Revue de bibliographie quotidienne Covid-19 (archive du 27 août au 2 octobre 2021)

Publié par Bernard Pradines

Sans me livrer à une vraie revue de la littérature scientifique, je repère surtout les publications qui me semblent dignes d’intérêt depuis le 18 mars 2021 (voir les archives 1, archives 2 , archive 3) dans le listing quotidien de Kamps et Hoffmann : https://covidreference.com/top10

Remarques en français en caractères bleus.

A noter que les mises à jour de cette page ne feront pas systématiquement l'objet d'un avis de publication par courriel comme les autres articles.

2 octobre 2021

 Choi A, Koch M, Wu K, et al. Serum Neutralizing Activity of mRNA-1273 Against SARS-CoV-2 Variants. J Virology 22 September 2021. https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.01313-21

Activité de neutralisation du sérum de l'ARNm-1273 (MODERNA) contre les variants du SRAS-CoV-2. 

Effets minimes sur les titres de neutralisation contre Alpha. D'autres COV tels que Beta, Gamma et Delta, ont montré des titres de neutralisation significativement réduits allant de 2,1 à 8,4 fois par rapport au D614G, bien que tous soient restés sensibles à la neutralisation sérique induite par l'ARNm-1273.

Minimal effects on neutralization titers against Alpha. Other VOCs such as Beta, Gamma and Delta, showed significantly decreased neutralization titers ranging from 2.1-fold to 8.4-fold reductions compared with D614G, although all remained susceptible to mRNA-1273–elicited serum neutralization.

 

Feng S, Phillips DJ, White T, et al. Correlates of protection against symptomatic and asymptomatic SARS-CoV-2 infection. Nat Med September 29, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01540-1

Corrélations de protection contre l'infection symptomatique et asymptomatique du SRAS-CoV-2. 

En utilisant les données de 171 cas et 1 404 témoins, cette étude montre que des titres plus élevés d'IgG anti-spike, d'IgG anti-RBD et d'anticorps neutralisants étaient tous associés à un risque plus faible de maladie symptomatique. Les auteurs pensent que leurs corrélations d'efficacité vaccinale pourraient être utilisés pour extrapoler l'efficacité aux données d'immunogénicité pour de nouveaux vaccins. Cependant, les données étaient basées sur des cas de COVID-19 détectés dans une population principalement blanche au Royaume-Uni, qui étaient principalement dus à des variantes Alpha.

Using data from 171 cases and 1,404 controls, this study shows that higher anti-spike IgG, anti-RBD IgG, and neutralizing antibody titers were all associated with lower risk of symptomatic disease. The authors believe that their correlates of vaccine efficacy could be used to extrapolate efficacy to immunogenicity data for novel vaccines. However, data were based on cases of COVID-19 detected in a mainly white population in the United Kingdom, which were mostly due to Alpha variants.

1er octobre 2021

Vague ou vaguelette ? Sélectionner la France pour la situation dans notre pays.

Agrawal U, Katikireddi SK, McCowan C, et al. COVID-19 hospital admissions and deaths after BNT162b2 and ChAdOx1 nCoV-19 vaccinations in 2.57 million people in Scotland (EAVE II): a prospective cohort study. Lancet Resp Med September 29, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00380-5/fulltext

Admissions et décès à l'hôpital pour COVID-19 après les vaccinations BNT162b2 (Pfizer) et ChAdOx1 nCoV-19 (AstraZeneca) chez 2,57 millions de personnes en Écosse (EAVE II): une étude de cohorte prospective. 

Cette analyse au niveau national a révélé qu'à 14 jours ou plus après la première dose de vaccin, il y avait eu 883 admissions pour COVID-19 à l'hôpital et 541 décès chez près de 2,57 millions de personnes en Écosse. Seuls 39 décès et hospitalisations ont été constatés parmi les personnes ayant reçu une deuxième dose de vaccin, ce qui s'est traduit par un taux d'événements de 0,9 pour 1 000 années-personnes. Les taux étaient plus élevés avec le BNT162b2, mais les auteurs n'ont pas été en mesure de faire des comparaisons robustes entre les deux vaccins en raison de leur utilisation différente au cours de la période d'étude.

This national-level analysis found that at 14 days or longer since the first vaccine dose, there were 883 COVID-19 admissions to hospital and 541 deaths in almost 2.57 million individuals in Scotland. Only 39 deaths and hospitalizations were found among individuals who received a second vaccine dose, which translated into an event rate of 0.9 per 1000 person-years. Rates were higher with BNT162b2, but the authors were unable to make robust comparisons between the two vaccines because of differential use of the two deployed vaccines during the study period.

Zhang X, Wang F, Shen Y, et al. Symptoms and Health Outcomes Among Survivors of COVID-19 Infection 1 Year After Discharge From Hospitals in Wuhan, China. JAMA Netw Open September 29, 2021; 4(9):e2127403. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2784558

Symptômes et conséquences pour la santé des survivants de l'infection COVID-19 un an après leur sortie des hôpitaux de Wuhan, en Chine. 

Sur 2 433 patients avec un suivi d'un an, 1095 (45,0 %) ont signalé au moins un symptôme. Les symptômes les plus courants étaient la fatigue, la sudation, l'oppression thoracique, l'anxiété et les myalgies. L'âge avancé, le sexe féminin et une maladie grave pendant le séjour à l'hôpital étaient associés à des risques plus élevés de fatigue. Il est à noter que 4,2% des patients ont signalé des palpitations, ce qui peut indiquer des dommages à long terme de la COVID-19 sur le système cardiovasculaire.

