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covid-19

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Publié le par Bernard Pradines

Interruption de la revue quotidienne le 22 janvier 2022 au profit de publications ponctuelles

24 janvier 2022

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Allemagne débordée : 

Les tests PCR ne sont disponibles que dans une mesure limitée. Ils devraient être "axés sur les groupes vulnérables et le personnel qui les soigne et les traite". Plus précisément, il s'agit du personnel des hôpitaux, des cabinets médicaux, des soins infirmiers, des structures d'aide à l'insertion et des personnes à risque de maladies graves.

Source : 

22 janvier 2022

Le PAXLOVID au Canada d'après Pfizer

Sans me livrer à une vraie revue de la littérature scientifique, je repère surtout les publications qui me semblent dignes d’intérêt depuis le 18 mars 2021 (voir les archives 1, archives 2 , archive 3, archive 4, archive 5) dans le listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

A noter l'interruption de ce service le 7 janvier 2022 :

 

"Dear friends of COVID Reference,

Today, on 7 January 2022, 21 months after the first CR edition and after 649 daily updates, we have decided to stop working on CR and return to our previous projects.

It has been a pleasure to discover COVID-19 with you.

All the best,

Christian Hoffmann, Rob Camp & Bernd Sebastian Kamps"

Remarques en français en caractères bleus.

Je suis expert ponctuel 2021-2023 auprès de l'Agence Française de Sécurité du Médicament (ANSM). A ce titre, je déclare mon absence de lien d'intérêt, en particulier  avec l'industrie pharmaceutique. Taper "Bernard Pradines" à l'adresse : https://dpi.sante.gouv.fr/dpi-public-webapp/app/recherche/declarant

A noter que les mises à jour de cette page ne feront pas systématiquement l'objet d'un avis de publication par courriel comme les autres articles.

14 janvier 2022

Revue de littérature : le principe de l'application mobile en santé améliore la sécurité des personnes âgées et des prestataires de soins, accélère la prestation des services de santé, réduit les coûts de prestation de services et diminue le risque de morbidité et de mortalité pendant l'épidémie de COVID-19. 

Abbaspur-Behbahani S, Monaghesh E, Hajizadeh A, Fehresti S. Application of mobile health to support the elderly during the COVID-19 outbreak: A systematic review. Health Policy Technol. 2022 Jan 7:100595. doi: 10.1016/j.hlpt.2022.100595. Epub ahead of print. PMID: 35018280; PMCID: PMC8739352.

13 janvier 2022

Clinical outcomes among patients infected with Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 variant in southern California
Joseph A Lewnard, Vennis X Hong, Manish M Patel, Rebecca Kahn, Marc Lipsitch, Sara Y Tartof

Le variant Omicron (B.1.1.529) du SARS-CoV-2 a rapidement atteint une diffusion mondiale, représentant la plupart des infections aux États-Unis en décembre 2021. 

Nos analyses ont inclus 52 297 cas avec Omicron et 16 982 cas avec des infections Delta [B.1.617.2]), respectivement. Des admissions à l'hôpital se sont produites parmi 235 (0,5%) et 222 (1,3%) des cas avec des infections aux variants Omicron et Delta, respectivement. Parmi les cas testés pour la première fois en ambulatoire, les rapports de risque pour toute hospitalisation ultérieure et hospitalisation symptomatique associée à une infection par le variant Omicron étaient respectivement de 0,48 (0,36-0,64) et de 0,47 (0,35-0,62) par rapport à Delta. Les taux d'admission aux soins intensifs et de mortalité après un test positif en ambulatoire étaient de 0,26 (0,10-0,73) et 0,09 (0,01-0,75) fois moins élevés parmi les cas d'infection par le variant Omicron que parmi les cas d'infection par le variant Delta. Aucun cas d'infection par le variant Omicron n'a nécessité de ventilation artificielle, contre 11 cas d'infection par le variant Delta tout au long de la période de suivi (p<0,001). La durée médiane du séjour à l'hôpital était de 3,4 (2,8-4,1) jours plus courte pour les cas hospitalisés avec des infections à variant Omicron par rapport aux patients hospitalisés avec des infections à variant Delta, reflétant une réduction de 69,6 % (64,0-74,5 %) de la durée du séjour à l'hôpital.

Ainsi, au cours de la période avec circulation mixte de variants Delta et Omicron, les infections au SARS-CoV-2 avec le variant Omicron étaient associées à un risque considérablement réduit de paramètres cliniques graves et à des durées d'hospitalisation plus courtes.

12 janvier 2022

Le nombre de nouvelles infections à Omicron en Europe a plus que doublé en seulement deux semaines, selon l'OMS.
Selon un calcul de l'OMS, la moitié des personnes pourraient être infectées par le variant Omicron en huit semaines.
Un pic pourrait être atteint mi-janvier : avec 12 millions de contaminations par jour.

Source : Allemagne

https://www.rnd.de/gesundheit/who-hochrechnung-haelfte-europas-koennte-in-zwei-monaten-mit-omikron-infiziert-sein-ZG6QASBXOR6OZPRNT47US5FYMA.html?xing_share=news

Canada et USA :

Les personnes âgées atteintes de démence courent un risque beaucoup plus élevé de ne pas recevoir les soins nécessaires et de développer des problèmes de santé mentale pendant la COVID-19. Bien que l'augmentation de la télémédecine dans le système de santé ait permis aux patients de se connecter virtuellement avec avec les professionnels de santé, on sait peu de choses sur son utilisation et ses effets chez les personnes âgées atteintes de démence et leur santé mentale.

Cette revue systématique visait à explorer l'utilisation, l'accessibilité et la faisabilité de la télémédecine chez les personnes âgées atteintes de démence, ainsi qu'à examiner les impacts potentiels de ces technologies sur la santé mentale, en examinant les résultats issus d'études menées pendant la COVID-19.

Les bases de données PubMed, Scopus et Web of Science ont été consultées avec les mots-clés suivants : (COVID* ou SARS-CoV-2 ou Coronavirus) et ("mental health" ou Depression ou Stress) et (Dementia ou Multi-Infarct Dementia ou Démence vasculaire ou démence frontotemporale) et (personne âgée ou vieillissante ou vieillissante ou âgée) et (Télémédecine ou « consultation à distance » ou télésanté ou technologie).

Résultats : un total de 7 articles d'Asie, d'Europe et des États-Unis ont été inclus dans cette revue. Tout au long des études, des évaluations de la santé cognitive et mentale (par exemple, MoCA, FAST, etc.) ont été effectuées. Malgré les obstacles, la télémédecine a été considérée comme une approche faisable pour aider les personnes atteintes de démence à se connecter avec les professionnels de santé et leur famille tout en réduisant les complications liées aux déplacements (par exemple, difficulté à se déplacer, circulation, distance).

Conclusions : En raison de la pandémie de COVID-19, trouver d'autres moyens de fournir des services aux personnes âgées atteintes de démence grâce à la technologie peut continuer à devenir de plus en plus nécessaire au fil du temps.

Texte complet :

11 janvier 2022

"Deltakron" était probablement un faux positif
Un chercheur à Chypre disait avoir découvert un mélange de coronavirus delta et omicron - "Deltakron". Cependant, les experts supposent que cela est dû à une contamination lors de l'analyse en laboratoire. Selon eux, la détection présumée d'un nouveau variant mixte du coronavirus de Delta et Omikron à Chypre est probablement due à une contamination lors de l'analyse. "Ces génomes sont très probablement des artefacts", a déclaré Richard Neher de l'université de Bâle, expert en variants de virus.

Source :

10 janvier 2022

Juste un rhume? L'association médicale met en garde contre le risque de confusion avec Omicron
L'association médicale Marburger Bund a averti que de nombreuses personnes pourraient confondre une infection à Omicron avec un rhume.
"Les troubles de l'odeur et du goût ne se produisent plus avec une infection à Omicron", a déclaré la présidente Susanne Johna au réseau éditorial allemand (RND).
Elle a appelé à vous tester pour le coronavirus si vous présentez des symptômes de rhume.
La plus grande association médicale d'Allemagne, le Marburger Bund, craint que de nombreuses personnes ne soient infectées par le virus corona sans se faire remarquer. "Il y a un risque que de nombreuses personnes ne perçoivent même pas leur infection à coronavirus  comme telle et supposent seulement qu'elles ont un rhume", a averti la présidente Susanne Johna dans une interview avec le réseau éditorial allemand (RND).

 Il est très important de se tester pour le coronavirus avec un test antigénique même si vous présentez de très légers symptômes.

Source : https://www.rnd.de/politik/corona-omikron-oder-erkaeltung-marburger-bund-warnt-vor-verwechslung-BXGBGBAK4JF75BDWKQFEXNQBAI.html?xing_share=news

9 janvier 2022

Source : Patone M, Mei XW, Handunnetthi L, Dixon S, Zaccardi F, Shankar-Hari M, Watkinson P, Khunti K, Harnden A, Coupland CAC, Channon KM, Mills NL, Sheikh A, Hippisley-Cox J. Risks of myocarditis, pericarditis, and cardiac arrhythmias associated with COVID-19 vaccination or SARS-CoV-2 infection. Nat Med. 2021 Dec 14. doi: 10.1038/s41591-021-01630-0. Epub ahead of print. PMID: 34907393.

Bien que la myocardite et la péricardite n'aient pas été observées en tant qu'événements indésirables dans les essais de vaccin contre la COVID-19, de nombreux cas suspects ont été signalés après la vaccination dans la population générale. Nous avons entrepris une étude de série de cas auto-contrôlée de personnes âgées de 16 ans ou plus vaccinées contre la COVID-19 en Angleterre entre le 1er décembre 2020 et le 24 août 2021 pour enquêter sur l'admission à l'hôpital ou le décès par myocardite, péricardite et arythmies cardiaques dans les 1 à 28 jours suivant vaccin à adénovirus (ChAdOx1 = AstraZeneca, n = 20 615 911) ou à base d'ARN messager (BNT162b2= Pfizer, n = 16 993 389; ARNm-1273=Moderna, n = 1 006 191) ou un test positif au SARS-CoV-2 (n = 3 028 867 ). Nous avons trouvé des risques accrus de myocardite associés à la première dose des vaccins ChAdOx1 et BNT162b2 et aux premières et deuxièmes doses du vaccin à ARNm-1273 au cours de la période de 1 à 28 jours après la vaccination, et après un test positif au SARS-CoV-2. Nous avons trouvé deux (IC à 95 % (IC) 0, 3), un (IC à 95 % 0, 2) et six (IC à 95 % 2, 8) événements de myocardite pour 1 million de personnes vaccinées respectivement avec ChAdOx1, BNT162b2 et l'ARNm -1273 dans les 28 jours suivant une première dose et dix autres (IC à 95 % 7, 11) événements de myocardite pour 1 million de vaccinés dans les 28 jours suivant une deuxième dose d'ARNm-1273. Cela doit être comparé à 40 (IC à 95 % 38, 41)  myocardites supplémentaires pour 1 million de patients dans les 28 jours suivant un test positif pour le SARS-CoV-2. Nous avons également observé des risques accrus de péricardite et d'arythmies cardiaques suite à un test SARS-CoV-2 positif. Des associations similaires n'ont été observées avec aucun des vaccins anti-COVID-19, à l'exception d'un risque accru d'arythmie après une deuxième dose d'ARNm-1273. Des analyses de sous-groupes par âge ont montré que le risque accru de myocardite associé aux deux vaccins à ARNm n'était présent que chez les moins de 40 ans.

8 janvier 2022

Listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

A noter l'interruption de ce service le 7 janvier 2022 :

"Dear friends of COVID Reference,

Today, on 7 January 2022, 21 months after the first CR edition and after 649 daily updates, we have decided to stop working on CR and return to our previous projects.

It has been a pleasure to discover COVID-19 with you.

All the best,

Christian Hoffmann, Rob Camp & Bernd Sebastian Kamps"

7 janvier 2022

Parums DV. Editorial: Current Status of Oral Antiviral Drug Treatments for SARS-CoV-2 Infection in Non-Hospitalized Patients. Med Sci Monit. 2022 Jan 1;28:e935952. doi: 10.12659/MSM.935952. PMID: 34972812.

Le 22 décembre 2022, la FDA a accordé une autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) pour le médicament antiviral oral, nirmatrelvir/ritonavir (Paxlovid®) pour les adultes et les enfants atteints de COVID-19 léger et modéré à risque accru de progression vers un COVID-19 sévère.

 

Lowe D. Making Paxlovid. Science 2022, published 5 January. https://www.science.org/content/blog-post/making-paxlovid

Difficultés de production du Paxlovid

Paxlovid (PF-07321332), Pfizer’s protease inhibitor drug for SARS-CoV-2 infection, will soon be available, but at first only in limited amounts. Derek Lowe describes the complexities of producing the drug to scale. Like with vaccines, there are supply chain problems.
 

 

6 janvier 2022

Lipkind HS, Vazquez-Benitez G, DeSilva M, et al. Receipt of COVID-19 Vaccine During Pregnancy and Preterm or Small-for-Gestational-Age at Birth — Eight Integrated Health Care Organizations, United States, December 15, 2020–July 22, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2022;71. DOI: http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm7101e1

Injection du vaccin COVID-19 pendant la grossesse et avant terme ou petit pour l'âge gestationnel à la naissance -

« Dans cette cohorte rétrospective de plus de 40 000 femmes enceintes, la vaccination contre le COVID-19 pendant la grossesse n'était pas associée à une naissance prématurée ou à une petite taille pour l'âge gestationnel à la naissance dans l'ensemble, stratifiée par trimestre de vaccination ou par nombre de doses de vaccin reçues pendant la grossesse, par rapport aux femmes enceintes non vaccinées.

“In this retrospective cohort of >40,000 pregnant women, COVID-19 vaccination during pregnancy was not associated with preterm birth or small-for-gestational-age at birth overall, stratified by trimester of vaccination, or number of vaccine doses received during pregnancy, compared with unvaccinated pregnant women.”

Willett BJ, Grove J, MacLean O, et al. The hyper-transmissible SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits significant antigenic change, vaccine escape and a switch in cell entry mechanism. medRxiv 2022, posted 3 January. https://doi.org/10.1101/2022.01.03.21268111

 Le variant hypertransmissible du SRAS-CoV-2 Omicron présente un changement antigénique significatif, un échappement au vaccin et un changement dans le mécanisme d'entrée dans les cellules. 

Les auteurs montrent que "l'immunité contre l'infection naturelle (sans vaccination) est plus protectrice que deux doses de vaccin mais inférieure à celle de  trois doses".

The authors show that “immunity from natural infection (without vaccination) is more protective than two doses of vaccine but inferior to three doses.”

van der Straten K, Guerra D, van Gils M, et al. Mapping the antigenic diversification of SARS-CoV-2. medRxiv 2022, posted 3 January. https://doi.org/10.1101/2022.01.03.21268582

 Cartographier la diversification antigénique du SARS-CoV-2. medRxiv 2022, publié le 3 janvier. 

Omicron est différent. Après avoir étudié la dérive antigénique du SRAS-CoV-2 en évaluant l'activité neutralisante contre les variants préoccupants (COV), les auteurs concluent que « Omicron forme un nouveau groupe antigénique associé à un échappement immunitaire et nécessite probablement des mises à jour du vaccin pour garantir son efficacité. "

Omicron is different. After studying SARS-CoV-2 antigenic drift by assessing neutralizing activity against variants-of-concern (VOCs), the authors conclude that “Omicron forms a new antigenic cluster associated with immune escape and likely require(es) vaccine updates to ensure vaccine effectiveness.”

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Figure 2. Cartographie antigénique du SRAS-CoV-2. Carte antigénique des variants préoccupants du SARS-CoV-2 basée sur des sérums post-SARS-CoV-2. Les préoccupants  du SARS-CoV-2 sont indiqués sous forme de cercles et les sérums sont indiqués sous forme de carrés. Chaque carré correspond aux sérums d'un individu et est coloré par le variant infectant du SARS-CoV-2. Les deux axes de la carte sont la distance antigénique et chaque carré de la grille (1 unité antigénique) représente un changement de deux fois le titre de neutralisation. La distance entre les points de la carte peut être interprétée comme une mesure de la similitude antigénique de la  réactivité où les points les plus rapprochés sont plus semblables.

Figure 2. SARS-CoV-2 antigenic cartography. Antigenic map of SARS-CoV-2 VOCs based on post-SARS-CoV-2 infection sera. SARS-CoV-2 VOCs are shown as circles and sera are indicated as squares. Each square corresponds to sera of one individual and is coloured by the infecting SARS-CoV-2 variant. Both axes of the map are antigenic distance and each grid square (1 antigenic unit) represents a two-fold change in neutralization titre. The distance between points in the map can be interpreted as a measure of antigenic similarity of similarity in reactivity where closer together points are more similar.

5 janvier 2022

Gao Y, Cai C, Grifoni A, et al. Ancestral SARS-CoV-2-specific T cells cross-recognize Omicron (B.1.1.529). Research Square 2022, posted 3 January. https://www.researchsquare.com/article/rs-1217466/v1

Les cellules T "ancestrales" spécifiques au SRAS-CoV-2 reconnaissent Omicron (B.1.1.529). 

Les cellules T CD4+ et CD8+ spécifiques de la protéine Spike du SRAS-CoV-2 induites par une infection antérieure et, plus largement, par la vaccination par l'ARNm, fournissent une réactivité immunitaire hétérologue complète contre B.1.1.529 (Omicron).

SARS-CoV-2 spike-specific CD4+ and CD8+ T cells induced by prior infection and, more extensively, by mRNA vaccination, provide comprehensive heterologous immune reactivity against B.1.1.529 (Omicron).

> 100 public health experts, clinicians, scientists. Covid-19: An urgent call for global “vaccines-plus” action. BMJ 2022, published 3 January. https://doi.org/10.1136/bmj.o1

> 100 experts en santé publique, cliniciens, scientifiques. Covid-19 : un appel urgent à une action mondiale « vaccins-plus ». 

Le gouvernement britannique actuel dirigé par le Premier ministre Boris Johnson a montré à plusieurs reprises qu'il était inapte et incapable de faire face à la pandémie de COVID-19. Ici, plus de 100 chercheurs et personnels de santé appellent à une action mondiale « vaccins-plus ». Voir aussi le fil Twitter d'Adam Hamdy : https://twitter.com/adamhamdy/status/1477934985185169408. # 9 : « L'histoire de la santé publique est jonchée d'exemples d'intérêts acquis qui résistent aux appels à un meilleur assainissement, à une meilleure sécurité au travail, à un air plus pur, etc., car de telles choses perturbent le statu quo et nécessitent des investissements. Ils préfèrent échanger votre vie contre leur argent. (italique le nôtre)

The current UK government under Prime Minister Boris Johnson has shown repeatedly that they are unfit and unable to deal with the COVID-19 pandemic. Here, more than 100 researchers and healthcare workers call for a global “vaccines-plus” action. See also the Twitter thread by Adam Hamdy: https://twitter.com/adamhamdy/status/1477934985185169408. #9: “The history of public health is littered with examples of vested interests resisting calls for better sanitation, better workplace safety, cleaner air, etc., because such things disrupt the status quo and require investment. They would rather trade your life for their money.” (italics ours)

4 janvier 2022

GOV.UK20220101. Cases in London. GOV.UK Coronavirus in the UK 2022, update 1 January. https://coronavirus.data.gov.uk/details/cases?areaType=region&areaName=London

GOV.UK20220101. Cas à Londres. GOV.UK Coronavirus au Royaume-Uni 2022, mise à jour le 1er janvier. 

Les infections à Londres semblent avoir atteint un pic. 

Infections in London appear to have reached a peak. Hopefully.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

UKHSA 20211231. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing: Update on hospitalisation and vaccine effectiveness for Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). UK Health Security Agency 2021, published 31 December. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_update.pdf

UKHSA 20211231. Variants préoccupants du SARS-CoV-2 et variants à l'étude en Angleterre Briefing technique : mise à jour sur l'hospitalisation et l'efficacité du vaccin pour Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). 

Après la troisième dose de vaccin, il y avait une protection de 88 % contre l'hospitalisation due à une infection par Omicron. En comparaison, 6 mois après la deuxième dose, la protection n'était que de 52 % (voir tableau). Les auteurs ont également constaté que le risque d'entrée aux urgences ou en hospitalisation avec Omicron était environ la moitié de celui de Delta. De plus, le risque d'admission aux urgences avec Omicron était d'environ un tiers de celui de Delta.

Paper of the Day. After the third vaccine dose, there was 88% protection against hospitalization due to infection with Omicron. In comparison, 6 months after the second dose, protection was only 52% (see table). The authors also found that the risk of presentation to emergency care or hospital admission with Omicron was approximately half of that for Delta. In addition, the risk of hospital admission from emergency departments with Omicron was approximately one-third of that for Delta.

Miyamoto S, Arashiro T, Adachi Y, et al. Vaccination-infection interval determines cross-neutralization potency to SARS-CoV-2 Omicron after breakthrough infection by other variants. medRxiv 2022, posted 1 January. https://doi.org/10.1101/2021.12.28.21268481

L'intervalle vaccination-infection détermine le pouvoir de neutralisation croisée d'Omicron après une infection par d'autres variants. 

Dans cette petite étude, Omicron était très résistant à la neutralisation chez les individus entièrement vaccinés sans antécédent d'infections par SARS-CoV-2. Cependant, une neutralisation croisée contre Omicron a été induite chez des sujets vaccinés qui ont subi des infections intercurrentes. Fait intéressant, c'était l'intervalle de temps entre la vaccination et l'infection, plutôt que les types de variants, qui était corrélé avec l'ampleur et la puissance des anticorps neutralisants contre Omicron.

In this small study, Omicron was highly resistant to neutralization in fully vaccinated individuals without a history of breakthrough infections. However, cross-neutralization against Omicron was induced in vaccinees that experienced breakthrough infections. Interestingly, it was the time interval between vaccination and infection, rather than the variant types of infection, that was correlated with the magnitude and potency of Omicron-neutralizing antibodies.

MPG 20211202. How well masks protect. Max-Planck-Gesellschaft 2021, published 2 December. https://www.mpg.de/17916867/coronavirus-masks-risk-protection

À quel point les masques protègent-ils. 

Omicron : trois mètres ne suffisent pas pour assurer la protection. Même à cette distance, il faut moins de cinq minutes à une personne non vaccinée debout en face de la respiration d'une personne atteinte de COVID-19 pour être infectée avec une certitude de près de 100 %. Heureusement, les masques FFP2 fonctionnent bien.

Omicron times are good for revising mask habits. Three meters is not enough to ensure protection. Even at that distance, it takes less than five minutes for an unvaccinated person standing in the breath of a person with COVID-19 to become infected with almost 100 percent certainty. Fortunately, FFP2 masks work.

3 janvier 2022

Hause AM, Baggs J, Marquez P, et al. COVID-19 Vaccine Safety in Children Aged 5-11 Years – United States, November 3-December 19, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2021 Dec 31;70(5152):1755-1760. PubMed: https://pubmed.gov/34968370. Full text: https://doi.org/10.15585/mmwr.mm705152a1

Sécurité des vaccins COVID-19 chez les enfants âgés de 5 à 11 ans – États-Unis, 3 novembre 19 décembre 2021. 

Après environ 8 millions de doses administrées à des enfants âgés de 5 à 11 ans, les effets secondaires les plus fréquemment rapportés étaient la douleur au site d'injection, la fatigue et les maux de tête. Ces réactions semblent être plus fréquentes après la deuxième dose.

After approximately 8 million doses administered to children ages 5-11, the most common reported side effects were pain at the injection site, fatigue and headache. These reactions seem to be more common after the second dose.

Schmidt F, Muecksch F, Weisblum Y, et al. Plasma neutralization properties of the SARS-CoV-2 Omicron variant. N Engl J Med 2021, published 30 December. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2119641

Propriétés de neutralisation du plasma du variant Omicron.

Encore une autre étude montrant que le variant Omicron montre un degré sans précédent d'échappement aux anticorps neutralisants, mais que l'injection de rappel fournit une protection supplémentaire contre l'infection pour ce variant et la maladie conséquente.

Yet another study showing that the Omicron variant shows an unprecedented degree of neutralizing antibody escape, but that boosting will provide additional protection against infection with the variant and subsequent disease.

Maslo C, Friedland R, Toubkin M, Laubscher A, Akaloo T, Kama B. Characteristics and Outcomes of Hospitalized Patients in South Africa During the COVID-19 Omicron Wave Compared With Previous Waves. JAMA. 2021 Dec 30. PubMed: https://pubmed.gov/34967859. Full text: https://doi.org/10.1001/jama.2021.24868

Caractéristiques et résultats des patients hospitalisés en Afrique du Sud pendant la vague Omicron par rapport aux vagues précédentes. 

Une étude néerlandaise montre que 68 % à 69 % des patients se présentant aux urgences avec un résultat positif au COVID-19 ont été admis à l'hôpital au cours des 3 premières vagues contre 41,3 % au cours de la vague 4 (Omicron). Les patients hospitalisés au cours de la vague 4 étaient également plus jeunes, avec une proportion plus élevée de femmes et significativement moins de patients présentant des comorbidités.

A Dutch study showing that 68% – 69% of patients presenting to the emergency department with a positive COVID-19 result were admitted to the hospital in the first 3 waves vs 41.3% in wave 4 (Omicron). Patients hospitalized during wave 4 were also younger, with a higher proportion of females, and significantly fewer patients with co-morbidities admitted.

Rodríguez-Flores M, Goicochea-Turcott EW, Mancillas-Adame L, et al. The utility of the Edmonton Obesity Staging System for the prediction of COVID-19 outcomes: a multi-centre study. Int J Obes (2022). https://doi.org/10.1038/s41366-021-01017-8

 L'utilité du système de stadification de l'obésité d'Edmonton pour la prédiction des résultats du COVID-19 : une étude multicentrique. 

Dans cette étude du Mexique, les auteurs montrent que les performances du système de stadification de l'obésité d'Edmonton (EOSS) étaient associées à des résultats défavorables du COVID-19, et qu'il distinguait les risques au-delà de l'indice de masse corporelle (IMC). Chez les patients avec un IMC  ≥ 25 kg/m2, le risque d'intubation augmentait progressivement avec les stades EOSS.

In this study from Mexico, the authors show that the performance of the Edmonton Obesity Staging System (EOSS) was associated with adverse COVID-19 outcomes, and it distinguished risks beyond body mass index (BMI). In patients with a BMI ≥ 25 kg/m2, the risk for intubation increased with progressive EOSS stages.

Diaz R, Orlandini A, Castellana N, et al. Effect of Colchicine vs Usual Care Alone on Intubation and 28-Day Mortality in Patients Hospitalized With COVID-19: A Randomized Clinical Trial. JAMA Netw Open. 2021 Dec 1;4(12):e2141328. PubMed: https://pubmed.gov/34964849. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.41328

Effet de la colchicine par rapport aux soins habituels seuls sur l'intubation et la mortalité à 28 jours chez les patients hospitalisés avec COVID-19 : un essai clinique randomisé.

Rien de nouveau. Par rapport aux traitements habituels, la colchicine n'a pas réduit de manière significative la ventilation mécanique ou la mortalité à 28 jours chez les patients hospitalisés pour une pneumonie au COVID-19.

Nothing new. Compared with usual care, colchicine did not significantly reduce mechanical ventilation or 28-day mortality in patients hospitalized with COVID-19 pneumonia.

1er janvier 2022

McGrew S, Taylor HA. Adolescents, Parents, and Covid-19 Vaccination – Who Should Decide? N Engl J Med. 2021 Dec 29. PubMed: https://pubmed.gov/34965336. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMp2116771

Adolescents, parents et vaccination contre la Covid-19 : qui doit décider ? 

Permettre aux adolescents de consentir de manière indépendante à la vaccination contre leaCOVID-19 pourrait augmenter considérablement le recours au vaccin dans cette population. Les auteurs « estiment que permettre aux adolescents de consentir de manière indépendante à la vaccination contre la Covid-19 équivaut à autoriser un consentement indépendant à toute intervention qui est dans le meilleur intérêt des adolescents et soutient un objectif de santé publique important ».

Allowing adolescents to independently consent to COVID-19 vaccination could substantially increase vaccine uptake in this population. The authors “believe that allowing adolescents to independently consent to Covid-19 vaccination is on par with allowing independent consent to any intervention that is in adolescents’ best interest and supports an important public health goal.”

Nemet I, Kliker L, Lustig Y, et al. Third BNT162b2 Vaccination Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron Infection. N Engl J Med. 2021 Dec 29. PubMed: https://pubmed.gov/34965337. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2119358

Troisième vaccination par BNT162b2 : neutralisation de l'infection par le SRAS-CoV-2 Omicron. 

Évidemment, trois doses de Pfizer valent mieux que deux. Avec seulement deux doses, on constate une efficacité de neutralisation significativement plus faible contre Beta, Delta et Omicron que contre le virus de type sauvage.

Obviously, three Pfizer doses are better than two. With just two doses, there was significantly lower neutralization efficiency against Beta, Delta, and Omicron than against the wild-type virus.

Fox-Lewis A, Williamson F, Harrower J, et al. Airborne Transmission of SARS-CoV-2 Delta Variant within Tightly Monitored Isolation Facility, New Zealand (Aotearoa). Emerg Infect Dis. 2021 Dec 29;28(3). PubMed: https://pubmed.gov/34965365. Full text: https://doi.org/10.3201/eid2803.212318

Transmission aéroportée du variant delta du SARS-CoV-2 dans un établissement d'isolement étroitement surveillée, 

Preuve de la propagation aéroportée du SARS-CoV-2 d'un patient asymptomatique à un groupe de 3 personnes qui séjournaient dans des pièces non adjacentes séparées à 2 mètres de distance. Les quatre individus n'avaient aucun contact direct entre eux ou avec des objets partagés, comme le corroborent les images des caméras de sécurité. Cependant, la caméra de sécurité a montré des ouvertures de porte simultanées des chambres 4 fois, pendant 3 à 5 secondes à chaque fois.

Figure 2. Disposition du bloc 2 de l'installation d'isolement en Nouvelle-Zélande dans laquelle la transmission par voie aérienne du  variant Delta du coronavirus 2  s'est produite entre des pièces séparées non adjacentes. Les cercles de couleur indiquent les personnes A–F. Personne A occupait la chambre 277 et le groupe de voyage BCDEF occupaient les chambres contiguës 276 et 278 du côté opposé du couloir, distantes de 2,135 m. La flèche rouge indique la direction de la transmission aéroportée probable du variant Delta de la personne A aux personnes B, C et D. Les flèches bleues indiquent la direction du flux d'air.

Evidence for airborne spread of SARS-CoV-2 from an asymptomatic patient to group of 3 people who were staying in separate nonadjacent rooms 2 meters apart. The four individuals had no direct contact with each other or with any shared objects, as corroborated by security camera footage. However, security camera showed simultaneous door openings of the rooms 4 times, for 3-5 seconds each time.

 

Jassat W, Abdool Karim S, Mudara C, et al. Clinical Severity of COVID-19 Patients Admitted to Hospitals in Gauteng, South Africa During the Omicron-Dominant Fourth Wave. Lancet Preprints 2021, posted 29 December. https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3996320 

Sévérité clinique des patients COVID-19 admis dans les hôpitaux de Gauteng, en Afrique du Sud, au cours de la quatrième vague à dominance Omicron. Lancet Preprints 2021, publié le 29 décembre.

Meilleur article clinique sur Omicron à ce jour. Omicron a conduit à une maladie moins grave – du moins dans la province de Gauteng en Afrique du Sud. Dans cette analyse de 41 046, 33 423 et 133 551 cas de SRAS-CoV-2 au cours des deuxième, troisième et quatrième vagues sud-africaines de COVID-19, environ 4,9% des cas ont été admis à l'hôpital au cours de la quatrième vague dominée par Omicron)par rapport à 18,9 % et 13,7 % au cours de la deuxième vague dominée par Bêta et de la troisième vague dominée par Delta (p < 0,001). Au cours de la quatrième vague, 28,8 % des admissions étaient des maladies graves contre 60,1 % et 66,9 % lors de la deuxième et troisième vague. Il est important de noter que les patients admis à l'hôpital au cours de la quatrième vague dominée par Omicron étaient à 73% moins susceptibles d'avoir une maladie grave que les patients admis au cours de la troisième vague. Les auteurs mettent en garde sur ce fait : « étant donné que toute combinaison d'un virus moins virulent, de comorbidités, d'une immunité élevée contre une ou plusieurs infections antérieures ou la vaccination peut contribuer de manière importante à cette présentation clinique, il faut prendre soin d'extrapoler cela à d'autres populations avec des profils de comorbidité, prévalence des infections antérieures et couverture vaccinale différents.

Best clinical paper on Omicron so far. Omicron led to less severe disease – at least in the Gauteng province of South Africa. In this analysis of 41,046, 33,423, and 133,551 SARS-CoV-2 cases in the second, third and fourth South African COVID-19 waves, about 4.9% of cases were admitted to hospital during the fourth (Omicron-dominated) wave compared to 18.9% and 13.7% during the second (Beta-dominated) and third (Delta-dominated) waves (p < 0.001). During the fourth wave, 28.8% of admissions were severe disease compared to 60.1% and 66.9% in the second and third waves. Importantly, patients admitted to hospital in the Omicron-dominated fourth wave were 73% less likely to have severe disease than patients admitted during the third wave. The authors caution that “since any combination of a less-virulent virus, co-morbidities, high immunity from prior infection(s) or vaccination may be important contributors to this clinical presentation, care should be taken in extrapolating this to other populations with different co-morbidity profiles, prevalence of prior infection and vaccination coverage.”

Heskin J, Pallett SJC, Mughal N, et al. Caution required with use of ritonavir-boosted PF-07321332 in COVID-19 management. Lancet 2022, published 1 January. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02657-X

Prudence requise avec l'utilisation du PF-07321332 boosté par le ritonavir dans la gestion du COVID-19. Lancet 2022, publié le 1er janvier.

Paxlovid, le nouveau médicament anti-COVID de Pfizer, est une combinaison de PF-07321332 et de ritonavir. Le ritonavir est une vieux traitement du VIH – en tant qu'inhibiteur puissant de l'isoenzyme CYP3A4, il est largement utilisé pour augmenter les concentrations plasmatiques d'autres médicaments. Il existe un potentiel d'interactions médicament-médicament cliniquement significatives et les auteurs recommandent « que tous les cliniciens prescripteurs se familiarisent avec les interactions potentielles en utilisant des guides de référence dédiés, tels que le vérificateur d'interactions antirétrovirales de l'Université de Liverpool et les directives de traitement antirétrovirales existantes, et en en liaison étroite avec des collègues expérimentés dans le traitement de l'infection par le VIH, afin de réduire le potentiel d'événements indésirables iatrogènes ou potentiellement mortels cliniquement significatifs.

Paxlovid, the new Pfizer anti-COVID drug, is a combination of PF-07321332 and ritonavir. Ritonavir is an old acquaintance from HIV treatment – as a potent inhibitor of the CYP3A4 isoenzyme, it is used widely to enhance plasma drug concentrations of other drugs. There is a potential for clinically significant drug–drug interactions and the authors recommend “that all prescribing clinicians become familiar with potential interactions by use of dedicated reference guides, such as the University of Liverpool antiretroviral drug interaction checker and existing antiretroviral treatment guidelines, and by liaising closely with colleagues experienced in the treatment of HIV infection, to reduce the potential for clinically significant iatrogenic adverse or life-threatening events.”

31 décembre 2021

Collie S, Champion J, Moultrie H, Bekker LG, Gray G. Effectiveness of BNT162b2 Vaccine against Omicron Variant in South Africa. N Engl J Med. 2021 Dec 29. PubMed: https://pubmed.gov/34965358. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2119270

Efficacité du vaccin BNT162b2 c(Pfizer) contre le variant Omicron en Afrique du Sud. 

