARS-CoV-2 et 97 % des sujets traités avec le vaccin Pfizer-BioNTech. Bien qu'omniprésentes, ces cellules T réactives au coronavirus diminuent avec l'âge, ce qui peut expliquer en partie la susceptibilité accrue des personnes âgées au COVID-19. 

The authors “identified a universal immunodominant coronavirus peptide found within the fusion peptide domain of coronavirus spike protein. This peptide is recognized by CD4+ T cells in 20% of unexposed individuals, more than 50% of SARS-CoV-2 convalescents, and 97% of subjects treated with the Pfizer–BioNTech COVID-19 vaccine. Although ubiquitous, these coronavirus-reactive T cells decreased with age, which may explain in part the increased susceptibility of elderly people to COVID-19.”

Emecen AN, Keskin S, Boncukcu Eren E, et al. Impact of social contacts on SARS-CoV-2 exposure among healthcare workers. Occupational Medicine 2021, published 11 October. Full text: https://doi.org/10.1093/occmed/kqab141

 Impact des contacts sociaux sur l'exposition au SRAS-CoV-2 chez les travailleurs de la santé.

Les interactions entre les travailleurs de la santé (TS) peuvent présenter un risque élevé d'exposition au SRAS-CoV-2. Dans cette étude réalisée en Turquie, 260 des 329 clusters (79 %) étaient des clusters de contact TS à TS. L'exposition à haut risque était plus élevée chez les contacts TS à TS (44 %) que chez les contacts patients à TS (5 %).

Interactions between healthcare workers (HCW) may pose a high risk for SARS-CoV-2 exposure. In this study from Turkey, 260 of 329 exposed clusters (79%) were HCW-to-HCW contact clusters. High-risk exposure was higher in the HCW-to-HCW contacts (44%), when compared to patient-to-HCW contacts (5%).

11 octobre 2021

Cousien A, Acquaviva E, Kernéis S, Yazdanpanah Y, Delorme R. Temporal Trends in Suicide Attempts Among Children in the Decade Before and During the COVID-19 Pandemic in Paris, France. JAMA Netw Open. 2021 Oct 1;4(10):e2128611. PubMed: https://pubmed.gov/34618041. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.28611

Tendances temporelles des tentatives de suicide chez les enfants au cours de la décennie avant et pendant la pandémie de COVID-19 à Paris, France. 

Les auteurs décrivent une augmentation spectaculaire des tentatives de suicide chez les enfants fin 2020 et début 2021 après le début de la pandémie de COVID-19 en France. "Cette dynamique aberrante des tentatives de suicide était indépendante de sa saisonnalité annuelle et de sa tendance sur la période de 10 ans."

The authors describe a dramatic increase in suicide attempts among children in late 2020 and early 2021 after the start of the COVID-19 pandemic in France. “This aberrant dynamic of suicide attempts was independent from its annual seasonality and its trend over the 10-year period.”

Woo EJ, Mba-Jonas A, Dimova RB, Alimchandani M, Zinderman CE, Nair N. Association of Receipt of the Ad26.COV2.S COVID-19 Vaccine With Presumptive Guillain-Barré Syndrome, February-July 2021. JAMA. 2021 Oct 7. PubMed: https://pubmed.gov/34617967. Full text: https://doi.org/10.1001/jama.2021.16496

Association du vaccin Ad26.COV2.S COVID-19 (Johnson et Johnson, Janssen en France) avec un syndrome présumé de Guillain-Barré, février-juillet 2021. 

De février 2021 à juillet 2021, 130 cas présumés de syndrome de Guillain-Barré (SGB) ont été signalés au sein du Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) des États-Unis suite à la vaccination avec le vaccin Johnson & Johnson. Le rapport global estimé entre les taux observés et attendus était de 4,18, ce qui correspond à une augmentation absolue des taux de 6,36 pour 100 000 années-personnes.

February 2021 to July 2021, 130 cases of presumptive Guillain-Barré syndrome (GBS) were reported within the US Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) following vaccination with the Johnson & Johnson vaccine.  The overall estimated observed to expected rate ratio was 4.18, corresponding to an absolute rate increase of 6.36 per 100 000 person-years.