Long-term follow-up from Wuhan. Of 2,433 patients with 1-year follow-up, 1095 (45.0%) reported at least one symptom. The most common symptoms included fatigue, sweating, chest tightness, anxiety, and myalgia. Older age, female sex, and severe disease during hospital stay were associated with higher risks of fatigue. Of note, 4.2% of patients reported palpitations, which may point to long-term damage of COVID-19 to the cardiovascular system.

30 septembre 2021

Glatman-Freedman A, Hershkovitz Y, Kaufman Z, et al. Effectiveness of BNT162b2 vaccine in adolescents during outbreak of SARS-CoV-2 Delta variant infection, Israel, 2021. Emerg Infect Dis September 27, 2021. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/11/21-1886_article

Efficacité du vaccin BNT162b2 chez les adolescents lors d'une éclosion d'infections au variant du SRAS-CoV-2 Delta, Israël, 2021. 

Étude de cohorte rétrospective à l'échelle nationale, montrant une efficacité du vaccin contre l'infection par le SRAS-CoV-2 confirmée en laboratoire chez 88 % des adolescents au cours de la quatrième semaine.

Nationwide retrospective cohort study, showing a crude vaccine effectiveness against laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection of 88% in the fourth week among adolescents.

29 septembre 2021

Sánchez van Kammen M, Aguiar de Sousa D, Poli S, et al. Characteristics and Outcomes of Patients With Cerebral Venous Sinus Thrombosis in SARS-CoV-2 Vaccine–Induced Immune Thrombotic Thrombocytopenia. JAMA Neurology September 28, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamaneurology/fullarticle/2784622?resultClick=1

Caractéristiques cliniques des patients atteints de thrombose du sinus veineux cérébral avec syndrome de thrombocytopénie après la vaccination contre le SRAS-CoV-2.

Dans cette étude de cohorte de 116 patients atteints de thrombose d'un sinus veineux cérébral après vaccination contre le SRAS-CoV-2, 78 (67,2 %) avaient une thrombose avec  thrombocytopénie ; 76 avaient reçu le vaccin d'AstraZeneca. Les patients atteints de thrombose avec  thrombocytopénie étaient fréquemment comateux à la présentation (24 %) et présentaient souvent une hémorragie intracérébrale (68 %) et une maladie thromboembolique concomitante (36 %); 47 % sont décédés pendant l'hospitalisation.

Les patients atteints de thrombose d'un sinus veineux cérébral après la vaccination contre le SRAS-CoV-2 qui répondaient aux critères de thrombose avec  thrombocytopénie avaient un profil clinique distinct et un taux de mortalité élevé.

International registry of 116 CVST cases occurring after SARS-CoV-2 vaccination, among them 78 cases with CVST-TTS (76 had received ChAdOx1 nCov-19 vaccine from AstraZeneca). These patients had a clinical profile distinct from patients with CVST before the COVID-19 pandemic, with high rates of coma and intracerebral hemorrage and a high mortality rate.

28 septembre 2021

Jehn M, McCullough JM, Dale AP, et al. Association Between K–12 School Mask Policies and School-Associated COVID-19 Outbreaks — Maricopa and Pima Counties, Arizona, July–August 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep September 24, 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7039e1.htm?s_cid=mm7039e1_w

Association entre les politiques de masques scolaires de la maternelle à la 12e année et les épidémies de COVID-19 associées à l'école - Comtés de Maricopa et Pima, Arizona, juillet-août 2021. 

Encore des doutes ? S'il vous plaît transmettre à tous vos amis, en particulier aux sceptiques du masque ! Après ajustement pour les facteurs de confusion potentiels, les chances d'une épidémie de COVID-19 associée à l'école dans les écoles sans obligation de masque étaient 3,5 fois plus élevées que celles dans les écoles avec obligation de masque (IC à 95 % : 1,8 à 6,9).

Still any doubts? Please forward to all your friends, especially the mask-doubters! After adjusting for potential confounders, the odds of a school-associated COVID-19 outbreak in schools without a mask requirement were 3.5 times higher than those in schools with an early mask requirement (95% CI: 1.8–6.9).

27 septembre 2021

Nemani K, Conderino S, Marx J, et al. Association Between Antipsychotic Use and COVID-19 Mortality Among People With Serious Mental Illness. JAMA Psychiatry. 2021; https://jamanetwork.com/journals/jamapsychiatry/fullarticle/2784469?resultClick=1

Dans cette étude de cohorte de 464 adultes atteints de maladie mentale grave diagnostiqués avec une infection au COVID-19 dans  la ville de New York, le traitement antipsychotique n'était pas associé à un risque accru de mortalité.

In this cohort study of 464 adults with serious mental illness diagnosed with COVID-19 infection in a New York City medical system, antipsychotic treatment was not associated with an increased risk of mortality.

26 septembre 2021

Pilishvili T, Gierke R, Fleming-Dutra KE, et al.  Effectiveness of mRNA Covid-19 Vaccine among U.S. Health Care Personnel. NEJM September 22, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2106599?query=featured_home

 Efficacité des vaccins à ARNm Covid-19 parmi le personnel de santé américain. 

Parmi 1482 cas et 3449 participants témoins, l'efficacité du vaccin d'une vaccination complète était de 88,8 % (IC à 95 %, 84,6 à 91,8) avec le vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) et de 96,3 % (IC à 95 %, 91,3 à 98,4) avec l'ARNm- Vaccin 1273 (MODERNA).