Efficacité réduite mais maintenue du vaccin Pfizer contre l'hospitalisation pour COVID-19 chez les personnes infectées par Omicron (70 % contre 93 % pour celles atteintes de Delta) en Afrique du Sud. « L'ajout d'une dose de rappel de vaccin peut atténuer cette réduction de l'efficacité du vaccin ».

Reduced-but-maintained effectiveness of the Pfizer vaccine against hospital admission for COVID-19 in people with Omicron infection (70% vs 93% for those with Delta) in South Africa. “The addition of a booster dose of vaccine may mitigate this reduction in vaccine effectiveness”.

 

Tarke A, Coelho CH, Zhang Z, et al. SARS-CoV-2 vaccination induces immunological memory able to cross-recognize variants from Alpha to Omicron. medRxiv 2021, posted 28 December. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.28.474333v1

Immunité cellulaire : la vaccination contre le SRAS-CoV-2 induit une mémoire immunologique capable de reconnaître les variants d'Alpha à Omicron.

Il existe un degré élevé de préservation des cellules T contre les variants de COVID chez les personnes vaccinées avec les vaccins Pfizer, Moderna, J&J (Janssen) et Novavax.

There is a high degree of T cell preservation against COVID variants in people vaccinated with the Pfizer, Moderna, J&J and Novavax vaccines.

The Virus Monologues 2021. We describe T cell responses to #Omicron… Twitter 2021, posted 29 December. Link: https://twitter.com/virusmonologues/status/1476221654007173125

The Virus Monologues 2021. Nous décrivons les réponses des lymphocytes T à #Omicron… 

Explication des réponses des lymphocytes T au  variant Omicron chez les personnes qui ont reçu une ou deux injections du vaccin J&J (Janssen) ou deux doses de Pfizer. Les auteurs montrent que malgré la sensibilité réduite d'Omicron aux anticorps neutralisants, la majorité de la réponse des lymphocytes T, induite soit par la vaccination, soit par une infection naturelle, reconnaît le variant Omicron. « Une immunité bien conservée des lymphocytes T contre Omicron est susceptible de contribuer à la protection contre la COVID-19 sévère, renforçant les premières observations cliniques en Afrique du Sud. »

Excellent thread explaining T cell responses to the Omicron variant in people who received one or two injections of the J&J vaccine or two Pfizer doses. The authors show that despite Omicron’s reduced susceptibility to neutralizing antibodies, the majority of the T cell response, induced either by vaccination or by natural infection, cross-recognizes the Omicron variant. “Well-preserved T cell immunity to Omicron is likely to contribute to protection from severe COVID-19, supporting early clinical observations from South Africa.”

Keeton R, Tincho MB, Ngomti A, et al. SARS-CoV-2 spike T cell responses induced upon vaccination or infection remain robust against Omicron. medRxiv 2021, posted 28 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.26.21268380

The paper re: the Twitter thread above. While antibodies prevent the virus from growing and spreading, T cells kill infected cells and minimize tissue damage.

Les réponses des lymphocytes T au pic du SRAS-CoV-2 induites lors de la vaccination ou de l'infection restent robustes contre Omicron. 

Ce papier en réponse au fil Twitter ci-dessus. Alors que les anticorps empêchent le virus de se développer et de se propager, les cellules T tuent les cellules infectées et minimisent les dommages tissulaires.

NDLR : Description de l'immunité humorale et de l'immunité cellulaire face au SARS-CoV-2 (figure ci-dessous)

Comprendre ce combat contre l’intrus, c’est analyser l’immunité humorale (anticorps neutralisants) et l’immunité cellulaire portée essentiellement par des cellules T (CD4 et CD8 venant se fixer sur les MHC (Major histocompatibility complex), antigènes tissulaires qui permettent au système immunitaire (plus précisément aux cellules T) de se lier, de se reconnaître et de se tolérer (autoreconnaissance).

Légende de la figure ci-dessous : 

Immunité humorale :

-l'immunité humorale bloque l'interférence entre la protéine Spike du virus et e récepteur ACE2 de la cellule.

-la fonction des anticorps de permettre l'élimination des virus

-les lymphocytes B offrent un blocage durable contre le virus 

Immunité cellulaire :

- les lymphocytes T CD8 visent à l’élimination des cellules infectées

- les lymphocytes T CD 4 sont dévolus à la production d'anticorps

 

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Mortensen LH, Denwood MJ, Christiansen LE, et al. SARS-CoV-2 Omicron VOC Transmission in Danish Households. medRxiv 2021, posted 27 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.27.21268278

Attention, article non relu encore par les pairs.

Le variant Omicron est à propagation rapide du SRAS-CoV-2 qui devrait dépasser le Delta auparavant dominant dans de nombreux pays d'ici la fin de 2021. Nous avons estimé la dynamique de transmission suite à la propagation d'Omicron au sein de ménages danois en décembre 2021. Nous avons utilisé les données des registres danois pour estimer le taux d'attaque secondaire (TAS) des ménages. Définition du TAS Taux d'attaque secondaire = nombre de nouveaux cas parmi les contacts / nombre total de contacts.

Parmi 11 937 ménages (2 225 avec Omicron), nous avons identifié 6 397 infections secondaires au cours d'une période de suivi de 1 à 7 jours. Le TAS était de 31% et 21% dans les ménages avec Omicron et Delta respectivement. Nous avons trouvé une transmission accrue pour les individus non vaccinés et une transmission réduite pour les individus vaccinés par rappel, par rapport aux individus complètement vaccinés. En comparant les ménages infectés par Omicron au Delta, nous avons trouvé un TAS de 1,17 (95%-CI : 0,99-1,38) plus élevé pour les non vaccinés, 2,61 fois (95%-CI : 2,34-2,90) plus élevé pour les complètement vaccinés et 3,66 (95%-CI : 2,65-5,05) fois plus élevé pour les individus vaccinés avec rappel, démontrant des preuves solides de l'évasion immunitaire d'Omicron. Nos résultats confirment que la propagation rapide d'Omicron peut principalement être attribuée à l'échappement immunitaire plutôt qu'à une augmentation inhérente de la transmissibilité de base.

Strong evidence of immune evasiveness of the Omicron variant. When comparing households infected with the Omicron vs the Delta VOC, the authors found a 1.17 times higher secondary attack rate (SAR) for those unvaccinated, 2.61 times higher for those fully vaccinated and 3.66 times higher for booster-vaccinated individuals.

30 décembre 2021

Lu L, Mok BWY, Chen L, et al. Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron variant by sera from BNT162b2 or Coronavac vaccine recipients. medRxiv 2021, posted 14 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.13.21267668

Neutralisation du variant Omicron du SRAS-CoV-2 par les sérums des receveurs du vaccin BNT162b2 (Pfize) ou Coronavac (vaccin chinois). 

Mauvaise nouvelle pour le vaccin Coronavac. Lors du test de la sensibilité à la neutralisation de différentes variants (y compris Omicron) aux sérums de 25 vaccinés par Pfizer et 25 vaccinés par Coronavac, seulement 20 % et 24 % des vaccinés Pfizer avaient des anticorps neutralisants détectables contre les deux variants Omicron, respectivement. Il est important de noter qu'aucun des receveurs de Coronavac n'avait de titres d'anticorps neutralisants détectables contre Omicron. Si les mesures de confinement chinoises ne fonctionnent pas contre Omicron, le pays pourrait être en difficulté.

Bad news for the Coronavac vaccine. When testing the neutralization susceptibility of different variants (including Omicron) to sera from 25 Pfizer vaccine and 25 Coronavac vaccine recipients, only 20% and 24% of the Pfizer vaccine recipients had detectable neutralizing antibody against two Omicron variants, respectively. Importantly, none of the Coronavac recipients had detectable neutralizing antibody titers against the Omicron isolates. If the Chinese lockdown measures don’t work against Omicron, the country may be in trouble.

Sun J, Zheng Q, Madhira V, et al. Association Between Immune Dysfunction and COVID-19 Breakthrough Infection After SARS-CoV-2 Vaccination in the US. JAMA Intern Med. 2021 Dec 28. PubMed: https://pubmed.gov/34962505. Full text: https://doi.org/10.1001/jamainternmed.2021.7024

Association entre le dysfonctionnement immunitaire et l'infection  au COVID-19 après la vaccination contre le SRAS-CoV-2 aux États-Unis. 

Les personnes présentant un dysfonctionnement immunitaire par exemple une infection par le VIH, une polyarthrite rhumatoïde et une greffe d'organe solide, devraient utiliser des interventions non pharmaceutiques (par exemple, le port d'un masque) et des approches renforcées de vaccination (par exemple, une dose supplémentaire ou des tests d'immunogénicité) même après une vaccination complète.

Persons with immune dysfunction (i.e., HIV infection, rheumatoid arthritis, and solid organ transplant) may have higher rates for COVID-19 breakthrough infections and worse outcomes after full or partial vaccination, compared to persons without immune dysfunction. The authors suggest that these persons “should use non-pharmaceutical interventions (eg, mask wearing) and alternative vaccination approaches (eg, additional dose or immunogenicity testing) even after full vaccination.”

29 décembre 2021

Gruell H, Vanshylla K, Tober-Lau P, et al. mRNA booster immunization elicits potent neutralizing serum activity against the SARS-CoV-2 Omicron variant. Research Square 2021, posted 27 December. https://www.researchsquare.com/article/rs-1168453/v1

L'immunisation de rappel par vaccin à ARNm provoque une puissante activité sérique neutralisante contre le variant Omicron du SRAS-CoV-2. Research Square 2021, publié le 27 décembre. 

Les immunisations de rappel par vaccin à ARNm sont indispensables, même chez les individus vaccinés et chez les convalescents. Les auteurs rapportent un manque presque complet d'activité neutralisante contre Omicron après deux doses, alors que les immunisations de rappel par vaccin à ARNm ( troisième dose) ont entraîné une augmentation significative de l'activité neutralisante sérique contre Omicron.

mRNA booster immunizations are critical, even in vaccinated and convalescent individuals. The authors report a near-complete lack of neutralizing activity against Omicron after two doses, whereas mRNA booster immunizations (a third dose) resulted in a significant increase of serum neutralizing activity against Omicron.

Hansen CH, Schelde AB, Mousten-Helm IR, et al. Vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 infection with the Omicron or Delta variants. medRxiv 2021, posted 22 December. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.20.21267966

Efficacité du vaccin contre l'infection par le SRAS-CoV-2 avec les variants Omicron ou Delta. medRxiv 2021, publié le 22 décembre. 

Dans cette pré-impression du Danemark, l'efficacité du vaccin (VE) contre le variant Omicron est de 55,2 % et 36,7 % respectivement pour les vaccins Pfizer et Moderna, respectivement, au cours du premier mois après la primovaccination. L'EV a rapidement baissé en quelques mois seulement. L'EV a été rétablie lors de la revaccination avec le vaccin Pfizer.

In this pre-print from Denmark, vaccine efficacy (VE) against the Omicron variant of 55.2% and 36.7% for the Pfizer and Moderna vaccines, respectively, in the first month after primary vaccination. The VE rapidly declined over just a few months. VE was re-established upon re-vaccination with the Pfizer vaccine.

ICNARC 20211224. ICNARC report on COVID-19 in critical care: England, Wales and Northern Ireland. Published 24 December 2021. https://www.icnarc.org/Our-Audit/Audits/Cmp/Reports

ICNARC 20211224. Rapport de l'ICNARC sur le COVID-19 en soins intensifs : Angleterre, Pays de Galles et Irlande du Nord. Publié le 24 décembre 2021. 

Données de terrain d'avant Omicron montrant que les personnes doublement vaccinées âgées de 60 à 70 ans avaient un risque 60 fois plus faible de se retrouver en soins intensifs par rapport aux personnes non vaccinées (37,3 pour 100 000, contre 0,6 cas pour 100 000 habitants par semaine parmi ceux qui ont été vaccinés).

Data from the pre-Omicron world showing that 60- to 70-year-old double-vaccinated people had a 60-fold lower risk of ending up in intensive care compared to unvaccinated people (37.3 per 100,000, compared to 0.6 cases per 100,000 inhabitants per week among those who were vaccinated).

Khan K, Karim F, Cele S, et al. Omicron infection enhances neutralizing immunity against the Delta variant. Preprint, posted 27 December 2021. https://secureservercdn.net/50.62.198.70/1mx.c5c.myftpupload.com/wp-content/uploads/2021/12/MEDRXIV-2021-268439v1-Sigal.pdf

L'infection par Omicron améliore l'immunité neutralisante contre le variant Delta. Préimpression, publiée le 27 décembre 2021. 

L'infection à Omicron pourrait renforcer l'immunité neutralisante contre le variant Delta, en particulier chez les personnes vaccinées. Si Omicron est moins pathogène que Delta, cela pourrait aider à réduire la maladie grave due à l'infection par le SRAS-CoV-2.

Omicron infection might enhance neutralizing immunity against the Delta variant, especially in individuals who were vaccinated. If Omicron is less pathogenic than Delta, it could help decrease severe disease from SARS-CoV-2 infection.

28 décembre 2021

Garcia-Beltran WF, St Denis KJ, Hoelzemer A, et al. mRNA-based COVID-19 vaccine boosters induce neutralizing immunity against SARS-CoV-2 Omicron variant. Cell 2021, 23 December. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01496-3

Paper describing the importance of COVID-19 vaccine boosters. Three mRNA vaccine doses elicit potent variant cross-neutralization, including Omicron.

Emergence du variant SARS-CoV-2 Omicron (BA.1/B.1.1.529) abritant jusqu'à 36 mutations dans la protéine de pointe (Spike), la cible des anticorps neutralisants. Compte tenu de son potentiel d'échapper à l'immunité humorale induite par le vaccin, nous avons mesuré la puissance de neutralisation des sérums de 88 receveurs du vaccin ARNm-1273 (Moderna), 111 du BNT162b (Pfizer) et 40 du Ad26.COV2.S (Janssen) contre les pseudovirus* de type sauvage, Delta et Omicron SARS-CoV-2. Nous avons inclus les personnes qui ont reçu leur première série récemment (<3 mois), à distance (6-12 mois) ou après une dose de « rappel » supplémentaire, tout en tenant compte d'une infection antérieure par le SRAS-CoV-2. La neutralisation d'Omicron était indétectable chez la plupart des sujets vaccinés. Cependant, les individus qui avaient reçu une dose de rappel avec des vaccins à ARNm ont présenté une neutralisation puissante d'Omicron, seulement 4 à 6 fois inférieure à celle de type sauvage, suggérant une réactivité croisée accrue des réponses d'anticorps neutralisants. De plus, nous constatons que le pseudovirus Omicron infecte plus efficacement que les autres variants testés. Dans l'ensemble, cette étude met en évidence l'importance de doses d'ARNm supplémentaires pour élargir les réponses d'anticorps neutralisants contre des variants très différents du SRAS-CoV-2.

*Pseudovirus : virus porteurs d’une protéine spike hyper-mutée, en l’occurrence hébergeant vingt mutations naturellement observées dans des souches  de SARS-CoV-2.

Cliquer sur l'image pour l'agrandir :

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Wolter N, Jassat W, Walaza S, et al. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in South Africa. medRxiv 2021, posted 21 December. https://doi.org/10.1101/2021.12.21.21268116

Les premières analyses suggérent un risque réduit d'hospitalisation et de maladie grave parmi les cas probables d'Omicron en Afrique du Sud. On ne sait pas encore si ces résultats seront reproduits dans les pays à population plus âgée (âge moyen en Afrique du Sud : 28 ans ; en Allemagne : 46 ans).

Early analyses suggesting a reduced risk of hospitalization and severe disease among probable Omicron cases in South Africa. It is not yet clear if these results will be reproduced in countries with older populations (mean age in South Africa: 28 years; in Germany: 46 years).

27 décembre 2021

Maimon N, Mizrahi A, Belbshtein U, et al. Effects of BNT162b2 Covid-19 Vaccine Booster in Long-Term Care Facilities in Israel. N Engl J Med 2021, published 22 December. https://doi.org/10.1056/NEJMc2117385

Effets du rappel du vaccin BNT162b2 Covid-19 dans les établissements de soins de longue durée en Israël. 

Précision : en dehors de la France, les soins de longue durée s'entendent généralement pour toutes les personnes nécessitant des soins de toutes sortes au long cours tels que ceux qui sont prodigués en France en EHPAD ou même à domicile. Ici, j'ai demandé la précision à l'auteur par mail ce matin. (NDLR)

En juillet 2021, lors d'une recrudescence des cas de COVID-19 en Israël, des injections de rappel du vaccin Pfizer ont été rapidement pratiquées dans les établissements de soins de longue durée. Comparativement aux personnes de 60 ans ou plus dans la population générale, les taux d'infection dans les établissements de soins de longue durée ont diminué de 71 % et les taux d'hospitalisation de 80 %.

In July 2021, during a surge in COVID-19 cases in Israel, booster injections of the Pfizer vaccine were rapidly deployed in long-term care facilities. Compared to people 60 years of age or older in the general population, infection rates in long-term care facilities decreased by 71%, and hospitalization rates fell by 80%.

25 décembre 2021

Planas D, Maes P, Guivel-Benhassine F, et al. Considerable escape of SARS-CoV-2 Omicron to antibody neutralization. Nature 2021, published 23 December. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03827-2

Echappement considérable du SARS-CoV-2 Omicron à la neutralisation des anticorps. Nature 2021, publié le 23 décembre. 

Les auteurs ont examiné la sensibilité d'Omicron à neuf anticorps monoclonaux  cliniquement approuvés ou en développement, et aux anticorps présents dans 115 sérums de receveurs du vaccin anti-COVID-19 ou de personnes convalescentes. Omicron était totalement ou partiellement résistant à la neutralisation par tous les anticorps monoclonaux testés. 

Le variant SARS-CoV-2 Omicron a été identifié pour la première fois en novembre 2021 au Botswana et en Afrique du Sud. Il s'est depuis répandu dans de nombreux pays et devrait rapidement devenir dominant dans le monde entier. La lignée est caractérisée par la présence d'environ 32 mutations dans la protéine de pointe (Spike), situées principalement dans le domaine N-terminal (NTD) et le domaine de liaison au récepteur (RBD). Elles sont susceptibles d'améliorer la capacité virale et de permettre l'échappement à l'efficacité des anticorps. Nous avons isolé un virus Omicron infectieux en Belgique provenant d'un voyageur revenant d'Egypte. Les sérums de vaccinés par Pfizer ou AstraZeneca, échantillonnés 5 mois après la vaccination complète, ont à peine inhibé Omicron. Les sérums de patients convalescents COVID-19 collectés 6 ou 12 mois après les symptômes présentaient une activité neutralisante faible ou nulle contre Omicron. L'administration d'une dose de rappel de Pfizer ainsi que la vaccination des individus précédemment infectés ont généré une réponse neutralisante anti-Omicron, avec des titres 6 à 23 fois plus faibles contre Omicron que contre Delta. Ainsi, Omicron échappe à la plupart des anticorps monoclonaux thérapeutiques et dans une large mesure aux anticorps induits par le vaccin. Omicron reste cependant neutralisé par les anticorps générés par une dose de vaccin de rappel.

The authors examined the sensitivity of Omicron to 9 monoclonal antibodies (mAbs) clinically approved or in development, and to antibodies present in 115 sera from COVID-19 vaccine recipients or convalescent individuals. Omicron was totally or partially resistant to neutralization by all mAbs tested. Read more about 1) sera from Pfizer or AstraZeneca vaccine recipients, 2) sera from COVID-19 convalescent patients collected 6 or 12 months post symptoms and 3) neutralizing response after administration of a booster Pfizer dose and of previously-infected individuals.

24 décembre 2021

ICL 2021. Report 50 – Hospitalisation risk for Omicron cases in England. Imperial College London 2021, 22 December.  https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-Severity-Omicron

Imperial College de Londres 2021. Rapport 50 – Risque d'hospitalisation pour les cas Omicron en Angleterre. Imperial College Londres 2021

Les estimations de l'Imperial College de Londres suggèrent que les cas Omicron, par rapport à Delta, pourraient être 20% à 25% moins susceptibles d'être hospitalisés et 40% à 45% moins susceptibles d'être hospitalisés pendant une nuit ou plus.

Voir aussi l'article publié par The Guardian :  https://www.theguardian.com/world/2021/dec/22/risk-of-hospital-stay-40-lower-with-omicron-than-delta-uk-data-suggests

Estimates of the Imperial College London suggest Omicron cases, compared to Delta, could be 20% to 25% less likely to attend hospital, and 40% to 45% less likely to be hospitalized for a night or more.

See also the article published by The Guardian: https://www.theguardian.com/world/2021/dec/22/risk-of-hospital-stay-40-lower-with-omicron-than-delta-uk-data-suggests

Suliman R. Update of key COVID-19 metrics in Gauteng, South Africa. Twitter 2021, posted 22 December. https://twitter.com/rid1tweets/status/1473733362644885505/photo/1

  • Cases and test positivity declining
  • Cases trajectory halving time about 5.5 days
  • Hospital admissions at or passed its peak
  • Deaths rising, but much lower relative to previous wave (~14%)

Mise à jour des principales évaluations de la COVID-19 à Gauteng, Afrique du Sud. Twitter 2021, publié le 22 décembre. 

  • Nombre des cas et de positivité des tests en baisse
  • Evolution des cas réduite de moitié en environ 5,5 jours
  • Admissions à l'hôpital aupic ou après lui 
  • Décès en hausse, mais beaucoup plus faibles par rapport à la vague précédente (~14%)

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Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

FDA 2021. Coronavirus (COVID-19) Update: FDA Authorizes First Oral Antiviral for Treatment of COVID-19. U. S. Food and Drug Administration 2021, published 22 December. https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-first-oral-antiviral-treatment-covid-19

FDA 2021. Mise à jour sur le coronavirus (COVID-19) : la FDA autorise le premier antiviral oral pour le traitement du COVID-19. U.S. Food and Drug Administration 2021, publié le 22 décembre. 

Autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) de la FDA pour Paxlovid (nirmatrelvir) pour le traitement du COVID-19 léger à modéré chez les adultes et les patients pédiatriques de > 12 ans qui présentent un risque élevé de progression vers un COVID-19 sévère.

FDA emergency use authorization (EUA) for Paxlovid (nirmatrelvir) for the treatment of mild-to-moderate COVID-19 in adults and pediatric patients > 12 years of age who are at high risk for progression to severe COVID-19.

23 décembre 2021

SachdeV DD, Ng RC, Sankaran M, et al. Contact tracing outcomes among household contacts of fully vaccinated COVID-19 patients — San Francisco, California, January 29-July 2, 2021. Clin Inf Dis 20 December 2021, ciab1042, https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab1042/6470866

Résultats de la recherche des contacts parmi les contacts familiaux de patients COVID-19 entièrement vaccinés - San Francisco, Californie, 29 janvier-2 juillet 2021. 

La transmission globale d'un patient symptomatique complètement vacciné à des contacts familiaux a été suspectée dans 14 des 105 (13 %) des familles. Le séquençage génomique viral d'échantillons provenant de 44 % des patients complètement vaccinés a montré que 82 % des patients séquencés étaient infectés par unevariant préoccupant ou intéressant.

Overall transmission from a symptomatic fully vaccinated patient with breakthrough infection to household contacts was suspected in 14 of 105 (13%) of households. Viral genomic sequencing of samples from 44% of fully vaccinated patients showed that 82% of those sequenced were infected by a variant of concern or interest.

Andrejko KL, Pry J, Myers JF, et al. Predictors of SARS-CoV-2 infection following high-risk exposure. Clin Inf Dis December 21, 2021, ciab1040. https://academic.oup.com/cid/advance-article-abstract/doi/10.1093/cid/ciab1040/6473597?redirectedFrom=fulltext

 Prédicteurs de l'infection par le SARS-CoV-2 après une exposition à haut risque. 

Le risque relatif était 3,0 fois plus élevé lorsque des expositions à haut risque se produisaient avec des membres de la famille (par rapport à d'autres contacts), 2,1 fois plus élevé lorsque les expositions se produisaient à l'intérieur (par rapport à l'extérieur ) et 2,15 fois plus élevées lorsque les expositions duraient ≥ 3 heures (vs. les durées plus courtes) chez les individus non vaccinés et partiellement vaccinés.

Adjusted odds of case status were 3.0-fold higher when high-risk exposures occurred with household members (vs. other contacts), 2.1-fold higher when exposures occurred indoors (vs. outdoors only), and 2.15-fold higher when exposures lasted ≥ 3 hours (vs. shorter durations) among unvaccinated and partially-vaccinated individuals.

Lewus NM, Naioto EA, Self WH, et al. Effectiveness of mRNA vaccines in preventing COVID-19 hospitalization by age and burden of chronic medical conditions among immunocompetent US adults, March–August 2021. J Inf Dis December 21, 2021, jiab619, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab619/6472998

Efficacité des vaccins à ARNm dans la prévention des hospitalisations liées au COVID-19 selon l'âge et le poids des maladies chroniques chez les adultes américains immunocompétents, mars-août 2021. 

L'efficacité du vaccin (EV) contre les hospitalisations associées au COVID-19 diminue à peu près proportionnellement au nombre de maladies chroniques, à la fois globalement et en stratification par l'âge. Dans cette étude cas-témoins portant sur 1669 cas COVID-19 hospitalisés (11 % entièrement vaccinés) et 1950 témoins RT-PCR négatifs (54 % entièrement vaccinés), l'EV était plus élevée, à 96 % chez les patients sans maladie chronique, que chez les patients atteints de ≥ 3 maladies chroniques (83 %).

Vaccine effectiveness (VE) against COVID-19-associated hospitalization decreases roughly proportionally to the number of chronic medical conditions, both overall and stratified by age. In this case-control study in 1669 hospitalized COVID-19 cases (11% fully vaccinated) and 1950 RT-PCR-negative controls (54% fully vaccinated), VE was higher at 96% among patients with no chronic medical conditions than patients with ≥ 3 chronic conditions (83%).

Chun JY, Park S, Jung J, et al. Guillain-Barré syndrome after vaccination against COVID-19. Lancet Neurology December 17, 2021. https://doi.org/10.1016/S1474-4422(21)00416-6

Syndrome de Guillain-Barré après vaccination contre la COVID-19. Lancet Neurology 17 décembre 2021. https://doi.org/10.1016/S1474-4422(21)00416-6

Deux femmes âgées en rémission d'un lymphome diffus à grandes cellules B ont développé le syndrome de Guillain-Barré après avoir reçu le vaccin BNT162b2 (Pfizer) . Cependant, il reste difficile de savoir si cela était une coïncidence.

Two older women in remission from diffuse large B cell lymphoma developed Guillain-Barré syndrome after receiving the BNT162b2 vaccine. However, it remains unclear whether this was coincidental.

22 décembre 2021

Kugelman N, Nahshon C, Shaked-Mishan P, et al. Maternal and Neonatal SARS-CoV-2 Immunoglobulin G Antibody Levels at Delivery After Receipt of the BNT162b2 Messenger RNA COVID-19 Vaccine During the Second Trimester of Pregnancy. JAMA Pediatr December 21, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2787270?resultClick=1

Taux d'anticorps maternels et néonataux contre l'immunoglobuline G du SARS-CoV-2 à l'accouchement après vaccin BNT162b2 Messenger ARN COVID-19 (Pfizer) au cours du deuxième trimestre de la grossesse. 

Dans cette étude de cohorte de 130 femmes enceintes qui ont reçu le vaccin à ARNm BNT162b2 au cours de leur deuxième trimestre, les titres d'anticorps étaient positifs pour toutes les femmes pendant l'accouchement, et les titres néonataux étaient supérieurs aux titres maternels, représentant 100 % de transfert d'anticorps placentaires.

In this cohort study of 130 pregnant women who received the BNT162b2 mRNA vaccine during their second trimester, antibody titers were positive for all women during delivery, and neonatal titers were higher than maternal titers, representing 100% placental antibody transfer.

Ward JL, Harwood R, Smith C, et al. Risk factors for PICU admission and death among children and young people hospitalized with COVID-19 and PIMS-TS in England during the first pandemic year. Nat Med December 21, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01627-9

Facteurs de risque d'admission à l'USIP (Unité de Soins Intensifs Pédiatriques) et de décès chez les enfants et les jeunes hospitalisés avec COVID-19 et PIMS-TS en Angleterre au cours de la première année pandémique. 

Dans les rares cas où les enfants et les jeunes ont dû être hospitalisés, les facteurs de risque de maladie grave étaient similaires à ceux signalés pour les adultes.

In the rare instances when children and young people did require hospitalization, risk factors for severe disease were similar to those reported for adults.

Riou C, Keeton R, Moyo-Gwete T. Escape from recognition of SARS-CoV-2 Beta variant spike epitopes but overall preservation of T cell immunity. Science Translational Medicine December 21, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abj6824

Complexité de l'immunité cellulaire en situation de baisse du taux des anticorps neutraliants (NDLR). 

Échapperment à la reconnaissance des épitopes de pointe du variant SARS-CoV-2 Bêta mais préservation globale de l'immunité des cellules T. 

Cette étude montre que malgré la perte de reconnaissance des épitopes CD4 immunogènes, les réponses des lymphocytes T CD4 et CD8 à Beta sont globalement préservées. Ces observations peuvent expliquer pourquoi plusieurs vaccins ont conservé la capacité de protéger contre la COVID-19 sévère même avec une perte substantielle de l'activité des anticorps neutralisants contre le Bêta.

This study shows that in spite of loss of recognition of immunogenic CD4 epitopes, CD4 and CD8 T cell responses to Beta are preserved overall. These observations may explain why several vaccines have retained the ability to protect against severe COVID-19 even with substantial loss of neutralizing antibody activity against Beta.

Katikireddi SV, Cerqueira-Silva T, Vasileiou  E et al. Two-dose ChAdOx1 nCoV-19 vaccine protection against COVID-19 hospital admissions and deaths over time: a retrospective, population-based cohort study in Scotland and Brazil. Lancet December 20, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02754-9/fulltext

Protection vaccinale ChAdOx1 nCoV-19 à deux doses contre les hospitalisations et les décès liés au COVID-19 au fil du temps : une étude de cohorte rétrospective basée sur la population en Écosse et au Brésil. 

Le déclin de la protection vaccinale de ChAdOx1 nCoV-19 (AstraZeneca) en prévention des hospitalisations et des décès liés à la COVID-19  devient évident dans les trois mois suivant la deuxième dose de vaccin.

Waning vaccine protection of ChAdOx1 nCoV-19 against COVID-19 hospital admissions and deaths became evident within three months of the second vaccine dose.

21 décembre 2021

Levy M, Recher M, Hubert H, et al. Multisystem Inflammatory Syndrome in Children by COVID-19 Vaccination Status of Adolescents in France. JAMA December 20, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2787495?resultClick=1

Syndrome inflammatoire multisystémique de l'enfant par le statut vaccinal COVID-19 des adolescents en France. JAMA 20 décembre 2021.

La plupart des adolescents (26/33) atteints de multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) pour lesquels la vaccination était indiquée en France n'avaient pas été vaccinés. Parmi les 7 cas qui avaient reçu un vaccin, aucun n'était complètement vacciné.

Most adolescents (26/33) with MIS-C for whom vaccination was indicated in France had not been vaccinated. Among the 7 cases who had received a vaccine, none was fully vaccinated.

Reindl-Schwaighofer R, Heinzel A, Mayrdorfer M, et al. Comparison of SARS-CoV-2 Antibody Response 4 Weeks After Homologous vs Heterologous Third Vaccine Dose in Kidney Transplant Recipients A Randomized Clinical Trial. JAMA Intern Med, December 20, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2787200?resultClick=1

Comparaison de la réponse des anticorps anti-SARS-CoV-2 4 semaines après la troisième dose de vaccin homologue vs hétérologue chez les receveurs d'une greffe de rein. Un essai clinique randomisé. 

Parmi les 197 receveurs de greffe de rein, 39% ont développé des anticorps SARS-CoV-2 après le troisième vaccin. Il n'y avait pas de différence statistiquement significative entre les groupes, avec un taux de réponse en anticorps de 35 % et 42 % pour les vaccins à ARNm et Ad26COVS1 (Janssen), respectivement.

Among 197 kidney transplant recipients, 39% developed SARS-CoV-2 antibodies after the third vaccine. There was no statistically significant difference between groups, with an antibody response rate of 35% and 42% for the mRNA and the Ad26COVS1 (Janssen) vaccines, respectively.

20 décembre 2021

Premières estimations anglaises de l'efficacité vaccinale contre Omicron après une troisième dose (rappel) avec Pfizer :

Carré noir de petite taille 71,4% (41,8-86) pour ceux qui ont reçu initialement 2 doses d'AZ

Carré noir de petite taille 75,5% (56,1-86,3) pour ceux qui ont reçu initialement 2 doses de Pfizer

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Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Source :

Bundle N, Dave N, Pharris A, et al. COVID-19 trends and severity among symptomatic children aged 0–17 years in 10 European Union countries, 3 August 2020 to 3 October 2021. Euro Surveill. 2021;26(50):pii=2101098. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101098

Tendances et gravité de la COVID-19 chez les enfants symptomatiques âgés de 0 à 17 ans dans 10 pays de l'Union européenne, du 3 août 2020 au 3 octobre 2021.

Parmi un total de 820 404 cas pédiatriques symptomatiques (12,4 % de tous les âges), une hospitalisation a été signalée pour 9611 (1,2 %) cas, une admission en unité de soins intensifs pour 640 (0,08 % de tous les cas, 6,7 % des cas hospitalisés) et un décès pour 84 (0,01 %). Les probabilités ajustées d'hospitalisation, d'admission en unité de soins intensifs et de décès étaient respectivement sept, neuf et 27 fois plus élevées parmi les cas présentant au moins une comorbidité par rapport à ceux qui n'en présentaient aucune.

Among a total of 820,404 symptomatic pediatric cases (12.4% of all ages), hospitalization was reported for 9611 (1.2%) cases, ICU admission for 640 (0.08% of all cases, 6.7% of hospitalized cases) and death for 84 (0.01%). The adjusted odds of hospitalization, ICU admission and death were seven, nine and 27 times higher, respectively, among cases with at least one co-morbidity compared with those with none.

19 décembre 2021

He X, Liu C, Peng J, et al. COVID-19 induces new-onset insulin resistance and lipid metabolic dysregulation via regulation of secreted metabolic factors. Sig Transduct Target Ther 6, 427 (2021). https://www.nature.com/articles/s41392-021-00822-x

La COVID-19 induit l'apparition d'une résistance à l'insuline  et une dérégulation métabolique des lipides via la régulation des facteurs métaboliques sécrétés. 

Résistance à l'insuline d'apparition récente, glycémie élevée, ainsi que HDL-C réduit chez les patients COVID-19, qui persiste même après l'élimination du virus. Il est démontré que l'infection par le SARS--CoV-2 augmente l'expression du facteur de transcription RE1-silence (REST), qui module l'expression de facteurs métaboliques sécrétés, notamment la myéloperoxydase, l'apeline et la myostatine au niveau transcriptionnel, entraînant une perturbation du glucose et du métabolisme des lipides.

New-onset insulin resistance, elevated blood glucose, as well as reduced HDL-C in COVID-19 patients, which persists even after virus elimination. It is shown that SARS-CoV-2 infection increases the expression of RE1-silencing transcription factor (REST), which modulates the expression of secreted metabolic factors including myeloperoxidase, apelin, and myostatin at the transcriptional level, resulting in the perturbation of glucose and lipid metabolism.

18 décembre 2021

Patone M, Mei XW, Handunnetthi L, et al. Risks of myocarditis, pericarditis, and cardiac arrhythmias associated with COVID-19 vaccination or SARS-CoV-2 infection. Nat Med December 14, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01630-0

Risques de myocardite, de péricardite et d'arythmies cardiaques associés à la vaccination COVID-19 ou à l'infection par le SARS--CoV-2. 