 

Mevorach D, Anis E, Cedar N, et al. Myocarditis after BNT162b2 mRNA Vaccine against Covid-19 in Israel. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614328. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2109730

Israël : 

Parmi 304 personnes présentant des symptômes de myocardite, 21 ont eu un autre diagnostic. Sur les 283 cas restants, 142 sont survenus après l'injection du vaccin BNT162b2 ; parmi ces cas, 136 diagnostics étaient certains ou probables. La présentation clinique a été jugée légère chez 129 (95 %) ; un cas fulminant a été mortel. La différence de risque globale entre la première et la deuxième dose était de 1,76 pour 100 000 personnes (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 1,33 à 2,19), avec la plus grande différence parmi ceux de sexe masculin âgés de 16 à 19 ans (différence, 13,73 pour 100 000 personnes ; IC à 95 % : 8,11 à 19,46). Par rapport à l'incidence attendue sur la base des données historiques, le rapport d'incidence standardisé était de 5,34 (IC à 95 %, 4,48 à 6,40) et était le plus élevé après la deuxième dose chez les personnes de sexe masculin âgées de 16 à 19 ans (13,60 ; IC à 95 % , 9h30 à 19h20). Le rapport 30 jours après la deuxième dose de vaccin chez les personnes complètement vaccinées, par rapport aux personnes non vaccinées, était de 2,35 (IC à 95 %, 1,10 à 5,02); ce rapport était  le plus élevé chez celles de sexe masculin âgés de 16 à 19 ans (8,96 ; IC à 95 %, 4,50 à 17,83), avec un rapport de 1 sur 6 637.

Among 304 persons with symptoms of myocarditis, 21 had received an alternative diagnosis. Of the remaining 283 cases, 142 occurred after receipt of the BNT162b2 vaccine; of these cases, 136 diagnoses were definitive or probable. The clinical presentation was judged to be mild in 129 recipients (95%); one fulminant case was fatal. The overall risk difference between the first and second doses was 1.76 per 100,000 persons (95% confidence interval [CI], 1.33 to 2.19), with the largest difference among male recipients between the ages of 16 and 19 years (difference, 13.73 per 100,000 persons; 95% CI, 8.11 to 19.46). As compared with the expected incidence based on historical data, the standardized incidence ratio was 5.34 (95% CI, 4.48 to 6.40) and was highest after the second dose in male recipients between the ages of 16 and 19 years (13.60; 95% CI, 9.30 to 19.20). The rate ratio 30 days after the second vaccine dose in fully vaccinated recipients, as compared with unvaccinated persons, was 2.35 (95% CI, 1.10 to 5.02); the rate ratio was again highest in male recipients between the ages of 16 and 19 years (8.96; 95% CI, 4.50 to 17.83), with a ratio of 1 in 6637.

Witberg G, Barda N, Hoss S, et al. Myocarditis after Covid-19 Vaccination in a Large Health Care Organization. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614329. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2110737

 Myocardite après vaccination Covid-19 dans une grande organisation de soins de santé.

Parmi plus de 2,5 millions de membres du service de santé vaccinés âgés de 16 ans ou plus, 54 cas répondaient aux critères de myocardite. L'incidence estimée pour 100 000 personnes ayant reçu au moins une dose de vaccin était de 2,13 cas (intervalle de confiance à 95 % [IC], 1,56 à 2,70). L'incidence la plus élevée de myocardite (10,69 cas pour 100 000 personnes ; IC à 95 % : 6,93 à 14,46) a été signalée chez des patients de sexe masculin âgés de 16 à 29 ans. Au total, 76 % des cas de myocardite ont été décrits comme légers et 22 % comme intermédiaires ; 1 cas était associé à un choc cardiogénique. Après un suivi médian de 83 jours après le début de la myocardite, 1 patient a été réadmis à l'hôpital et 1 est décédé de cause inconnue après sa sortie. Sur 14 patients qui présentaient une dysfonction ventriculaire gauche à l'échocardiographie lors de l'admission, 10 présentaient encore une dysfonction au moment de la sortie de l'hôpital. Parmi ces patients, 5 ont subi des tests ultérieurs qui ont révélé une fonction cardiaque normale.