Among 1482 case and 3449 control participants, vaccine effectiveness for complete vaccination was 88.8% (95% CI, 84.6 to 91.8) with the BNT162b2 vaccine (Pfizer–BioNTech) and 96.3% (95% CI, 91.3 to 98.4) with the mRNA-1273 vaccine (MODERNA).

Haas EJ, McLaughlin JM, Khan F, et al. Infections, hospitalisations, and deaths averted via a nationwide vaccination campaign using the Pfizer–BioNTech BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine in Israel: a retrospective surveillance study. Lancet Inf Dis September 22, 2021. https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00566-1/fulltext

Infections, hospitalisations et décès évités grâce à une campagne de vaccination nationale utilisant le vaccin Pfizer-BioNTech BNT162b2 mRNA COVID-19 en Israël : une étude de surveillance rétrospective. 

Sans la campagne nationale de vaccination, Israël aurait probablement enregistré le triple du nombre d'hospitalisations et de décès par rapport à ce qui s'est réellement produit lors de sa plus grande vague de pandémie à ce jour, et le système de santé aurait pu être submergé.

Without the national vaccination campaign, Israel probably would have had triple the number of hospitalisations and deaths compared with what actually occurred during its largest wave of the pandemic to date, and the health-care system might have become overwhelmed.

Nunes B, Rodrigues AP, Kislaya I, et al. mRNA vaccine effectiveness against COVID-19-related hospitalisations and deaths in older adults: a cohort study based on data linkage of national health registries in Portugal, February to August 2021. Euro Surveill. 2021;26(38):pii=2100833. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.38.2100833

Efficacité du vaccin à ARNm contre les hospitalisations et les décès liés au COVID-19 chez les personnes âgées : une étude de cohorte basée sur le couplage des données des registres nationaux de santé au Portugal, de février à août 2021. 

Efficacité élevée du vaccin à ARNm chez les personnes âgées au Portugal, à l'appui des données d'Israël et des États-Unis. Il est à noter qu'il n'y avait aucune preuve de réduction de l'efficacité vacciname jusqu'à 3 mois après la deuxième dose et pendant la période de circulation du variant Delta.

High mRNA vaccine effectiveness in older people in Portugal, supporting data from Israel and U.S. Of note, there was no evidence of VE reduction up to 3 months after the second dose and during the period of Delta variant circulation.

Wagner CE, Saad-Roy CM, Morris SE, et al. Vaccine nationalism and the dynamics and control of SARS-CoV-2. Science September 24, 2021, Vol. 373, NO. 656224. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj7364

Nationalisme vaccinal, dynamique et contrôle du SARS-CoV-2. 

Canada et USA : l'étude de modélisation complexe montre qu'une répartition inégale des vaccins entraînera une transmission soutenue et une augmentation du nombre de cas dans les régions où la disponibilité des vaccins est faible et donc une charge clinique associée plus élevée par rapport à une population vaccinée. De plus, dans certains scénarios, une transmission locale soutenue pourrait conduire à un potentiel accru d'évolution antigénique. Traduisez : des variants.

Complex modeling study showing that unequal vaccine allocation will result in sustained transmission and increased case numbers in regions with low vaccine availability and thus to a higher associated clinical burden compared with a vaccinated population. Moreover, under certain scenarios, sustained local transmission could lead to an increased potential for antigenic evolution.

25 septembre 2021

Siemieniuk RA, Bartoszko JJ, Díaz Martinez JP, et al. Antibody and cellular therapies for treatment of covid-19: a living systematic review and network meta-analysis. BMJ September 23, 2021;374:n2231. https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2231

Anticorps et thérapies cellulaires pour le traitement du covid-19 : une revue systématique vivante et une méta-analyse en réseau. 

Revue de 47 essais : chez les patients atteints de COVID-19 non sévère, l'association casirivimab-imdevimab réduit probablement l'hospitalisation ; bamlanivimab-etesevimab, bamlanivimab et sotrovimab peuvent réduire les hospitalisations. Le plasma de convalescent, les immunoglobulines IV, d'autres anticorps et interventions cellulaires peuvent ne pas conférer de bénéfice significatif.

Review of 47 trials: in patients with non-severe COVID-19, casirivimab-imdevimab probably reduces hospitalization; bamlanivimab-etesevimab, bamlanivimab, and sotrovimab may reduce hospitalization. Convalescent plasma, IVIg, and other antibody and cellular interventions may not confer any meaningful benefit.

24 septembre 2021

Abishek C, Liu J, Yu J, et al. Prior infection with SARS-CoV-2 WA1/2020 partially protects rhesus macaques against re-infection with B.1.1.7 and B.1.351 variants. Science Translational Medicine September 21, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abj2641

Une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 WA1/2020 (souche de référence) protège partiellement les macaques rhésus contre la réinfection par les variants B.1.1.7 et B.1.351. 

Il s'agissait d'une étude sur 27 braves macaques rhésus adultes d'origine indienne, démontrant que l'immunité naturelle induite par la souche de Wuhan offre une solide protection à court terme contre la réinfection avec la même souche SARS-CoV-2 mais réduit la protection contre certaines variantes du SARS-CoV-2. Une réduction d'efficacité plus importante a été observée contre le B.1.351 (Sud-Africain) par rapport au B.1.1.7 (anglais)

This was a study on 27 brave Indian-origin adult rhesus macaques, demonstrating that natural immunity induced by the Wuhan strain provides robust short-term protection against re-challenge with the same SARS-CoV-2 strain but reduces protection against re-challenge with certain SARS-CoV-2 variants. A greater reduction of efficacy was observed against B.1.351 as compared with B.1.1.7.