En utilisant la base de données "English National Immunization" (NIMS) de la COVID-19, les auteurs estiment respectivement le risque à deux, un et six événements de myocardites supplémentaires pour 1 million de personnes vaccinées avec ChAdOx1 (AstraZeneca), BNT162b2 (Pfizer) et mRNA-1273 (Moderna), dans les 28 jours suivant une première dose et à dix événements supplémentaires (supérieur au nombre atendu en population génrale hors Covid) par 1 million de vaccinés dans les 28 jours après une deuxième dose de mRNA-1273. Ceci doit être mis en parallèle avec les 40 myocardites supplémentaires pour 1 million de patients dans les 28 jours suivant un test positif au SARS--CoV-2. Des analyses de sous-groupes par âge ont montré que le risque accru de myocardite associée aux deux vaccins à mRNA (ARNm) n'était présent que chez les moins de 40 ans.

Using the English National Immunisation (NIMS) database of COVID-19, the authors estimate an extra two, one and six myocarditis events per 1 million people vaccinated with ChAdOx1, BNT162b2 and mRNA-1273, respectively, in the 28 days following a first dose and an extra ten events per 1 million vaccinated in the 28 days after a second dose of mRNA-1273. This compares with an extra 40 myocarditis events per 1 million patients in the 28 days following a SARS-CoV-2 positive test. Subgroup analyses by age showed the increased risk of myocarditis associated with the two mRNA vaccines was present only in those younger than 40.

Husby A, Hansen JV, Fosbøl E, et al. SARS-CoV-2 vaccination and myocarditis or myopericarditis: population based cohort study. BMJ December 16, 2021; 375. https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-068665

Vaccination contre le SARS--CoV-2, myocardites ou myopéricardites : étude de cohorte en population. 

Même problème, Danemark. Le nombre absolu d'événements était faible. Même dans le groupe d'âge le plus jeune (12-39 ans), les taux absolus de myocardites ou de myopéricardites étaient respectivement de 1,6 (intervalle de confiance à 95 % : 1,0 – 2,6) et 5,7 (3,3 – 9,3) pour 100 000 personnes dans les 28 jours suivant la vaccination par BNT162b2 et ARNm -1273. Les cas cliniques étaient principalement légers.

Same issue, Denmark. The absolute number of events were low. Even in the youngest age group (12-39 years), the absolute rates of myocarditis or myopericarditis were 1.6 (95% confidence interval: 1.0 – 2.6) and 5.7 (3.3 – 9.3) per 100,000 individuals within 28 days of BNT162b2 vaccination and mRNA-1273 vaccination, respectively. Clinical outcomes were predominantly mild.

Lu L, Mok BW, Chen LL, et al. Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron variant by sera from BNT162b2 or Coronavac vaccine recipients. Clin Inf Dis, December 16, 2021, ciab1041. https://doi.org/10.1093/cid/ciab1041

Neutralisation du variant Omicron du SARS--CoV-2 par les sérums des receveurs du vaccin BNT162b2 (Pfizer) ou Coronavac (Vaccin chinois Sinovac). 

Moins de 25% des receveurs de BNT162b2 et aucun receveur de Coronavac avaient un anticorps neutralisant détectable contre le variant Omicron (tous les individus avaient reçu deux doses de vaccins COVID-19, les échantillons ont été collectés 56 jours après la première dose).

Less than 25% of BNT162b2 recipients and no Coronavac recipients had detectable neutralizing antibody against the Omicron variant (all individuals had received two doses of COVID-19 vaccines, specimens were collected 56 days after the first dose).

17 déceùbre 2021

Brandal LT, MacDonaald E, Veneti L, et al. Outbreak caused by the SARS-CoV-2 Omicron variant in Norway, November to December 2021. Eurosurveillance Volume 26, Issue 50, 16/Dec/2021 https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147

Episode causé par le variant Omicron du SARS--CoV-2 en Norvège, de novembre à décembre 2021. 

Une fête de Noël dans un restaurant à Oslo, le 26 novembre 2021 (un mois avant Noël ! NDLR). La plupart des cas (98 %) et des non-cas (93 %) étaient complètement vaccinés (deux doses) avec un délai médian depuis la dernière dose de vaccin de 79 jours pour les cas et de 87 jours pour les non-cas. Aucun n'a déclaré avoir reçu une dose de rappel. Parmi les 81 cas, les symptômes les plus courants étaient la toux (83 %), suivie par l'écoulement nasal/le nez bouché (78 %), la fatigue/la léthargie (74 %), les maux de gorge (72 %), les céphalées (68 %) et la fièvre ( 54%), plus de la moitié de grade  3 ou 4 (sur 5). Le 13 décembre, les auteurs avaient détecté près de 70 autres invités susceptibles d'être infectés lors de cet événement.

A Christmas party in a restaurant in Oslo, 26 November. Most of the cases (98%) and non-cases (93%) were fully vaccinated with a median time since having received the last vaccine dose of 79 days for cases and 87 days for non-cases. None reported having received a booster dose.  Among the 81 cases, the most common symptoms were cough (83%), followed by runny/stuffy nose (78%), fatigue/lethargy (74%), sore throat (72%), headache (68%) and fever (54%), more than half of grades 3 or 4 (out of 5). By 13 December, the authors had detected nearly 70 other guests who were likely infected at the venue.

Espenhain L, Funk T, Overvad M, et al. Epidemiological characterisation of the first 785 SARS-CoV-2 Omicron variant cases in Denmark, December 2021. Eurosurveillance – Volume 26, Issue 50, 16 December 2021. https://www.eurosurveillance.org/content/eurosurveillance/26/50

Caractérisation épidémiologique des 785 premiers cas de variant du SARS-CoV-2 Omicron au Danemark, décembre 2021. 

Au total, 599 (76 %) cas étaient complètement vaccinés et 56 autres (7,1 %) avaient reçu une vaccination complète plus une dose de rappel. Un taux d'attaque élevé a été signalé lors de l'un événement à savoir un rassemblement saisonnier avec 150 participants, où 71 (47 %) participants ont été infectés.

A total of 599 (76%) cases were fully vaccinated and an additional 56 (7.1%) had received full vaccination plus a booster dose. A high attack rate was reported at one of the events, a seasonal gathering with 150 participants, where 71 (47%) participants got infected.

Young-Xu Y, Zwain GN, Powell EI, et al. Estimated Effectiveness of COVID-19 Messenger RNA Vaccination Against SARS-CoV-2 Infection Among Older Male Veterans Health Administration Enrollees, January to September 2021. JAMA Netw Open December 15, 2021. 2021;4(12):e2138975. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2787183

Estimation de l'efficacité de la vaccination par ARN messager contre l'infection par le SARS-CoV-2 chez les hommes âgés inscrits à l'administration de la santé des vétérans, janvier à septembre 2021. 

L'efficacité estimée du vaccin à ARNm pré-Delta (EV) contre toutes infections par le SARS-CoV-2 était de 94,5% au cours du premier mois après la vaccination complète et a diminué à 87,9% au mois 3. Au cours de la période de Delta élevé, l'EV estimée était de 62,0 % au cours du premier mois et a diminué à 57,8 % au mois 3.

The estimated pre-Delta mRNA vaccine effectiveness (VE) against any SARS-CoV-2 infection was 94.5% in the first month after complete vaccination and decreased to 87.9% by month 3. During the high-Delta period, the estimated VE was 62.0% in the first month and decreased to 57.8% by month 3.

16 décembre 2021

Coyer L, Boyd A, Schinkel J, et al. Differences in SARS-CoV-2 infections during the first and second wave of SARS-CoV-2 between six ethnic groups in Amsterdam, the Netherlands: A population-based longitudinal serological study. Lancet Regional Health December 13, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7762(21)00270-2/fulltext

Différences dans les infections au SARS-CoV-2 au cours de la première et de la deuxième vague de SARS-CoV-2 entre six groupes ethniques à Amsterdam, aux Pays-Bas : une étude sérologique longitudinale basée sur la population. 

L'incidence du SARS-CoV-2 était plus élevée dans les plus grands groupes ethniques minoritaires d'Amsterdam, en particulier pendant la deuxième vague. Par rapport aux participants d'origine néerlandaise, l'incidence cumulée du SARS-CoV-2 était plus élevée chez les participants sud-asiatiques surinamais (rapport de risque = 1,66), surinamais africain (1,97), turc (2,67), marocain (3,13) et ghanéen (6,00) origine.

SARS-CoV-2 incidence was higher in the largest ethnic minority groups of Amsterdam, particularly during the second wave. Compared to participants of Dutch origin, cumulative SARS-CoV-2 incidence was higher in participants of South Asian Surinamese (adjusted hazard ratio = 1.66), African Surinamese (1.97), Turkish (2.67), Moroccan (3.13) and Ghanaian (6.00) origin.

Ruhl L, Pink I, Kühne JF, et al. Endothelial dysfunction contributes to severe COVID-19 in combination with dysregulated lymphocyte responses and cytokine networks. Sig Transduct Target Ther December 10, 2021, 6, 418. https://www.nature.com/articles/s41392-021-00819-6

La dysfonction endothéliale contribue à un COVID-19 sévère en combinaison avec des réponses lymphocytaires dérégulées et des réseaux de cytokines.

La première étude montre que les dommages endothéliaux sont un autre facteur majeur de la gravité du COVID-19, ainsi que d'un dérèglement immunitaire important. Le COVID-19 sévère n'est pas seulement caractérisé par un phénotype immunitaire hautement actif et des cascades pro-inflammatoires, mais également par des lésions endothéliales importantes, ce qui peut expliquer l'implication de plusieurs organes dans ces cas.

The first study showing that endothelial damage is another major driver of COVID-19 severity together with substantial immune dysregulation. Severe COVID-19 is not only characterized by a highly activated immune phenotype and pro-inflammatory cascades but also by substantial endothelial injuries, which may explain multiorgan involvement in these cases.

15 décembre 2021

Another Omicron Special, a week later: the picture becomes clearer. And darker. But some glimmers of hope: three jabs may work and protect against symptomatic disease (75%), some trust in T cells, and sotrovimab as a treatment option. All papers today are only pre-prints, have not been peer-reviewed and were selected from a total of > 100 articles published through three pre-print servers medRxiv, BioRxiv and Arxiv. We have include the UKHSA report, including the first real-life data from the UK, as well as some early clinical data from Denmark.

Omicron Special : une semaine plus tard, le tableau devient plus clair. Et plus sombre. Mais quelques lueurs d'espoir : trois injections peuvent fonctionner et protéger contre les maladies symptomatiques (75 %), un certaine espoir dans les cellules T se fait jour et le sotrovimab comme option de traitement. Tous les articles d'aujourd'hui ne sont que des pré-impressions, n'ont pas été évalués par des pairs et ont été sélectionnés parmi un total de > 100 articles publiés via trois serveurs de pré-impression medRxiv, BioRxiv et Arxiv. Sont inclus le rapport UKHSA, y compris les premières données du Royaume-Uni, ainsi que quelques premières données cliniques du Danemark.

Source : https://covidreference.com/top10  de ce jour

UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 31, December 10, 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

Agence britannique de sécurité sanitaire. Variants préoccupants du SARS-CoV-2 et variants faisant l'objet d'une enquête en Angleterre. Briefing technique 31, 10 décembre 2021.

Les principaux résultats : le taux d'attaque secondaire des familles sous le même toit à l'aide des données de recherche de contacts en routine est de 21,6 % (IC à 95 % : 16,7%-27,4%) pour Omicron, contre 10,7% (IC à 95 % : 10,5%-10,8%) pour Delta. L'efficacité du vaccin a été estimée par périodes après la deuxième dose  et la troisième. L'analyse finale comprenait 56 439 cas de Delta et 581 cas d'Omicron. Dans toutes les périodes, l'efficacité vaccinale était inférieure pour Omicron par rapport au Delta. À partir de 2 semaines après une dose de rappel de Pfizer, l'efficacité du vaccin était de 71 % chez ceux qui ont reçu l'AstraZeneca comme vaccin principal et d'environ 76 % chez ceux qui ont reçu le Pfizer comme traitement principal. Ces premières estimations suggèrent que l'efficacité du vaccin contre les maladies symptomatiques avec le variant Omicron est nettement inférieure à celle du variant Delta. Néanmoins, une efficacité vaccinale modérée à élevée de 70 à 75 % est observée au début de la période suivant une dose de rappel.

The main findings: the household secondary attack rate using routine contact tracing data is 21.6% (95% CI: 16.7%-27.4%) for Omicron, versus 10.7% (95% CI: 10.5%-10.8%) for Delta. Vaccine effectiveness was estimated by period after dose 2 and dose 3. The final analysis included 56,439 Delta and 581 Omicron cases. In all periods, effectiveness was lower for Omicron compared to Delta. From 2 weeks after a Pfizer booster dose, vaccine effectiveness was 71% among those who received AstraZeneca as the primary course and around 76% among those who received Pfizer as the primary course. These early estimates suggest that vaccine effectiveness against symptomatic disease with the Omicron variant is significantly lower than compared to the Delta variant. Nevertheless, moderate to high vaccine effectiveness of 70 to 75% is seen in the early period after a booster dose.

Il arrive doucement :

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Omicron au Danemark : plus fréquent parmi les jeunes contaminés ?

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Source :

14 décembre 2021

Publication anglaise du 11 décembre 2021

Traduction personnelle (B. Pradines) :

L’introduction du variant Omicron B.1.1.529 en Angleterre devrait conduire à une augmentation substantielle de la transmission du SARS-CoV-2, qui, en l'absence de contrôle strict, a le potentiel pour produire un nombre de cas considérablement plus élevé que celui enregistré au cours de la vague hivernale Alpha B.1.1.7 en 2020-2021.

Ceci est dû à la transmissibilité apparemment élevée d'Omicron et à sa capacité à infecter des personnes déjà immunisées contre le SARS-CoV-2 à la suite d'une infection antérieure ou de la vaccination. Nos hypothèses concernant la dimension dans laquelle Omicron pourrait échapper à la réponse immunitaire sont en accord avec les connaissances existantes sur la neutralisation des variants préoccupants antérieurs, les premières études sur la neutralisation d'Omicron et les estimations préliminaires de l'efficacité vaccinale.

La plupart des scénarios envisagés prévoit que, en l’absence de mise en œuvre de mesures supplémentaires, les admissions à l'hôpital résultant de la vague de transmission d’Omicron pourraient dépasser les pics enregistrés en Angleterre lors de la vague hivernale précédente en 2020-2021. Un supplément de mesures de contrôle pourrait donc être nécessaire pour minimiser la charge liée à la morbidité et protéger les services de santé.

Source :

13 décembre 2021

Nishikawa M, Kanno H, Zhou Y. et al. Massive image-based single-cell profiling reveals high levels of circulating platelet aggregates in patients with COVID-19. Nat Commun 12, 7135 (2021). https://www.nature.com/articles/s41467-021-27378-2

 Le profilage unicellulaire massif basé sur des imageries révèle des niveaux élevés d'agrégats plaquettaires circulants chez les patients atteints de COVID-19. 

Cette étude du Japon rapporte des agrégats plaquettaires circulants dans COVID-19 obtenus par le profilage massif basé sur l'imagerie monocellulaire et la surveillance  du sang de 110 patients COVID-19. Étonnamment, une présence anormale d'agrégats plaquettaires excessifs a été trouvée chez près de 90 % de tous les patients COVID-19.

This study from Japan reports the landscape of circulating platelet aggregates in COVID-19 obtained by massive single-cell image-based profiling and temporal monitoring of the blood of 110 COVID-19 patients. Surprisingly, an anomalous presence of excessive platelet aggregates was found in nearly 90% of all COVID-19 patients.

11 décembre 2021

France, DREES via La revue du Praticien (source au dessous du graphique) :

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Suetens C, Kinross P, Berciano PG, et al. Increasing risk of breakthrough COVID-19 in outbreaks with high attack rates in European long-term care facilities, July to October 2021. Euro Surveill, December 9, 2021;26(49):pii=2101070. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.49.2101070

Risque croissant du COVID-19 avec des taux d'attaque élevés dans les établissements de soins de longue durée européens, juillet à octobre 2021. 

Cette étude montre qu'il existe un risque d'épidémie de COVID-19 dans les ESLD des pays européens malgré la très forte utilisation du vaccin COVID-19 par les résidents et le personnel. Dans certains cas, les épidémies peuvent entraîner une morbidité et une mortalité élevées parmi les résidents. Le risque d'hospitalisation et de décès liés au COVID-19 est plus élevé dans les grands ESLD que dans les petits ESLD, ce qui peut refléter une proportion plus élevée de personnes âgées fragiles dans les grands ESLD ou un nombre plus élevé de contacts avec le personnel et les visiteurs.

NDLR. Le tableau ci-dessous objective un taux français de vaccinations relativement faible dans l'échantillon considéré et un taux de mortalité qui est le deuxième après l'Espagne.

This study shows that there is a risk for outbreaks of COVID-19 in LTCFs in European countries despite the very high uptake of the COVID-19 vaccine by residents and staff. In some cases, the outbreaks can result in high morbidity and high mortality among residents. The risk for COVID-19-related hospitalization and death was higher in large LTCFs than in small LTCFs, which may reflect a higher proportion of frail elderly people in large LTCFs or a higher number of contacts with staff and visitors.

 

Cliquer sur le tableau pour l'agrandir :

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

10 décembre 2021

Arbel R, Hammerman A, Sergienko R. BNT162b2 Vaccine Booster and Mortality Due to COVID-19. NEJM December 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2115624?query=featured_home

Israël. Rappel du vaccin BNT162b2 et mortalité due à COVID-19. 

Les auteurs ont obtenu des données pour tous les membres des Clalit Health Services (843 208 participants) âgés de 50 ans ou plus au début de l'étude et ayant reçu deux doses de BNT162b2 au moins 5 mois plus tôt. Le rapport de risque ajusté de décès dû au COVID-19 dans le groupe avec rappel, par rapport au groupe sans rappel, était de 0,10 (IC à 95 % : 0,07 à 0,14 ; P < 0,001).

90%. The authors obtained data for all members of Clalit Health Services (843,208 participants) who were 50 years of age or older at the start of the study and had received two doses of BNT162b2 at least 5 months earlier. The adjusted hazard ratio for death due to COVID-19 in the booster group, as compared with the non-booster group, was 0.10 (95% CI: 0.07 to 0.14; P < 0.001).

Ratio de risque cumulé de décès dus au Covid-19. La zone ombrée indique l'intervalle de confiance à 95 %.

Ratio de risque cumulé de décès dus au Covid-19. La zone ombrée indique l'intervalle de confiance à 95 %.

Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M, et al. Protection against Covid-19 by BNT162b2 Booster across Age Groups. NEJM December 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2115926?query=featured_home

Protection contre la Covid-19 par rappel de BNT162b2 selon les tranches d'âge. 

Même conclusion que ci-dessus. Ces auteurs ont extrait des données de la base de données du ministère israélien de la Santé concernant 4 696 865 personnes âgées de 16 ans ou plus qui avaient reçu deux doses de BNT162b2 au moins 5 mois plus tôt. Chez les personnes de 60 ans ou plus, la mortalité était inférieure d'un facteur 14,7 (IC à 95 % : 10,0 à 21,4) dans l'analyse primaire et de 4,9 (IC à 95 % : 3,1 à 7,9) dans l'analyse secondaire. La dose de rappel a eu un effet similaire dans différents groupes d'âge (bien que dans le groupe d'âge le plus jeune, un facteur de réduction plus important par rapport aux infections confirmées ait été observé).

Same direction. These authors extracted data from the Israel Ministry of Health database regarding 4,696,865 persons 16 years of age or older who had received two doses of BNT162b2 at least 5 months earlier. Among those 60 years of age or older, mortality was lower by a factor of 14.7 (95% CI: 10.0 to 21.4) in the primary analysis and 4.9 (95% CI: 3.1 to 7.9) in the secondary analysis. The booster dose had a similar effect across different age groups (although in the youngest age group, a larger reduction factor vs confirmed infections was observed).

Agostino H, Burstein B, Moubayed D, et al. Trends in the Incidence of New-Onset Anorexia Nervosa and Atypical Anorexia Nervosa Among Youth During the COVID-19 Pandemic in Canada. JAMA Netw Open December 7, 2021;4(12):e2137395. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786919?resultClick=1

Dommages collatéraux. Tendances de l'incidence de l'anorexie mentale d'apparition récente et de l'anorexie mentale atypique chez les jeunes pendant la pandémie de COVID-19 au Canada. 

Dans un large échantillon national de jeunes au cours de la première vague de la pandémie, les cas mensuels d'anorexie mentale d'apparition récente ou d'anorexie mentale atypique ont augmenté de plus de 60 % (24,5 à 40,6), et les hospitalisations mensuelles ont presque triplé (7,5 à 20,0) par rapport aux taux prépandémiques.

In a broad national sample of youth during the first wave of the pandemic, monthly cases of new-onset anorexia nervosa or atypical anorexia nervosa increased by more than 60% (24.5 to 40.6), and monthly hospitalizations nearly tripled (7.5 to 20.0) compared with prepandemic rates.

9 décembre 2021

Pfizer and BioNTech Provide Update on Omicron Variant. Wednesday, December 08, 2021 – 06:54am. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant

Pfizer et BioNTech communiquent une mise à jour sur le variant Omicron. Mercredi 08 décembre 2021 – 06h54. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant

Des études préliminaires en laboratoire démontrent que trois doses du vaccin Pfizer/BioNTech COVID-19 neutralisent le variant Omicron (lignée B.1.1.529) tandis que deux doses montrent des titres de neutralisation considérablement réduits. Les seules données présentées ici : « Le titre moyen d'anticorps neutralisants contre le variant Omicron mesuré dans les échantillons était de 154 (après trois doses), contre 398 contre le variant Delta (après trois doses) et 155 contre la souche ancestrale (après deux doses).

NDLR : notre les différences de conclusions entre ce communiqué et les publications ci-dessous.

Preliminary laboratory studies demonstrate that three doses of the Pfizer/BioNTech COVID-19 vaccine neutralize the Omicron variant (B.1.1.529 lineage) while two doses show significantly reduced neutralization titers. The only data presented here: “The geometric mean titer of neutralizing antibody against the Omicron variant measured in the samples was 154 (after three doses), compared to 398 against the Delta variant (after three doses) and 155 against the ancestral strain (after two doses).”

Chen J, Wang R, Gilby NB, et al. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv. Preprint. 2021 Dec 1: arXiv:2112.01318v1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8647651/

Chen J, Wang R, Gilby N.-B., et al. Omicron (B.1.1.529) : infectiosité, infection malgré le  vaccin et résistance aux anticorps. ArXiv. Préimpression. 

Les auteurs ont utilisé un modèle d'intelligence artificielle (IA), s'appuyant sur des dizaines de milliers de points de données expérimentaux, modèle largement validé par des données expérimentales sur le SRAS-CoV-2. Ils prédisent qu'Omicron est environ dix fois plus infectieux que le virus d'origine ou environ deux fois plus infectieux que le variant Delta. En utilisant les structures de 132 complexes anticorps-RBD connus, ils révèlent également que la capacité d'échappement vaccinal d'Omicron est environ deux fois plus élevée que celle du Delta et qu'Omicron peut réduire considérablement l'efficacité de plusieurs associations d'anticorps. 

The authors used an artificial intelligence (AI) model, trained via tens of thousands of experimental data points and extensively validated by experimental data on SARS-CoV-2. They predict that Omicron is about ten times more infectious than the original virus or about twice as infectious as the Delta variant. Using the structures of 132 known antibody-RBD complexes, they also reveal that Omicron’s vaccine-escape capability is about twice as high as that of the Delta variant and that Omicron may significantly reduce the efficacy of several antibody cocktails. Let’s hope they are wrong.

Pulliam JR, van Schalkwyk C, Govender N, et al. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. MedRxiv December 02, 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.11.21266068

Pulliam JR, van Schalkwyk C, Govender N, et al. Risque accru de réinfection par le SRAS-CoV-2 associé à l'émergence du variant Omicron en Afrique du Sud. 

Des données d'Afrique du Sud suggèrent que le variant Omicron est associé à une capacité substantielle à échapper à l'immunité d'une infection antérieure. Le rapport de risque estimé pour la réinfection par rapport à l'infection primaire pour la période du 1er novembre 2021 au 27 novembre 2021 par rapport à la vague 1 était de 2,39 (IC95 : 1,88–3,11).

Data from South Africa suggesting that the Omicron variant is associated with a substantial ability to evade immunity from prior infection. The estimated hazard ratio for reinfection versus primary infection for the period from 1 November 2021 to 27 November 2021 versus wave 1 was 2.39 (CI95: 1.88–3.11).

8 décembre 2021

Wang SY, Juthani PV, Borfges KA, et al. Severe breakthrough COVID-19 cases in the SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) variant era. Lancet Microbe December 03, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00306-2/fulltext

 Cas graves de COVID-19 à l'ère du variant Delta du SARS-CoV-2 (B.1.617.2).

Bien que les patients atteints d'infections aigues graves aient été nettement plus âgés et porteurs de davantage de  comorbidités, la durée l'hospitalisation était plus courte et le devenir était meilleur que chez ceux qui n'étaient pas vaccinés.

Though patients with severe breakthrough infections were markedly older and more co-morbid, hospitalisation was shorter and outcome was better than among those who were unvaccinated.

Stuart AS, Shaw RH, Liu X, et al. Immunogenicity, safety, and reactogenicity of heterologous COVID-19 primary vaccination incorporating mRNA, viral-vector, and protein-adjuvant vaccines in the UK (Com-COV2): a single-blind, randomised, phase 2, non-inferiority trial. Lancet December 06, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02718-5/fulltext

Immunogénicité, sécurité et réactogénicité de la primovaccination hétérologue COVID-19 incorporant des vaccins à ARNm, à vecteur viral et à adjuvant protéique au Royaume-Uni (Com-COV2) : un essai de non-infériorité de phase 2 randomisé en simple aveugle.

Ce grand essai contrôlé randomisé montre que la vaccination COVID-19 hétérologue (mix and match) est sûre, tolérée et immunogène. En particulier, l'ARNm-1273 (Moderna) en tant que rappel hétérologue après l'amorce par ChAd (AstraZeneca) ou par BNT (Pfizer) a induit une réponse d'anticorps de liaison et de neutralisation plus élevée que l'un ou l'autre des programmes homologues.

Paper of the day. This large RCT shows that heterologous (mix and match) COVID-19 vaccination is safe, tolerated, and immunogenic. In particular, mRNA-1273 as a heterologous boost after ChAd or BNT prime induced a higher binding and neutralising antibody response than either homologous schedule.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19

Cinétique de l'immunogénicité selon le calendrier vaccinal.  Vaccin BNT=BNT162b2, Pfizer-BioNTech. ChAd=ChAdOx1 vaccin nCoV-19, AstraZeneca. ELU=unités de laboratoire ELISA. m1273=vaccin ARNm-1273, Moderna. Vaccin NVX=NVXCoV2373, Novavax.

Paper of the day. This large RCT shows that heterologous (mix and match) COVID-19 vaccination is safe, tolerated, and immunogenic. In particular, mRNA-1273 as a heterologous boost after ChAd or BNT prime induced a higher binding and neutralising antibody response than either homologous schedule.

7 décembre 2021

Pannus P, Neven KY, De Craeye S, et al. Poor antibody response to BioNTech/Pfizer COVID-19 vaccination in SARS-CoV-2 naïve residents of nursing homes. Clinical Infectious Diseases, 2021;, ciab998, https://doi.org/10.1093/cid/ciab998

 Mauvaise réponse en anticorps à la vaccination BioNTech/Pfizer COVID-19 chez les résidents naïfs du SARS-CoV-2 des nursing homes (équivalentes aux EHPAD)

Les résidents jamais contaminés par le SARS-CoV-2 avaient des réponses d'anticorps inférieures au vaccin à ARNm BNT162b2 que le personnel jamais contaminé. Ces réponses médiocres impliquaient des niveaux inférieurs d'IgG dans tous les domaines de la protéine de pointe, une moindre présence d'IgG visant le domaine RBD et des niveaux inférieurs d'anticorps neutralisant la souche ciblée par le vaccin. Aucun des 78 résidents naïfs n'avait d'anticorps neutralisant détectable au Delta.

Les résidents des NH courent un risque élevé de morbidité et de décès liés au COVID-19 et peuvent mal réagir à la vaccination en raison de leur vieillesse et de comorbidités fréquentes.

SARS-CoV-2 naïve residents had lower Ab responses to the BNT162b2 mRNA vaccine than naïve staff. These poor responses involved lower levels of IgG to all spike domains, lower avidity of RBD IgG, and lower levels of Ab neutralizing the vaccine strain. None of 78 naïve residents had detectable neutralizing Ab to Delta.

Greinacher A, Selleng K, Palankar R, et al. Insights in ChAdOx1 nCoV-19 vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia. Blood. 2021 Dec 2;138(22):2256-2268. PubMed: https://pubmed.gov/34587242. Full text: https://doi.org/10.1182/blood.2021013231

La thrombocytopénie thrombotique immunitaire induite par le vaccin ChAdOx1 nCoV-19. 

Les résultats de cette étude soutiennent un mécanisme en 2 étapes sous-jacent à la VITT qui ressemble à la pathogenèse de la thrombocytopénie (auto-immune) induite par l'héparine.

NDLR : une confirmation de la théorie déjà établie par Greinacher au début de la vaccination par AstraZeneca

The results of this study support a 2-step mechanism underlying VITT that resembles the pathogenesis of (autoimmune) heparin-induced thrombocytopenia.

6 décembre 2021

Dyer O. Covid-19: South Africa’s surge in cases deepens alarm over omicron variant. BMJ December 3, 2021;375:n3013. https://www.bmj.com/content/375/bmj.n3013

Owen Dyer summarizes the latest findings on Omicron.

L'Afrique du Sud, le premier pays à avoir détecté le variant omicron du virus SARS-CoV-2, connaît une augmentation sans précédent du nombre de cas, ce qui donne du poids aux inquiétudes selon lesquelles ce variant pourrait s'avérer être le plus transmissible jamais vu.

Le nombre de nouveaux cas parmi les personnes qui ont déjà eu un test positif suggère qu'omicron est beaucoup plus susceptible que les variants précédents de réinfecter les personnes qui ont eu le covid, a déclaré l'Institut national des maladies transmissibles du pays.

Dans l'épicentre de l'épidémie, Gauteng, la province peuplée qui contient Pretoria et Johannesburg, 74% des échantillons séquencés au cours des trois dernières semaines de novembre impliquaient le nouveau variant. Cela suggère qu'omicron surpasse rapidement le variant delta qui avait déjà remplacé le variant bêta local. Avec seulement des cas sporadiques identifiés dans au moins 23 autres pays, l'expérience de l'Afrique du Sud offre actuellement l'aperçu le plus net de l'évolution future possible du variant.

« Sur la base d'une modélisation mathématique menée par l'ECDC [le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies], l'ECDC a déclaré dans un communiqué le 2 novembre 2021 qu’il y a des indices qu'omicron pourrait causer plus de la moitié de toutes les infections au SRAS-CoV-2 dans l'UE/EEE au cours des prochains mois ». Le conseiller scientifique du gouvernement français, Jean-François Delfraissy, a déclaré qu'omicron pourrait prendre la place de delta d'ici la fin janvier 2022.

Le nombre de nouveaux cas quotidiens en Afrique du Sud double à un rythme beaucoup plus rapide que lors des trois vagues précédentes dans le pays. La moyenne glissante sur sept jours des nouveaux cas quotidiens s'élevait à 266 lorsque le premier échantillon a été isolé le 8 novembre 2021, à 674 lorsque des scientifiques sud-africains l'ont identifié comme un possible nouveau variant préoccupant le 23 novembre et à 5092 le 2 décembre.

La poussée semble encore s'accélérer, comme en témoigne la proportion de tests revenus positifs, qui est passée de 10,3 % des tests (4373 cas) au 30 novembre à 16,5 % des tests au 1er décembre (8561 nouveaux cas), 22,4 % des tests sur 2 décembre (11535 nouveaux cas), et 24,3 % des tests le 3 décembre (16055 nouveaux cas).

Le taux de décès n'a pas encore montré une augmentation similaire. Des rapports anecdotiques provenant d'hôpitaux sud-africains suggèrent que les jeunes figurent en bonne place parmi les nouveaux cas. "Nous avons constaté une augmentation assez marquée [des admissions à l'hôpital] dans tous les groupes d'âge, en particulier chez les moins de 5 ans", a déclaré Wassila Jassat, épidémiologiste à l'Institut national des maladies transmissibles.

L'Afrique du Sud a un faible taux de vaccination d’environ 36% de la population adulte, mais le taux est particulièrement faible chez les jeunes, en particulier chez les hommes. "Les fake news dans l'espace des médias sociaux ont eu un impact énorme" parmi cette population, a déclaré le mois dernier le ministre de la Santé Joe Phaahla.

Les premiers échantillons identifiés ont été collectés le 8 novembre auprès d'un homme de 34 ans et d'un homme de 23 ans à Johannesburg.

Risque de réinfection

Il n'y a toujours pas de données sur le statut vaccinal des personnes infectées par l'omicron. Sur la base de ses mutations connues, les fabricants de vaccins ont exprimé leur optimisme quant au fait que la vaccination continuera à protéger contre les pires conséquences de la covid-19 provoquées par le nouveau variant. Mais une étude de publiée en ligne par des chercheurs sud-africains a révélé qu'elle pourrait être plus dangereuse qu’avec d'autres variants pour les personnes dont l'immunité a été acquise lors d'une infection antérieure.

Le pays a connu trois vagues précédentes, entraînées par le virus d'origine, le variant bêta et le variant delta. Dans la vague d'omicron qui se développe rapidement - qui n'a pas encore été officiellement déclarée comme une quatrième vague - la proportion de nouveaux cas impliquant des personnes qui ont déjà subi la covid-19 est plus de trois fois plus élevée que lors des deuxièmes et troisièmes vagues, selon l'étude.

Si cette découverte est confirmée ailleurs, l'omicron constituerait un danger particulier dans les pays ayant des taux élevés d'immunité naturelle mais des taux de vaccination relativement faibles, comme l'Afrique du Sud, la Russie et les États-Unis.

Lien avec le VIH suspecté

Tulio de Oliveira, le scientifique sud-africain qui a identifié le variant omicron, a déclaré au Los Angeles Times que "l'histoire la plus plausible" de l'origine du variant était liée à ses multiples mutations qui se sont accumulées dans le corps d'une personne vivant avec le VIH dont le système immunitaire affaibli avait du mal à éliminer le virus pendant des semaines ou des mois. L'Afrique du Sud était auparavant le point d'origine probable du variant bêta.

Comme le pays a une prévalence du VIH de 19% chez les personnes âgées de 15 à 49 ans, cette importante population non traitée pourrait « devenir une usine de variants pour le monde entier », a averti de Oliveira. Avec la prévalence élevée du VIH en Afrique et un taux de vaccination à l'échelle du continent inférieur à 7 %, il a été laissé pour compte dans la pandémie, écrit-il avec ses collègues dans Nature.

Les interdictions de voyager ont effectivement puni l'Afrique du Sud pour avoir rapidement informé l'Organisation mondiale de la santé du variant, ont-ils noté, ce qui a découragé la transparence. Les nombreuses annulations de vols entraînent désormais une pénurie de réactifs pour les kits de test dont l'Afrique du Sud a besoin pour suivre la poussée d'omicron, a déclaré l'Institut national des maladies transmissibles, et l'OMS a averti qu'elle empêchait également l'envoi d'échantillons à l'étranger.

5 décembre 2021

Hoertel N, Sánchez-Rico M, Herrera-Morueco JJ. et al. Comorbid medical conditions are a key factor to understand the relationship between psychiatric disorders and COVID-19-related mortality: Results from 49,089 COVID-19 inpatients. Mol Psychiatry, November 26, 2021. https://doi.org/10.1038/s41380-021-01393-7

 Les comorbidités sont un facteur clé pour comprendre la relation entre les troubles psychiatriques et la mortalité liée au COVID-19 : résultats de 49 089 patients hospitalisés COVID-19. 