Among more than 2.5 million vaccinated HCO members who were 16 years of age or older, 54 cases met the criteria for myocarditis. The estimated incidence per 100,000 persons who had received at least one dose of vaccine was 2.13 cases (95% confidence interval [CI], 1.56 to 2.70). The highest incidence of myocarditis (10.69 cases per 100,000 persons; 95% CI, 6.93 to 14.46) was reported in male patients between the ages of 16 and 29 years. A total of 76% of cases of myocarditis were described as mild and 22% as intermediate; 1 case was associated with cardiogenic shock. After a median follow-up of 83 days after the onset of myocarditis, 1 patient had been readmitted to the hospital, and 1 had died of an unknown cause after discharge. Of 14 patients who had left ventricular dysfunction on echocardiography during admission, 10 still had such dysfunction at the time of hospital discharge. Of these patients, 5 underwent subsequent testing that revealed normal heart function.

Mallapaty S. Heart-inflammation risk from Pfizer COVID vaccine is very low. Nature 2021, published 8 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02740-y

Le point sur les myocardites après vaccin à ARNm.

COVID-19 Mental Disorders Collaborators. Global prevalence and burden of depressive and anxiety disorders in 204 countries and territories in 2020 due to the COVID-19 pandemic. Lancet 2021, published 8 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02143-7

Prévalence mondiale et fardeau des troubles dépressifs et anxieux dans 204 pays et territoires en 2020 en raison de la pandémie de COVID-19. 

Une revue systématique des troubles dépressifs majeurs et des troubles anxieux pendant la pandémie de COVID-19. Les taux d'infection quotidiens par le SRAS-CoV-2 et les réductions de la mobilité humaine étaient associés à une prévalence accrue de troubles dépressifs majeurs. Les femmes étaient plus touchées que les hommes pour le trouble dépressif majeur, et les groupes d'âge plus jeunes étaient plus touchés que les groupes plus âgés.

A systematic review of major depressive disorder and anxiety disorders during the COVID-19 pandemic. Daily SARS-CoV-2 infection rates and reductions in human mobility were associated with increased prevalence of major depressive disorder. Females were more affected than males for major depressive disorder, and younger age groups were more affected than older age groups.

 

10 octobre 2021

Das-Munshi J, Change CK, Bakolis I, et al. All-cause and cause-specific mortality in people with mental disorders and intellectual disabilities, before and during the COVID-19 pandemic: cohort study. Lancet Regional Health 2021, published 7 October. Full text: https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7762(21)00214-3/fulltext

 Mortalité toutes causes et causes spécifiques chez les personnes atteintes de troubles mentaux et de déficiences intellectuelles, avant et pendant la pandémie de COVID-19 : étude de cohorte. 

Démences au Royaume-Uni, presque 4 foi plus de décès liés aux démences du fait de la covid-19.

Données d'une analyse prospective de 167 122 personnes au Royaume-Uni : « Les personnes atteintes de troubles mentaux et de déficiences intellectuelles couraient un plus grand risque de décès par rapport à la population générale avant, pendant et après le premier pic de décès dus au COVID-19, avec des risques similaires quelle que soit l'ethnie. » Les auteurs concluent que la pandémie de COVID-19 a exacerbé les inégalités de santé préexistantes chez les personnes vivant avec des troubles mentaux et une déficience intellectuelle.

Avant que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ne déclare la COVID-19 comme une urgence de santé publique le 30 janvier 2020, le ratio standardisé de mortalité (SMR)  toutes causes confondues dans toutes les cohortes psychiatriques représentaient plus du double de la population générale. Au deuxième trimestre de 2020, lorsque le Royaume-Uni a subi des pics substantiels de décès dus ) la COVID-19, les SMR toutes causes confondues ont encore augmenté, les SMR du COVID-19 étaient élevés dans toutes les pathologies (notamment : troubles d'apprentissage : SMR : 9,24 (IC à 95 % : 5,98) -13,64), troubles envahissants du développement : 5,01 (IC 95 % : 2,40-9,20), troubles de l'alimentation : 4,81 (IC 95 % : 1,56-11,22), troubles du spectre schizophrénique : 3,26 (IC 95 % : 2,55-4,10), démence : 3,82 (IC à 95 % : 3,42, 4,25) troubles de la personnalité 4,58 (IC à 95 % : 3,09-6,53)). Les décès dus à d'autres causes sont restés au moins le double de la moyenne dans la population sur l'ensemble de l'année. L'augmentation des  SMR était similaire d'un groupe ethnique à l'autre.