23 septembre 2021

Hagan LM, McCormick DW, Lee C, et al. Outbreak of SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) Variant Infections Among Incarcerated Persons in a Federal Prison — Texas, July–August 2021. MMWR 21 September 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7038e3.htm?s_cid=mm7038e3_w

Éclosion d'infections variantes du SRAS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) parmi les personnes incarcérées dans une prison fédérale - Texas, juillet-août 2021. 

Mauvaise nouvelle de cette prison fédérale du Texas. Lors d'une épidémie impliquant le variant Delta, la transmission était incroyablement élevée parmi les personnes vaccinées (70 %) et non vaccinées (93 %). Bien que les hospitalisations, les décès et les taux d'attaque aient été plus élevés chez les personnes non vaccinées que chez les personnes vaccinées, la période de résultats positifs des tests PCR en série était similaire entre ces deux groupes. Cela souligne l'importance de mettre en œuvre et de maintenir plusieurs stratégies de prévention de la COVID-19.

Bad news from this federal prison in Texas. During an outbreak involving the Delta variant, transmission was incredibly high among vaccinated (70%) and unvaccinated (93%) persons. Although hospitalizations, deaths, and attack rates were higher among unvaccinated than vaccinated persons, the duration of positive serial PCR test results was similar between these two groups, and infectious virus was cultured from both vaccinated and unvaccinated participants. This underscores the importance of implementing and maintaining multiple COVID-19 prevention strategies.

Sokal A, Barba-Spaeth G, Fernández I, et al. mRNA vaccination of naive and COVID-19-recovered individuals elicits potent memory B cells that recognize SARS-CoV-2 variants. Immunity September 20, 2021. https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(21)00396-4

 La vaccination par l'ARNm d'individus sans et après COVID-19 induit de puissantes cellules B mémoires qui reconnaissent les variantes du SRAS-CoV-2. 

Bien que les individus n'ayant pas eu la covid aient eu des réponses sériques neutralisantes plus faibles que les patients après covid, bon nombre de leurs cellules B mémoire spécifiques au RDB présentaient une affinité élevée envers plusieurs variants préoccupants, y compris les Delta et Beta. Ces données suggèrent que les vaccinés n'ayant pas eu la covid pourraient mobiliser de telles cellules et leur permettre de répondre efficacement aux variants préoccupants.

Although naïve individuals had weaker neutralizing serum responses than recovered patients, many of their RBD-specific memory B cells (MBCs) displayed high affinity towards multiple variants of concern (VOCs), including Delta and Beta. These data suggest that an additional challenge in naive vaccinees could recall such affinity-matured MBCs and allow them to respond efficiently to VOCs.

22 septembre 2021

Reif J, Heun-Johnson H, Tysinger B, et al. Measuring the COVID-19 Mortality Burden in the United States. Ann Int Med September 21, 2021. https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M21-2239

Mesurer le fardeau de la mortalité liée au COVID-19 aux États-Unis. 

En 1 an environ, la pandémie de COVID-19 a entraîné la moitié de la mortalité prématurée causée par tous types de cancers confondus ou toutes maladies cardiovasculaires confondues. Cette étude de modélisation a estimé que la pandémie de COVID-19 aux États-Unis a entraîné 9,08 millions d'années de vie perdues jusqu'au 13 mars 2021. À titre de comparaison, les Américains ont perdu environ 15,4 millions d'années de vie à cause des cancers et environ 14,7 millions à cause des maladies cardiovasculaires en 2019.

In approximately 1 year, the COVID-19 pandemic resulted in half the premature mortality caused by all cancer types combined or all cardiovascular diseases combined. This modeling study estimated that the US COVID-19 pandemic resulted in 9.08 million YLL through 13 March 2021. By comparison, Americans lost an estimated 15.4 million YLL from cancer and an estimated 14.7 million from cardiovascular diseases in 2019.

21 septembre 2021

Self WH, Tenforde MW, Rhoads JP, et al. Comparative Effectiveness of Moderna, Pfizer-BioNTech, and Janssen (Johnson & Johnson) Vaccines in Preventing COVID-19 Hospitalizations Among Adults Without Immunocompromising Conditions — United States, March–August 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 17 September 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7038e1.htm?s_cid=mm7038e1_w

Efficacité comparative des vaccins Moderna, Pfizer-BioNTech et Janssen (Johnson & Johnson) dans la prévention des hospitalisations liées au COVID-19 chez les adultes non immunodéprimés - États-Unis.

L'efficacité du vaccin contre les hospitalisations liées au COVID-19 du 11 mars au 15 août 2021 était plus élevée pour le vaccin Moderna (93 %) que pour le vaccin Pfizer-BioNTech (88 %) et le vaccin Janssen (71 %). Cependant, comme pour toutes les données du "monde réel", un facteur confondant est possible.

Vaccine effectiveness against COVID-19 hospitalization during March 11–August 15, 2021, was higher for the Moderna vaccine (93%) than the Pfizer-BioNTech vaccine (88%) and the Janssen vaccine (71%). However, as with all real-world data, residual confounding is possible.