Parmi les patients hospitalisés pour COVID-19, ceux souffrant de troubles psychiatriques ont un risque accru de décès, ce qui pourrait s'expliquer par leur plus grand nombre de pathologies médicales.

Among patients hospitalized for COVID-19, those with psychiatric disorders have increased risk of death, which could be explained by their greater number of medical conditions.

4 décembre 2021

Ce jour, deux articles qui vont dans le sens d'une plus grande efficacité du Moderna par rapport au Pfizer. Rien d'étonnant si l'on considère les dosages différents, les effets secondaires observés et les résultats d'études déjà publiées. Une prudence toutefois. Même si ces articles paraissent dans de grandes revues internationales reconnues, ici le NEJM, un éventuel lien d'intérêt non déclaré doit toujours être suspecté.

 

Dickerman BA, Gerlovin H, Madenci AL, et al. Comparative Effectiveness of BNT162b2 and mRNA-1273 Vaccines in U.S. Veterans. NEJM December 1, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2115463?query=featured_home

The authors used the electronic health records of U.S. veterans who received a first dose of the BNT162b2 or mRNA-1273 vaccine in early 2021, during a period marked by predominance of the Alpha variant. The risks of outcomes were low, regardless of the vaccine received. However, recipients of the BNT162b2 vaccine had a 27% higher risk of documented SARS-CoV-2 infection and a 70% higher risk of hospitalization for COVID-19 than recipients of the mRNA-1273 vaccine over 24 weeks of follow-up in a period.

 

Rosenberg ERS, Dorabawila V, Easton D, et al. Covid-19 Vaccine Effectiveness in New York State. NEJM December 1, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2116063?query=featured_home

By analyzing large cohorts of New York State residents, the authors observed declines in vaccine effectiveness from May through August 2021. Trends were inversely correlated with increasing Delta prevalence and plateaued among persons 18 to 64 years of age during the period in which the prevalence of Delta exceeded 85%. These changes occurred simultaneously across age, product, and time cohorts, with the largest declines seen among BNT162b2 recipients.

3 décembre 2021

Shi T, Pan J, Katikireddi SV, et al. Risk of COVID-19 hospital admission among children aged 5–17 years with asthma in Scotland: a national incident cohort study. Lancet Resp Med November 30, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00491-4/fulltext

Risque d'admission à l'hôpital pour COVID-19 chez les enfants âgés de 5 à 17 ans souffrant d'asthme en Écosse : une étude nationale de cohorte d'incidents. 

Sur 4339 enfants d'âge scolaire avec une infection confirmée, 67 (1,5%) ont été admis à l'hôpital avec COVID-19. En cas de prescriptions de corticostéroïdes par voie orale comme marqueur de l'asthme non contrôlé, le risque relatif ajusté était de 3,38 (1,84 à 6,21) pour les enfants ayant reçu au moins trois cures de corticostéroïdes prescrites. Les auteurs concluent que les enfants d'âge scolaire souffrant d'asthme ayant été récemment hospitalisés ou ayant reçu deux cures ou plus de corticostéroïdes oraux présentent un risque nettement accru d'hospitalisation pour COVID-19 et doivent être considérés comme une priorité pour les vaccinations.

Of 4339 school-aged children with confirmed infection, 67 (1.5%) were admitted to hospital with COVID-19. When using oral corticosteroid prescriptions as the marker of uncontrolled asthma, the adjusted HR was 3.38 (1.84–6.21) for those with three or more prescribed courses of corticosteroids. The authors conclude that school-aged children with asthma with previous recent hospital admission or two or more courses of oral corticosteroids are at markedly increased risk of COVID-19 hospital admission and should be considered a priority for vaccinations.

2 décembre 2021

Tran Kiem C, Bosetti P, Paireau J, et al. SARS-CoV-2 transmission across age groups in France and implications for control. Nat Commun November 25, 2021, 12, 6895. https://www.nature.com/articles/s41467-021-27163-1

Transmission du SARS-CoV-2 à travers les tranches d'âge en France et implications pour le contrôle épidémique. 

France : cette grande publication s'adresse à tous ceux qui soutiennent encore qu'il suffit de protéger uniquement les personnes âgées. La lutte contre la pandémie nécessite un effort dans toutes les tranches d'âge : en analysant l'épidémie française à l'été 2020, les auteurs ont constaté que si le rebond a commencé chez les jeunes adultes, il a atteint les individus âgés de ≥ 80  ans après 4 semaines, malgré des réductions substantielles des contacts, indiquant des flux de transmission substantiels à travers les âges. Bien que la protection des personnes âgées réduise la mortalité, elle est insuffisante pour permettre un assouplissement significatif de la distanciation sociale. Lorsque l'épidémie reste gérable (R proche de 1), il vaut mieux cibler ceux qui contribuent le plus à la transmission que protéger les individus à risque.

This great paper is for all who still argue that it is sufficient to protect only the elderly. Pandemic control requires an effort in all age groups: analyzing the French epidemic in summer 2020, the authors found that while the rebound started in young adults, it reached individuals aged ≥ 80 years after 4 weeks, despite substantial contact reductions, indicating substantial transmission flows across ages. While shielding older individuals reduces mortality, it is insufficient to allow any significant relaxation of social distancing. When the epidemic remains manageable (R close to 1), targeting those most contributing to transmission is better than shielding at-risk individuals.

Meslé M, Brown J, Mook P, et al. Estimated number of deaths directly averted in people 60 years and older as a result of COVID-19 vaccination in the WHO European Region, December 2020 to November 2021. Euro Surveill. 2021;26(47):pii=2101021. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.47.2101021

Estimation du nombre de décès directement évités chez les personnes de 60 ans et plus à la suite de la vaccination contre le COVID-19 dans la Région européenne de l'OMS, de décembre 2020 à novembre 2021. 

Les auteurs estiment que la mise en œuvre généralisée des programmes de vaccination contre le COVID-19 pour les personnes âgées a évité une médiane de 469 186 décès (possiblement : 129 851 à 733 744) chez les personnes de 60 ans et plus dans 33 pays (51 % des 911 302 décès attendus ; possiblement : 23-62%).

The authors estimate that the widespread implementation of COVID-19 vaccination programs for older people has averted a median of 469,186 deaths (sensitivity range: 129,851–733,744) in people 60 years and older in 33 countries (51% of 911,302 expected deaths; sensitivity range: 23–62%).

 

1er décembre 2021

Delaugerre C Foissac F, Abdoul H, et al. Prevention of SARS-CoV-2 transmission during a large, live, indoor gathering (SPRING): a non-inferiority, randomised, controlled trial. Lancet November 26, 2021. https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00673-3/fulltext

Prévention de la transmission du SARS-CoV-2 lors d'un grand rassemblement intérieur en direct (SPRING) : un essai contrôlé, randomisé et de non-infériorité. 

France : ce grand essai randomisé à Paris avec 6678 participants montre que les taux d'infection parmi les participants à un grand événement de rassemblement en salle sont similaires à ceux des non-participants, compte tenu de la mise en œuvre d'une stratégie de prévention complète comprenant dépistage antigénique dans les 3 jours précédents, masque porté, et ventilation optimisée. Attention toutefois : l'étude a été menée dans un contexte de faible circulation du SARS-CoV-2 en France (fin mai 2021).

This large randomized trial from Paris with 6678 participants shows that infection rates among attendees at a large, indoor gathering event are similar to those in non-attendees, given implementation of a comprehensive prevention strategy including antigen-screening within the 3 days prior, medical mask wearing, and optimised ventilation. Important caveat: the study was conducted in the context of low circulation of SARS-CoV-2 in France (end of May 2021).

Menichetti F, Popoli P, Puopolo M, et al. Effect of High-Titer Convalescent Plasma on Progression to Severe Respiratory Failure or Death in Hospitalized Patients With COVID-19 Pneumonia – A Randomized Clinical Trial. JAMA Netw Open November 29, 2021;4(11):e2136246. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786680?resultClick=1

Effet du plasma convalescent à titre élevé sur la progression vers une insuffisance respiratoire grave ou la mort chez les patients hospitalisés atteints de pneumonie COVID-19 - Un essai clinique randomisé.

Chez les patients atteints de pneumonie COVID-19 modérée à sévère, le plasma de convalescent (PC) anti-SARS-CoV-2 à titre élevé n'a pas réduit la progression vers une insuffisance respiratoire sévère ou la mort dans les 30 jours. Le critère d'évaluation principal a été observé chez 59 des 231 patients (25,5%) traités par PC et traitement standard et chez 67 des 239 patients (28,0%) qui ont reçu un traitement standard seul. Les événements indésirables sont survenus plus fréquemment dans le groupe PC (12 sur 241 [5,0 %]) par rapport au groupe témoin (4 sur 246 [1,6 %] ; P = ,04).

In patients with moderate to severe COVID-19 pneumonia, high-titer anti–SARS-CoV-2 convalescent plasma (CP) did not reduce the progression to severe respiratory failure or death within 30 days. The primary end point occurred in 59 of 231 patients (25.5%) treated with CP and standard therapy and in 67 of 239 patients (28.0%) who received standard therapy alone.

30 novembre 2021

29 novembre 2021

Baker N, Van Noorden R. Coronapod: everything we know about the new COVID variant. Nature 26 November 2021. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03562-8

Coronapod : tout ce que nous savons sur le nouvelle variant COVID. 

B.1.1.529 (Omicron) a plus de 30 modifications de la protéine de pointe - et le souci est que ces mutations peuvent entraîner une transmissibilité accrue, la gravité de la maladie ou même l'échappement aux anticorps. 

B.1.1.529 (Omicron) has more than 30 changes to the spike protein – and the concern is that these mutations may result in increased transmissibility, severity of disease or even antibody evasion. Noah Baker and Richard van Noorden discuss what is known.

Gangneux JP, Dannaoui E, Fekkar A, et al. Fungal infections in mechanically ventilated patients with COVID-19 during the first wave: the French multicentre MYCOVID study. Lancet Resp Medicine, November 26, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00442-2/fulltext

Infections fongiques chez les patients sous ventilation mécanique atteints de COVID-19 lors de la première vague : l'étude multicentrique française MYCOVID. 

Cette grande étude rétrospective portant sur 565 patients a révélé une prévalence élevée d'infections fongiques invasives (25 %) ainsi qu'une mortalité élevée associée à une aspergillose pulmonaire associée à la COVID-19 avérée ou probable chez les patients ventilés mécaniquement atteints de COVID-19.

This large retrospective study on 565 patients found a high prevalence of invasive fungal infections (25%) as well as high mortality associated with proven or probable COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA) in mechanically ventilated patients with COVID-19.

Chua GT, Wah Kwan MY, Chui CS, et al. Epidemiology of Acute Myocarditis/Pericarditis in Hong Kong Adolescents Following Comirnaty Vaccination. Clin Inf Dis, November 29, 2021. https://academic.oup.com/cid/advance-article-abstract/doi/10.1093/cid/ciab989/6445179?redirectedFrom=fulltext

Épidémiologie de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents de Hong Kong après la vaccination par Comirnaty (Pfizer). 

Incidence selon l'âge de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents après la vaccination Comirnaty en Asie. Cette étude visait à étudier les caractéristiques cliniques et l'incidence de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents de Hong-Kong après la vaccination Comirnaty.


Il s'agit d'une étude de cohorte de population à Hong-Kong qui a observé les événements indésirables après la vaccination via un système de pharmacovigilance pour les vaccins antiCOVID-19. Tous les adolescents âgés de 12 à 17 ans ont été suivis après la vaccination Comirnaty dans le cadre d'un programme de surveillance des événements indésirables et d'évaluation du vaccin. Les caractéristiques cliniques et l'incidence globale de la myocardite/péricardite aiguë chez les adolescents après vaccination Comirnaty ont été analysées.


Entre le 14 juin 2021 et le 4 septembre 2021, 33 adolescents chinois ayant développé une myocardite/péricardite aiguë suite à la vaccination Comirnaty ont été identifiés. 29 (87,88 %) étaient des hommes et 4 (12,12 %) étaient des femmes, avec un âge médian de 15,25 ans. 6 (18,18 %) et 27 (81,82 %) ont développé une myocardite/péricardite aiguë après avoir reçu respectivement la première et la deuxième et dose. Tous les cas sont bénins et n'ont nécessité qu'une prise en charge classique. L'incidence globale de myocardite/péricardite aiguë était de 18,52 (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 11,67-29,01) pour 100 000 personnes vaccinées. L'incidence après la première et la deuxième dose était de 3,37 (IC à 95 % 1,12-9,51) et de 21,22 (IC à 95 % 13,78-32,28 pour 100 000 personnes vaccinées, respectivement). Chez les adolescents de sexe masculin, l'incidence après la première et la deuxième dose était de 5,57 (95 % IC 2,38-12,53) et 37,32 (IC 95 % 26,98-51,25) pour 100 000 personnes vaccinées.


Il existe une augmentation significative du risque de myocardite/péricardite aiguë après la vaccination Comirnaty chez les adolescents chinois de sexe masculin, en particulier après la deuxième dose.

NDLR (Bernard Pradines). Il serait intéressant de connaitre les incidences respectives hors vaccination, y compris chez les sujets témoins ayant contracté la pathologie. Ceci n'enlève pas l'intérêt observationnel de cette étude rétrospective. En particulier dans la surveillance de cette population en phase post-vaccinale. Ou encore pour trouver des voies préventives : autres vaccins par exemple.

In this population cohort study in Hong Kong that monitored adverse events following immunization through a pharmacovigilance system for COVID-19 vaccines, among male adolescents, the incidence after the first and second doses were 5.57 (95% CI: 2.38-12.53) and 37.32 (95% CI: 26.98-51.25) per 100,000 persons vaccinated.

Callaway E. Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert. Nature NEWS 27 November 2021. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w

Pour comprendre la menace que représente le B.1.1.529, les chercheurs suivent de près sa propagation en Afrique du Sud et au-delà. Des chercheurs d'Afrique du Sud ont mobilisé leurs efforts pour étudier rapidement le variant bêta, identifié là-bas fin 2020, et un effort similaire commence pour le B.1.1.529.

L'équipe de Moore – qui a fourni certaines des premières données sur la capacité de Beta à échapper à l'immunité – a déjà commencé à travailler sur le B.1.1.529. Ils prévoient de tester la capacité du virus à échapper aux anticorps bloquant les infections, ainsi qu'à d'autres réponses immunitaires. Ce variant héberge un nombre élevé de mutations de la protéine de pointe que les anticorps reconnaissent, ce qui réduit potentiellement leur puissance. "Nous savons que de nombreuses mutations sont problématiques, mais beaucoup d'autres semblent contribuer à de nouveaux échappements", explique Moore. Il y a même des indices par la modélisation informatique que le B.1.1.529 pourrait échapper à l'immunité conférée par un autre composant du système immunitaire : les cellules T, dit Moore. Son équipe espère obtenir ses premiers résultats dans deux semaines.

"Une question brûlante est" est-ce que cela réduit l'efficacité du vaccin, parce qu'il y a tellement de changements ? "", déclare Aris Katzourakis, qui étudie l'évolution du virus à l'Université d'Oxford, au Royaume-Uni. Moore dit que des infections réfractaires ont été signalées en Afrique du Sud chez des personnes qui ont reçu l'un des trois types de vaccins utilisés là-bas, Johnson & Johnson (Janssen en Europe), Pfizer-BioNTech et Oxford-AstraZeneca. Deux voyageurs mis en quarantaine à Hong-Kong qui ont été testés positifs pour le variant avaient été vaccinés avec le vaccin Pfizer selon des articles de presse. Une personne avait voyagé depuis l'Afrique du Sud; l'autre a été infectée lors d'une mise en quarantaine à l'hôtel.

Des chercheurs d'Afrique du Sud étudient également si le B.1.1.529 provoque une maladie plus grave ou plus bénigne que celle produite par d'autres variants, a déclaré Lessells. « La question vraiment clé concerne la gravité de la maladie. »

Jusqu'à présent, la menace que représente le B.1.1.529 au-delà de l'Afrique du Sud est loin d'être claire, selon les chercheurs. On ne sait pas non plus si le variant est plus transmissible que le Delta, dit Moore, car il y a actuellement un faible nombre de cas de COVID-19 en Afrique du Sud. «Nous sommes dans une accalmie», dit-elle. Katzourakis dit que les pays où le Delta est très répandu devraient surveiller le B.1.1.529. « Nous devons voir ce que fait ce virus en termes de succès compétitif et s’il augmentera en prévalence. »

Ewan Callaway summarizes what is known on Omicron and whether this variant poses a threat to COVID vaccines’ effectiveness

Israel A, Merzon E, Schäffer AA, et al. Elapsed time since BNT162b2 vaccine and risk of SARS-CoV-2 infection: test negative design study. BMJ November 24, 2021;375:e067873. PubMed: https://pubmed.gov/34819275. Full text: https://doi.org/10.1136/bmj-2021-067873

Temps écoulé depuis le vaccin BNT162b2 et risque d'infection par le SRAS-CoV-2.

Encore plus de preuves d'une protection décroissante. Dans cette grande population d'adultes testés pour le SARS-CoV-2 par RT-PCR après deux doses de vaccin à ARNm BNT162b2, une augmentation progressive du risque d'infection a été observée chez les individus qui ont reçu leur deuxième dose de vaccin après au moins 90 jours.

More evidence for waning protection. In this large population of adults tested for SARS-CoV-2 by RT-PCR after two doses of mRNA BNT162b2 vaccine, a gradual increase in the risk of infection was seen for individuals who received their second vaccine dose after at least 90 days.

Publié dans Covid-19

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Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

Publié le par Bernard Pradines

Sans me livrer à une vraie revue de la littérature scientifique, je repère surtout les publications qui me semblent dignes d’intérêt depuis le 18 mars 2021 (voir les archives 1, archives 2 , archive 3, archive 4, archive 5) dans le listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

Remarques en français en caractères bleus.

Je suis expert ponctuel 2021-2023 auprès de l'Agence Française de Sécurité du Médicament (ANSM). A ce titre, je déclare mon absence de lien d'intérêt, en particulier  avec l'industrie pharmaceutique. Taper "Bernard Pradines" à l'adresse : https://dpi.sante.gouv.fr/dpi-public-webapp/app/recherche/declarant

A noter que les mises à jour de cette page ne feront pas systématiquement l'objet d'un avis de publication par courriel comme les autres articles.

27 novembre 2021

Aujourd'hui, Spécial Virologie/Variantes. Plusieurs études importantes fournissent des pièces au grand puzzle dont les mutations sont responsables de certaines propriétés du virus.  Coup d'œil à certaines substitutions d'acides aminés dans la Spike protéine qui ont un impact sur l'épidémiologie, les propriétés de transmission et la pathogénicité. 

Today we have a Virology/Variants Special. Several important studies that provide pieces to the big puzzle of which mutations are responsible for which properties of the virus. Let’s take a look at some amino acid substitutions in the spike protein that have an impact on epidemiology, transmission properties and pathogenicity – in other words, that bring us all the crap.

26 novembre 2021

OnCovid Study Group. Time-Dependent COVID-19 Mortality in Patients With CancerAn Updated Analysis of the OnCovid Registry. JAMA Oncol November 24, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamaoncology/fullarticle/2786537?resultClick=1

Mortalité COVID-19 dépendante de la période chez les patients atteints de cancer : une analyse mise à jour du registre OnCovid. 

Dans cette étude basée sur un registre dans 6 pays européens de 2634 patients atteints de COVID-19 et de cancer, il y a eu une amélioration significative en fonction du temps du risque de décès. Après ajustement pour le pays, le sexe, l'âge, les comorbidités, le stade et le statut de la tumeur, le traitement anti-COVID-19, les anticancéreux et les complications liées au COVID-19, les patients diagnostiqués lors de la première vague épidémique présentaient un risque accru de décès à 14 jours (risque ratio 1,85, IC à 95 % : 1,47-2,32) et 3 mois (HR 1,28) par rapport à ceux diagnostiqués lors de la deuxième vague épidémique.

In this registry-based study of 2634 patients in 6 European countries with COVID-19 and cancer, there was significant time-dependent improvement in the risk of death. After adjusting for country, sex, age, comorbidities, tumor stage and status, anti–COVID-19 and anti-cancer therapy, and COVID-19 complications, patients diagnosed in the first outbreak had an increased risk of death at 14 days (hazard ratio 1.85, 95% CI: 1.47-2.32) and 3 months (HR 1.28) compared to those diagnosed in the second outbreak.

25 novembre 2021

Teixeira AL, Krause TM, Ghosh L, et al. Analysis of COVID-19 Infection and Mortality Among Patients With Psychiatric Disorders, 2020. JAMA Netw Open Novemb 23, 2021;4(11):e2134969. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786468?resultClick=1

Analyse de l'infection et de la mortalité par COVID-19 chez les patients atteints de troubles psychiatriques, 2020. 

Cette étude transversale a utilisé un ensemble de données de dossiers de santé électroniques agrégés à partir de nombreuses sources nationales aux États-Unis. Après ajustement complet pour les facteurs démographiques et les conditions de comorbidité, les patients atteints de schizophrénie étaient près de 4 fois plus susceptibles de mourir de COVID-19 que le groupe de référence (OR, 3,74 ; IC à 95 % : 2,66-5,24). Les patients souffrant de troubles de l'humeur avaient un risque de mortalité 2,76 fois plus élevé que le groupe de référence (troubles anxieux 2,39).

This cross-sectional study used an electronic health record data set aggregated from many national sources in the United States. After fully adjusting for demographic factors and co-morbid conditions, patients with schizophrenia were nearly 4 times more likely to die from COVID-19 than the reference group (OR, 3.74; 95% CI: 2.66-5.24). Patients with mood disorders had a 2.76 times greater odds of mortality than the reference group (anxiety disorders 2.39). “Although the explanations for this finding remain elusive, it is tempting to speculate that… chronic low grade inflammation could be one of the mechanisms”.

 

Aranda J, Oriol I, Martín M, et al. Long-term impact of COVID-19 associated acute respiratory distress syndrome. Journal of Infection, Volume 83, Issue 5, 2021, Pages 581-588, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163445321003960

Impact à long terme du syndrome de détresse respiratoire aiguë associé au COVID-19. 

Dans cette étude prospective et complète de suivi de patients qui ont développé un SDRA lors de l'admission pour COVID-19, 80% avaient au moins un symptôme persistant 8 mois après le diagnostic. Les plus courants étaient les difficultés respiratoires et les douleurs articulaires. Il est à noter que 93% avaient développé un trouble de santé mentale au même moment, 8 mois (SSPT, dépression et anxiété).

In this prospective and comprehensive follow-up study of patients who developed ARDS during admission for COVID-19, 80% had at least one persistent symptom 8 months after diagnosis. The most common of these were difficulty breathing and joint pain. Of note, 93% had developed a mental health disorder by the same time, 8 months (PTSD, depression, and anxiety).

24 novembre 2021

Jabagi MJ, Botton J, Bertrand M, et al. Myocardial Infarction, Stroke, and Pulmonary Embolism After BNT162b2 mRNA COVID-19 Vaccine in People Aged 75 Years or Older. JAMA November 22, 2021.  https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2786667?resultClick=1

France :  infarctus du myocarde, accident vasculaire cérébral et embolie pulmonaire après le vaccin COVID-19 à ARNm BNT162b2 (Pfizer) chez des personnes âgées de 75 ans ou plus. 

Dans une étude nationale portant sur des personnes âgées de 75 ans ou plus en France, aucune augmentation de l'incidence d'infarctus du myocarde aigu, d'accident vasculaire cérébral et d'embolie pulmonaire n'a été détectée 14 jours après chaque dose de vaccin à ARNm BNT162b2.

In a nationwide study involving persons aged 75 years or older in France, no increase in the incidence of acute myocardial infarction, stroke, and pulmonary embolism was detected 14 days following each BNT162b2 mRNA vaccine dose.

Bushman M, Kahn R, Taylor BP, et al. Population impact of SARS-CoV-2 variants with enhanced transmissibility and/or partial immune escape. Cell November 18, 2021. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01374-X

USA (Auteurs de Boston) : Impact sur la population des variants du SRAS-CoV-2 avec une transmissibilité augmentée et/ou un échappement immunitaire partiel. 

Étude de modélisation mathématique, montrant que les variants avec une transmissibilité augmentée aggravent fréquemment  l'épidémie, tandis que ceux avec un échappement immunitaire partiel ne parviennent pas à se propager largement, ou provoquent principalement des poussées isolées malgré la vaccination. Cependant, lorsque ces phénotypes sont combinés, un variant peut continuer à se propager même si l'immunité augmente dans la population, limitant l'impact de la vaccination et exacerbant l'épidémie. Les résultats sont cohérents avec la diffusion mondiale par des variants hautement transmissibles tels que l'Alpha et le Delta, ainsi qu'avec l'échec du Beta à atteindre une fréquence élevée dans la plupart des zones.

Mathematical modeling study, showing that variants with enhanced transmissibility frequently increase epidemic severity, whereas those with partial immune escape either fail to spread widely, or primarily cause breakthrough infections. However, when these phenotypes are combined, a variant can continue spreading even as immunity builds up in the population, limiting the impact of vaccination and exacerbating the epidemic. The findings are consistent with the global sweeps by highly transmissible variants such as Alpha and Delta, as well as the failure of Beta to reach high frequency in most areas.

23 novembre 2022

DeSisto CL, Wallace B, Simeone RM, et al. Risk for Stillbirth Among Women With and Without COVID-19 at Delivery Hospitalization — United States, March 2020–September 2021. MMWR Morb Mortal Wkly RepNovember 19, 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7047e1.htm?s_cid=mm7047e1_w#suggestedcitation

Risque de mortinatalité chez les femmes avec et sans COVID-19 lors d'une hospitalisation pour accouchement - États-Unis, mars 2020-septembre 2021. 

Bien que la mortinatalité soit rare dans l'ensemble, un diagnostic de COVID-19 documenté pendant l'accouchement à l'hospitalisation était associé à un risque accru de mortinatalité aux États-Unis (risque relatif ajusté 1,90 ; IC à 95 % : 1,69-2,15) avec une forte association au cours de la période de prédominance de variant Delta.

Although stillbirth was a rare outcome overall, a COVID-19 diagnosis documented during hospitalization delivery was associated with an increased risk for stillbirth in the United States (adjusted relative risk 1.90; 95% CI: 1.69–2.15) with a strong association during the period of Delta variant predominance.

Canaday DH, Oyebanji OA, Keresztesy D, et al. Significant reduction in vaccine-induced antibody levels and neutralization activity among healthcare workers and nursing home residents 6 months following COVID-19 BNT162b2 mRNA vaccination. Clinical Infectious Diseases 2021;, ciab963, https://doi.org/10.1093/cid/ciab963

USA : réduction significative des niveaux d'anticorps induits par le vaccin et de la neutralisation chez les travailleurs de la santé et les résidents des maisons de soins infirmiers 6 mois après la vaccination par l'ARNm du COVID-19 BNT162b2 (Pfizer).

Une baisse marquée des anticorps 6 mois après la vaccination par Pfizer chez 130 résidents de maisons de soins infirmiers (NH) et 95 travailleurs de la santé : les niveaux d'anti-spike, de domaine de liaison aux récepteurs et de neutralisation ont chuté de > 81 %, indépendamment de l'infection antérieure par le SRAS-CoV-2. Notamment, 69 % des résidents de NH sans infection avaient des anticorps neutralisants en dessous de la limite de détection du test.

A marked antibody decline at 6 months post-BNT162b2 mRNA vaccination in 130 nursing home (NH) residents and 95 healthcare workers: anti-spike, receptor-binding domain and neutralization levels dropped > 81% irrespective of prior SARS-CoV-2 infection. Notably, 69% of infection-naive NH residents had neutralizing antibodies at or below the limit of detection of the assay.

Giddings R, Krutikov M, Palmer T, et al. Changes in COVID-19 outbreak severity and duration in long-term care facilities following vaccine introduction, England, November 2020 to June 2021 separator commenting unavailable. Eurosurveillance November 18, 2021. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.46.2100995

Changements dans la gravité et la durée de l'épidémie de COVID-19 dans les établissements de soins de longue durée après introduction du vaccin, Angleterre, novembre 2020 à juin 2021

La gravité de l'épidémie a diminué à mesure que la couverture vaccinale des ESLD (établissements de soins de longue durée) a augmenté, avec une réduction de 81 % du nombre de cas infectés par poussée épidémique et une réduction de 46 % de la durée de cette poussée en comparant les épidémies entre novembre et décembre 2020 avec les épidémies entre mai et Juin 2021. Cependant, le dernier mois de l'étude (juin 2021) a vu une légère augmentation du nombre d'épidémies par rapport aux mois précédents.

Outbreak severity decreased as LTCF (long-term care facilities) vaccination coverage increased, with an 81% reduction in the number of infected cases per outbreak and a 46% reduction in outbreak duration when comparing outbreaks between November and December 2020 with outbreaks between May and June 2021. However, the last month of the study (June 2021) saw a slight increase in outbreak numbers relative to previous months.

22 novembre 2022

Paccou J, Lenne X, Ficheur G, et al. Analysis of Hip Fractures in France During the First COVID-19 Lockdown in Spring 2020. JAMA Netw Open November 17, 2021;4(11):e2134972. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786201?resultClick=1

France. L'étude a inclus 46 393 patients hospitalisés pour une fracture de la hanche de janvier à juillet 2019 (34 589 [74,4%] femmes ; âge moyen [ET] : 82,8 [10,5] ans) et 44 767 patients hospitalisés pour une fracture de la hanche de janvier à juillet 2020 (33 160 [74,1 %] femmes ; âge moyen [ET] : 82,9 [10,5] ans). Pendant le confinement en 2020, 10 429 patients (23,30 %) ont été hospitalisés pour une fracture de la hanche contre 11 782 patients (25,40 %) au cours de la même période en 2019 (HRR*, 0,89 ; IC à 95 %, 0,86-0,91 ; p <0 ,001 ). La période de confinement a été associée à une diminution du nombre de fractures de la hanche de 11% chez les femmes (de 8756 en 2019 à 7788 en 2020) et de 13% chez les hommes (de 3026 en 2019 à 2641 en 2020). Lorsque le nombre absolu de fractures de la hanche a été stratifié par groupe d'âge, la période de confinement a été associée à une diminution du nombre de fractures de la hanche dans tous les groupes d'âge, sauf chez les patients de plus de 89 ans (HRR, 0,97 ; IC à 95 % : 0,92-1,01 ; p = 0.17). Dans le groupe de patients âgés de 80 à 89 ans, le nombre de fractures de la hanche a diminué de 4925 à 4370 (HRR, 0,89 ; IC à 95 %, 0,85-0,92 ; p <0 ,001). Pendant le confinement, les hospitalisations ont diminué de 33 % (HRR, 0,67 ; IC à 95 % : 0,63-0,71 ; p <0 ,001) dans les hôpitaux universitaires publics et de 24 % (HRR, 0,76 ; IC à 95 %, 0,73-0,79 ; p < 0,001) dans les hôpitaux généraux publics mais a augmenté de 46 % (HRR, 1,46 ; IC à 95 %, 1,38-1,54 ; p <0 ,001) dans les hôpitaux privés à but lucratif.

Conclusions et pertinence Dans cette étude de cohorte, les hospitalisations pour fractures de la hanche en France ont diminué de 11% lors du premier verrouillage national COVID-19. D'autres études sont nécessaires pour étudier les conséquences à long terme de la pandémie de COVID-19 sur l'incidence des fractures ostéoporotiques.

* Ratio de taux d'hospitalisations

Hospitalizations for hip fractures in France decreased by 11% during the first nationwide lockdown.

Talic S, Shah S, Wild H, et al. Effectiveness of public health measures in reducing the incidence of covid-19, SARS-CoV-2 transmission, and covid-19 mortality: systematic review and meta-analysis. BMJ November 18, 2021; 375. https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-068302

Efficacité des mesures de santé publique pour réduire l'incidence de la transmission du SRAS-CoV-2 et de la mortalité due au covid-19 : revue systématique et méta-analyse. 

Dans cette revue systématique et méta-analyse, plusieurs mesures de protection individuelle et sociale, y compris le lavage des mains (risque relatif 0,47), le port du masque (0,47) et la distanciation physique (0,75) ont été associées à des réductions de l'incidence de COVID-19. Cependant, en raison de l'hétérogénéité des études, la méta-analyse n'a pas été possible pour mesurer l'efficacité de la quarantaine et de l'isolement, des confinements complets et des fermetures de frontières, d'écoles et de lieux de travail.

In this systematic review and meta-analysis, several personal protective and social measures, including handwashing (relative risk 0.47), mask wearing (0.47), and physical distancing (0.75) were associated with reductions in the incidence of COVID-19. However, owing to the heterogeneity of the studies, meta-analysis was not possible for the outcomes of quarantine and isolation, universal lockdowns, and closures of borders, schools, and workplaces.

Gharpure R, Sami S, Vostok J, et al. SARS-CoV-2 infections, including COVID-19 vaccine breakthrough infections, associated with large public gatherings, United States. Emerg Infect Dis November 18, 2021. https://doi.org/10.3201/eid2801.212220

 Infections par SARS-CoV-2, y compris les infections malgré la vaccination anti-COVID-19, associées à de grands rassemblements publics, États-Unis. 

Une grande épidémie est survenue à Provincetown, Massachusetts. Du 3 au 17 juillet 2021, des milliers de visiteurs se sont rendus à Provincetown et ont participé à de grands rassemblements intérieurs et extérieurs densément peuplés « pour participants masculins adultes » (ou « carnaval », voir l'image ci-dessous). Plusieurs événements successifs ont eu lieu dans des endroits tels que des restaurants, des bars et des maisons d'hôtes. Pas la meilleure idée : parmi les 1128 cas primaires et secondaires associés aux clusters, les auteurs ont identifié 918 (81 %) cas malgré vaccination. Cette enquête met en évidence que le Delta peut se propager rapidement à travers une population hautement vaccinée et peut être transmis à autrui quel que soit le statut vaccinal. 

En juillet 2021, des infections avec syndrome respiratoire aigu sévère ont été observées avec le variant Delta du (SARS-CoV-2), y compris chez des personnes vaccinées. Elles sont apparues après de grands rassemblements publics à Provincetown, Massachusetts, États-Unis, déclenchant une enquête dans plusieurs États. Les services de santé publique ont identifié les cas primaires et secondaires en utilisant les données de surveillance des maladies à coronavirus, les enquêtes sur les cas et la recherche des contacts. Un cas primaire a été défini comme le SARS-CoV-2 détecté moins de 14 jours après le voyage ou la résidence à Provincetown du 3 au 17 juillet 2021. Un cas secondaire a été défini comme le SARS-CoV-2 détecté moins de 14 jours après un contact étroit avec une personne qui était un cas primaire mais sans voyage ni résidence à Provincetown du 3 juillet au 10 août. Ont été identifiés 1 098 cas primaires et 30 cas secondaires associés à 26 cas primaires parmi des personnes complètement et non complètement vaccinées. Ainsi, les grands rassemblements peuvent avoir des effets généralisés sur la transmission du SARS-CoV-2 et les personnes entièrement vaccinées doivent prendre des précautions, telles que le port du masque, pour empêcher la transmission du SARS-CoV-2, en particulier lors d'un épisode de transmission importante ou élevée.

A large outbreak, occurring in Provincetown, Massachusetts. During July 3–17, thousands of visitors traveled to Provincetown and participated in large, densely packed indoor and outdoor gatherings “marketed to adult male participants” (or “carnival”, see picture below). Multiple continuous events were held at venues such as restaurants, bars, and guest houses. Not the best idea: Among the 1128 cluster-associated primary and secondary cases, the authors identified 918 (81%) vaccine breakthrough cases. This investigation highlights that Delta can spread quickly through a highly vaccinated population and can be transmitted to others regardless of vaccination status. Probably the worst news during these dark days.