Data from a prospective analysis of 167,122 people in the UK: “People with mental disorders and intellectual disabilities were at a greater risk of death relative to the general population before, during and after the first peak of COVID-19 deaths, with similar risks by ethnicity.” The authors conclude that the COVID-19 pandemic has exacerbated pre-existing health inequalities in people living with mental disorders and intellectual disabilities.

9 octobre 2021

Tartof SY, Slezak JM, Fischer H, et al. Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study. Lancet. 2021 Oct 4:S0140-6736(21)02183-8. PubMed: https://pubmed.gov/34619098. Full text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02183-8

Efficacité du vaccin à ARNm BNT162b2 COVID-19 jusqu'à 6 mois dans un grand système de santé intégré aux États-Unis : une étude de cohorte rétrospective. 

Étude rétrospective, n = 3 436 957. L'efficacité du vaccin BioNTech/Pfizer contre les infections pat SRAS-CoV-2 est passée de 88 % au cours du premier mois après la vaccination complète à 47 % après 5 mois. La bonne nouvelle : l'efficacité du vaccin contre les hospitalisations pour infections par le variant Delta pour tous les âges était de 93 % jusqu'à 6 mois.

Retrospective study, n = 3,436,957. Effectiveness of the BioNTech/Pfizer vaccine against SARS-CoV-2 infections declined from 88% during the first month after full vaccination to 47% after 5 months. The good news: vaccine effectiveness against hospital admissions for infections with the Delta variant for all ages was 93% up to 6 months.

 

Steenblock C, Schwarz PEH, Ludweig B, et al. COVID-19 and metabolic disease: mechanisms and clinical management. Diabetes Endocrinol 2021, published 4 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S2213-8587(21)00244-8

COVID-19 et maladies métaboliques : mécanismes et prise en charge clinique. 

Les patients présentant un dysfonctionnement métabolique (c.-à-d. obésité, hypertension, stéatose hépatique non alcoolique et diabète) présentent un risque accru de développer un COVID-19 sévère. Une infection par le SRAS-CoV-2 pourrait entraîner l'apparition d'un diabète ou une aggravation de troubles métaboliques préexistants. Les auteurs discutent de la façon dont les troubles métaboliques et endocriniens pourraient prédisposer les patients à développer un COVID-19 sévère.

Patients with metabolic dysfunction (i.e., obesity, hypertension, non-alcoholic fatty liver disease, and diabetes) at an increased risk of developing severe COVID-19, and infection with SARS-CoV-2 might lead to new-onset diabetes or aggravation of pre-existing metabolic disorders. The authors discuss how metabolic and endocrine disorders might predispose patients to develop severe COVID-19.

Ariya M, Karimi J, Abolghasemi S, et al. Food insecurity arises the likelihood of hospitalization in patients with COVID-19. Sci Rep 11, 20072 (2021). Full text: https://doi.org/10.1038/s41598-021-99610-4

L'insécurité alimentaire entraîne la probabilité d'hospitalisation chez les patients atteints de COVID-19. 

Etude iranienne portant sur 219 patients atteints de COVID-19 : les personnes en insécurité alimentaire étaient 3,9 fois plus susceptibles d'être hospitalisées que celles en sécurité alimentaire. (L'insécurité alimentaire peut être définie comme « une disponibilité incertaine ou limitée d'aliments sains et adéquats ou une capacité incertaine ou limitée d'acquérir des aliments acceptables de manière socialement acceptable »).

In this study from Iran of 219 COVID-19 patients, people with food insecurity were 3.9 times more likely to be hospitalized than those with food security. (Food insecurity can be defined as “uncertain or limited availability of adequate and healthy food or uncertain or limited ability to acquire acceptable foods in socially acceptable ways”).

COVIDSurg Collaborative. Effect of COVID-19 pandemic lockdowns on planned cancer surgery for 15 tumour types in 61 countries: an international, prospective, cohort study. Oncology 2021, published 5 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S1470-2045(21)00493-9

 Effet des blocages de la pandémie de COVID-19 sur la chirurgie programmée du cancer pour 15 types de tumeurs dans 61 pays : une étude de cohorte internationale prospective. 