Warren CM, Snow TT, Lee AS, et al. Assessment of Allergic and Anaphylactic Reactions to mRNA COVID-19 Vaccines With Confirmatory Testing in a US Regional Health System. JAMA Netw Open September 17, 2021;4(9):e2125524. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2784268?resultClick=1

 Évaluation des réactions allergiques et anaphylactiques aux vaccins à ARNm contre la COVID-19 avec des tests de confirmation dans un système de santé régional américain. 

Les tests immunologiques de 22 patients suspects d'allergie au vaccin suggèrent que les réactions allergiques non IgE-médiées au polyéthylène glycol peuvent être responsables de nombreux cas d'allergie aux vaccins à ARNm.

Immunological testing of 22 patients with suspected vaccine allergy suggests that non–IgE-mediated allergic reactions to polyethylene glycol may be responsible for many cases of allergy to mRNA vaccines.

Hippisley-Cox J, Coupland CA, Mehta N, et al. Risk prediction of covid-19 related death and hospital admission in adults after covid-19 vaccination: national prospective cohort study. BMJ September 19, 2021. https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2244

Prédiction du risque de décès et d'hospitalisation liés au covid-19 chez les adultes après la vaccination contre le covid-19 : étude de cohorte prospective nationale au Royaume-Uni. 

Les auteurs ont identifié une série de facteurs de risque cliniques importants liés à une évolution grave du COVID-19 chez les personnes vaccinées. Dans cet ensemble de données nationales liées à plus de 6,9 millions d'adultes, les rapports de risque étaient les plus élevés pour les personnes atteintes du syndrome de Down (trisomie 21), avec transplantation rénale, drépanocytose, ou résidents en établissements de soins, si chimiothérapie, transplantation récente de moelle osseuse ou transplantation d'organe solide, VIH/SIDA, démence , maladie de Parkinson, troubles neurologiques et cirrhose du foie.

The authors identified a range of important clinical risk factors for severe COVID-19 outcomes in vaccinated people. In this national linked dataset from more than 6.9 million adults, risk ratios were highest for people with Down’s syndrome, kidney transplantation, sickle cell disease, care home residency, chemotherapy, recent bone marrow transplantation or solid organ transplantation ever, HIV/AIDS, dementia, Parkinson’s disease, neurological conditions, and liver cirrhosis.

Reiterer M, Rajan M, Gómez-Banoy N, et al. Hyperglycemia in Acute COVID-19 is Characterized by Insulin Resistance and Adipose Tissue Infectivity by SARS-CoV-2. Cell Report September 15, 2021. https://www.cell.com/cell-metabolism/fulltext/S1550-4131(21)00428-9

 L'hyperglycémie dans la COVID-19 aiguë est caractérisée par la résistance à l'insuline et l'infectivité du tissu adipeux par le SARS-CoV-2. 

Cette étude importante suggère que le SRAS-CoV-2 peut déclencher un dysfonctionnement du tissu adipeux pour entraîner une résistance à l'insuline et des résultats indésirables dans le cas de COVID-19 aigu.

Une voie explicative pour la vulnérabilité accrue des obèses ?

This important study suggests that SARS-CoV-2 may trigger adipose tissue dysfunction to drive insulin resistance and adverse outcomes in acute COVID-19.

20 septembre 2021

Seedat S, Chemaitelly H, Ayoub HH, et al. SARS-CoV-2 infection hospitalization, severity, criticality, and fatality rates in Qatar. Sci Rep September 14, 2021, 11, 18182. https://doi.org/10.1038/s41598-021-97606-8

With Qatar’s young population, overall SARS-CoV-2 severity and fatality were not high with < 4 infections in every 1000 being severe or critical and < 2 in every 10,000 being fatal. However, the authors argue that these rates would have been much higher if Qatar’s population had the demographic structure of Europe or the United States.

Sans surprise, la pandémie ne revêt pas la même sévérité selon la population atteinte, en particulier quant à sa structure d'âge.

Iroungou BA, Mangouka LG, Bivigou-Mboumba B, et al. Demographic and Clinical Characteristics Associated With Severity, Clinical Outcomes, and Mortality of COVID-19 Infection in Gabon. JAMA Netw Open September 14, 2021; 4(9):e2124190. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2784059?resultClick=1

Same findings from Gabon. Young people, only a few severe infections.

19 septembre 2021

Blanquart F, Abad C, Ambroise J, et al. Characterisation of vaccine breakthrough infections of SARS-CoV-2 Delta and Alpha variants and within-host viral load dynamics in the community, France, June to July 2021. Euro Surveill September 15, 2021;26(37). https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.37.2100824

Caractérisation des infections avec résistance au vaccin des variants Delta et Alpha du SRAS-CoV-2 et dynamique de la charge virale au sein de l'hôte dans la communauté, France, juin à juillet 2021. 

Une étude française, confirmant d'autres rapports sur le Delta : une charge virale plus élevée, une durée d'infection plus longue et, probablement le plus important, des valeurs similaires chez les individus complètement vaccinés et ceux qui ne l'étaient pas.

Le contrôle de l'épidémie peut nécessiter des mesures similaires pour les individus vaccinés symptomatiques positifs à la PCR et pour les individus infectés non vaccinés. Cela reste vrai même s'il y a effectivement une baisse tardive de la charge virale plus rapide chez les individus vaccinés, car la plupart des transmissions auraient déjà eu lieu.

A French study, confirming other reports on Delta: higher viral load, longer duration of infection and, probably most important, similar values among fully vaccinated individuals and those who were not.