Worobey M. Dissecting the early COVID-19 cases in Wuhan. Science November 18, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4454

Malgré le SARS, les marchés d'animaux vivants ont continué à vendre des animaux infectés dans le Wuhan pendant de nombreux mois, ce qui a permis d'établir l'origine des retombées zoonotiques et de révéler de multiples passages indépendants des animaux aux humains. Malheureusement, aucun mammifère vivant prélevé au marché de Huanan ou sur tout autre marché d'animaux vivants à Wuhan n'a été testé pour les virus liés au SRAS-CoV-2, et le marché de Huanan a été fermé et désinfecté le 1er janvier 2020. Néanmoins, la plupart les premiers cas symptomatiques étaient liés au marché de Huanan – en particulier dans sa section ouest où les chiens viverrins étaient mis en cage – fournissant des preuves solides d'une origine de la pandémie sur le marché d'animaux vivants .
Cela expliquerait l'extraordinaire prépondérance des premiers cas de COVID-19 sur l'un des rares sites de Wuhan – 11 millions d'habitants – qui vendent certains des mêmes animaux qui nous ont apporté le SARS. Bien qu'il ne soit jamais possible de récupérer des virus apparentés sur des animaux s'ils n'ont pas été échantillonnés au moment de l'émergence, des preuves concluantes d'une origine du marché de Huanan à partir d'animaux sauvages infectés peuvent néanmoins être obtenues grâce à l'analyse des schémas spatiaux des premiers cas et à partir de données génomiques supplémentaires y compris des échantillons positifs pour le SARS-CoV-2 du marché de Huanan, ainsi que grâce à l'intégration de données épidémiologiques supplémentaires. La prévention de futures pandémies dépend de cet effort.

Interesting perspective, providing insights on what happened on Huanan Market in December 2019. A new patient zero? More questions than answers.

 

21 novembre 2021

Aujourd'hui, c'est un spécial immunologie. Deux articles importants sur l'impact de la génétique HLA et des infections antérieures à coronavirus humain sur la gravité du COVID-19. Un article sur le dysfonctionnement mitochondrial. Les trois autres articles se concentrent sur le fonctionnement des vaccins chez les patients présentant certaines comorbidités et présentant un risque élevé de mauvaise réponse vaccinale : résultats mitigés chez les patients traités avec des cellules CAR-T, des alpha-bloquants du TNF, du rituximab, de l'ocrélizumab, etc.

Today is an immunology special. Two important papers on the impact of HLA genetics and of previous human coronavirus infections on COVID-19 severity. One paper on mitochondrial dysfunction. The other three papers focus on how vaccines work in patients with certain co-morbidities who are at high risk of poor vaccine response: mixed results in patients treated with CAR-T cells, TNF alpha blockers, rituximab, ocrelizumab etc.

20 novembre 2021

RECOVERY Collaborative Group. Aspirin in patients admitted to hospital with COVID-19 (RECOVERY): a randomised, controlled, open-label, platform trial. Lancet November 17, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01825-0/fulltext

Aspirine chez des patients hospitalisés avec COVID-19 (RÉCUPÉRATION) : un essai de plate-forme randomisé, contrôlé, en ouvert.

Dans cet essai en plateforme ouvert, randomisé, plusieurs traitements possibles ont été comparés aux soins habituels chez les patients hospitalisés pour COVID-19. Parmi les 14 892 patients inclus, l'aspirine n'était pas associée à une réduction de la mortalité à 28 jours ou du risque d'évolution vers une ventilation mécanique invasive ou de décès, mais à une légère augmentation du taux de sortie en vie dans les 28 jours (75 % contre 74 % % ; rapport de taux 1,06, IC à 95 % : 1,02–1,10 ; p = 0,0062).

In this randomised, open-label, platform trial, several possible treatments were compared with usual care in patients hospitalized with COVID-19. Among 14,892 patients enrolled, aspirin was not associated with reductions in 28 day mortality or in the risk of progressing to invasive mechanical ventilation or death, but was associated with a small increase in the rate of being discharged alive within 28 days (75% vs 74%; rate ratio 1.06, 95% CI: 1.02–1.10; p = 0.0062).

19 novembre 2021

Bierle DM, Ganesh R, Tulledge-Scheitel S, et al. Monoclonal Antibody Treatment of Breakthrough COVID-19 in Fully Vaccinated Individuals with High-Risk Comorbidities. The Journal of Infectious Diseases November 16, 2021, jiab570, https://doi.org/10.1093/infdis/jiab570

Traitement par anticorps monoclonal de la COVID-19 chez des personnes entièrement vaccinées présentant des comorbidités à haut risque. 

Dans cette grande cohorte rétrospective de personnes complètement vaccinées, le traitement par anticorps monoclonaux dirigés contre la protéine Spike était significativement associé à un risque d'hospitalisation plus faible (risque relatif : 0,23 ; IC à 95 % : 0,13 – 0,4 ; p < 0,001). Le nombre de patients à traiter pour éviter une hospitalisation était de 225 parmi le groupe de patients à risque le plus faible par rapport à celui de 4 parmi ceux présentant le plus grand nombre de comorbidités médicales.
Après approbation par le Mayo Clinic Institutional Review Board, cette étude rétrospective a été menée chez des patients entièrement vaccinés atteints de COVID-19 qui ont été considérés comme éligibles pour un traitement par bamlanivimab (Eli Lilly, Indianapolis, IN), bamlanivimab-etesevimab (Eli Lilly, Indianapolis, IN) ou casirivimab-imdevimab (Regeneron, New York) en perfusion unique de janvier à
16 août 2021. Tous les patients ont développé une infection confirmée par PCR COVID-19 au moins 2 semaines après la deuxième des deux doses de vaccin à ARNm du SRAS-CoV-2 (Pfizer-BioNTech ou Moderna) ou une dose unique du vaccin Ad26.COV2.S (Johnson et Johnson).

In this large retrospective cohort of fully vaccinated persons, anti-spike monoclonal antibody treatment was significantly associated with a lower risk of hospitalization (Odds Ratio: 0.23; 95% CI: 0.13 – 0.4; p < 0.001). The number needed to treat to prevent one hospitalization was 225 among the lowest-risk patient group compared to NNT of 4 among those with the highest numbers of medical co-morbidities.

18 novembre 2021

Cromer, D, Steain M, Reynaldi A, et al. Neutralising antibody titres as predictors of protection against SARS-CoV-2 variants and the impact of boosting: a meta-analysis. Lancet Microbe November 15, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00267-6/fulltext

Taux d'anticorps neutralisants comme prédicteurs de la protection contre les variants du SRAS-CoV-2 et impact du rappel : une méta-analyse. 

Les auteurs ont intégré les données d'essais de neutralisation in vitro et d'études d'efficacité incorporant plusieurs vaccins largement utilisés et ont utilisé un modèle dérivé utilisé précédemment pour prédire l'efficacité du vaccin à partir du taux de neutralisation in vitro contre les variants du SRAS-CoV-2. Les taux de neutralisation « normalisés » restent fortement corrélés avec la protection contre les variants du SRAS-CoV-2 et la protection observée est cohérente avec les prédictions du modèle précédent. Le modèle peut prédire l'efficacité de tous les vaccins existants contre un nouveau variant une fois que la diminution moyenne du taux de neutralisation du variant par rapport au virus ancestral a été déterminée.

The authors integrated data from in-vitro neutralisation assays and efficacy studies incorporating several vaccines in widespread use and used a previously derived model to predict vaccine efficacy from in-vitro neutralisation titre against SARS-CoV-2 variants. „Normalised“ neutralisation titres remain strongly correlated with protection against SARS-CoV-2 variants and the observed protection was consistent with the predictions of the previous model. The model can predict the efficacy of all existing vaccines against a new variant once the mean decrease in neutralisation titre for the variant compared with ancestral virus has been determined.

Asch DA, Buresh J, Allison KC, et al. Trends in US Patients Receiving Care for Eating Disorders and Other Common Behavioral Health Conditions Before and During the COVID-19 Pandemic. JAMA Netw Open November 16, 2021;4(11):e2134913. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786185?resultClick=1

Evolution du nombre des patients américains recevant des soins pour des troubles alimantairers et d'autres problèmes de santé comportementaux courants avant et pendant la pandémie de COVID-19.

Les séjours hospitaliers pour troubles alimentaires sont en augmentation. Cette augmentation est d'environ le double et est observée dans l'anorexie mentale, la boulimie et d'autres troubles de l'alimentation non spécifiés.

Inpatient stays for eating disorders on the rise. This increase was around two-fold and was seen across anorexia nervosa, bulimia nervosa, and other and unspecified eating disorders.

17 novembre 2021

Oskotsky T, Marić I, Tang A, et al. Mortality Risk Among Patients With COVID-19 Prescribed Selective Serotonin Reuptake Inhibitor Antidepressants. JAMA Netw Open November 15, 2021; 4(11):e2133090. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2786136?resultClick=1

 Californie : Risque de mortalité chez les patients atteints de covid 19 chez qui était prescrit un ISRS. 

Constatation intéressante : dans cette étude de cohorte multicentrique analysant les dossiers de santé électroniques de 83 584 patients diagnostiqués avec COVID-19, dont 3 401 patients à qui des ISRS ont été prescrits, un risque relatif réduit de mortalité de 8 % s'est avéré associé à l'utilisation des ISRS, en particulier la fluoxétine (28 %)—par rapport aux patients qui n'ont pas reçu d'ISRS.

Etude observationnelle donc ci-dessus. D'autres recherches et des essais cliniques randomisés sont nécessaires pour élucider l'effet des ISRS en général, ou plus spécifiquement de la fluoxétine et de la fluvoxamine, sur la gravité du COVID-19.

Interesting finding: In this multicenter cohort study analyzing electronic health records of 83,584 patients diagnosed with COVID-19, including 3,401 patients who were prescribed SSRIs, a reduced relative risk of mortality of 8% was found to be associated with the use of SSRIs—specifically fluoxetine (28%)—compared with patients who were not prescribed SSRIs.

16 novembre 2021

Nayar M, Varghese C, Kanwar A, et al. SARS-CoV-2 infection is associated with an increased risk of idiopathic acute pancreatitis but not pancreatic exocrine insufficiency or diabetes: long-term results of the COVIDPAN study. Gut. 2021 Nov 11:gutjnl-2021-326218. PubMed: https://pubmed.gov/34764192. Full text: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-326218

 L'infection par le SRAS-CoV-2 est associée à un risque accru de pancréatite aiguë idiopathique mais pas d'insuffisance pancréatique exocrine ou de diabète : résultats à long terme de l'étude COVIDPAN.

Les patients positifs pour le SRAS-CoV-2 étaient davantage susceptibles d'avoir une pancréatite aiguë idiopathique (34,7 % contre 13,9 %, p < 0,001) avec un risque plus de cinq fois accru après ajustement pour l'âge, le statut tabagique, l'index de masse corporelle et l'origine ethnique (OR : 5,34, p < 0,001)

Patients who were SARS-CoV-2 positive were more likely to have idiopathic acute pancreatitis (34.7% vs 13.9%, p < 0.001) with over five times increased risk after adjusting for age, smoking status, body mass index and ethnicity (OR: 5.34, p < 0.001)

15 novembre 2021

Zuckerman N, Nemet I, Kliker L, et al. The SARS-CoV-2 Lambda variant and its neutralisation efficiency following vaccination with Comirnaty, Israel, April to June 2021. Euro Surveill November 11, 2021; 26(45):pii=2100974. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.45.2100974

Le variant  Lambda et son efficacité de neutralisation après vaccination avec Comirnaty (Pfizer), Israël, d'avril à juin 2021. 

Le variant Lambda (VOI) a été détecté pour la première fois à Lima, au Pérou, en août 2020. En avril 2021, la proportion atteignait près de 100 % des isolats génomiques séquencés détectés au Pérou. Sa propagation en Amérique du Sud s'est produite malgré la présence de lignées supplémentaires, dont l'Alpha et le Gamma. Dans cette étude, les tests de neutralisation du Lambda avec des sérums de 36 individus vaccinés avec deux doses du vaccin Comirnaty ont démontré une diminution faible mais statistiquement significative de 1,6 fois de la capacité de neutralisation du variant Lambda par rapport à la souche sauvage de SARS-CoV-2 . Ainsi, l'efficacité du vaccin contre le Lambda était également compromise par rapport au Delta.

The Lambda variant of interest (VOI) was first detected in Lima, Peru in August 2020. By April 2021, the proportion reached nearly 100% of sequenced genomic isolates detected in Peru. Its spread in South America occurred despite the presence of additional lineages, including Alpha and Gamma. In this study, neutralization assays of the Lambda VOI with sera from 36 individuals vaccinated with two doses of the Comirnaty vaccine demonstrated a subtle yet statistically significant 1.6-fold decrease in neutralization capacity of the Lambda variant compared with the WT SARS-CoV-2 strain. Thus, the vaccine efficacy against the Lambda VOI was similarly compromised as compared with the Delta VOI.

 

Pavord S, Scully M, Lester W, et al. Just how common is TTS after a second dose of the ChAdOx1 nCov-19 vaccine? The Lancet, November 13, 2021. Volume 398, ISSUE 10313, P1801. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02285-6

À quel point le STT est-il fréquent après une deuxième dose du vaccin ChAdOx1 nCov-19 ? The Lancet, 13 novembre 2021. 

Les auteurs estiment nécessaire de distinguer le le syndrome de thrombocytopénie (STT), qui peut avoir plusieurs causes, de la thrombopénie et thrombose immunitaires vaccinales (VITT), qui a une physiopathologie immunitaire très spécifique. Ils pensent que VITT est extrêmement rare après la deuxième dose de ChAdOx1 nCov-19 (AstraZeneca)

NDLR : les auteurs ne déclarent aucun conflit d'intérêt, ce qui est notable dans ce genre de publication sasn oter la prudence dans cete interpétation. 

The authors feel it is necessary to distinguish TTS, which can have a number of causes, from vaccine-induced immune thrombocytopenia and thrombosis (VITT), which has a very specific immune pathophysiology. They believe that VITT is extremely rare after the second dose of ChAdOx1 nCov-19.

Klok FA, Menaka M, Huisman MV, et al. Vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia. Lancet Hamatology, November 11, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanhae/article/PIIS2352-3026(21)00306-9/fulltext

Thrombocytopénie thrombotique immunitaire induite par le vaccin.

Dans ce point de vue, les auteurs discutent de l'épidémiologie, de la physiopathologie et de la gestion diagnostique et thérapeutique optimale du VITT. Les questions les plus urgentes qui subsistent au sujet du VITT comprennent le mécanisme physiopathologique exact et la gestion à long terme de ceux qui survivent au VITT. On ne sait pas quels composants du vaccin déclenchent le VITT, par exemple l'adénovirus lui-même ou les ingrédients ajoutés (adjuvant, aluminium, conservateurs, etc.).

In this Viewpoint, the authors discuss the epidemiology, pathophysiology, and optimal diagnostic and therapeutic management of VITT. The most urgent questions that remain about VITT include the exact pathophysiological mechanism and the long-term management of those who survive VITT. It is uncertain what vaccine components trigger VITT, for example the adenovirus itself or the added ingredients (adjuvant, aluminum, preservatives, etc).

Stafford N. Covid-19: Germany’s doctors call for clear rules to “break chains of infection” as cases soar. BMJ 2021 November 12;375:n2783. https://www.bmj.com/content/375/bmj.n2783

Des politiciens et des médecins allemands ont appelé à une action urgente pour contrôler la propagation du covid-19 après qu'un nombre record de cas ont été signalés le 11 novembre.

L'Allemagne comptait 50 196 nouveaux cas confirmés de covid le 11 novembre contre 39 676 cas le 10 novembre et 9658 le 1er novembre, selon les chiffres de l'Institut Robert Koch, l'agence fédérale responsable du contrôle et de la prévention des maladies. Un total de 235 des décès liés au covid ont été signalés le 11 novembre, contre 23 le 1er novembre.

You could call it “urgent”.

14 novembre 2021

Jafar A, Lasso A, Shorr R, et al. Olfactory recovery following infection with COVID-19: A systematic review. PLOS one, November 9, 2021. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0259321

Jafar A, Lasso A, Shorr R, et al. Récupération olfactive après infection par COVID-19 : une revue systématique. 

Selon cette revue de 44 études, à 6 mois, le taux de récupération olfactive atteignait 85,7%. Des facteurs tels que l'âge, le sexe ou les comorbidités médicales n'ont pas joué un rôle majeur dans le rétablissement.

According to this review of 44 studies, at 6 months the rate of olfactory recovery was as high as 85.7%. Factors such as age, gender, or medical co-morbidities did not play a major role in recovery.

Angyal A, Longet S, Moore SC, et al. T-cell and antibody responses to first BNT162b2 vaccine dose in previously infected and SARS-CoV-2-naive UK health-care workers: a multicentre prospective cohort study. Lancet Microbe November 09, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00275-5/fulltext

Réponses des lymphocytes T et des anticorps à la première dose de vaccin BNT162b2 chez des agents de santé britanniques précédemment infectés et naïfs du SRAS-CoV-2 : une étude de cohorte prospective multicentrique.

Une dose unique du vaccin BNT162b2 (Pfizer) est susceptible de fournir une plus grande protection contre l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les personnes ayant déjà été infectées par le SRAS-CoV-2 que chez les personnes naïves par le SRAS-CoV-2, y compris contre les variants préoccupants.

A single dose of the BNT162b2 vaccine is likely to provide greater protection against SARS-CoV-2 infection in individuals with previous SARS-CoV-2 infection, than in SARS-CoV-2-naive individuals, including against variants of concern.

Peng Y, Wu P, Schartup AT, et al. Plastic waste release caused by COVID-19 and its fate in the global ocean. PNAS November 23, 2021 118 (47) e2111530118; https://doi.org/10.1073/pnas.2111530118

 Libération de déchets plastiques causée par le COVID-19 et son devenir dans l'océan mondial. 

Ce travail montre que plus de huit millions de tonnes de déchets plastiques associés à la pandémie ont été générés dans le monde, avec plus de 25 000 tonnes entrant dans l'océan mondial. La majeure partie du plastique provient des déchets médicaux générés par les hôpitaux, ce qui éclipse la contribution des équipements de protection individuelle et des emballages d'achat en ligne.

This work shows that more than eight million tons of pandemic-associated plastic waste have been generated globally, with more than 25,000 tons entering the global ocean. Most of the plastic is from medical waste generated by hospitals that dwarfs the contribution from personal protection equipment and online-shopping package material.

13 novembre 2021

Se préparer pour une nouvelle vague :

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

Xie Y, Bowe B, Al-Aly Z. Burdens of post-acute sequelae of COVID-19 by severity of acute infection, demographics and health status. Nat Commun November 11, 2021, 12, 6571. https://www.nature.com/articles/s41467-021-26513-3

Conséquences des séquelles à long terme de la COVID-19 selon la gravité de l'infection aiguë, de la démographie et de l'état de santé. 

En utilisant les bases de données de soins de santé du département américain des Anciens Combattants pour constituer une cohorte de 181 384 personnes atteintes de COVID-19 et de 4 397 509 témoins non infectés, les auteurs estiment que les séquelles - définies comme au moins une séquelle de plus que le groupe témoin infecté - était de 73 pour 1000 personnes à 6 mois. Augmentation en fonction de la gravité de l'infection aiguë à 45, 217 et 360 pour 1000 personnes à 6 mois chez les non-hospitalisés, les hospitalisés et ceux qui ont été admis en soins intensifs au cours des 30 premiers jours de l'infection. , respectivement.

Using the healthcare databases of the US Department of Veterans Affairs to build a cohort of 181,384 people with COVID-19 and 4,397,509 non-infected controls, the authors estimate that post-acute sequelae – defined as at least one sequela in excess of a non-infected control group—was 73 per 1000 persons at 6 months. The burden of PASC increased as a function of the severity of the acute infection at 45, 217, and 360 per 1000 persons at 6 months among non-hospitalized, hospitalized, and those who were admitted to intensive care during the first 30 days of infection, respectively.

Montoya JG, Adams AE, Bonetti V, et al. Differences in IgG Antibody Responses following BNT162b2 and mRNA-1273 SARS-CoV-2 Vaccines. Microbiol Spectr 2021 November 10;e0116221. https://journals.asm.org/doi/10.1128/Spectrum.01162-21

Différences dans les réponses d'anticorps IgG après les vaccins BNT162b2 (Pfizer) et ARNm-1273 SARS-CoV-2 (Moderna). 

Dans cette cohorte de 652 cliniciens d'une organisation à but non lucratif, les anticorps anti-protéines de pointe étaient plus élevés avec l'ARNm-1273 qu'avec BNT162b2. Ceci est biologiquement plausible, non pas parce qu'il s'agissait d'une organisation à but non lucratif (comme Covidreference.com), mais parce que l'ARNm-1273 fournit une plus grande quantité d'ARNm (100 g d'ARNm) que BNT162b2 (30 g d'ARNm), qui est traduit en pic protéine.

In this cohort of 652 clinicians at a non-profit organization, spike protein antibodies were higher with mRNA-1273 than with BNT162b2. This is biologically plausible, not because this was a non-profit organization (like Covidreference.com), but because mRNA-1273 delivers a larger amount of mRNA (100 μg mRNA) than BNT162b2 (30 μg mRNA), which is translated into spike protein.

Ganslmeier M, Furceri D, Ostry JD. The impact of weather on COVID-19 pandemic. Sci Rep November 11, 2021, 22027. https://doi.org/10.1038/s41598-021-01189-3

 L'impact de la météo sur la pandémie de COVID-19. 

Pas nouveau : une association négative entre la température et la propagation du virus. Cependant, les preuves empiriques de ce travail suggèrent que les effets de confinement de la météo sont plus importants au moment des repas, lorsque la météo a un impact substantiel sur la probabilité de rassemblements sociaux organisés à l'intérieur par rapport à l'extérieur. Les données indiquent également que la température a des effets plus importants lorsque les mesures de confinement sont levées et que la mobilité est plus grande.

Not new: a negative association between temperature and the spread of the virus. However, the empirical evidence of this work suggests that weather’s containment effects are largest at mealtimes, when weather has a substantial impact on the likelihood of social gatherings held indoors versus outdoors. Data also indicate that temperature has larger effects when containment measures are lifted and mobility is greater.

Lazarus R, Baos S, Cappel-Porter H, et al. Safety and immunogenicity of concomitant administration of COVID-19 vaccines (ChAdOx1 or BNT162b2) with seasonal influenza vaccines in adults in the UK (ComFluCOV): a multicentre, randomised, controlled, phase 4 trial. Lancet November 11, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02329-1/fulltext

Sécurité et immunogénicité de l'administration concomitante de vaccins COVID-19 (ChAdOx1 ou BNT162b2) avec des vaccins contre la grippe saisonnière chez l'adulte au Royaume-Uni (ComFluCOV) : un essai de phase 4 multicentrique, randomisé et contrôlé.

Dans cet essai portant sur 679 participants, la vaccination concomitante avec ChAdOx1 (AstraZeneca) ou BNT162b2 (Pfizer) plus un vaccin antigrippal adapté à l'âge n'a soulevé aucun problème de sécurité et a préservé les réponses en anticorps aux deux vaccins.

Paper of the day. In this trial on 679 participants, concomitant vaccination with ChAdOx1 or BNT162b2 plus an age-appropriate influenza vaccine raised no safety concerns and preserved antibody responses to both vaccines.

12 novembre 2021

Smith C, Odd D, Harwood R, et al. Deaths in children and young people in England after SARS-CoV-2 infection during the first pandemic year. Nat Med November 11, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01578-1

 Décès chez les enfants et les jeunes en Angleterre après infection par le SRAS-CoV-2 au cours de la première année pandémique. 

L'infection par le SARS-CoV-2 est rarement mortelle chez les enfants et les jeunes (enfants et jeunes <18 ans), mais la quantification du risque de décès est difficile car les enfants et jeunes sont souvent infectés par le SRAS-CoV-2 ne présentant aucun symptôme ou des symptômes minimes. Pour faire la distinction entre les enfants et jeunes décédés des suites d'une infection par le SRAS-CoV-2 et ceux qui sont décédés d'une autre cause mais ont été infectés par coïncidence par le virus, nous avons entrepris un examen clinique de tous les décès d'enfants et jeunes avec un test SARS-CoV-2 positif de mars 2020 à février 2021. Les variants prédominants du SRAS-CoV-2 étaient de type sauvage et Alpha. Nous montrons ici que sur 12 023 568 enfants et jeunes vivant en Angleterre, 3 105 sont décédés, dont 61 positifs pour le SRAS-CoV-2. Parmi ces décès, 25 étaient dus à une infection par le SRAS-CoV-2 (taux de mortalité, deux par million), dont 22 dus à la maladie à coronavirus 2019 - la maladie clinique associée à l'infection par le SRAS-CoV-2 - et 3 étaient dus à une maladie inflammatoire pédiatrique. syndrome multisystémique temporellement associé au SARS-CoV-2. Au total, 99,995% des enfants et jeunes avec un test SARS-CoV-2 positif ont survécu. Le enfants et jeunes de plus de 10 ans, les origines ethniques asiatiques et noires et les comorbidités étaient surreprésentés dans les décès liés au SRAS-CoV-2 par rapport aux autres décès des enfants et jeunes. Ces résultats sont importants pour orienter les décisions sur la protection et la vaccination des enfants. Les nouvaux variants peuvent présenter des risques de mortalité différents et doivent être évalués de la même manière.

Of 12,023,568 children and young people (CYP, <18 years old) living in England, 3,105 died, including 61 who were positive for SARS-CoV-2. Of these deaths, 25 were due to SARS-CoV-2 infection (mortality rate, two per million), including 22 due to COVID-19. Three were due to PIMS. CYP older than 10 years, Asian and Black ethnic backgrounds and comorbidities were over-represented in SARS-CoV-2-related deaths compared with other CYP deaths.

 

Mahil SK, Bechman K, Raharja A, et al. Humoral and cellular immunogenicity to a second dose of COVID-19 vaccine BNT162b2 in people receiving methotrexate or targeted immunosuppression: a longitudinal cohort study. Lancet Rheumatology November 09, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanrhe/article/PIIS2665-9913(21)00333-7/fulltext

Immunogénicité humorale et cellulaire à une deuxième dose du vaccin COVID-19 BNT162b2 chez les personnes recevant du méthotrexate ou une immunosuppression ciblée : une étude de cohorte longitudinale. 

L'immunité humorale fonctionnelle (c'est-à-dire la réponsesen anticorps neutralisants) 14 jours après une deuxième dose de BNT162b2 (Pfizer) n'a pas été altérée par le méthotrexate ou des monothérapies biologiques ciblées (c.-à-d. inhibiteurs du facteur de nécrose tumorale [TNF], inhibiteurs de l'interleukine [IL]-17 ou inhibiteurs de l'IL-23)

Une proportion de patients sous immunosuppression n'a pas présenté de réponses cellulaires T détectables après la deuxième dose.

Functional humoral immunity (ie, neutralising antibody responses) at 14 days following a second dose of BNT162b2 was not impaired by methotrexate or targeted biologics. A proportion of patients on immunosuppression did not have detectable T-cell responses following the second dose.

11 novembre 2021

Vihta KD, Powers KB, Peto T, et al. Symptoms and SARS-CoV-2 positivity in the general population in the UK. Clinical Infectious Diseases, 08 November 2021, https://doi.org/10.1093/cid/ciab945

Symptômes et positivité au SRAS-CoV-2 dans la population générale au Royaume-Uni. 

Après mai-2021, lorsque le variant Delta a émergé, les céphalées et la fièvre ont considérablement augmenté chez les PCR-positifs, mais pas chez les PCR-négatifs. La sensibilité de la détection fondée sur les symptômes est passée de 74 % en utilisant les symptômes « classiques », à 81 % en ajoutant de la fatigue/faiblesse, et à 90 % en incluant les huit symptômes supplémentaires.

After May-2021 when Delta emerged, headache and fever substantially increased in PCR-positives, but not PCR-negatives. Sensitivity of symptom-based detection increased from 74% using ‘classic’ symptoms, to 81% adding fatigue/weakness, and 90% including all eight additional symptoms.

de Gier B, Stijn A, Backer JA, et al. Vaccine effectiveness against SARS-CoV-2 transmission to household contacts during dominance of Delta variant (B.1.617.2), the Netherlands, August to September 2021. Euro Surveill. 2021;26(44):pii=2100977. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.44.2100977

Efficacité du vaccin contre la transmission du SRAS-CoV-2 aux contacts familiaux pendant la domination de la variante Delta (B.1.617.2), Pays-Bas, d'août à septembre 2021. 

La vaccination confère une protection contre la transmission ultérieure du SRAS-CoV-2 à partir de cas index vaccinés, bien qu'un peu moins pour le variant Delta que pour le variant Alpha.

Vaccination confers protection against onward transmission of SARS-CoV-2 from vaccinated index cases, albeit somewhat less for the Delta than for the Alpha variant.

Walter EB, Talaat KR, Sabharwal C, et al. Evaluation of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine in Children 5 to 11 Years of Age. NEJM November 9, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2116298?query=featured_home

Évaluation du vaccin BNT162b2 Covid-19 chez les enfants de 5 à 11 ans. 

 Le schéma vaccinal consistant en deux doses de 10 μg de BNT162b2 administrées à 21 jours d'intervalle s'est avéré sûr, immunogène et efficace chez des enfants de 5 à 11 ans. Parmi 2 268 enfants, une COVID-19 avec un début 7 jours ou plus après la deuxième dose a été signalée chez 3 receveurs du vaccin BNT162b2 et chez 16 receveurs du placebo (efficacité du vaccin, 90,7 % ; IC à 95 %, 67,7 à 98,3).

NDLR : Noter qu'aucun cas de myocardite ou de péricardite n'a été observé dans cette série. Toutefois, l'affiliation de plusieurs auteurs au département de recherche et développement de Pfizer atténue l'enthousiasme manifesté par les conclusions de l'article.

Paper of the day. Vaccination regimen consisting of two 10-μg doses of BNT162b2 administered 21 days apart was found to be safe, immunogenic, and efficacious in children 5 to 11 years of age. Among 2268 children, COVID-19 with onset 7 days or more after the second dose was reported in 3 recipients of the BNT162b2 vaccine and in 16 placebo recipients (vaccine efficacy, 90.7%; 95% CI, 67.7 to 98.3).

10 novembre 2021

Matta K, Wiernik E, Robineau O, et al. Association of Self-reported COVID-19 Infection and SARS-CoV-2 Serology Test Results With Persistent Physical Symptoms Among French Adults During the COVID-19 Pandemic. JAMA Intern Med November 8, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2785832?resultClick=1

Association des résultats des tests COVID-19 et des sérologies SARS-CoV-2 autodéclarés avec des symptômes physiques persistants chez les adultes français pendant la pandémie de COVID-19.

Les résultats de cette analyse transversale d'une vaste cohorte française basée sur la population suggèrent que les symptômes physiques persistant 10 à 12 mois après la première vague de la pandémie de COVID-19 pourraient être davantage associés à la croyance d'avoir subi une infection au COVID-19 que d'avoir effectivement été infecté par le virus SARS-CoV-2.

NDLR : cette hypothèse nécessite confirmation et ne doit pas faire nier l'existence du covid long.

The results of this cross-sectional analysis of a large, population-based French cohort suggest that physical symptoms persisting 10 to 12 months after the COVID-19 pandemic first wave may be associated more with the belief in having experienced COVID-19 infection than with actually being infected with the SARS-CoV-2 virus.

9 novembre 2021

Weigang S, Fuchs J, Zimmer G, et al. Within-host evolution of SARS-CoV-2 in an immunosuppressed COVID-19 patient as a source of immune escape variants. Nat Commun November 4, 2021, 12, 6405. https://www.nature.com/articles/s41467-021-26602-3

Évolution au sein de l'hôte du SRAS-CoV-2 chez un patient COVID-19 immunodéprimé en tant que source de variants avec échappement immunitaire. 

Modifications génomiques du virus chez un receveur de greffe de rein immunodéprimé qui a contracté le SRAS-CoV-2 au cours de la première phase de la pandémie de COVID-19. Le patient présentait des symptômes respiratoires légers et a été testé positif au SRAS-CoV-2 pendant plus de 145 jours. Au cours de cette longue période, les virus ont subi de multiples substitutions et délétions d'acides aminés dans la protéine de pointe.

Virus genomic changes in an immunosuppressed kidney transplant recipient who acquired SARS-CoV-2 during the early phase of the COVID-19 pandemic. The patient had mild respiratory symptoms and tested positive for SARS-CoV-2 for more than 145 days. During this long period, viruses with multiple amino acid substitutions and deletions in the spike protein evolved.

Mizrahi B, Lotan R, Kalkstein N, et al. Correlation of SARS-CoV-2-breakthrough infections to time-from-vaccine. Nat Commun November 4, 2021, 12, 6379. https://www.nature.com/articles/s41467-021-26672-3

Corrélation des infections  par le SRAS-CoV-2 avec le temps écoulé depuis la vaccination. 

En s'appuyant sur la base de données informatique centralisée de Maccabi Healthcare Services (Israël), les auteurs ont évalué la corrélation entre le délai depuis la vaccination et l'incidence d'infections entre le 1er juin et le 27 juillet 2021. Il y avait une corrélation significative entre ce délai et la protection offerte contre l'nfection par le SRAS-CoV-2. Le risque d'infection était significativement plus élevé chez les sujets vaccinés depuis plus longtemps que ceux qui avaient été vaccinés plus récemment, avec une tendance supplémentaire à un risque plus élevé d'hospitalisation chez les sujets vaccinés dpuis plus longtemps.

Leveraging the centralized computer database of Maccabi Healthcare Services, the authors assessed the correlation between time-from-vaccine and incidence of breakthrough infection between June 1 and July 27, 2021. There was a significant correlation between time-from-vaccine and afforded protection against SARS-CoV-2 infection. The risk for breakthrough infection was significantly higher for longer time-from-vaccine recipients compared with those who were vaccinated more recently, with an additional trend for higher risk for hospitalization among the longer time-from-vaccine recipients.

Islam N, Jdanov DA, Shkolnikov VM, et al. Effects of covid-19 pandemic on life expectancy and premature mortality in 2020: time series analysis in 37 countries. BMJ, 03 November 20212021; 375 https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-066768

Effets de la pandémie de covid-19 sur l'espérance de vie et la mortalité prématurée en 2020 : analyse de séries chronologiques dans 37 pays. 

Plus de 28 millions d'années de vie supplémentaires ont été perdues en 2020 dans 31 pays, avec un taux plus élevé chez les hommes que chez les femmes. Les années de vie perdues associées à la pandémie de COVID-19 en 2020 étaient plus de cinq fois plus élevées que celles associées à l'épidémie de grippe saisonnière en 2015. La réduction la plus élevée de l'espérance de vie a été observée en Russie (hommes : −2,33, femmes : − 2,14), les États-Unis (hommes : -2,27, femmes : -1,61), la Bulgarie, la Lituanie, le Chili et l'Espagne.

More than 28 million excess years of life were lost in 2020 in 31 countries, with a higher rate in men than women. Excess years of life lost associated with the COVID-19 pandemic in 2020 were more than five times higher than those associated with the seasonal influenza epidemic in 2015. The highest reduction in life expectancy was observed in Russia (men: −2.33, women: −2.14), the United States (men: −2.27, women: −1.61), Bulgaria, Lithuania, Chile, and Spain.

Ferreira VH, Marinelli T, Ierullo M, et al. SARS-CoV-2 infection induces greater T-cell responses compared to vaccination in solid organ transplant recipients. J Inf Diseases 05 November 2021,, jiab542, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab542/6406613

Une imminité cellulaire différente. L'infection par le SRAS-CoV-2 induit de plus grandes réponses des lymphocytes T par rapport à la vaccination chez les receveurs de greffe d'organe solide. 

Les receveurs de greffes d'organes solides génèrent des réponses de lymphocytes T robustes après une infection naturelle qui sont en corrélation avec la gravité de la maladie, mais génèrent des réponses de lymphocytes T comparativement plus faibles après la vaccination par ARNm.