Bien que la chirurgie, principale modalité de traitement des cancers solides, ait été prioritaire pour se poursuivre pendant les épidémies de COVID-19, 2003 (10 %) des 20 006 patients éligibles n'ont pas été opérés après un suivi médian de 23 semaines.

Although surgery, the main modality of cure for solid cancers, was prioritized to continue during COVID-19 outbreaks, 2003 (10%) of 20,006 eligible patients did not receive surgery after a median follow-up of 23 weeks.

8 octobre 2021

Chemaitelly H, Tang P, Hasan MR, et al. Waning of BNT162b2 Vaccine Protection against SARS-CoV-2 Infection in Qatar. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614327. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114114

Etude de la population résidente du Qatar (n = presque 1 000 000).

Diminution de la protection vaccinale BNT162b2 contre l'infection par SRAS-CoV-2 au Qatar. 

L'efficacité estimée du BNT162b2 (Pfizer) pour prévenir l'infection par le SRAS-CoV-2 était négligeable au cours des 2 premières semaines après la première dose. Il a augmenté à 36,8 % (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 33,2 à 40,2) au cours de la troisième semaine après la première dose et a atteint son pic à 77,5 % (IC à 95 %, 76,4 à 78,6) au cours du premier mois après la deuxième dose . L'efficacité a diminué progressivement par la suite, la baisse s'accélérant après le quatrième mois pour atteindre environ 20 % au cours des mois 5 à 7 après la deuxième dose. L'efficacité contre l'infection symptomatique était plus élevée que l'efficacité contre l'infection asymptomatique, mais a diminué de la même manière. L'efficacité spécifique au variant a diminué de la même manière. L'efficacité contre les cas graves, critiques ou mortels a augmenté rapidement à 66,1 % (IC à 95 %, 56,8 à 73,5) au cours de la troisième semaine après la première dose et a atteint 96 % ou plus au cours des 2 premiers mois après la seconde dose; cette efficacité a persisté à environ ce niveau pendant 6 mois.

A study of the resident population of Qatar (n = almost 1,000,000). Effectiveness any SARS-CoV-2 infection declined to approximately 20% in months 5 through 7 after the second BioNTech/Pfizer dose. The excellent news: Effectiveness against any severe, critical, or fatal case of Covid-19 reached 96% or higher in the first 2 months after the second dose and persisted at approximately this level for 6 months.

Levin EG, Lustig Y, Cohen C, et al. Waning Immune Humoral Response to BNT162b2 Covid-19 Vaccine over 6 Months. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614326. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114583

Diminution de la réponse humorale humorale au vaccin BNT162b2 Covid-19 sur 6 mois. 

Les auteurs ont testé 4868 professionnels de santé pour la présence d'IgG anti-spike et d'anticorps neutralisants 6 mois après la vaccination avec le vaccin BioNTech/Pfizer. Le niveau d'anticorps IgG a diminué à un rythme constant, tandis que le niveau d'anticorps neutralisants a diminué rapidement pendant les 3 premiers mois avec une diminution relativement lente par la suite. Les titres d'anticorps neutralisants étaient considérablement plus faibles chez les hommes que chez les femmes, et plus faibles chez les personnes de 65 ans ou plus que chez les 18 ans à 45 ans.

The authors tested 4868 health care workers for the presence of anti-spike IgG and neutralizing antibodies 6 months after vaccination with the BioNTech/Pfizer vaccine. The level of IgG antibodies decreased at a consistent rate, whereas the neutralizing antibody level decreased rapidly for the first 3 months with a relatively slow decrease thereafter. Neutralizing antibody titers were substantially lower among men than among women, and lower among persons 65 years of age or older than among those 18 to less than 45 years of age.

7 octobre 2021

Al-Aly Z, Bowe B, Xie Y, Xu E. One-year Risks and Burdens of Incident Cardiovascular Disease in COVID-19: Cardiovascular Manifestations of Long COVID. Research Square 2021, posted 5 October. Full text: https://www.researchsquare.com/article/rs-940278/v1

Risques et charges sur un an des incidents de maladies cardiovasculaires dans COVID-19 : Manifestations cardiovasculaires du long COVID. 