18 septembre 2021

Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M, et al. Protection of BNT162b2 Vaccine Booster against Covid-19 in Israel. NEJM September 15, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255?query=featured_home

Données importantes du ministère israélien de la Santé sur une troisième injection (« booster »). Parmi les 1 137 804 personnes âgées de 60 ans ou plus et ayant été complètement vaccinées (deux doses de BNT162b2 = Pfizer) au moins 5 mois plus tôt, le taux d'infection confirmée était inférieur d'un facteur 11,3 dans le groupe ayant eu un rappel (troisième injection); le taux de maladie grave était inférieur d'un facteur 19,5. Bien que des biais puissent ne pas avoir été mesurés ou corrigés de manière adéquate, ces données plaident fortement en faveur d'une troisième injection chez les personnes âgées.

Paper of the day, providing important data from the Israeli Ministry of Health on a third shot (“booster”). Among 1,137,804 persons who were 60 years of age or older and had been fully vaccinated (two doses of BNT162b2) at least 5 months earlier, the rate of confirmed infection was lower in the booster group by a factor of 11.3; the rate of severe illness was lower by a factor of 19.5. Though sources of bias may not have been measured or corrected for adequately, these data strongly argue for a third shot in the elderly.

Facteur de réduction du taux d'infection confirmée chez les participants qui ont reçu une troisième dose (rappel) du vaccin BNT162b2 par rapport à ceux qui n'ont pas reçu de dose de rappel, selon le nombre de jours après l'administration de la dose de rappel . En raison des larges intervalles de confiance, seuls les jours de 1 à 25 sont affichés.

Shown is the factor reduction in the rate of confirmed infection among participants who received a third (booster) dose of the BNT162b2 vaccine as compared with those who did not receive a booster dose, according to the number of days after the administration of the booster dose. Because of wide confidence intervals, only days 1 through 25 are shown.

Thomas SJ, Moreira ED, Kitchin N, et al. Safety and Efficacy of the BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccine through 6 Months. NEJM September 15, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2110345?query=featured_home

International : suivi du grand essai de phase III (publié il y a quelques mois), montrant une baisse progressive de l'efficacité du vaccin Pfizer au fil du temps. L'efficacité a culminé à 96,2 % pendant l'intervalle de 7 jours à moins de 2 mois après la deuxième dose et a diminué progressivement jusqu'à 83,7 % de 4 mois après la deuxième dose à la date limite des données - une baisse moyenne d'environ 6 % tous les 2 mois.

Follow up of the large Phase III RCT (published a few months ago), showing a gradual decline in vaccine efficacy over time. Efficacy peaked at 96.2% during the interval from 7 days to less than 2 months after the second dose and declined gradually to 83.7% from 4 months after the second dose to the data cutoff date — an average decline of approximately 6% every 2 months.

Salih F, Schönborn L, Kohler S, et al. Vaccine-Induced Thrombocytopenia with Severe Headache. NEJM September 15, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2112974?query=featured_home

Petites séries de cas, fournissant des preuves que la thrombocytopénie induite par le vaccin (VIT) sans thrombose du sinus veineux cérébral associée et avec des maux de tête sévères peut précéder le VITT (« syndrome pré-VITT »). Les auteurs avertissent que les patients qui présentent des maux de tête sévères 5 à 20 jours après la vaccination par le vecteur adénoviral (en France AstraZeneca et Janssen)  devraient bénéficier immédiatement de la recherche d'une thrombocytopénie et du taux de D-dimères.

Small case series, providing some evidence that vaccine-induced thrombocytopenia (VIT) without associated cerebral venous sinus thrombosis and with severe headache as the heraldic symptom may precede VITT (“pre-VITT syndrome”). The authors argue that patients who present with severe headache 5 to 20 days after adenovirus vector vaccination should undergo immediate testing for thrombocytopenia and d-dimer levels.

17 septembre 2021

Mateus J, Dan JM, Zhang Z, et al. Low-dose mRNA-1273 COVID-19 vaccine generates durable memory enhanced by cross-reactive T cells. Science September 14, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj9853

En étudiant 35 sujets vaccinés jusqu'à 7 mois, ce groupe de recherche de La Jolla, aux États-Unis, a découvert qu'une vaccination à deux doses de 25 g d'ARNm-1273 (Moderna) générait une mémoire immunitaire avec un pic comparable à celle de l'infection par le SRAS-CoV-2 pour les anticorps, CD4+ Cellules T et cellules T CD8+. De plus, les réponses immunitaires ont été considérablement améliorées par la présence d'une mémoire cellulaire T CD4+ à réaction croisée préexistante.

Remarque : pour le public, seul compte souvent le taux d'anticorps qui représente de manière non automatique  l'immunité humorale. Il existe pourtant un autre type d'immunité, cellulaire celle-ci, qui est portée essentiellement par des lymphocytes. La complexité est au bout du chemin de celle ou de celui qui veut comprendre ces mécanismes.

Studying 35 vaccinated subjects out to 7 months, this research group from La Jolla, US found that a two dose 25 μg mRNA-1273 vaccination (Moderna) generated immune memory against spike comparable to that of SARS-CoV-2 infection for antibodies, CD4+ T cells, and CD8+ T cells. Furthermore, immune responses were significantly enhanced by the presence of pre-existing cross-reactive CD4+ T cell memory.