Solid organ transplant recipients generate robust T cell responses following natural infection that correlate with disease severity but generate comparatively lower T cell responses following mRNA vaccination.

8 novembre 2021

McNamara LA, Wiegand RE, Burke RM, et al. Estimating the early impact of the US COVID-19 vaccination programme on COVID-19 cases, emergency department visits, hospital admissions, and deaths among adults aged 65 years and older: an ecological analysis of national surveillance data. Lancet November 03, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02226-1/fulltext

Estimation de l'impact précoce du programme américain de vaccination COVID-19 sur les cas de COVID-19, les visites aux services d'urgence, les admissions à l'hôpital et les décès chez les adultes âgés de 65 ans et plus : une analyse écologique des données de surveillance nationale. 

Les vaccins fonctionnent au niveau de la population. Les phases initiales du programme américain de vaccination contre le COVID-19 ont été associées à une réduction des cas de COVID-19, des visites aux services d'urgence et des hospitalisations chez les adultes américains âgés de 65 ans et plus. Les décès dus au COVID-19 ont également diminué.

Vaccines are working at the population level. The initial phases of the US COVID-19 vaccination program were associated with reductions in COVID-19 cases, emergency department visits, and hospital admissions among US adults aged 65 years and older. COVID-19 deaths also declined.

7 noveùbre 2021

Uriu K, Kimura I, Shirakawa K, et al. Neutralization of the SARS-CoV-2 Mu Variant by Convalescent and Vaccine Serum. NEJM November 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114706?query=featured_home

 Neutralisation du variant Mu du SARS-CoV-2 par le sérum de convalescent et par vaccin. 

Mu (B.1.621) représente le variant d'intérêt la plus récemment reconnue L'épicentre de la transmission mu est la Colombie, où le variant est plus nombreux que tous les autres variants, y compris le Gamma. Ce travail montre que mu montre une résistance prononcée aux anticorps générés par l'infection naturelle par le SRAS-CoV-2 et par le vaccin à ARNm BNT162b2 Pfizer).

Mu (B.1.621) represents the most recently recognized variant of interest. The epicenter of mu transmission is Colombia, where the variant has outnumbered all other variants, including Gamma. This work shows that mu shows a pronounced resistance to antibodies elicited by natural SARS-CoV-2 infection and by the BNT162b2 mRNA vaccine.

Tenforde M, Self WH, Adams K, et al. Association Between mRNA Vaccination and COVID-19 Hospitalization and Disease Severity. JAMA November 4, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2786039?resultClick=1

Association entre la vaccination par ARNm, l'hospitalisation au COVID-19 et la gravité de la maladie. 

Dans cette étude cas-témoins qui a inclus 4513 adultes hospitalisés dans 18 États américains, l'hospitalisation pour un diagnostic de COVID-19 par rapport à un diagnostic alternatif était associée à un rapport de risques ajusté  de 0,15 pour une vaccination complète avec un vaccin ARNm autorisé ou approuvé COVID.

In this case-control study that included 4513 hospitalized adults in 18 US states, hospitalization for a COVID-19 diagnosis compared with an alternative diagnosis was associated with an adjusted odds ratio (aOR) of 0.15 for full vaccination with an authorized or approved mRNA COVID-19 vaccine.

Rahav G, Lustig Y, Lavee J, et al. BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccination in immunocompromised patients: A prospective cohort study. EClinicalMedicine. 2021 Nov;41:101158. doi: 10.1016/j.eclinm.2021.101158. Epub 2021 Oct 17. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34693234/

Vaccination par ARNm BNT162b2 COVID-19 chez les patients immunodéprimés : une étude de cohorte prospective. 

Dans cette grande cohorte en Israël, la réponse des anticorps au vaccin Pfizer-BioNTech était très variable selon les différents déficits immunitaires. Des anticorps RBD-IgG ont été détectés chez 154/156 (98,7%) des patients infectés par le VIH, mais seulement chez 96/188 (51,0%) atteints de leucémie lymphoïde chronique/lymphome non hodgkinien et chez 50/110 (45,5%) suite à une transplantation rénale. 

In this large cohort from Israel, antibody response to the Pfizer-BioNTech vaccine was highly variable among different immune deficiencies. RBD-IgG antibodies were detected in 154/156 (98.7%) of patients with HIV, but only in 96/188 (51.0%) with chronic lymphocytic leukemia/non-Hodgkin’s lymphoma and in 50/110 (45.5%) following kidney transplantation.

6 novembre 2021

Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H, Ayoub HH, et al. Association of Prior SARS-CoV-2 Infection With Risk of Breakthrough Infection Following mRNA Vaccination in Qatar. JAMA Network November 1, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2785918?resultClick=1

Association d'une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 avec un risque d'infection après une vaccination par ARNm au Qatar. 

Un hybride d'immunité naturelle et vaccinale semble être associé à une réduction supplémentaire de l'infection percée. Dans cette étude de cohorte de 1 531 736 individus vaccinés par l'ARNm au Qatar, une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 était associée à un risque réduit statistiquement significatif d'infection chez les receveurs à la fois du BNT162b2 (Pfizer-BioNTech, rapport de risque ajusté, 0,62) et les vaccins à ARNm-1273 (Moderna, rapport de risque ajusté, 0,40). Cependant, la la méthodolofgie d'étude observationnelle empêche la comparaison directe du risque d'infection entre les 2 vaccins.

A hybrid of natural and vaccine immunity appears to be associated with additional reduction in breakthrough infection. In this cohort study of 1 531 736 mRNA-vaccinated individuals in Qatar, prior SARS-CoV-2 infection was associated with a statistically significant reduced hazard of breakthrough infection among recipients of both the BNT162b2 (Pfizer-BioNTech, adjusted hazard ratio, 0.62) and the mRNA-1273 vaccines (Moderna, adjusted hazard ratio, 0.40). However, the observational study design precludes direct comparison of infection risk between the 2 vaccines.

Zhong D, Xiao S, Debes AK, et al. Durability of Antibody Levels After Vaccination With mRNA SARS-CoV-2 Vaccine in Individuals With or Without Prior Infection. JAMA November 1, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2785919?resultClick=1

Durabilité des niveaux d'anticorps après la vaccination avec le vaccin à ARNm SARS-CoV-2 chez les individus avec ou sans infection antérieure. 

Les travailleurs de la santé ayant déjà été infectés par le SRAS-CoV-2 ayant bénéficié de 2 doses de vaccin à ARNm (3 expositions indépendantes à l'antigène de la protéine Spike) ont développé des taux d'anticorps de pointe plus élevés que les personnes seulement vaccinées. 

Same direction. Health care workers with prior SARS-CoV-2 infection followed by 2 doses of mRNA vaccine (3 independent exposures to spike antigen) developed higher spike antibody measurements than individuals with vaccination alone. A longer interval between infection and first vaccine dose may enhance the antibody response.

5 novembre 2021

Ashrani AA, Crusan DJ, Petterson T, et al. Age- and Sex-Specific Incidence of Cerebral Venous Sinus Thrombosis Associated With Ad26.COV2.S COVID-19 Vaccination. JAMA Intern Med November 1, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2785610?resultClick=1

 Incidence spécifique à l'âge et au sexe de la thrombose du sinus veineux cérébral associée à la vaccination Ad26.COV2.S COVID-19. 

La plupart des événements liés à une thrombose du sinus veineux cérébral associée à la vaccination Janssen sont survenus dans les 15 jours suivant la vaccination. Le risque le plus élevé était chez les femmes âgées de 30 à 49 ans, mais le risque absolu était encore faible dans ce groupe (jusqu'à 29,5 pour 100 000 AP chez les femmes âgées de 40 à 49 ans).

Most CVST events occurred within 15 days after vaccination. The highest risk was among women aged 30 to 49 years, but the absolute CVST risk was still low in this group (up to 29.5 per 100 000 PY among women aged 40-49 years).

 

Bosch W, Cowart JB, Bhakta S, et al. COVID-19 Vaccine-Breakthrough Infections Requiring Hospitalization in Mayo Clinic Florida through August 2021. Clinical Infectious Diseases 2 November 2021, ciab932, https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab932/6415962

 Infections malgré le vaccin COVID-19 nécessitant une hospitalisation à la Mayo Clinic en Floride jusqu'en août 2021. 

Sur 1 089 infections malgré vaccin survenues après le 2 mai 2021, 12 % (n=126) ont nécessité une hospitalisation. Par rapport aux admissions de COVID-19 non vaccinées, les admissions pour les personnes vaccinées étaient plus âgées (moyenne 69,1 contre 59,6 ans, p<0,001), plus susceptibles d'être immunodéprimées (33,3 % contre 14,8 %) ; p<0,001) et avaient un score de risque de complications de la  COVID-19 plus élevé. De plus, la cohorte vaccinée était plus susceptible de souffrir de diabète, d'hypertension, de maladie coronarienne et de maladie rénale chronique.

Of 1089 breakthrough infections occurring after May 2, 2021, 12% (n=126) required hospitalization. When compared to unvaccinated COVID-19 admissions, vaccine breakthrough admissions were older in age (mean 69.1 vs. 59.6 years, p<0.001), more likely to be immunocompromised (33.3% vs. 14.8%); p<0.001) and had a higher COVID-19 Complication Risk score. In addition, the vaccinated cohort was more likely to have diabetes, hypertension, coronary artery disease and chronic kidney disease.

4 novembre 2021

Saciuk Y, Kertes J, Stein NS, et al. Effectiveness of a third dose of BNT162b2 mRNA vaccine. The J Inf Dis November 1, 2021, jiab556, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab556/6415586

Efficacité d'une troisième dose de vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer). Le J Inf Dis 1er novembre 2021.

Davantage d'arguments pour un troisième injection ces jours-ci. Israël a connu une nouvelle vague d'infection principalement basée sur le variant Delta à partir de la mi-juin 2021. Le ministère israélien de la Santé a mis en œuvre une deuxième campagne nationale de vaccination en août 2021, fournissant une troisième dose du vaccin BNT162b2, ciblant initialement les plus de 60 ans, puis l'élargissement de la tranche d'âge de la population cible de semaine en semaine. L'efficacité vaccinale (EV) brute était de 92,9 % (IC à 95 % : 92,6-93,2 %) et l'EV ajustée était de 89,1 % (IC à 95 % : 87,5 à 90,5%).

More arguments for a third jab these days. Israel experienced a new wave of largely Delta variant-based infection from mid-June 2021. The Israel Ministry of Health implemented a second national vaccination campaign in August 2021, providing a third dose of the BNT162b2 vaccine, initially targeting the over-60s, then broadening the target population age bracket on a week-by-week basis. Crude VE was 92.9% (95% CI: 92.6-93.2%) and adjusted VE was 89.1% (95% CI: 87.5-90.5%).

Tang P, Hasan MR, Chemaitelly H. et al. BNT162b2 and mRNA-1273 COVID-19 vaccine effectiveness against the SARS-CoV-2 Delta variant in Qatar. Nat Med November 2, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01583-4

Efficacité des vaccins BNT162b2 (Pfizer) et mRNA-1273 COVID-19 (Moderna) contre le variant SARS-CoV-2 Delta au Qatar. 

L'efficacité du BNT162b2 contre toute infection Delta, symptomatique ou asymptomatique, n'était que de 51,9 % (IC à 95 % : 47,0–56,4 %) ≥ 14 jours après la deuxième dose. L'efficacité correspondante de l'ARNm-1273 était de 73,1 % (IC à 95 % : 67,5 à 77,8 %). Notamment, l'efficacité contre la maladie grave, critique ou mortelle induite par Delta était de 93,4 % (IC à 95 % : 85,4 à 97,0 %) pour BNT162b2 et de 96,1 % (IC à 95 % : 71,6 à 99,5 %) pour l'ARNm-1273 ≥ 14 jours après la deuxième dose.

BNT162b2 effectiveness against any Delta infection, symptomatic or asymptomatic, was only 51.9% (95% CI: 47.0–56.4%) ≥ 14 d after the second dose. Corresponding mRNA-1273 effectiveness was 73.1% (95% CI: 67.5–77.8%). Notably, effectiveness against Delta-induced severe, critical or fatal disease was 93.4% (95% CI: 85.4–97.0%) for BNT162b2 and 96.1% (95% CI: 71.6–99.5%) for mRNA-1273 ≥ 14 d after the second dose.

Elliott P. Haw D, Wang H, et al. Exponential growth, high prevalence of SARS-CoV-2, and vaccine effectiveness associated with the Delta variant. Science November 2, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl9551

Croissance exponentielle, prévalence élevée du SRAS-CoV-2 et efficacité vaccinale associée contre le variant Delta.

Après ajustement pour l'âge et d'autres variables, l'efficacité du vaccin pour les personnes doublement vaccinées a été estimée entre ~ 50 % et ~ 60 % en juin/juillet 2021 en Angleterre. Conclusion importante : « Sans interventions supplémentaires, une promiscuité accrue, y compris à l'intérieur, pendant l'automne et l'hiver en présence du variant Delta peut conduire à une reprise de la croissance, même à des niveaux élevés de vaccination ». 

After adjusting for age and other variables, vaccine effectiveness for double-vaccinated people was estimated at between ~50% and ~60% during June/July in England. Important conclusion: “Without additional interventions, increased mixing, including indoors, during the autumn and winter in the presence of the Delta variant may lead to renewed growth, even at high levels of vaccination”. Forget your freedom day.

Corchado-Garcia J, Zemmour D, Hughes T, et al. Analysis of the Effectiveness of the Ad26.COV2.S Adenoviral Vector Vaccine for Preventing COVID-19. JAMA Netw Open November 2, 2021;4(11):e2132540. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785664?resultClick=1

Analyse de l'efficacité du vaccin vectoriel adénoviral Ad26.COV2.S (Janssen)  pour la prévention du COVID-19. 

Le vaccin J&J est efficace pour réduire l'infection par le SRAS-CoV-2, même avec la propagation de variants telles que Alpha ou Delta qui n'étaient pas présentes dans les études originales. Dans cette cohorte composée de 8889 patients appariés vaccinés et 88 898 non vaccinés, l'efficacité vaccinale était de 73,6%.

The J&J vaccine is effective at reducing SARS-CoV-2 infection, even with the spread of variants such as Alpha or Delta that were not present in the original studies. In this cohort consisting of 8889 vaccinated and 88,898 unvaccinated matched patients, VE was 73.6%.

Levine-Tiefenbrun M, Yelin I, Alapi H. et al. Viral loads of Delta-variant SARS-CoV-2 breakthrough infections after vaccination and booster with BNT162b2. Nat Med November 2, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01575-4

Charges virales d'infections du SRAS-CoV-2 variant Delta après vaccination et rappel avec BNT162b2 (Pfizer). 

Les infections  chez les individus récemment complètement vaccinés montrent des charges virales inférieures (d'une magnitude de dix fois) que les infections chez les individus non vaccinés. Cependant, cet effet commence à diminuer 2 mois après la vaccination et disparaît finalement 6 mois ou plus après la vaccination. Les auteurs constatent que l'effet du BNT162b2 sur la réduction des charges virales est restauré après une dose de rappel.

Breakthrough infections (BTIs) in recently fully vaccinated individuals have lower viral loads (with a magnitude of ten-fold) than infections in unvaccinated individuals. However, this effect starts to decline 2 months after vaccination and ultimately vanishes 6 months or longer after vaccination. Notably, the authors find that the effect of BNT162b2 on reducing BTI viral loads is restored after a booster dose.

3 novembre 2021

Chavez-MacGregor M, Lei X, Zhao H, et al. Evaluation of COVID-19 Mortality and Adverse Outcomes in US Patients With or Without Cancer. JAMA Oncol October 28, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamaoncology/fullarticle/2785677?resultClick=1

Évaluation de la mortalité et des séquelles liées au COVID-19 chez les patients américains atteints ou non de cancer.

En ce qui concerne la gravité du COVID-19, les patients atteints de cancer représentent un groupe hétérogène. Dans cette grande cohorte de patients atteints de COVID-19, les patients ayant récemment reçu un traitement contre le cancer présentaient des taux  significativement plus élevé d'évolution défavorable que les patients sans cancer. Dans les modèles entièrement ajustés, cependant, seuls les patients ayant récemment reçu un traitement contre le cancer présentaient une augmentation statistiquement significative du risque de décès à 30 jours, de séjour en soins intensifs et d'hospitalisation. Les patients sans traitement récent contre le cancer présentaient des risques similaires, voire inférieurs.

With regard to COVID-19 severity, patients with cancer represent a heterogenous group. In this large cohort of patients with COVID-19, those with recent cancer treatment had significantly higher rates of adverse outcomes compared with patients without cancer. In the fully adjusted models, however, only patients with recent cancer treatment had a statistically significant increase in the 30-day risk of death, ICU stay, and hospitalization. Patients with no recent cancer treatment had similar or even lower risks.

1er et 2 novembre 2021 : pas d'article ayant suscité mon intérêt dans la revue de littérature scientifique internationalement reconnue.

31 octobre 2021

Barda N, Dagan N, Cohen C. Effectiveness of a third dose of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine for preventing severe outcomes in Israel: an observational study. Lancet October 29, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext

 Efficacité d'une troisième dose du vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer) COVID-19 pour prévenir les issues graves en Israël : une étude observationnelle. 

Pour les plus de 40 ans ? Il s'agit actuellement des meilleures données en faveur d'une troisième injection. Dans cette grande étude, le groupe ayant reçu la troisième dose et celui des témoins appariés comprenaient chacun 728 321 personnes. Les participants avaient un âge médian de 52 ans (écart interquartile : 37-68). Évalué au moins 7 jours après la troisième dose, comparé à l'injection de seulement deux doses au moins 5 mois auparavant, on a été estimé à 93 % (231 contre 29 événements) l'efficacité du vaccin, 92 % (157 contre 17 événements) pour la maladie grave, et 81 % (44 contre 7 événements) pour les décès liés à la COVID-19. L'efficacité a été observée dans tous les groupes d'âge au-dessus de 40 ans. Seulement chez les personnes âgées de 16 à 39 ans, le taux de ces situations graves était trop faible pour une estimation significative de l'efficacité du rappel (la troisième injection).

Older than 40? This is currently the best data for a third jab. In this large study, the third dose and matched control groups each included 728,321 individuals. Participants had a median age of 52 years (IQR 37–68). Evaluated at least 7 days after the third dose, compared with receiving only two doses at least 5 months previously, was estimated to be 93% (231 vs 29 events) for vaccine effectiveness, 92% (157 vs 17 events) for severe disease, and 81% (44 vs 7 events) for COVID-19-related death. Effectiveness was seen in all age groups above 40. Only in those aged 16–39 years, the rate of these severe outcomes was too small for any meaningful estimation of effectiveness of the booster.

Bozio CH, Grannis SJ, Naleway AL, et al. Laboratory-Confirmed COVID-19 Among Adults Hospitalized with COVID-19–Like Illness with Infection-Induced or mRNA Vaccine-Induced SARS-CoV-2 Immunity — Nine States, January–September 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 29 October 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7044e1.htm?s_cid=mm7044e1_w

COVID-19 confirmé en laboratoire parmi les adultes hospitalisés pour une maladie de type COVID-19 avec immunité induite par le SRAS-CoV-2 induite par une infection ou un ARNm – Neuf États, janvier-septembre 2021. 

Le vaccin est plus efficace qu'une infection préalable. Dans ce réseau américain, une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée en laboratoire a été identifiée parmi 324 (5,1%) des 6328 personnes entièrement vaccinées et parmi 89 des 1020 (8,7%) personnes non vaccinées, précédemment infectées. Chez les adultes non vaccinés ayant déjà été infectés par le SRAS-CoV-2, les données de laboratoire étaient 5,49 fois plus élevées que les données chez les receveurs entièrement vaccinés d'un vaccin à ARNm COVID-19 qui n'avaient pas d'infection documentée antérieure (intervalle de confiance de 95 % : 2,75–10,99).

Vaccine is better than previous infection. In this US network, laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection was identified among 324 (5.1%) of 6328 fully vaccinated persons and among 89 of 1020 (8.7%) unvaccinated, previously infected persons. The adjusted odds of laboratory-confirmed COVID-19 among unvaccinated adults with previous SARS-CoV-2 infection were 5.49-fold higher than the odds among fully vaccinated recipients of an mRNA COVID-19 vaccine who had no previous documented infection (95% confidence interval: 2.75–10.99).

30 octobre 2021

Sonabend R, Whittles LK, Imai N, et al. Non-pharmaceutical interventions, vaccination, and the SARS-CoV-2 delta variant in England: a mathematical modelling study. Lancet October 27, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02276-5/fulltext

Interventions non médicamenteuses (INM), vaccination et variant delta du SRAS-CoV-2 en Angleterre : une étude de modélisation mathématique. 

Message principal : avec le variant Delta, il pourrait ne pas être possible de lever complètement les INM même sans une troisième vague d'hospitalisations et de décès, même si la couverture vaccinale est élevée.

Main message: with the Delta variant, it might not be possible to fully lift NPIs without a third wave of hospital admissions and deaths, even if vaccination coverage is high.

Singanayagam A, Hakki S, Dunning J, et al. Community transmission and viral load kinetics of the SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) variant in vaccinated and unvaccinated individuals in the UK: a prospective, longitudinal, cohort study. Lancet Inf Dis October 29, 2021. https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00648-4/fulltext

Transmission communautaire et cinétique de la charge virale du variant SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) chez les individus vaccinés et non vaccinés au Royaume-Uni : une étude de cohorte prospective, longitudinale. 

Même conclusion que dans la publication précédente. La vaccination n'est pas suffisante pour bloquer le Delta. Les auteurs ont suivi longitudinalement les cas index et leurs contacts (indépendamment des symptômes) dans la communauté tôt après l'exposition au Delta, en effectuant quotidiennement une RT-PCR quantitative pendant 14 à 20 jours. Le taux d'attaque secondaire chez les contacts familiaux complètement vaccinés était élevé, à 25 %, mais cette valeur était inférieure à celle des contacts non vaccinés (38 %). Les individus complètement vaccinés avec infection avaient une charge virale maximale similaire à celle des cas non vaccinés.

Same. Vaccination is not sufficient to prevent Delta. The authors longitudinally followed index cases and their contacts (regardless of symptoms) in the community early after exposure to the Delta, performing daily quantitative RT-PCR for 14–20 days. Secondary attack rate in fully vaccinated household contacts was high at 25%, but this value was lower than that of unvaccinated contacts (38%). However, fully vaccinated individuals with breakthrough infections had peak viral load similar to unvaccinated cases.

29 octobre 2021

Goldberg Y, Mandel Ml, Bar-On YM, et al. Waning Immunity after the BNT162b2 Vaccine in Israel. NEJM October 27, 2021 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114228?query=featured_home

Immunité décroissante après le vaccin BNT162b2 (Pfizer) en Israël. 

Parmi 5 279 926 adultes complètement vaccinés, l'apparition et la prédominance rapide du la variant Delta en juin 2021 ont entraîné une augmentation spectaculaire du nombre de cas. Cette analyse montre que cela a été observé dans tous les groupes d'âge, avec et sans correction pour les facteurs de confusion mesurés. Les résultats fournissent une base épidémiologique à la décision du ministère israélien de la Santé, le 30 juillet 2021, d'approuver l'administration d'un rappel (troisième dose) du vaccin COVID-19 aux personnes qui avaient été vaccinées au moins 5 mois auparavant.

Among 5,279,926 fully vaccinated adults, the appearance and rapid predominance of the Delta variant in June 2021 resulted in a dramatic increase in the numbers. This analysis shows that this was seen in all age groups, with and without correction for measured confounding factors. The results provide an epidemiologic basis for the decision by the Israeli Ministry of Health on July 30, 2021, to approve the administration of a booster (third dose) of COVID-19 vaccine to persons who had been vaccinated at least 5 months previously.

28 octobre 2021

Acosta AM, Garg S, Pham H, et al. Racial and Ethnic Disparities in Rates of COVID-19–Associated Hospitalization, Intensive Care Unit Admission, and In-Hospital Death in the United States From March 2020 to February 2021. JAMA Netw Open October 21, 2021;4(10):e2130479. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785325?resultClick=1

Disparités raciales et ethniques dans les taux d'hospitalisation associée au COVID-19, d'admission en unité de soins intensifs et de décès à l'hôpital aux États-Unis de mars 2020 à février 2021. 

Dans cette grande analyse transversale, les Indiens d'Amérique ou natifs de l'Alaska, les Latino-Américains, les Noirs et les Asiatiques ou les insulaires du Pacifique étaient plus susceptibles que les Blancs d'avoir une hospitalisation liée au COVID-19, une admission en soins intensifs ou un décès à l'hôpital au cours de la première année de la pandémie américaine de COVID-19.

In this large cross-sectional analysis, American Indian or Alaska Native, Latino, Black, and Asian or Pacific Islander persons were more likely than White persons to have a COVID-19–associated hospitalization, ICU admission, or in-hospital death during the first year of the US COVID-19 pandemic.

Arora P, Rocha C, Kempf A. et al. The spike protein of SARS-CoV-2 variant A.30 is heavily mutated and evades vaccine-induced antibodies with high efficiency. Cell Mol Immunol October 25, 2021. https://www.nature.com/articles/s41423-021-00779-5

La protéine de pointe du variante A.30 du SRAS-CoV-2 subit une forte mutation et échappe aux anticorps induits par le vaccin avec une grande efficacité.

Le variante A.30 (également appelée A.VOI.V2), qui a été détectée chez plusieurs patients en Angola et en Suède au printemps 2021, probablement originaire de Tanzanie, peut échapper au contrôle par les anticorps induits par le vaccin et pourrait montrer une capacité accrue d'entrer dans les cellules par la voie de la cathepsine L, ce qui peut augmenter en particulier la propagation extrapulmonaire. Une surveillance étroite est justifiée.

The variant A.30 (also termed A.VOI.V2), which was detected in several patients in Angola and Sweden in Spring 2021 and likely originated in Tanzania, can evade control by vaccine-induced antibodies and might show an increased capacity to enter cells in a cathepsin L-dependent manner, which may aid particularly in an extrapulmonary spread. Close monitoring warranted

Patone M, Handunnetthi L, Saatci D, et al. Neurological complications after first dose of COVID-19 vaccines and SARS-CoV-2 infection. Nat Med October 25, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01556-7

Complications neurologiques après la première dose de vaccins COVID-19 et infection par le SRAS-CoV-2. 

Un risque accru de complications neurologiques est noté chez les personnes qui ont reçu des vaccins anti-COVID-19, le risque étant plus élevé du fait du COVID-19. Il y a un risque sensiblement plus élevé de tous les effets secondaires neurologiques dans les 28 jours après un test SARS-CoV-2 positif, y compris le syndrome de Guillain-Barré (IRR, 5,25 ; IC à 95 % : 3,00-9,18).

Although this study found an increased risk of neurological complications in those who received COVID-19 vaccines, the risk is greater from COVID-19. There was a substantially higher risk of all neurological outcomes in the 28 days after a positive SARS-CoV-2 test including Guillain–Barré syndrome (IRR, 5.25; 95% CI: 3.00–9.18).

 

27 octobre 2021

Taylor CA, Patel K, Pham H, et al. Severity of Disease Among Adults Hospitalized with Laboratory-Confirmed COVID-19 Before and During the Period of SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) Predominance — COVID-NET, 14 States, January–August 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 22 October 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7043e1.htm?s_cid=mm7043e1_w

Gravité de la maladie chez les adultes hospitalisés avec COVID-19 confirmé en laboratoire avant et pendant la période de prédominance du SRAS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) 

Les taux d'hospitalisation associée au COVID-19 chez les adultes ont augmenté de juillet à août 2021, le variant Delta devenant prédominant aux États-Unis. Bien que Delta soit plus transmissible, cette étude n'a pas trouvé de proportions significativement plus élevées d'hospitalisations avec admission en soins intensifs, utilisation de la ventilation artificielle ou décès à l'hôpital chez les adultes hospitalisés non enceintes.

Rates of COVID-19–associated hospitalization in adults increased during July–August 2021 as the Delta variant became predominant in the United States. Although Delta is more transmissible, this study did not find significantly higher proportions of hospitalizations with ICU admission, receipt of IMV, or in-hospital death in non-pregnant hospitalized adults.

Nordström P, Ballin M, Nordström A, et al. Effectiveness of heterologous ChAdOx1 nCoV-19 and mRNA prime-boost vaccination against symptomatic Covid-19 infection in Sweden: A nationwide cohort study. Lancet Regional Health October 18, 2021. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666776221002350?via%3Dihub

Efficacité de la vaccination hétérologue ChAdOx1 nCoV-19 et ARNm prime-boost contre l'infection symptomatique de Covid-19 en Suède : une étude de cohorte à l'échelle nationale. 

Cette étude a comparé plus de 100 000 personnes ayant reçu une première vaccination hétérologue AZ/BioNTech ou Moderna et 430 100 personnes ayant reçu une première vaccination homologue AZ/BioNTech. La vaccination hétérologue a montré une efficacité de 67% à 79% contre le COVID-19 symptomatique, supérieure à l'efficacité de 50% de la vaccination homologue.

Pour résumer, la première vaccination  hétérologue utilisant ChAdOx1 nCoV-19 (AstraZeneca) comme première dose et BNT162b2 (Pfizer) ou ARNm-1273 (Moderna) comme deuxième dose a été associée à une efficacité de 67 % et 79 % dansla prévention de l'infection symptomatique à Covid-19. De plus, il y avait une très faible incidence d'événements indésirables thromboemboliques au cours du suivi associés à ces schémas hétérologues. Les résultats de cette étude soutiennent l'utilisation de programmations vaccinales hétérologues comme alternative efficace pour augmenter l'immunité de la population contre le Covid-19, ce qui pourrait avoir des implications importantes pour les stratégies de vaccination et par conséquent dans la lutte contre la pandémie.

This study compared >100,000 individuals who received heterologous AZ/BioNTech or Moderna and 430,100 individuals that received homologous AZ/BioNTech prime-boost vaccination. Heterologous vaccination showed 67% to 79% effectiveness against symptomatic COVID-19, higher than the 50% effectiveness from homologous vaccination.

Harder T, Külper-Schiek W, Reda S, et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against SARS-CoV-2 infection with the Delta (B.1.617.2) variant: second interim results of a living systematic review and meta-analysis, 1 January to 25 August 2021. Euro Surveill. 2021;26(41):pii=2100920. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.41.2100920

Efficacité des vaccins COVID-19 contre l'infection par le SRAS-CoV-2 avec le variant Delta (B.1.617.2) : deuxièmes résultats intermédiaires d'une revue systématique en cours et d'une méta-analyse, du 1er janvier au 25 août 2021. Euro Surveill. 2021;26(41):pii=2100920. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.41.2100920

La principale conclusion de cette revue : les vaccins COVID-19 approuvés dans l'UE ont une efficacité modérée à élevée contre les formes légères à modérées d'infections au SRAS-CoV-2 causées par le variant Delta, tandis que l'efficacité vaccinale contre les maladies graves et l'hospitalisation reste élevée à très haute.

The main conclusion of this review: COVID-19 vaccines approved in the EU have a moderate to high effectiveness against mild to moderate forms of SARS-CoV-2 infections caused by the Delta variant, while VE against severe disease and hospitalization remains high to very high.

26 octobre 2021

Becker JH, Lin JJ, Doernberg M, et al. Assessment of Cognitive Function in Patients After COVID-19 Infection. JAMA Netw Open October 22, 2021;4(10):e2130645. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785388?resultClick=1

Évaluation de la fonction cognitive chez les patients après une infection au COVID-19. 

Une cohorte de 740 patients atteints de COVID-19, indiquant une fréquence relativement élevée de troubles cognitifs plusieurs mois plus tard. Les déficits les plus importants concernaient la vitesse de traitement de l'information (18 %), le fonctionnement exécutif (16 %), la fluence phonémique (lettre initiale) (15 %) et la fluence des catégories (20 %), l'encodage de la mémoire (24 %) et le rappel de la mémoire (23 %).

A cohort of 740 patients with COVID-19, indicating a relatively high frequency of cognitive impairment several months later. The most prominent deficits were in processing speed (18%), executive functioning (16%), phonemic (initial letter) fluency (15%) and category fluency (20%), memory encoding (24%), and memory recall (23%).

Hillson K, Clemens SC, Madhi SA, et al. Fertility rates and birth outcomes after ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccination. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02282-0

Taux de fécondité et état des naissances après la vaccination ChAdOx1 nCoV-19 (Astrazeneca) (AZD1222). https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02282-0

Non, il n'y a pas de problème de fertilité. La fertilité n'a pas été affectée parmi 9755 participants aux essais contrôlés randomisés. De plus, le taux de fausse couche n'était pas plus élevé dans le groupe ChAdOx1 nCoV-19.

No, there is no fertility issue. Fertility was unaffected among 9755 participants in RCTs. In addition, the rate of miscarriage was not higher in the ChAdOx1 nCoV-19 group.

Xu S, Huang R, Sy LS, et al. COVID-19 Vaccination and Non–COVID-19 Mortality Risk — Seven Integrated Health Care Organizations, United States, December 14, 2020–July 31, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 22 October 2021. DOI: https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7043e2.htm?s_cid=mm7043e2_w

Vaccination COVID-19 et risque de mortalité non lié à la COVID-19 — Sept organisations de soins de santé intégrés, États-Unis, 14 décembre 2020 – 31 juillet 2021. 

Il n’y a pas de risque accru de mortalité chez les bénéficiaires du vaccin anti-COVID-19. De décembre 2020 à juillet 2021, les personnes ayant reçu le vaccin anti-COVID-19 présentaient des taux de mortalité non liés à COVID-19 inférieurs à ceux des personnes non vaccinées après ajustement en fonction de l'âge, du sexe, de la race et de l'origine ethnique et du lieu d'étude.

There is no increased risk for mortality among COVID-19 vaccine recipients. During December 2020–July 2021, COVID-19 vaccine recipients had lower rates of non–COVID-19 mortality than did unvaccinated persons after adjusting for age, sex, race and ethnicity, and study site.

25 octobre 2021

Chagla Z, Ma H, Sander B, et al. Assessment of the Burden of SARS-CoV-2 Variants of Concern Among Essential Workers in the Greater Toronto Area, Canada. JAMA Netw Open October 19, 2021, 4(10):e2130284. doi:10.1001/jamanetworkopen.2021.30284

 Évaluation du fardeau des variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 parmi les travailleurs essentiels de la région du Grand Toronto, Canada. 

Pas de surprise : les variants préoccupants du SARS-CoV-2, similaires au SARS-CoV-2 de type sauvage, sont associés de manière disproportionnée aux quartiers à faible revenu et avec une proportion plus élevée de travailleurs de première ligne.

No surprise: VOC of SARS-CoV-2, similar to wildtype SARS-CoV-2, are disproportionately associated with neighborhoods with lower income and with a higher proportion of essential workers.

24 octobre 2021

Andreano E, Paciello I, Piccini G, et al. Hybrid immunity improves B cells and antibodies against SARS-CoV-2 variants. Nature October 20, 2021. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04117-7

L'immunité hybride améliore les cellules B et les anticorps contre les variants du SRAS-CoV-2. 

Un regard détaillé sur les réponses des cellules B. Les auteurs ont analysé au niveau unicellulaire les cellules B mémoire de cinq personnes naïves et cinq personnes convalescentes vaccinées avec le vaccin à ARNm BNT162b2 pour disséquer la nature de la réponse des cellules B et des anticorps. Les personnes précédemment exposées à l'infection par le SRAS-CoV-2 répondent à la vaccination avec davantage de cellules B produisant des anticorps qui ne sont pas susceptibles d'échapper aux variants et qui ont un pouvoir de neutralisation plus élevé.

A detailed look at the B-cell responses. The authors analyzed at single-cell level the memory B cells of five naive and five convalescent people vaccinated with the BNT162b2 mRNA vaccine to dissect the nature of the B cell and antibody response. People previously exposed to SARS-CoV-2 infection, respond to vaccination with more B cells producing antibodies that are not susceptible to escape variants and that have higher neutralization potency.