Dans cette cohorte de plus de 150 000 personnes atteintes de COVID-19, les auteurs documentent que même au-delà des 30 premiers jours d'infection, « les personnes atteintes de COVID-19 courent un risque accru de maladie cardiovasculaire incidente couvrant plusieurs catégories, notamment les atteintes cérébrovasculaires, les dysrythmies, l'ischémie et les cardiopathies non ischémiques, la péricardite, la myocardite, l'insuffisance cardiaque et la maladie thromboembolique.

In this cohort of more than 150,000 people with COVID-19, the authors document that even beyond the first 30 days of infection, “people with COVID-19 are at increased risk of incident cardiovascular disease spanning several categories including cerebrovascular disorders, dysrhythmias, ischemic and non-ischemic heart disease, pericarditis, myocarditis, heart failure, and thromboembolic disease.”

Shiels MS, Haque AT, Haozous EA, et al. Racial and Ethnic Disparities in Excess Deaths During the COVID-19 Pandemic, March to December 2020. Ann Intern Med. 2021 Oct 5. PubMed: https://pubmed.gov/34606321. Full text: https://doi.org/10.7326/M21-2134

Disparités raciales et ethniques dans les augmentations de décès pendant la pandémie de COVID-19, de mars à décembre 2020. 

Les décès excédentaires normalisés selon l'âge pour 100 000 personnes chez les hommes et les femmes noirs, amérindiens/indigènes de l'Alaska (AI/AN) et latinos étaient plus du double de ceux des hommes et femmes blancs et asiatiques. Pour estimer l'excès de décès aux États-Unis, les auteurs ont utilisé les données des certificats de décès provenant des estimations de la population des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et du US Census Bureau.

Age-standardized excess deaths per 100,000 persons among Black, American Indian/Alaska Native (AI/AN), and Latino males and females were more than double those in White and Asian males and females. To estimate excess deaths in the US, the authors used death certificate data from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and US Census Bureau population estimates.

6 octobre 2021

Shitrit P, Zuckerman NS, Mor O, Gottesman BS, Chowers M. Nosocomial outbreak caused by the SARS-CoV-2 Delta variant in a highly vaccinated population, Israel, July 2021. Euro Surveill. 2021 Sep;26(39). PubMed: https://pubmed.gov/34596015. Full text: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.39.2100822

Epidémie nosocomiale causée par le variant SARS-CoV-2 Delta dans une population largement vaccinée en Israël, juillet 2021. 

Les auteurs décrivent une enquête sur une épidémie de COVID-19 en Israël qui a commencé à partir d'un patient COVID-19 non identifié (mi-juillet 2021), avec une propagation nosocomiale rapide et étendue. Le centre médical Meir dispose de 780 lits, la plupart des chambres accueillent trois à quatre patients, distantes de 1 m avec des rideaux de séparation entre les lits. Depuis mars 2020, les patients sont encouragés à porter des masques chirurgicaux. Bien que leur utilisation soit inconstante, elle a été appliquée lors des rencontres patient-personnel de part et d'autre. Dans le service dédié au COVID-19, les membres du personnel ont travaillé avec un équipement de protection individuelle (EPI) complet : masque N-95 (équivalent du FFP2), écran facial, blouse, gants et couvre-cheveux.

Sur les 42 cas de cette épidémie, 38 ont été complètement vaccinés avec deux doses du vaccin BioNTech/Pfizer. Le taux d'attaque chez les individus exposés a atteint 23,3 % chez les patients et 10,3 % chez le personnel. De manière inquiétante, « plusieurs transmissions se sont probablement produites entre deux personnes portant toutes deux des masques chirurgicaux et, dans un cas, utilisant un EPI complet, y compris un masque N-95, un écran facial, une blouse et des gants ».

The authors describe an investigation of a COVID-19 outbreak in Israel that started from one unidentified COVID-19 patient (mid-July 2021), with extensive, rapid nosocomial spread. Of the 42 cases in this outbreak, 38 were fully vaccinated with two doses of the BioNTech/Pfizer vaccine. The attack rate among exposed individuals reached 23.3% in patients and 10.3% in staff. Worryingly, “several transmissions probably occurred between two individuals both wearing surgical masks, and in one instance using full PPE, including N-95 mask, face shield, gown and gloves.”