Lee S, Yu Y, Trimpert J. et al. Virus-induced senescence is driver and therapeutic target in COVID-19. Nature September 13, 2021. https://www.nature.com/articles/s41586-021-03995-1#author-information

La sénescence induite par le virus (VIS) n'est pas différentiable des autres formes de sénescence cellulaire et se compose de cytokines pro-inflammatoires, de facteurs actifs de la matrice extracellulaire et de médiateurs procoagulants. Cette étude identifie le VIS comme un déclencheur pathogène de l'escalade des cytokines et des dommages aux organes liés au COVID-19, et suggère le ciblage "sénolytique" des cellules infectées par le virus comme une nouvelle option de traitement.

Virus-induced senescence (VIS) is indistinguishable from other forms of cellular senescence and composed of pro-inflammatory cytokines, extracellular matrix-active factors and pro-coagulatory mediators. This study marks VIS as a pathogenic trigger of COVID-19-related cytokine escalation and organ damage, and suggests senolytic targeting of virus-infected cells as a novel treatment option.

16 septembre 2021

Gesundheit II

Gesundheit II

Adenaiye OO, Lai J, Bueno de Mesquita J, et al. Infectious SARS-CoV-2 in Exhaled Aerosols and Efficacy of Masks During Early Mild Infection. Clinical Infectious Diseases September 14, 2021, ciab797, https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab797/6370149

 SARS-CoV-2 infectieux dans les aérosols expirés et efficacité des masques au cours d'une infection légère précoce. 

Personne ne peut plus dire que les masques n'ont pas été étudiés : Oluwasanmi Adenaiye et ses collègues ont recruté 49 cas de COVID-19 pour donner du sang, de la salive, des écouvillons du cornet moyen et de dépôts sur objet inerte (téléphone) et des échantillons d'haleine de 30 minutes tout en vocalisant  avec et sans masques dans une machine utilisée habituellement pour la grippe jusqu'à deux visites à deux jours d'intervalle. Les masques ont réduit l'ARN viral de 48 % dans les aérosols fins et de 77 % dans les aérosols plus gros ; les masques en tissu et chirurgicaux n'étaient pas significativement différents. Le variant Alpha (anglais) a été associé à une augmentation de 43 fois de l'ARN viral en aérosol fin.

A heroic study and without a doubt the paper of the day. No one can say anymore that masks have not been studied: Oluwasanmi Adenaiye and colleagues recruited 49 COVID-19 cases to give blood, saliva, mid-turbinate and fomite (phone) swabs, and 30-minute (!) breath samples while vocalizing into a Gesundheit-II, with and without masks at up to two visits two days apart. Masks reduced viral RNA by 48% in fine aerosols and by 77% in coarse aerosols; cloth and surgical masks were not significantly different. The Alpha variant was associated with a 43-fold increase in fine aerosol viral RNA.

Van Praet JT, Vandecasteele S, De Roo A, et al. Dynamics of the cellular and humoral immune response after BNT162b2 mRNA Covid-19 vaccination in Covid-19 naive nursing home residents. J Infect Dis September 13, 2021; jiab458, https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab458/6369254

Belgique : dynamique de la réponse immunitaire cellulaire et humorale après vaccination par Pfizer chez des résidents des maisons de retraite n'ayant pas contracté l'affection.

Parmi ces résidents des maisons de retraite après la vaccination par Pfizer, les réponses immunitaires, humorales et cellulaires, ont significativement diminué en 24 semaines et étaient considérablement inférieures à celles des soignants à tout moment. La demi-vie de la réponse en anticorps n'était que de 47 jours, ce qui indique une réaction immunitaire quantitativement plus faible et une durée de protection plus courte pour les résidents.

Among nursing home residents after BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccination, both humoral and cellular responses significantly decreased over the course of 24 weeks and were substantially lower than those of healthcare workers at all time points. The half-life of the antibody response was only 47 days, indicating a quantitatively lower immune reaction and shorter duration of protection for the residents.

15 septembre 2021

Burugorri-Pierre C, Lafuente-Lafuente C, Oasi C, et al. Investigation of an Outbreak of COVID-19 in a French Nursing Home With Most Residents Vaccinated. JAMA Netw Open September 13, 2021; 4:e2125294. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2783985?resultClick=1

Enquête sur une épidémie de COVID-19 dans une maison de retraite française avec la plupart des résidents vaccinés. 

Une épidémie à Biscarrosse, en France, due au variante B.1.1.7 (variant anglais) indique que la vaccination contre le SRAS-CoV-2 pourrait ne pas être suffisante comme seul moyen de prévenir le COVID-19 dans les maisons de retraite. Sur 74 résidents, 70 étaient totalement vaccinés et 2 partiellement vaccinés. Parmi les 17 résidents infectés, un n'était pas vacciné, deux l'étaient partiellement et 14 étaient complètement vaccinés. Huit résidents ont développé une maladie grave, 2 ont été hospitalisés et 1 personne (le résident non vacciné) est décédée.

An outbreak in Biscarrosse, France, due to the B.1.1.7 variant, indicating that SARS-CoV-2 vaccination may not be sufficient as the sole means to prevent COVID-19 in nursing homes. Of 74 residents, 70 were fully and 2 were partially vacccinated.  Among the 17 infected residents, one was unvaccinated, two were partially and were 14 fully vaccinated. Eight residents developed severe disease, 2 were hospitalized, and 1 individual (the unvaccinated resident) died.

Texte complet :

Dyer O. Covid-19: Hospital may cease giving patient ivermectin, US court rules, as prescriptions soar. BMJ 2021; https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2228

L'hôpital pourrait cesser de donner de l'ivermectine aux patients, selon les règles d'un tribunal américain, alors que les ordonnances montent en flèche.