23 octobre 2021

Lalwani P, Araujo-Castillo RV, Ganoza CA, et al. High anti-SARS-CoV-2 antibody seroconversion rates before the second wave in Manaus, Brazil, and the protective effect of social behaviour measures: results from the prospective DETECTCoV-19 cohort. Lancet Global Health November 1, 2021. https://www.thelancet.com/journals/langlo/article/PIIS2214-109X(21)00355-7/fulltext

Taux élevés de séroconversion des anticorps anti-SRAS-CoV-2 avant la deuxième vague à Manaus, au Brésil, et effet protecteur des mesures de comportement social : résultats de la cohorte prospective DETECTCoV-19. 

La ville de Manaus, au Brésil, a connu deux effondrements de son système de santé en raison de la pandémie de COVID-19. Sur la base de la surveillance des anticorps des donneurs de sang, la proportion cumulée de la population infectée a été estimée à plus de 70 %. Cette étude montre que plusieurs comportements modifiables augmentent le risque de séroconversion, notamment le non-respect des mesures d'intervention non pharmaceutiques telles que le non-port de masque lors des contacts, l'assouplissement des mesures de protection comme la distanciation et le non-travail à distance.

The city of Manaus, Brazil, has seen two collapses of its health system due to the COVID-19 pandemic. Based on blood donor antibody surveillance, the cumulative proportion of the population infected was estimated to be more than 70%. This study shows that several modifiable behaviors increased the risk of seroconversion, including non-compliance with non-pharmaceutical interventions measures such as not wearing a mask during contact, relaxation of protective measures like distancing, and non-remote working.

Pfizer. Press release, October 21, 2021. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-announce-phase-3-trial-data-showing

Source Pfizer-BioNTech. Communiqué de presse, 21 octobre 2021. 

C'est l'heure d'une troisième injection ? Malheureusement, cela n'a été publié que sous forme de communiqué de presse des deux laboratoires associés. Dans cet essai contrôlé randomisé de phase 3 évaluant l'efficacité et l'innocuité d'une dose de rappel de 30 µg du vaccin Pfizer-BioNTech COVID-19 chez plus de 10 000 personnes âgées de 16 ans et plus, les participants qui ont déjà effectué la première série à deux doses ont été randomisés 1:1 pour recevoir soit une dose de rappel de 30 µg (le même dosage que ceux de la série primaire) ou un placebo. Le délai médian entre la deuxième dose et la dose de rappel ou le placebo était de 11 mois. À partir de J7, il y a eu 5 cas de COVID-19 dans le groupe de rappel et 109 cas dans le groupe placebo. L'efficacité relative observée du vaccin était de 95,6 % (IC à 95 % : 89,3, 98,6)

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Time for a third jab? Unfortunately, this has been published only as a press release. In this phase 3 RCT evaluating the efficacy and safety of a 30-µg booster dose of the Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine in more than 10,000 individuals 16 years of age and older, participants who previously completed the primary two-dose series were randomized 1:1 to receive either a 30-µg booster dose (the same dosage strength as those in the primary series) or placebo. The median time between second dose and the booster dose or placebo was 11 months. From day 7, there were 5 cases of COVID-19 in the booster group and 109 cases in the non-boosted group. The observed relative vaccine efficacy was 95.6% (95% CI: 89.3, 98.6).

Temple C, Hoang R, Hendrickson RG. Toxic Effects from Ivermectin Use Associated with Prevention and Treatment of Covid-19. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114907?query=featured_home

Effets toxiques de l'utilisation d'ivermectine associés à la prévention et au traitement du Covid-19. 

L'Oregon Poison Center a récemment reçu un nombre croissant d'appels concernant l'exposition à l'ivermectine. Six des 21 cas (à partir d'août 2021) ont été hospitalisés pour des effets toxiques, notamment des épisodes graves de confusion, d'ataxie, de convulsions et d'hypotension. 

The Oregon Poison Center recently received an increasing number of calls regarding ivermectin exposure. Six of the 21 cases (from August 2021) were hospitalized for toxic effects, including severe episodes of confusion, ataxia, seizures, and hypotension. Just saying.

Magnus MC, Gjessing HK, Eide HN. Covid-19 Vaccination during Pregnancy and First-Trimester Miscarriage. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114466?query=featured_home

Une confirmation supplémentaire : 

Vaccination contre le Covid-19 pendant la grossesse et fausses couches du premier trimestre. 

Grande base de données norvégienne, ne montrant aucune preuve d'un risque accru de fausse couche précoce après la vaccination contre le COVID-19.

Large database from Norway, showing no evidence of an increased risk for early pregnancy loss after COVID-19 vaccination.

22 octobre 2021

Reis BY, Barda N, Leshchinsky M. Effectiveness of BNT162b2 Vaccine against Delta Variant in Adolescents. NEJM October 2021, https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114290?query=featured_home

Israël :

Efficacité du vaccin BNT162b2 (Pfizer) contre le variant Delta chez les adolescents. 

Chez 94 354 vaccinés israéliens âgés de 12 à 18 ans qui ont été appariés avec succès à 94 354 témoins non vaccinés, l'efficacité contre l'infection documentée par le SRAS-CoV-2 était de 90 % (IC à 95 % : 88 % à 92 %) les jours 7 à 21 après la deuxième dose.

In 94,354 vaccine recipients from Israel between the ages of 12 and 18 years who were successfully matched with 94,354 unvaccinated controls, effectiveness against documented SARS-CoV-2 infection was 90% (95% CI: 88% – 92%) on days 7 to 21 after the second dose.

Olson SM, Newhams MM, Halasa NB, et al. Effectiveness of Pfizer-BioNTech mRNA Vaccination Against COVID-19 Hospitalization Among Persons Aged 12–18 Years — United States, June–September 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 19 October 2021.

Résultats similaires aux USA.

Same findings from the US. Among hospitalized patients aged 12–18 years, vaccine effectiveness of 2 doses of the Pfizer/BioNTech vaccine against COVID-19 hospitalization during June–September 2021, was 93% (95% CI: 83%–97%).

 

Chin ET, Leidner D, Zhang Y, et al.  Effectiveness of the mRNA-1273 Vaccine during a SARS-CoV-2 Delta Outbreak in a Prison. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2114089?query=featured_home

Et en prison en Californie.

The Sierra Conservation Center (SCC) in Jamestown, California, is a low-to-medium security prison for men. During an outbreak among residents (468 were fully vaccinated and 359 were unvaccinated), the estimated vaccine effectiveness was 56.6% against infection and 84.2% against symptomatic infection.

Sheikh A, Robertson C, Taylor B. BNT162b2 and ChAdOx1 nCoV-19 Vaccine Effectiveness against Death from the Delta Variant. NEJM October 20, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2113864?query=featured_home

Au Royaume-Uni.

Overall, vaccine effectiveness against death from the Delta variant 14 or more days after the second vaccine dose was 90% for BNT162b2 and 91% for ChAdOx1 nCoV-19.

21 octobre 2021

RECOVERY Collaborative Group. Colchicine in patients admitted to hospital with COVID-19 (RECOVERY): a randomised, controlled, open-label, platform trial. Lancet Resp Med October 18, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00435-5/fulltext

Colchicine : encore plouf. Chez les adultes hospitalisés avec COVID-19, la colchicine n'a pas été associée à des réductions de la mortalité à 28 jours, de la durée du séjour à l'hôpital ou du risque de progression vers une ventilation mécanique invasive ou de décès

Pouwels KB, Pritchard E, Matthews PC, et al. Effect of Delta variant on viral burden and vaccine effectiveness against new SARS-CoV-2 infections in the UK. Nat Med October 14, 2021. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01548-7

Effet du variant Delta sur la charge virale et l'efficacité du vaccin contre les nouvelles infections au SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni. 

La vaccination avec deux doses de BNT162b2 (Pfizer) ou de ChAdOx1 (AstraZeneca) réduit considérablement le risque de nouvelles infections SARS-CoV-2 PCR-positives. Cependant, alors que les deux vaccins offraient des avantages similaires lorsque Alpha était dominant, les avantages de deux doses de ChAdOx1 étaient moindres en présence de Delta que pour deux doses de BNT162b2, bien que deux doses de ChAdOx1 offrent toujours une protection similaire à celle d'une infection naturelle précédente. Avec le Delta, les infections survenant après deux vaccinations avaient une charge virale maximale similaire à celle des individus non vaccinés. La vaccination réduit les nouvelles infections, mais l'efficacité sur le pic de charge virale et son atténuation sont diminuées avec le Delta.

Vaccination with two doses of BNT162b2 or ChAdOx1 substantially reduces the risk of new PCR-positive SARS-CoV-2 infections. However, while the two vaccines provided similar benefits when Alpha was dominant, benefits from two ChAdOx1 doses were reduced more in the presence of Delta than for two BNT162b2 doses, although two ChAdOx1 doses still provide similar protection as that from previous natural infection. With Delta, infections occurring after two vaccinations had similar peak viral burden as those in unvaccinated individuals. Vaccination reduces new infections, but effectiveness and attenuation of peak viral burden are reduced with Delta.

20 octobre 2021

Sun S, Savitz DA, Wellenius GA, et al. Changes in Adverse Pregnancy Outcomes Associated With the COVID-19 Pandemic in the United States. JAMA Netw Open October 15, 2021;4(10):e2129560. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2785014

 Changements dans l'incidence de complications de la grossesse associées à la pandémie de COVID-19 aux États-Unis.

L'étude la plus vaste et la plus complète à ce jour sur les conséquences défavorables sur la grossesse, comparant 152 903 accouchements pendant la période pandémique COVID-19 et 172 095 accouchements pendant la période de référence. La période pandémique n'a pas été associée à une modification du risque de mortinatalité et n'a fourni que des preuves modestes d'un risque plus faible de naissance prématurée.

C'est tout le charme de la science : de se nuancer, parfois de se contredire. En tout cas faisant toujours appel à l'esprit critique et à l'ouverture au changement d'opinion.

The largest and most comprehensive study to date on adverse pregnancy outcomes, comparing 152903 deliveries during the COVID-19 pandemic period and 172095 deliveries during the referent period. The pandemic period was not associated with a changing risk of stillbirth and provided only modest evidence of a lower risk of preterm birth.

Yonker LM, Boucau J, Regan J, et al. Virologic features of SARS-CoV-2 infection in children. The Journal of Infectious Diseases, October 14, 2021, jiab509, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab509/6396772

Caractéristiques virologiques de l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les enfants. 

Parmi 110 enfants atteints de COVID-19 (âge médian de 10 ans), l'âge n'a pas eu d'impact sur la charge virale du SRAS-CoV-2. Les enfants étaient les plus contagieux au cours des cinq premiers jours de la maladie.

Among 110 children with COVID-19 (median age 10 years), age did not impact SARS-CoV-2 viral load. Children were most infectious within the first five days of illness.

Purpura LJ, Alukal J, Chong AM, Liu L, Cantos A, Shah J, et al. SARS-CoV-2 shedding in semen and oligozoospermia of patient with severe coronavirus disease 11 weeks after infection. Emerg Infect Dis October 13, 2021. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/1/21-1521_article

Excrétion du SRAS-CoV-2 dans le sperme et oligozoospermie d'un patient atteint d'une grave maladie à coronavirus 11 semaines après l'infection. 

Et n'oublions pas les problèmes des hommes. Cet article décrit la détection de l'ARN du SRAS-CoV-2 par qRT-PCR dans le sperme associée à une oligozoospermie sévère retrouvée chez 1 (un) patient 81 jours après l'apparition d'un COVID-19 sévère. De plus, 4 autres participants à l'étude avaient une oligozoospermie. Soulagement d'entendre que la récupération du nombre de spermatozoïdes a été observée chez 2 participants. Cependant, les 2 autres n'ont pas fourni d'échantillons ultérieurs.

And let’s not forget men’s issues. This paper describes the detection of SARS-CoV-2 RNA by qRT-PCR in semen and severe oligozoospermia in 1 (one) patient 81 days after onset of severe COVID-19. In addition, 4 other study participants had oligozoospermia. Relieving to hear that sperm count recovery was observed in 2 participants. However, the other 2 did not provide longitudinal samples.

19 octobre 2021

Riley J, Huntley JM, Miller JA, Slaichert ALB, Brown GD. Mask effectiveness for preventing secondary cases of COVID-19, Johnson County, Iowa, USA. Emerg Infect Dis 2022, October 12, 2021.  https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/1/21-1591_article

En septembre 2020, le département de la santé publique de l'Iowa a publié des directives indiquant que les personnes exposées à une personne atteinte de COVID-19 n'ont pas besoin de se mettre en quarantaine si le patient et le contact portaient des masques faciaux au moment de l'exposition. L'utilisation du masque par les deux parties a réduit de moitié le taux d'attaque secondaire, de 25,6% à 12,5%.

Comme quoi aucune arme n'est à soi seule suffisante pour contrer les risque. C'est l'association de plusieurs moyens qui peut y parvenir.

In September 2020, the Iowa Department of Public Health released guidance stating that persons exposed to someone with COVID-19 need not quarantine if the case-patient and the contact wore face masks at the time of exposure. Mask use by both parties reduced the secondary attack rate by half, from 25.6% to 12.5%.

Yang B, Sullivan SG, Du Z, Tsang TK, Cowling BJ. Effectiveness of international travel controls for delaying local outbreaks of COVID-19. Emerg Infect Dis October 13, 2021. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/1/21-1944_article

 Efficacité des contrôles des voyages internationaux pour retarder les épidémies locales de COVID-19. 

En analysant les données de 165 pays, les auteurs ont constaté que la mise en œuvre précoce des contrôles des voyages internationaux entraînait un retard moyen de 5 semaines dans le premier pic épidémique de cas.

Analyzing data from 165 countries the authors found that early implementation of international travel controls led to a mean delay of 5 weeks in the first epidemic peak of cases.

18 octobre 2021

Payne RP, Longet S, Austin JA, et al. Immunogenicity of standard and extended dosing intervals of BNT162b2 mRNA vaccine. Cell 2021, published 15 October. Full text: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01221-6

Immunogénicité des intervalles posologiques standard du vaccin Pfizer (3 à 4 semaines entre deux injections) et prolongés (10 semaines). Plutôt 10 semaines que 3 à 4.

Les niveaux d'anticorps après deux doses du vaccin BioNTech/Pfizer sont plus élevés après un intervalle de dosage long (10 semaines -colonne de droite ci-dessous- schéma corporel noir) chez les participants naïfs d'infection par rapport à l'intervalle de dosage de 3 à 4 semaines utilisé dans les études de validation (colonne de gauche ci-dessous - schéma corporel noir). L'intervalle de 10 semaines augmente également les cellules T CD4+ spécifiques du virus exprimant l'IL-2.

Antibody levels after two doses of the BioNTech/Pfizer vaccine are higher after an extended dosing interval in infection-naïve participants compared with the 3-4 week dosing interval used in the licensing studies. The extended regimen also enriches for virus-specific CD4+ T cells expressing IL-2.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

17 octobre 2021

Trois publications notables :

  • Une sur l'efficacité vaccinale en relation en fonction du temps et des trois vaccins suivants : Pfizer, Moderna et Janssen (Johnson et Johnson aux USA).
  • Une sur les évolutions des taux d'anticorps selon ces trois vaccins.
  • Une, italienne, levant le voile sur la relation entre pression sur le système de santé et la possibilité de bénéficier de soins intensifs selon l'âge.

Cohn BA Cirillo PM, Murphy CC, et al. Breakthrough SARS-CoV-2 infections in 620,000 U.S. Veterans, February 1, 2021 to August 13, 2021. medRxiv 2021, posted 14 October. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.10.13.21264966

USA :

Les données nationales sur les infections malgré les vaccin anti-COVID-19 sont nécessaires de toute urgence pour déterminer la politique américaine du fait de l'émergence du variant Delta. Nous comblons cette lacune en comparant l'infection par le SRAS CoV-2 par statut vaccinal du 1er février 2021 au 13 août 2021 dans la Veterans Health Administration, couvrant 2,7% de la population américaine. La protection vaccinale a diminué, passant de 91,9% en mars à 53,9% (p<0,01, n=619.755) à la mi-août 2021. Les baisses ont été les plus importantes pour le vaccin Janssen suivi de PfizerBioNTech et Moderna (voir figure ci-dessous). Les infections au fil du temps étaient corrélées avec l'âge, malgré l'éligibilité au vaccin de cette population âgée, impliquant le variant Delta comme principal déterminant. Ces résultats justifient les efforts continus pour augmenter la vaccination et un retour immédiat et national à des mesures supplémentaires de protection contre l'infection.

Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 3 octobre au 27 novembre 2021)

National data on COVID-19 vaccine breakthrough infections is inadequate but urgently needed to determine U.S. policy during the emergence of the Delta variant. We address this gap by comparing SARS CoV-2 infection by vaccination status from February 1, 2021 to August 13, 2021 in the Veterans Health Administration, covering 2.7% of the U.S. population. Vaccine protection declined by mid-August 2021, decreasing from 91.9% in March to 53.9% (p<0.01, n=619,755). Declines were greatest for the Janssen vaccine followed by PfizerBioNTech and Moderna. Patterns of breakthrough infection over time were consistent by age, despite rolling vaccine eligibility, implicating the Delta variant as the primary determinant of infection. Findings support continued efforts to increase vaccination and an immediate, national return to additional layers of protection against infection.

Collier AY, Yu J, McMahan K, et al. Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines. N Engl J Med. 2021 Oct 15. PubMed: https://pubmed.gov/34648703. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2115596

Ces données montrent une cinétique différentielle des réponses immunitaires induites par les vaccins à ARNm et Ad26.COV2.S sur une période de suivi de 8 mois. Comme l'ont montré des études précédentes, les vaccins BNT162b2 (Pfizer) et ARNm-1273 (Moderna) étaient caractérisés par des pics de réponse en anticorps élevés qui ont fortement diminué au bout de 6 mois ; ces réponses ont encore diminué à 8 mois. Les titres d'anticorps chez les receveurs du vaccin à ARNm-1273 étaient généralement plus élevés que ceux des receveurs du vaccin BNT162b2. Le vaccin Ad26.COV2.S (Janssen en Europe) a induit des réponses d'anticorps initiales plus faibles, mais ces réponses étaient relativement stables au cours de la période de suivi de 8 mois, avec peu ou pas de diminution. Ces résultats ont des implications importantes pour la diminution de l'immunité vaccinale, bien que les corrélats de protection contre le SARS-CoV-2 ne soient pas encore définis. A ce denier propos, voir la publication ci-dessus.

These data show differential kinetics of immune responses induced by the mRNA and Ad26.COV2.S vaccines over an 8-month follow-up period. As shown in previous studies,the BNT162b2 and mRNA-1273 vaccines were characterized by high peak antibody responses that declined sharply by 6 months; these responses declined further by 8 months. Antibody titers in recipients of the mRNA-1273 vaccine were generally higher than those in recipients of the BNT162b2 vaccine. The Ad26.COV2.S vaccine induced lower initial antibody responses, but these responses were relatively stable over the 8-month follow-up period, with minimal-to-no evidence of decline.3 These findings have important implications for waning vaccine immunity, although correlates of protection from SARS-CoV-2 are not yet defined.

Trentini F, Marziano V, Guzzetta G, Tirani M, Cereda D, Poletti P, Piccarreta R, Barone A, Preziosi G, Arduini F, Valle PGD, Zanella A, Grosso F, Castillo G, Castrofino A, Grasselli G, Melegaro A, Piatti A, Andreassi A, Gramegna M, Ajelli M, Merler S. The pressure on healthcare system and intensive care utilization during the COVID-19 outbreak in the Lombardy region: a retrospective observational study on 43,538 hospitalized patients. Am J Epidemiol. 2021 Oct 15:kwab252. doi: 10.1093/aje/kwab252. Epub ahead of print. PMID: 34652416.

Au printemps 2020, l'épidémie de COVID-19 a provoqué une demande sans précédent de ressources de soins intensifs en Lombardie, en Italie. À partir des données de 43 538 patients hospitalisés admis entre le 21 février et le 12 juillet 2020, nous avons évalué les variations des admissions en unité de soins intensifs (USI) et de la mortalité sur trois périodes :

  • la phase précoce (20 février-13 mars),
  • la période de plus forte pression sur les services de santé (du 14 mars au 25 avril lorsque les patients COVID-19 ont dépassé la capacité de lits des soins intensifs avant la pandémie) 
  • la phase de diminution (du 26 avril au 12 juillet).

Par rapport à la phase précoce, les patients de plus de 70 ans ont été admis moins souvent dans une unité de soins intensifs pendant la la période de plus forte pression sur les services de santé (0,47, IC à 95 % : 0,41-0,54) avec des délais plus longs (rapport de taux d'incidence 1,82, 95 % IC : 1,52-2,18) et un nombre de décès plus faible en soins intensifs (0,47, IC à 95 % : 0,34-0,64).

Les patients de moins de 56 ans ont subi des variations plus limitées de la probabilité d'admission (0,65, IC à 95 % : 0,56-0,76) et du retard à l'admission en soins intensifs (1,16, IC à 95 % : 0,95-1,42) ainsi qu'une mortalité accrue (1,43, IC à 95 % : 1,00-2,07).

Dans la phase de diminution, toutes les quantités ont diminué pour tous les groupes d'âge. Ces schémas peuvent suggérer que les ressources de soins de santé limitées pendant la phase épidémique de pointe en Lombardie ont entraîné un changement dans les critères d'admission en soins intensifs pour donner la priorité aux patients ayant de meilleures chances de survie.

During the spring of 2020, the COVID-19 epidemic caused an unprecedented demand for intensive care resources in Lombardy, Italy. Using data on 43,538 hospitalized patients admitted between February 21 and July 12, 2020, we evaluated variations in intensive care unit (ICU) admissions and mortality over three periods: the early phase (February 20-March 13), the period of highest pressure on healthcare (March 14-April 25, when COVID-19 patients exceeded the ICU pre-pandemic bed capacity), and the declining phase (April 26-July 12). Compared to the early phase, patients above 70 years of age were admitted less often to an ICU during highest pressure on healthcare (odds ratio OR 0.47, 95%CI: 0.41-0.54) with longer delays (incidence rate ratio IRR 1.82, 95%CI: 1.52-2.18), and lower chances of death in ICU (OR 0.47, 95%CI: 0.34-0.64). Patients under 56 years of age reported more limited changes in the probability (OR 0.65, 95%CI: 0.56-0.76) and delay to ICU admission (IRR 1.16, 95%CI: 0.95-1.42) and an increased mortality (OR 1.43, 95%CI: 1.00-2.07). In the declining phase, all quantities decreased for all age groups. These patterns may suggest that limited healthcare resources during the peak epidemic phase in Lombardy forced a shift in ICU admission criteria to prioritize patients with higher chances of survival.

16 octobre 2021

CDC 202110. Rates of COVID-19 Cases and Deaths by Vaccination Status. Centers for Disease Control 2021. Link: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#rates-by-vaccine-status

Taux de cas et de décès de COVID-19 par statut vaccinal. 

Le CDC publie maintenant des données sur le statut vaccinal pour les hospitalisations et les décès, et par âge. Voir le lien ci-dessous.

The CDC is now posting data on vaccination status for hospitalization and death, and by age.

de Gier B, Andeweg S, Backer JA, et al. Vaccine effectiveness against SARSCoV2 transmission to household contacts during dominance of Delta variant (B.1.617.2), AugustSeptember 2021, the Netherlands. medRxiv 2021, posted 14 October. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.10.14.21264959

Efficacité du vaccin contre la transmission du SRAS-CoV-2 par contacts familiaux pendant la dominance du variant Delta (B.1.617.2), août-septembre 2021, Pays-Bas. 

Les auteurs ont comparé les taux de covid secondaire parmi les membres du ménage entre les cas index vaccinés et non vaccinés. Ils ont estimé l'efficacité de la vaccination complète à 63%.

The authors compared secondary attack rates among household members between vaccinated and unvaccinated index cases. They estimated the effectiveness of full vaccination to be 63%.

15 octobre 2021

Nogrady B. ‘I hope you die’: how the COVID pandemic unleashed attacks on scientists. Nature 2021, published 13 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02741-x

« J'espère que tu mourras » : comment la pandémie de COVID a déclenché des attaques contre les scientifiques. 

Une enquête de Nature auprès de plus de 300 scientifiques qui ont accordé des interviews aux médias sur la COVID-19 – dont beaucoup avaient également commenté la pandémie sur les réseaux sociaux – a révélé de nombreux témoignages de harcèlement ou d'abus ; 15% ont déclaré avoir reçu des menaces de mort. Voir aussi l'éditorial de Nature : les scientifiques COVID aux yeux du public ont besoin de protection contre les menaces. Nature 2021, publié le 13 octobre 2021. Texte intégral : https://www.nature.com/articles/d41586-021-02757-3

NDLR : ce n'est plus l'Inquisition mais d'autres acteurs qui menacent les scientifiques. Extrait de courriels insultants reçus par votre serviteur (Bernard Pradines) :

 

Je suis super hyper bien dans ma peau !
 
Tu peux pas imaginer à quel point j'en ai rien à foutre de l'avis des gros c... CO labos comme toi !
 
Bien sure que tu aimes macron puisque tu fais tout ce qu'il t'ordonne, c'est ton maitre !
 
COMPARAISON ZERO AVEC LE LIBAN
 
C'EST TOI LE PSYCHOPATHE QUI A TUÉ DES GENS EN LEUR CONSEILLANT DE SUIVRE LE PROTOCOLE PARACETAMOL À LA MAISON AU LIEU DES SOINS PRECOCES
 
TU AS DES MORTS SUR TA CONSCIENCE!  PAS MOI !
 
ET FERMES VITE TA GUEULE SUR LE LIBAN ! ESPECE DE GROS COLON DE MERDE !
Essaye même pas de venir m'expliquer quoi que ce soit sur le Liban ! FERME TA GUEULE C'EST TOUT

 

heu comment vous dire à quel point je me fous de l'avis des :
 
-pedos
-violeurs ( chimique ou physique)
-tueurs avec arme ou par empoisonnement
et des collabos aux trois catégories aux dessus ce que vous êtes indéniablement pour les deux dernières catégories !
JE NE CHERCHE PAS À VOUS CONVAINCRE
 
JE VOUS DIS QUE JE VOUS CONSTATE QUE VOUS ETES UN COLLABO
 
JE ME FOUS TOTALEMENT QUE VOUS CREUVIEZ
 
JE ME FOUS TOTALEMENT DE VOTRE AVIS
 
JE NE FERAI ( FUTUR FERME) JAMAIS AUCUN EFFORT ENVERS LES COLLABOS COMME VOUS !
 

“A survey by Nature of more than 300 scientists who have given media interviews about COVID-19 — many of whom had also commented about the pandemic on social media — has found wide experience of harassment or abuse; 15% said they had received death threats.” See also the Nature editorial: COVID scientists in the public eye need protection from threats. Nature 2021, published 13 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02757-3

Groff D, Sun A, Ssentongo AE, et al. Short-term and Long-term Rates of Postacute Sequelae of SARS-CoV-2 Infection: A Systematic Review. JAMA Netw Open. 2021 Oct 1;4(10):e2128568. PubMed: https://pubmed.gov/34643720. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.28568

Taux à court et à long terme des séquelles post-aigues de l'infection par le SRAS-CoV-2 : une revue systématique. 

Dans cette revue de 57 études comprenant plus de 250 000 survivants de COVID-19, les séquelles les plus courantes étaient des troubles de la mobilité, des anomalies pulmonaires et des troubles de la santé mentale. Les auteurs avertissent que ces effets à long terme « se produisent à une échelle qui pourrait dépasser les capacités de soins de santé existantes, en particulier dans les pays à revenu faible et intermédiaire ».

In this review of 57 studies comprising more than 250,000 survivors of COVID-19, the most common sequelae involved functional mobility impairments, pulmonary abnormalities, and mental health disorders. The authors warn that these long-term effects “occur on a scale that could overwhelm existing health care capacity, particularly in low- and middle-income countries.”

Bergwerk M, Gonen T, Lustig Y, et al. Covid-19 Breakthrough Infections in Vaccinated Health Care Workers. N Engl J Med. 2021 Oct 14;385(16):1474-1484. PubMed: https://pubmed.gov/34320281. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2109072

Israël : Episodes d'infections de Covid-19 chez des travailleurs de la santé vaccinés par Pfizer.

Une analyse des cas d'infections au cours de la période de 4 mois suivant la deuxième dose de vaccin parmi 39 travailleurs de la santé entièrement vaccinés. Les taux d'anticorps neutralisants chez ces patients pendant la période péri-infection étaient inférieurs à ceux des témoins non infectés qui ont été appariés, et des taux plus élevés d'anticorps neutralisants péri-infection étaient associés à une infectivité plus faible (valeurs Ct plus élevées). La plupart des cas de covid étaient légers ou asymptomatiques, bien que 19 % aient souffert de symptômes persistants > 6 semaines.

An analysis of breakthrough infections among 39 fully vaccinated health care workers during the 4-month period after the second vaccine dose. Neutralizing antibody titers in case patients during the peri-infection period were lower than those in matched uninfected controls, and higher peri-infection neutralizing antibody titers were associated with lower infectivity (higher Ct values). Most breakthrough cases were mild or asymptomatic, although 19% had persistent symptoms (> 6 weeks).

Zauche LH, Wallace B, Smoots AN, et al. Receipt of mRNA Covid-19 Vaccines and Risk of Spontaneous Abortion. N Engl J Med. 2021 Oct 14;385(16):1533-1535. PubMed: https://pubmed.gov/34496196. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMc2113891

 Injection des vaccins à ARNm Covid-19 et risque d'avortement spontané. 

Existe-t-il un risque d'avortement spontané après réception d'un vaccin à ARNm COVID-19 soit avant la conception (30 jours avant le premier jour des dernières règles jusqu'à 14 jours après) ou pendant la grossesse ? Il ne semble pas. Parmi les 2456 participantes inscrites dans le registre des grossesses COVID-19 du "CDC v-safe", les risques cumulatifs d'avortement spontané se situaient dans la fourchette attendue.

CDC (NDLR): Center of Disease Control and Prevention dont le quartier général est basé à Atlanta en Georgie (USA). Attention, des faux circulent prétendant reproduire des publications du CDC. Il faut donc aller à la source pour vérifier : https://www.cdc.gov/

Is there a risk of spontaneous abortion after receipt of an mRNA COVID-19 vaccine either before conception (30 days before the first day of the last menstrual period through 14 days after) or during pregnancy? It doesn’t seem so. Among 2456 participants enrolled in the CDC v-safe COVID-19 pregnancy registry, the cumulative risks of spontaneous abortion were within the expected range.

14 octobre 2021

House of Commons 20211012. Coronavirus: lessons learned to date. UK Health and Social Care Committee 2021, published 12 October. Full text: https://committees.parliament.uk/work/657/coronavirus-lessons-learnt/news/157991/coronavirus-lessons-learned-to-date-report-published/

Grande-Bretagne, premier bilan :

La planification prospective, la souplesse et l'organisation décisive de l'effort de développement et de déploiement des vaccins auront sauvé des millions de vies dans le monde et devraient être un guide pour les futures pratiques gouvernementales ;

Les retards dans la mise en place d'un système adéquat de tests, de traçage et d'isolement ont entravé les efforts pour comprendre et contenir l'épidémie et n'a pas atteint son objectif officiel d'éviter les blocages ;

La décision initiale de retarder un confinement complet – malgré cette pratique ailleurs dans le monde – reflétait un fatalisme à propos de la propagation du SARS-CoV-2 qui aurait dû être vigoureusement contesté à l'époque ;

Les aspects sociaux n'ont pas reçu une priorité suffisante dans les premiers stades de la pandémie ;

L'expérience de la pandémie de covid souligne la nécessité d'une stratégie urgente et à long terme pour lutter contre les inégalités en santé ; 

La préparation du Royaume-Uni à une pandémie avait été largement clamée à l'avance, mais a moins bien fonctionné que dans de nombreux autres pays.

Britain’s initial response to the COVID-19 pandemic “ranks as one of its most important public health failures”. The report blames the British government for “many thousands of deaths which could have been avoided.”

13 octobre 2021

Saiag E, Goldshmidt H, Sprecher E, Ben-Ami R, Bomze D. Immunogenicity of a BNT162b2 vaccine booster in health-care workers. Lancet Microbe 2021, published 11 October. Full text: https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(21)00272-X/fulltext

Israël :

Le vaccin Pfizer-BioNTech mRNA COVID19 (BNT162b2) s'est avéré très efficace dans la prévention de l'infection symptomatique par le SRAS-CoV-2, avec une efficacité vaccinale de 94 % dans un essai clinique randomisé et une efficacité de 94 à 95 % dans des études en conditions réelles.  Des taux d'efficacité similaires (97 % contre l'infection symptomatique et 86 % contre l'infection asymptomatique) ont été observés chez les travailleurs de la santé. La baisse de l'efficacité du vaccin, parallèlement à la propagation du variant Delta (B.1.617.2), a incité le ministère israélien de la Santé à recommander, début août 2021, une dose de rappel pour les personnes âgées de 60 ans ou plus ayant reçu une deuxième dose du vaccin au moins 5 mois plus tôt.
Nous rapportons ici l'effet d'une troisième dose de BNT162b2 sur les concentrations d'IgG anti-SRAS-CoV-2 chez les employés du centre médical de Tel-Aviv vaccinés entre le 1er et le 18 août 2021. Les concentrations de protéines anti-spike ont été établies avec le test ADVIA Centaur SARS-CoV-2 IgG, qui fournit une valeur d'indice jusqu'à 150,00, où un indice égal ou supérieur à 1,00 est considéré comme réactif (positif) pour les anticorps IgG SARS-CoV-2. L'étude a été approuvée par le comité d'examen institutionnel du centre médical de Tel-Aviv (numéro d'approbation TLV-21-0576).

Au total, 346 agents de santé ont reçu une dose de rappel de BNT162b2. L'âge médian était de 67 ans (IQR 64-73 ans) ; 215 étaient des femmes et 131 étaient des hommes. Le délai médian entre la première et la troisième dose du vaccin était de 32,0 semaines (écart interquartile 31,7–32,1 semaines). Tous les travailleurs ont vu leurs concentrations d'anticorps mesurées au départ, et un deuxième échantillon a été obtenu environ 10 jours après l'administration de la dose de rappel (médiane de 10 jours, IQR de 10 à 11 jours). L'indice médian d'IgG ADVIA Centaur SARS-CoV-2 au départ était de 3,67 (écart interquartile 2,00–7,10), et a augmenté à > 150 (la limite supérieure de quantification) chez 95,7% des vaccinés (annexe ). Seuls deux receveurs n'étaient pas réactifs après la vaccination pour des raisons encore inconnues (une étude de suivi est en cours). Aucun événement indésirable grave n'a été signalé.
Certaines études publiées au cours des 4 derniers mois ont décrit l'immunogénicité d'une troisième dose de vaccins COVID-19 chez des receveurs de transplantation d'organes immunodéprimés. À notre connaissance, ce travail apporte le plus grand rapport concernant une troisième dose de vaccin BNT162b2. chez les travailleurs de la santé. Nos résultats montrent une immunoréactivité élevée au vaccin chez des travailleurs de la santé qui sont généralement immunocompétents. Un suivi supplémentaire est nécessaire pour déterminer l'effet d'une troisième dose sur les résultats cliniques tels que la maladie symptomatique, l'hospitalisation et le décès.

 

The authors report on 346 health-care workers (median age: 67 years) of a hospital in Tel-Aviv, Israel, who received a third dose of the BioNTech/Pfizer vaccine. “The median (…) SARS-CoV-2 IgG index at baseline was 3.67 (IQR 2.00–7.10), and increased to >150 (the upper limit of quantification) in 95.·7% of vaccine recipients.”

Lucas C, Vogels CBF, Yildirim I, et al. Impact of circulating SARS-CoV-2 variants on mRNA vaccine-induced immunity. Nature. 2021 Oct 11. PubMed: https://pubmed.gov/34634791. Full text: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04085-y

 Impact des variantes circulantes du SRAS-CoV-2 sur l'immunité induite par vaccin à ARNm. 