5 octobre 2021

Mair MJ, Berger JM, Berghoff AS, et al. Humoral Immune Response in Hematooncological Patients and Health Care Workers Who Received SARS-CoV-2 Vaccinations. JAMA Oncol. 2021 Sep 30:1-8. PubMed: https://pubmed.gov/34591965. Full text: https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2021.5437

Réponse immunitaire humorale chez les patients hémato-oncologiques et les travailleurs de la santé qui ont reçu des vaccins contre le SRAS-CoV-2. 

Dans cette étude rétrospective de 595 patients atteints de maladies hémato-oncologiques et d'un groupe témoin de 58 travailleurs de la santé (TS), les taux d'anticorps après immunisation complète étaient plus élevés chez les TS (médiane, 2500 U/mL ; 485-2500 U/mL) que chez les patients atteints de cancer (médiane, 117,0 U/mL ; 0-2 500 U/mL ; P < 0,001). Des sous-groupes spécifiques, tels que les patients ayant reçu un traitement ciblant les lymphocytes B, ont présenté une séroconversion altérée. Les auteurs suggèrent des essais de vaccination dédiés chez les patients atteints de cancer.

In this retrospective study of 595 patients with hematooncological diseases and a control group of 58 health care workers (HCWs), antibody levels after full immunization were higher in HCWs (median, 2500 U/mL; range, 485-2500 U/mL) than in patients with cancer (median, 117.0 U/mL; range, 0-2500 U/mL; P < 0.001). Specific subgroups, such as patients who received B cell–targeting therapy, showed impaired seroconversion. The authors suggest dedicated vaccination trials in patients with cancer.

4 octobre 2021

Townsend JP, Hassler HB, Wang Z, et al. The durability of immunity against reinfection by SARS-CoV-2: a comparative evolutionary study. Microbes 2021, published 1 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00219-6

Durée de l'immunité contre la réinfection par le SARS-CoV-2 : une étude évolutive comparative. Des résultats avec une grande dispersion.

Combien de temps durera l'immunité contre le COVID-19 ? Ici, les auteurs utilisent des données sur la durabilité de l'immunité chez les proches parents du coronavirus du SRAS-CoV-2 (SARS-CoV-1, MERS-CoV, coronavirus humain 229E, OC43 et NL63) pour estimer les délais de réinfection. Ils concluent que « la réinfection par le SRAS-CoV-2 dans des conditions endémiques se produirait probablement entre 3 mois et 5,1 ans après le pic de réponse en anticorps, avec une médiane de 16 mois ».

How long will immunity against COVID-19 last? Here, the authors use data on the durability of immunity among close coronavirus relatives of SARS-CoV-2 (SARS-CoV-1, MERS-CoV, human coronavirus 229E, OC43, and NL63) to estimate times to reinfection. They conclude that “reinfection by SARS-CoV-2 under endemic conditions would likely occur between 3 months and 5.1 years after peak antibody response, with a median of 16 months.”

Shroff RT, Chalasani P, Wei R, et al. Immune responses to two and three doses of the BNT162b2 mRNA vaccine in adults with solid tumors. Nat Med. 2021 Sep 30. PubMed: https://pubmed.gov/34594036. Full text: https://doi.org/10.1038/s41591-021-01542-z

Réponses immunitaires à deux et trois doses du vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer) chez les adultes atteints de tumeurs solides. 

Les auteurs rapportent des données à 1 semaine après une troisième immunisation avec le vaccin BioNTech/Pfizer chez 20 patients atteints de tumeurs solides. Seize patients ont présenté une augmentation médiane de trois fois les réponses des anticorps neutralisants, mais aucune amélioration n'a été observée dans les réponses des lymphocytes T. Les événements indésirables étaient bénins.

The authors report data at 1 week after a third immunization with the BioNTech/Pfizer vaccine in 20 patients with solid tumors. Sixteen patients demonstrated a median threefold increase in neutralizing antibody responses, but no improvement was observed in T cell responses. Adverse events were mild.

3 octobre 2021

Eyre DW, Taylor D, Purver M, et al. The impact of SARS-CoV-2 vaccination on Alpha & Delta variant transmission. medRxiv 2021, posted 29 September. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.09.28.21264260

L'impact de la vaccination contre le SRAS-CoV-2 sur la transmission des variants Alpha et Delta. 