L'émergence de variants du SRAS-CoV-2 avec des mutations dans les principaux sites de liaison aux anticorps neutralisants peut affecter l'immunité humorale induite par l'infection ou la vaccination. Nous avons analysé le développement des anticorps anti-SARS-CoV-2 et des réponses des lymphocytes T chez des individus précédemment infectés (guéris) ou non infectés (naïfs) qui ont reçu des vaccins à ARNm contre le SRAS-CoV-2. Alors que les individus précédemment infectés présentaient des titres d'anticorps plus élevés que les individus non infectés après vaccination, ces derniers ont atteint des niveaux comparables de neutralisation de la souche ancestrale après la deuxième dose de vaccin. Une analyse complète de la neutralisation plasmatique à l'aide de 16 isolats authentiques de variants distincts du SRAS-CoV-2 circulant localement a révélé une gamme de réduction de la capacité de neutralisation associée à des mutations spécifiques dans le gène de la protéine Spike : les lignées avec E484K et N501Y/T (par exemple, B.1.351 variant sud-africain et P.1 brésilien ) avaient la plus grande réduction, suivies par les lignées avec L452R (par exemple, B.1.617.2 Delta). Alors que les deux groupes ont conservé une capacité de neutralisation contre tous les variants, le plasma d'individus vaccinés précédemment infectés a affiché une meilleure capacité de neutralisation globale par rapport au plasma d'individus non infectés qui ont également reçu deux doses de vaccin, indiquant que les rappels vaccinaux constituent une future stratégie pertinente pour atténuer l'impact des variants sur l'activité neutralisante des anticorps.

Analysis of plasma neutralization using 16 SARS-CoV-2 variants. The Beta (B.1.351, ‘South Africa’) and Gamma (P.1, ‘Brazil’) strains, showed the greatest reduction, followed by the Delta (B.1.617.2, ‘India’) and Alfa (B.1.1.7, ‘England’) strains. Plasma from previously infected vaccinated individuals produced very high neutralizing antibodies against most variants of concern.

12 octobre 2021

Loyal L, Braun J, Henze L, et al. Cross-reactive CD4+ T cells enhance SARS-CoV-2 immune responses upon infection and vaccination. Science. 2021 Oct 8;374(6564):eabh1823. PubMed: https://pubmed.gov/34465633. Full text: https://doi.org/10.1126/science.abh1823

Les cellules T CD4+ à réaction croisée améliorent les réponses immunitaires du SRAS-CoV-2 lors de l'infection et de la vaccination.

Les auteurs ont identifié un peptide de coronavirus immunodominant universel trouvé dans le domaine peptidique de fusion de la spike protéine du coronavirus. Ce peptide est reconnu par les lymphocytes T CD4+ chez 20 % des individus non exposés, plus de 50 % des convalescents du SARS-CoV-2 et 97 % des sujets traités avec le vaccin Pfizer-BioNTech. Bien qu'omniprésentes, ces cellules T réactives au coronavirus diminuent avec l'âge, ce qui peut expliquer en partie la susceptibilité accrue des personnes âgées au COVID-19. 

The authors “identified a universal immunodominant coronavirus peptide found within the fusion peptide domain of coronavirus spike protein. This peptide is recognized by CD4+ T cells in 20% of unexposed individuals, more than 50% of SARS-CoV-2 convalescents, and 97% of subjects treated with the Pfizer–BioNTech COVID-19 vaccine. Although ubiquitous, these coronavirus-reactive T cells decreased with age, which may explain in part the increased susceptibility of elderly people to COVID-19.”

Emecen AN, Keskin S, Boncukcu Eren E, et al. Impact of social contacts on SARS-CoV-2 exposure among healthcare workers. Occupational Medicine 2021, published 11 October. Full text: https://doi.org/10.1093/occmed/kqab141

 Impact des contacts sociaux sur l'exposition au SRAS-CoV-2 chez les travailleurs de la santé.

Les interactions entre les travailleurs de la santé (TS) peuvent présenter un risque élevé d'exposition au SRAS-CoV-2. Dans cette étude réalisée en Turquie, 260 des 329 clusters (79 %) étaient des clusters de contact TS à TS. L'exposition à haut risque était plus élevée chez les contacts TS à TS (44 %) que chez les contacts patients à TS (5 %).

Interactions between healthcare workers (HCW) may pose a high risk for SARS-CoV-2 exposure. In this study from Turkey, 260 of 329 exposed clusters (79%) were HCW-to-HCW contact clusters. High-risk exposure was higher in the HCW-to-HCW contacts (44%), when compared to patient-to-HCW contacts (5%).

11 octobre 2021

Cousien A, Acquaviva E, Kernéis S, Yazdanpanah Y, Delorme R. Temporal Trends in Suicide Attempts Among Children in the Decade Before and During the COVID-19 Pandemic in Paris, France. JAMA Netw Open. 2021 Oct 1;4(10):e2128611. PubMed: https://pubmed.gov/34618041. Full text: https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.28611

Tendances temporelles des tentatives de suicide chez les enfants au cours de la décennie avant et pendant la pandémie de COVID-19 à Paris, France. 

Les auteurs décrivent une augmentation spectaculaire des tentatives de suicide chez les enfants fin 2020 et début 2021 après le début de la pandémie de COVID-19 en France. "Cette dynamique aberrante des tentatives de suicide était indépendante de sa saisonnalité annuelle et de sa tendance sur la période de 10 ans."

The authors describe a dramatic increase in suicide attempts among children in late 2020 and early 2021 after the start of the COVID-19 pandemic in France. “This aberrant dynamic of suicide attempts was independent from its annual seasonality and its trend over the 10-year period.”

Woo EJ, Mba-Jonas A, Dimova RB, Alimchandani M, Zinderman CE, Nair N. Association of Receipt of the Ad26.COV2.S COVID-19 Vaccine With Presumptive Guillain-Barré Syndrome, February-July 2021. JAMA. 2021 Oct 7. PubMed: https://pubmed.gov/34617967. Full text: https://doi.org/10.1001/jama.2021.16496

Association du vaccin Ad26.COV2.S COVID-19 (Johnson et Johnson, Janssen en France) avec un syndrome présumé de Guillain-Barré, février-juillet 2021. 

De février 2021 à juillet 2021, 130 cas présumés de syndrome de Guillain-Barré (SGB) ont été signalés au sein du Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) des États-Unis suite à la vaccination avec le vaccin Johnson & Johnson. Le rapport global estimé entre les taux observés et attendus était de 4,18, ce qui correspond à une augmentation absolue des taux de 6,36 pour 100 000 années-personnes.

February 2021 to July 2021, 130 cases of presumptive Guillain-Barré syndrome (GBS) were reported within the US Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS) following vaccination with the Johnson & Johnson vaccine.  The overall estimated observed to expected rate ratio was 4.18, corresponding to an absolute rate increase of 6.36 per 100 000 person-years.

 

Mevorach D, Anis E, Cedar N, et al. Myocarditis after BNT162b2 mRNA Vaccine against Covid-19 in Israel. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614328. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2109730

Israël : 

Parmi 304 personnes présentant des symptômes de myocardite, 21 ont eu un autre diagnostic. Sur les 283 cas restants, 142 sont survenus après l'injection du vaccin BNT162b2 ; parmi ces cas, 136 diagnostics étaient certains ou probables. La présentation clinique a été jugée légère chez 129 (95 %) ; un cas fulminant a été mortel. La différence de risque globale entre la première et la deuxième dose était de 1,76 pour 100 000 personnes (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 1,33 à 2,19), avec la plus grande différence parmi ceux de sexe masculin âgés de 16 à 19 ans (différence, 13,73 pour 100 000 personnes ; IC à 95 % : 8,11 à 19,46). Par rapport à l'incidence attendue sur la base des données historiques, le rapport d'incidence standardisé était de 5,34 (IC à 95 %, 4,48 à 6,40) et était le plus élevé après la deuxième dose chez les personnes de sexe masculin âgées de 16 à 19 ans (13,60 ; IC à 95 % , 9h30 à 19h20). Le rapport 30 jours après la deuxième dose de vaccin chez les personnes complètement vaccinées, par rapport aux personnes non vaccinées, était de 2,35 (IC à 95 %, 1,10 à 5,02); ce rapport était  le plus élevé chez celles de sexe masculin âgés de 16 à 19 ans (8,96 ; IC à 95 %, 4,50 à 17,83), avec un rapport de 1 sur 6 637.

Among 304 persons with symptoms of myocarditis, 21 had received an alternative diagnosis. Of the remaining 283 cases, 142 occurred after receipt of the BNT162b2 vaccine; of these cases, 136 diagnoses were definitive or probable. The clinical presentation was judged to be mild in 129 recipients (95%); one fulminant case was fatal. The overall risk difference between the first and second doses was 1.76 per 100,000 persons (95% confidence interval [CI], 1.33 to 2.19), with the largest difference among male recipients between the ages of 16 and 19 years (difference, 13.73 per 100,000 persons; 95% CI, 8.11 to 19.46). As compared with the expected incidence based on historical data, the standardized incidence ratio was 5.34 (95% CI, 4.48 to 6.40) and was highest after the second dose in male recipients between the ages of 16 and 19 years (13.60; 95% CI, 9.30 to 19.20). The rate ratio 30 days after the second vaccine dose in fully vaccinated recipients, as compared with unvaccinated persons, was 2.35 (95% CI, 1.10 to 5.02); the rate ratio was again highest in male recipients between the ages of 16 and 19 years (8.96; 95% CI, 4.50 to 17.83), with a ratio of 1 in 6637.

Witberg G, Barda N, Hoss S, et al. Myocarditis after Covid-19 Vaccination in a Large Health Care Organization. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614329. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2110737

 Myocardite après vaccination Covid-19 dans une grande organisation de soins de santé.

Parmi plus de 2,5 millions de membres du service de santé vaccinés âgés de 16 ans ou plus, 54 cas répondaient aux critères de myocardite. L'incidence estimée pour 100 000 personnes ayant reçu au moins une dose de vaccin était de 2,13 cas (intervalle de confiance à 95 % [IC], 1,56 à 2,70). L'incidence la plus élevée de myocardite (10,69 cas pour 100 000 personnes ; IC à 95 % : 6,93 à 14,46) a été signalée chez des patients de sexe masculin âgés de 16 à 29 ans. Au total, 76 % des cas de myocardite ont été décrits comme légers et 22 % comme intermédiaires ; 1 cas était associé à un choc cardiogénique. Après un suivi médian de 83 jours après le début de la myocardite, 1 patient a été réadmis à l'hôpital et 1 est décédé de cause inconnue après sa sortie. Sur 14 patients qui présentaient une dysfonction ventriculaire gauche à l'échocardiographie lors de l'admission, 10 présentaient encore une dysfonction au moment de la sortie de l'hôpital. Parmi ces patients, 5 ont subi des tests ultérieurs qui ont révélé une fonction cardiaque normale.

Among more than 2.5 million vaccinated HCO members who were 16 years of age or older, 54 cases met the criteria for myocarditis. The estimated incidence per 100,000 persons who had received at least one dose of vaccine was 2.13 cases (95% confidence interval [CI], 1.56 to 2.70). The highest incidence of myocarditis (10.69 cases per 100,000 persons; 95% CI, 6.93 to 14.46) was reported in male patients between the ages of 16 and 29 years. A total of 76% of cases of myocarditis were described as mild and 22% as intermediate; 1 case was associated with cardiogenic shock. After a median follow-up of 83 days after the onset of myocarditis, 1 patient had been readmitted to the hospital, and 1 had died of an unknown cause after discharge. Of 14 patients who had left ventricular dysfunction on echocardiography during admission, 10 still had such dysfunction at the time of hospital discharge. Of these patients, 5 underwent subsequent testing that revealed normal heart function.

Mallapaty S. Heart-inflammation risk from Pfizer COVID vaccine is very low. Nature 2021, published 8 October. Full text: https://www.nature.com/articles/d41586-021-02740-y

Le point sur les myocardites après vaccin à ARNm.

COVID-19 Mental Disorders Collaborators. Global prevalence and burden of depressive and anxiety disorders in 204 countries and territories in 2020 due to the COVID-19 pandemic. Lancet 2021, published 8 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02143-7

Prévalence mondiale et fardeau des troubles dépressifs et anxieux dans 204 pays et territoires en 2020 en raison de la pandémie de COVID-19. 

Une revue systématique des troubles dépressifs majeurs et des troubles anxieux pendant la pandémie de COVID-19. Les taux d'infection quotidiens par le SRAS-CoV-2 et les réductions de la mobilité humaine étaient associés à une prévalence accrue de troubles dépressifs majeurs. Les femmes étaient plus touchées que les hommes pour le trouble dépressif majeur, et les groupes d'âge plus jeunes étaient plus touchés que les groupes plus âgés.

A systematic review of major depressive disorder and anxiety disorders during the COVID-19 pandemic. Daily SARS-CoV-2 infection rates and reductions in human mobility were associated with increased prevalence of major depressive disorder. Females were more affected than males for major depressive disorder, and younger age groups were more affected than older age groups.

 

10 octobre 2021

Das-Munshi J, Change CK, Bakolis I, et al. All-cause and cause-specific mortality in people with mental disorders and intellectual disabilities, before and during the COVID-19 pandemic: cohort study. Lancet Regional Health 2021, published 7 October. Full text: https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7762(21)00214-3/fulltext

 Mortalité toutes causes et causes spécifiques chez les personnes atteintes de troubles mentaux et de déficiences intellectuelles, avant et pendant la pandémie de COVID-19 : étude de cohorte. 

Démences au Royaume-Uni, presque 4 foi plus de décès liés aux démences du fait de la covid-19.

Données d'une analyse prospective de 167 122 personnes au Royaume-Uni : « Les personnes atteintes de troubles mentaux et de déficiences intellectuelles couraient un plus grand risque de décès par rapport à la population générale avant, pendant et après le premier pic de décès dus au COVID-19, avec des risques similaires quelle que soit l'ethnie. » Les auteurs concluent que la pandémie de COVID-19 a exacerbé les inégalités de santé préexistantes chez les personnes vivant avec des troubles mentaux et une déficience intellectuelle.

Avant que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ne déclare la COVID-19 comme une urgence de santé publique le 30 janvier 2020, le ratio standardisé de mortalité (SMR)  toutes causes confondues dans toutes les cohortes psychiatriques représentaient plus du double de la population générale. Au deuxième trimestre de 2020, lorsque le Royaume-Uni a subi des pics substantiels de décès dus ) la COVID-19, les SMR toutes causes confondues ont encore augmenté, les SMR du COVID-19 étaient élevés dans toutes les pathologies (notamment : troubles d'apprentissage : SMR : 9,24 (IC à 95 % : 5,98) -13,64), troubles envahissants du développement : 5,01 (IC 95 % : 2,40-9,20), troubles de l'alimentation : 4,81 (IC 95 % : 1,56-11,22), troubles du spectre schizophrénique : 3,26 (IC 95 % : 2,55-4,10), démence : 3,82 (IC à 95 % : 3,42, 4,25) troubles de la personnalité 4,58 (IC à 95 % : 3,09-6,53)). Les décès dus à d'autres causes sont restés au moins le double de la moyenne dans la population sur l'ensemble de l'année. L'augmentation des  SMR était similaire d'un groupe ethnique à l'autre.

Data from a prospective analysis of 167,122 people in the UK: “People with mental disorders and intellectual disabilities were at a greater risk of death relative to the general population before, during and after the first peak of COVID-19 deaths, with similar risks by ethnicity.” The authors conclude that the COVID-19 pandemic has exacerbated pre-existing health inequalities in people living with mental disorders and intellectual disabilities.

9 octobre 2021

Tartof SY, Slezak JM, Fischer H, et al. Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study. Lancet. 2021 Oct 4:S0140-6736(21)02183-8. PubMed: https://pubmed.gov/34619098. Full text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02183-8

Efficacité du vaccin à ARNm BNT162b2 COVID-19 jusqu'à 6 mois dans un grand système de santé intégré aux États-Unis : une étude de cohorte rétrospective. 

Étude rétrospective, n = 3 436 957. L'efficacité du vaccin BioNTech/Pfizer contre les infections pat SRAS-CoV-2 est passée de 88 % au cours du premier mois après la vaccination complète à 47 % après 5 mois. La bonne nouvelle : l'efficacité du vaccin contre les hospitalisations pour infections par le variant Delta pour tous les âges était de 93 % jusqu'à 6 mois.

Retrospective study, n = 3,436,957. Effectiveness of the BioNTech/Pfizer vaccine against SARS-CoV-2 infections declined from 88% during the first month after full vaccination to 47% after 5 months. The good news: vaccine effectiveness against hospital admissions for infections with the Delta variant for all ages was 93% up to 6 months.

 

Steenblock C, Schwarz PEH, Ludweig B, et al. COVID-19 and metabolic disease: mechanisms and clinical management. Diabetes Endocrinol 2021, published 4 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S2213-8587(21)00244-8

COVID-19 et maladies métaboliques : mécanismes et prise en charge clinique. 

Les patients présentant un dysfonctionnement métabolique (c.-à-d. obésité, hypertension, stéatose hépatique non alcoolique et diabète) présentent un risque accru de développer un COVID-19 sévère. Une infection par le SRAS-CoV-2 pourrait entraîner l'apparition d'un diabète ou une aggravation de troubles métaboliques préexistants. Les auteurs discutent de la façon dont les troubles métaboliques et endocriniens pourraient prédisposer les patients à développer un COVID-19 sévère.

Patients with metabolic dysfunction (i.e., obesity, hypertension, non-alcoholic fatty liver disease, and diabetes) at an increased risk of developing severe COVID-19, and infection with SARS-CoV-2 might lead to new-onset diabetes or aggravation of pre-existing metabolic disorders. The authors discuss how metabolic and endocrine disorders might predispose patients to develop severe COVID-19.

Ariya M, Karimi J, Abolghasemi S, et al. Food insecurity arises the likelihood of hospitalization in patients with COVID-19. Sci Rep 11, 20072 (2021). Full text: https://doi.org/10.1038/s41598-021-99610-4

L'insécurité alimentaire entraîne la probabilité d'hospitalisation chez les patients atteints de COVID-19. 

Etude iranienne portant sur 219 patients atteints de COVID-19 : les personnes en insécurité alimentaire étaient 3,9 fois plus susceptibles d'être hospitalisées que celles en sécurité alimentaire. (L'insécurité alimentaire peut être définie comme « une disponibilité incertaine ou limitée d'aliments sains et adéquats ou une capacité incertaine ou limitée d'acquérir des aliments acceptables de manière socialement acceptable »).

In this study from Iran of 219 COVID-19 patients, people with food insecurity were 3.9 times more likely to be hospitalized than those with food security. (Food insecurity can be defined as “uncertain or limited availability of adequate and healthy food or uncertain or limited ability to acquire acceptable foods in socially acceptable ways”).

COVIDSurg Collaborative. Effect of COVID-19 pandemic lockdowns on planned cancer surgery for 15 tumour types in 61 countries: an international, prospective, cohort study. Oncology 2021, published 5 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S1470-2045(21)00493-9

 Effet des blocages de la pandémie de COVID-19 sur la chirurgie programmée du cancer pour 15 types de tumeurs dans 61 pays : une étude de cohorte internationale prospective. 

Bien que la chirurgie, principale modalité de traitement des cancers solides, ait été prioritaire pour se poursuivre pendant les épidémies de COVID-19, 2003 (10 %) des 20 006 patients éligibles n'ont pas été opérés après un suivi médian de 23 semaines.

Although surgery, the main modality of cure for solid cancers, was prioritized to continue during COVID-19 outbreaks, 2003 (10%) of 20,006 eligible patients did not receive surgery after a median follow-up of 23 weeks.

8 octobre 2021

Chemaitelly H, Tang P, Hasan MR, et al. Waning of BNT162b2 Vaccine Protection against SARS-CoV-2 Infection in Qatar. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614327. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114114

Etude de la population résidente du Qatar (n = presque 1 000 000).

Diminution de la protection vaccinale BNT162b2 contre l'infection par SRAS-CoV-2 au Qatar. 

L'efficacité estimée du BNT162b2 (Pfizer) pour prévenir l'infection par le SRAS-CoV-2 était négligeable au cours des 2 premières semaines après la première dose. Il a augmenté à 36,8 % (intervalle de confiance [IC] à 95 %, 33,2 à 40,2) au cours de la troisième semaine après la première dose et a atteint son pic à 77,5 % (IC à 95 %, 76,4 à 78,6) au cours du premier mois après la deuxième dose . L'efficacité a diminué progressivement par la suite, la baisse s'accélérant après le quatrième mois pour atteindre environ 20 % au cours des mois 5 à 7 après la deuxième dose. L'efficacité contre l'infection symptomatique était plus élevée que l'efficacité contre l'infection asymptomatique, mais a diminué de la même manière. L'efficacité spécifique au variant a diminué de la même manière. L'efficacité contre les cas graves, critiques ou mortels a augmenté rapidement à 66,1 % (IC à 95 %, 56,8 à 73,5) au cours de la troisième semaine après la première dose et a atteint 96 % ou plus au cours des 2 premiers mois après la seconde dose; cette efficacité a persisté à environ ce niveau pendant 6 mois.

A study of the resident population of Qatar (n = almost 1,000,000). Effectiveness any SARS-CoV-2 infection declined to approximately 20% in months 5 through 7 after the second BioNTech/Pfizer dose. The excellent news: Effectiveness against any severe, critical, or fatal case of Covid-19 reached 96% or higher in the first 2 months after the second dose and persisted at approximately this level for 6 months.

Levin EG, Lustig Y, Cohen C, et al. Waning Immune Humoral Response to BNT162b2 Covid-19 Vaccine over 6 Months. N Engl J Med. 2021 Oct 6. PubMed: https://pubmed.gov/34614326. Full text: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114583

Diminution de la réponse humorale humorale au vaccin BNT162b2 Covid-19 sur 6 mois. 

Les auteurs ont testé 4868 professionnels de santé pour la présence d'IgG anti-spike et d'anticorps neutralisants 6 mois après la vaccination avec le vaccin BioNTech/Pfizer. Le niveau d'anticorps IgG a diminué à un rythme constant, tandis que le niveau d'anticorps neutralisants a diminué rapidement pendant les 3 premiers mois avec une diminution relativement lente par la suite. Les titres d'anticorps neutralisants étaient considérablement plus faibles chez les hommes que chez les femmes, et plus faibles chez les personnes de 65 ans ou plus que chez les 18 ans à 45 ans.

The authors tested 4868 health care workers for the presence of anti-spike IgG and neutralizing antibodies 6 months after vaccination with the BioNTech/Pfizer vaccine. The level of IgG antibodies decreased at a consistent rate, whereas the neutralizing antibody level decreased rapidly for the first 3 months with a relatively slow decrease thereafter. Neutralizing antibody titers were substantially lower among men than among women, and lower among persons 65 years of age or older than among those 18 to less than 45 years of age.

7 octobre 2021

Al-Aly Z, Bowe B, Xie Y, Xu E. One-year Risks and Burdens of Incident Cardiovascular Disease in COVID-19: Cardiovascular Manifestations of Long COVID. Research Square 2021, posted 5 October. Full text: https://www.researchsquare.com/article/rs-940278/v1

Risques et charges sur un an des incidents de maladies cardiovasculaires dans COVID-19 : Manifestations cardiovasculaires du long COVID. 

Dans cette cohorte de plus de 150 000 personnes atteintes de COVID-19, les auteurs documentent que même au-delà des 30 premiers jours d'infection, « les personnes atteintes de COVID-19 courent un risque accru de maladie cardiovasculaire incidente couvrant plusieurs catégories, notamment les atteintes cérébrovasculaires, les dysrythmies, l'ischémie et les cardiopathies non ischémiques, la péricardite, la myocardite, l'insuffisance cardiaque et la maladie thromboembolique.

In this cohort of more than 150,000 people with COVID-19, the authors document that even beyond the first 30 days of infection, “people with COVID-19 are at increased risk of incident cardiovascular disease spanning several categories including cerebrovascular disorders, dysrhythmias, ischemic and non-ischemic heart disease, pericarditis, myocarditis, heart failure, and thromboembolic disease.”

Shiels MS, Haque AT, Haozous EA, et al. Racial and Ethnic Disparities in Excess Deaths During the COVID-19 Pandemic, March to December 2020. Ann Intern Med. 2021 Oct 5. PubMed: https://pubmed.gov/34606321. Full text: https://doi.org/10.7326/M21-2134

Disparités raciales et ethniques dans les augmentations de décès pendant la pandémie de COVID-19, de mars à décembre 2020. 

Les décès excédentaires normalisés selon l'âge pour 100 000 personnes chez les hommes et les femmes noirs, amérindiens/indigènes de l'Alaska (AI/AN) et latinos étaient plus du double de ceux des hommes et femmes blancs et asiatiques. Pour estimer l'excès de décès aux États-Unis, les auteurs ont utilisé les données des certificats de décès provenant des estimations de la population des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et du US Census Bureau.

Age-standardized excess deaths per 100,000 persons among Black, American Indian/Alaska Native (AI/AN), and Latino males and females were more than double those in White and Asian males and females. To estimate excess deaths in the US, the authors used death certificate data from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and US Census Bureau population estimates.

6 octobre 2021

Shitrit P, Zuckerman NS, Mor O, Gottesman BS, Chowers M. Nosocomial outbreak caused by the SARS-CoV-2 Delta variant in a highly vaccinated population, Israel, July 2021. Euro Surveill. 2021 Sep;26(39). PubMed: https://pubmed.gov/34596015. Full text: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.39.2100822

Epidémie nosocomiale causée par le variant SARS-CoV-2 Delta dans une population largement vaccinée en Israël, juillet 2021. 

Les auteurs décrivent une enquête sur une épidémie de COVID-19 en Israël qui a commencé à partir d'un patient COVID-19 non identifié (mi-juillet 2021), avec une propagation nosocomiale rapide et étendue. Le centre médical Meir dispose de 780 lits, la plupart des chambres accueillent trois à quatre patients, distantes de 1 m avec des rideaux de séparation entre les lits. Depuis mars 2020, les patients sont encouragés à porter des masques chirurgicaux. Bien que leur utilisation soit inconstante, elle a été appliquée lors des rencontres patient-personnel de part et d'autre. Dans le service dédié au COVID-19, les membres du personnel ont travaillé avec un équipement de protection individuelle (EPI) complet : masque N-95 (équivalent du FFP2), écran facial, blouse, gants et couvre-cheveux.

Sur les 42 cas de cette épidémie, 38 ont été complètement vaccinés avec deux doses du vaccin BioNTech/Pfizer. Le taux d'attaque chez les individus exposés a atteint 23,3 % chez les patients et 10,3 % chez le personnel. De manière inquiétante, « plusieurs transmissions se sont probablement produites entre deux personnes portant toutes deux des masques chirurgicaux et, dans un cas, utilisant un EPI complet, y compris un masque N-95, un écran facial, une blouse et des gants ».

The authors describe an investigation of a COVID-19 outbreak in Israel that started from one unidentified COVID-19 patient (mid-July 2021), with extensive, rapid nosocomial spread. Of the 42 cases in this outbreak, 38 were fully vaccinated with two doses of the BioNTech/Pfizer vaccine. The attack rate among exposed individuals reached 23.3% in patients and 10.3% in staff. Worryingly, “several transmissions probably occurred between two individuals both wearing surgical masks, and in one instance using full PPE, including N-95 mask, face shield, gown and gloves.”

5 octobre 2021

Mair MJ, Berger JM, Berghoff AS, et al. Humoral Immune Response in Hematooncological Patients and Health Care Workers Who Received SARS-CoV-2 Vaccinations. JAMA Oncol. 2021 Sep 30:1-8. PubMed: https://pubmed.gov/34591965. Full text: https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2021.5437

Réponse immunitaire humorale chez les patients hémato-oncologiques et les travailleurs de la santé qui ont reçu des vaccins contre le SRAS-CoV-2. 

Dans cette étude rétrospective de 595 patients atteints de maladies hémato-oncologiques et d'un groupe témoin de 58 travailleurs de la santé (TS), les taux d'anticorps après immunisation complète étaient plus élevés chez les TS (médiane, 2500 U/mL ; 485-2500 U/mL) que chez les patients atteints de cancer (médiane, 117,0 U/mL ; 0-2 500 U/mL ; P < 0,001). Des sous-groupes spécifiques, tels que les patients ayant reçu un traitement ciblant les lymphocytes B, ont présenté une séroconversion altérée. Les auteurs suggèrent des essais de vaccination dédiés chez les patients atteints de cancer.

In this retrospective study of 595 patients with hematooncological diseases and a control group of 58 health care workers (HCWs), antibody levels after full immunization were higher in HCWs (median, 2500 U/mL; range, 485-2500 U/mL) than in patients with cancer (median, 117.0 U/mL; range, 0-2500 U/mL; P < 0.001). Specific subgroups, such as patients who received B cell–targeting therapy, showed impaired seroconversion. The authors suggest dedicated vaccination trials in patients with cancer.

4 octobre 2021

Townsend JP, Hassler HB, Wang Z, et al. The durability of immunity against reinfection by SARS-CoV-2: a comparative evolutionary study. Microbes 2021, published 1 October. Full text: https://doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00219-6

Durée de l'immunité contre la réinfection par le SARS-CoV-2 : une étude évolutive comparative. Des résultats avec une grande dispersion.

Combien de temps durera l'immunité contre le COVID-19 ? Ici, les auteurs utilisent des données sur la durabilité de l'immunité chez les proches parents du coronavirus du SRAS-CoV-2 (SARS-CoV-1, MERS-CoV, coronavirus humain 229E, OC43 et NL63) pour estimer les délais de réinfection. Ils concluent que « la réinfection par le SRAS-CoV-2 dans des conditions endémiques se produirait probablement entre 3 mois et 5,1 ans après le pic de réponse en anticorps, avec une médiane de 16 mois ».

How long will immunity against COVID-19 last? Here, the authors use data on the durability of immunity among close coronavirus relatives of SARS-CoV-2 (SARS-CoV-1, MERS-CoV, human coronavirus 229E, OC43, and NL63) to estimate times to reinfection. They conclude that “reinfection by SARS-CoV-2 under endemic conditions would likely occur between 3 months and 5.1 years after peak antibody response, with a median of 16 months.”

Shroff RT, Chalasani P, Wei R, et al. Immune responses to two and three doses of the BNT162b2 mRNA vaccine in adults with solid tumors. Nat Med. 2021 Sep 30. PubMed: https://pubmed.gov/34594036. Full text: https://doi.org/10.1038/s41591-021-01542-z

Réponses immunitaires à deux et trois doses du vaccin à ARNm BNT162b2 (Pfizer) chez les adultes atteints de tumeurs solides. 

Les auteurs rapportent des données à 1 semaine après une troisième immunisation avec le vaccin BioNTech/Pfizer chez 20 patients atteints de tumeurs solides. Seize patients ont présenté une augmentation médiane de trois fois les réponses des anticorps neutralisants, mais aucune amélioration n'a été observée dans les réponses des lymphocytes T. Les événements indésirables étaient bénins.

The authors report data at 1 week after a third immunization with the BioNTech/Pfizer vaccine in 20 patients with solid tumors. Sixteen patients demonstrated a median threefold increase in neutralizing antibody responses, but no improvement was observed in T cell responses. Adverse events were mild.

3 octobre 2021

Eyre DW, Taylor D, Purver M, et al. The impact of SARS-CoV-2 vaccination on Alpha & Delta variant transmission. medRxiv 2021, posted 29 September. Full text: https://doi.org/10.1101/2021.09.28.21264260

L'impact de la vaccination contre le SRAS-CoV-2 sur la transmission des variants Alpha et Delta. 

Les vaccins réduisent la transmission, mais l'importance peut varier selon le vaccin et la souche SARS-CoV-2. Données d'une étude de cohorte observationnelle rétrospective de 139 164 contacts de 51 798 cas index infectés par le SRAS-CoV-2.

Résultats : 51 798/139 164 (37,2 %) des contacts testés étaient positifs à la PCR. Deux doses de vaccins BNT162b2 (Pfizer) ou ChAdOx1 (AstraZeneca) dans les cas index du variant Alpha ont réduit indépendamment la positivité de la PCR chez les contacts (0,18 [IC à 95 % 0,12-0,29] et 0,37 [0,22-0,63] respectivement). Le variant Delta a atténué les réductions de transmission associées au vaccin : deux doses de BNT162b2 ont réduit la transmission du Delta (0,35[0,26-0,48]), plus que le ChAdOx1 (0,64[0,57-0,72] ; p<0,001). La variation de la charge virale (valeurs Ct) n'expliquait qu'une proportion modeste des réductions de transmission associées au vaccin. Les réductions de transmission ont diminué au fil du temps depuis la deuxième injection, atteignant pour le Delta des niveaux similaires à ceux des individus non vaccinés en 12 semaines pour le ChAdOx1 et s'atténuant considérablement pour le BNT162b2. La protection contre la vaccination chez les contacts a également diminué au cours des 3 mois suivant la deuxième vaccination.

Conclusions : la vaccination réduit la transmission du Delta, mais moins que celle du variant Alpha. L'impact de la vaccination diminue avec le temps. Des facteurs autres que la charge virale mesurée par PCR sont importants dans la réduction de la transmission associée au vaccin. Les vaccinations de rappel peuvent aider à contrôler la transmission et à prévenir les infections.

Vaccines reduce transmission, but the extent may vary with the vaccine and the SARS-CoV-2 strain. Data from a retrospective observational cohort study of 139,164 contacts of 51,798 SARS-CoV-2-infected index cases.

Dyson L, Hill EM, Moore S, et al. Possible future waves of SARS-CoV-2 infection generated by variants of concern with a range of characteristics. Nat Commun. 2021 Sep 30;12(1):5730. PubMed: https://pubmed.gov/34593807. Full text: https://doi.org/10.1038/s41467-021-25915-7

Futures vagues possibles d'infection par le SRAS-CoV-2 générées par des variants préoccupants présentant une gamme de caractéristiques. 

Comment les nouveaux variants façonneront-ils les futures vagues de COVID-19 ? Comme prévu, le modèle des auteurs démontre qu'une nouvelle souche avec une capacité de transmission substantielle par rapport aux variants résidents ou avec des propriétés d'échappement immunitaire, peut générer une vague d'infections et d'hospitalisations comparable aux vagues précédentes. « De plus, un variant moins transmissible, mais présentant un échappement immunitaire partiel, pourrait provoquer une vague d'infection qui ne serait révélée qu'une fois les mesures de contrôle assouplies. »

How will new variants shape future COVID-19 waves? As expected, the authors’ model demonstrate that a new strain with a substantial transmission advantage over resident variants, or with immune escape properties, can generate a wave of infections and hospitalizations comparable to previous waves. “Moreover, a variant that is less transmissible, but shows partial immune-escape could provoke a wave of infection that would not be revealed until control measures are further relaxed.”

Nguyen S, Chan R, Cadena J, et al. Budget constrained machine learning for early prediction of adverse outcomes for COVID-19 patients. Sci Rep. 2021 Oct 1;11(1):19543. PubMed: https://pubmed.gov/34599200. Full text: https://doi.org/10.1038/s41598-021-98071-z

Les auteurs présentent une méthode pour évaluer le risque de détérioration chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2 au moment de l'évaluation clinique. L'étude suggère que "les variables qui prédisaient le mieux la mortalité étaient l'âge avancé, une urémie élevée, une kaliémie élevée, une pression artérielle diastolique élevée et des taux élevés de D-dimères".

The authors present a method to evaluate risk of deterioration for patients with SARS-CoV-2 infection at the time of clinical evaluation. The study suggests that “the variables that best predicted mortality as the outcome were older age, elevated BUN, elevated serum potassium, elevated diastolic blood pressure, and elevated D-dimer levels.”

Publié dans Covid-19, bibliographie

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