Les vaccins réduisent la transmission, mais l'importance peut varier selon le vaccin et la souche SARS-CoV-2. Données d'une étude de cohorte observationnelle rétrospective de 139 164 contacts de 51 798 cas index infectés par le SRAS-CoV-2.

Résultats : 51 798/139 164 (37,2 %) des contacts testés étaient positifs à la PCR. Deux doses de vaccins BNT162b2 (Pfizer) ou ChAdOx1 (AstraZeneca) dans les cas index du variant Alpha ont réduit indépendamment la positivité de la PCR chez les contacts (0,18 [IC à 95 % 0,12-0,29] et 0,37 [0,22-0,63] respectivement). Le variant Delta a atténué les réductions de transmission associées au vaccin : deux doses de BNT162b2 ont réduit la transmission du Delta (0,35[0,26-0,48]), plus que le ChAdOx1 (0,64[0,57-0,72] ; p<0,001). La variation de la charge virale (valeurs Ct) n'expliquait qu'une proportion modeste des réductions de transmission associées au vaccin. Les réductions de transmission ont diminué au fil du temps depuis la deuxième injection, atteignant pour le Delta des niveaux similaires à ceux des individus non vaccinés en 12 semaines pour le ChAdOx1 et s'atténuant considérablement pour le BNT162b2. La protection contre la vaccination chez les contacts a également diminué au cours des 3 mois suivant la deuxième vaccination.

Conclusions : la vaccination réduit la transmission du Delta, mais moins que celle du variant Alpha. L'impact de la vaccination diminue avec le temps. Des facteurs autres que la charge virale mesurée par PCR sont importants dans la réduction de la transmission associée au vaccin. Les vaccinations de rappel peuvent aider à contrôler la transmission et à prévenir les infections.

Vaccines reduce transmission, but the extent may vary with the vaccine and the SARS-CoV-2 strain. Data from a retrospective observational cohort study of 139,164 contacts of 51,798 SARS-CoV-2-infected index cases.

Dyson L, Hill EM, Moore S, et al. Possible future waves of SARS-CoV-2 infection generated by variants of concern with a range of characteristics. Nat Commun. 2021 Sep 30;12(1):5730. PubMed: https://pubmed.gov/34593807. Full text: https://doi.org/10.1038/s41467-021-25915-7

Futures vagues possibles d'infection par le SRAS-CoV-2 générées par des variants préoccupants présentant une gamme de caractéristiques. 

Comment les nouveaux variants façonneront-ils les futures vagues de COVID-19 ? Comme prévu, le modèle des auteurs démontre qu'une nouvelle souche avec une capacité de transmission substantielle par rapport aux variants résidents ou avec des propriétés d'échappement immunitaire, peut générer une vague d'infections et d'hospitalisations comparable aux vagues précédentes. « De plus, un variant moins transmissible, mais présentant un échappement immunitaire partiel, pourrait provoquer une vague d'infection qui ne serait révélée qu'une fois les mesures de contrôle assouplies. »

How will new variants shape future COVID-19 waves? As expected, the authors’ model demonstrate that a new strain with a substantial transmission advantage over resident variants, or with immune escape properties, can generate a wave of infections and hospitalizations comparable to previous waves. “Moreover, a variant that is less transmissible, but shows partial immune-escape could provoke a wave of infection that would not be revealed until control measures are further relaxed.”

Nguyen S, Chan R, Cadena J, et al. Budget constrained machine learning for early prediction of adverse outcomes for COVID-19 patients. Sci Rep. 2021 Oct 1;11(1):19543. PubMed: https://pubmed.gov/34599200. Full text: https://doi.org/10.1038/s41598-021-98071-z

Les auteurs présentent une méthode pour évaluer le risque de détérioration chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2 au moment de l'évaluation clinique. L'étude suggère que "les variables qui prédisaient le mieux la mortalité étaient l'âge avancé, une urémie élevée, une kaliémie élevée, une pression artérielle diastolique élevée et des taux élevés de D-dimères".

The authors present a method to evaluate risk of deterioration for patients with SARS-CoV-2 infection at the time of clinical evaluation. The study suggests that “the variables that best predicted mortality as the outcome were older age, elevated BUN, elevated serum potassium, elevated diastolic blood pressure, and elevated D-dimer levels.”

Publié dans Covid-19, bibliographie

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