Lisez ici à quel point les gens peuvent être fous (c'est-à-dire ceux qui pensent que les vaccins sont trop «expérimentaux» et qui poursuivent ensuite un hôpital pour obtenir un traitement à l'ivermectine).

Read here how crazy people can be (i.e. people who believe vaccines are too “experimental” and then sue a hospital in order to get ivermectin treatment).

Love J, Keegan LT, Angulo FJ, et al. Continued need for non-pharmaceutical interventions after COVID-19 vaccination in long-term-care facilities. Sci Rep 11, 18093 (2021). https://doi.org/10.1038/s41598-021-97612-w

USA : nécessité de poursuite d’interventions non pharmaceutiques après la vaccination COVID-19 dans les établissements de soins de longue durée. A noter que les termes "soins de longue durée" (SLD) ont une dimension bien moins restrictive qu'en France.

Un modèle stochastique pour simuler les épidémies dans les populations de SLD avec une couverture vaccinale et une adhésion aux mesures non pharmacologiques différentes pour évaluer leurs effets interactifs. Conclusion : pour prévenir d'autres maladies et décès, il y a une nécessité de maintien des mesures barrières en complément de la vaccination.

A stochastic model to simulate outbreaks in LTCF populations with differing vaccination coverage and NPI adherence to evaluate their interactive effects. Bottom line: to prevent further illness and deaths, there is a continued need for NPIs in LTCFs during vaccine rollout.

14 septembre 2021

Grannis SJ, Rowley EA, Ong TC, et al. Interim Estimates of COVID-19 Vaccine Effectiveness Against COVID-19–Associated Emergency Department or Urgent Care Clinic Encounters and Hospitalizations Among Adults During SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) Variant Predominance — Nine States, June–August 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 10 September 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7037e2.htm?s_cid=mm7037e2_w

USA : estimations provisoires de l'efficacité du vaccin anti-COVID-19 contre les consultations et les hospitalisations dans les services d'urgence ou les cliniques de soins d'urgence associés au COVID-19 chez les adultes pendant la prédominance de la variante SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) dans neuf États.

Delta : le réseau a fourni des données de 187 hôpitaux et 221 services d'urgence (SU) et cliniques de soins d'urgence (CU) dans neuf États américains de juin à août 2021. L'efficacité vaccinale (EV) des trois vaccins COVID-19 autorisés aux États-Unis combinés est restée élevée contre le risque d'hospitalisation (86 %) et de SU/CU (82 %). Cependant, l'EV chez les adultes âgés de ≥ 75 ans était significativement plus faible. Cette baisse doit être interprétée avec prudence et pourrait être liée à des changements dans le SRAS-CoV-2, à une diminution de l'immunité induite par le vaccin ou à une combinaison de facteurs.

What about Delta? Here, the same network as above provided data from 187 hospitals and 221 emergency departments (EDs) and urgent care (UC) clinics across nine US states June–August 2021. Vaccine effectiveness (VE) of all three US-authorized COVID-19 vaccines combined remained high against hospitalization (86%) and ED/UC encounters (82%). However, VE among adults aged ≥ 75 years was significantly lower. This decline should be interpreted with caution and might be related to changes in SARS-CoV-2, waning of vaccine-induced immunity, or a combination of factors.

Thompson MG, Stenehjem E, Grannis S, et al. Effectiveness of Covid-19 Vaccines in Ambulatory and Inpatient Care Settings. NEJM September 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2110362?query=featured_home

Efficacité des vaccins Covid-19 dans les milieux de soins ambulatoires et hospitaliers. 

Données du terrain aux États-Unis. L'efficacité des vaccins à base d'ARNm était de 88 % contre l'infection par le SRAS-CoV-2 entraînant une hospitalisation et de 90 % contre une l'infection menant à une admission en soins intensifs. Ceci a également été observé chez les personnes les plus à risque de COVID-19 sévère (âge avancé, conditions médicales sous-jacentes, race ou groupe ethnique). Cependant, il est à noter que durant cette période d'observation, la variante Alpha était prédominante.

Real-world data from the US. The effectiveness of mRNA-based vaccines was 88% against a SARS-CoV-2 infection leading to hospitalization and 90% against infection leading to ICU admission. This was also seen in those most at risk for severe COVID-19 (advanced age, underlying medical conditions, race or ethnic group). However, it is of note that during this observation period, the Alpha variant was predominant.

 

13 septembre 2021

Zauche LH, Wallace B, Smoots AN, et al. Receipt of mRNA Covid-19 Vaccines and Risk of Spontaneous Abortion. NEJM September 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2113891?query=featured_home

Vaccins à ARNm Covid-19 et risque d'avortement spontané. 

En utilisant les données de 2456 participantes qui ont été inscrites dans le registre de grossesse du CDC COVID-19, Lauren Zauche et ses collègues renforcent les preuves que le risque d'avortement spontané après la vaccination contre l'ARNm COVID-19, soit avant la conception, soit pendant la grossesse, "est conforme aux attentes risque » d'avortement spontané.

Using data of 2456 participants who were enrolled in the CDC COVID-19 pregnancy registry, Lauren Zauche and colleagues provide more evidence that the risk of spontaneous abortion after mRNA COVID-19 vaccination, either before conception or during pregnancy, “is consistent with the expected risk” of spontaneous abortion.

12 septembre 2021

Shah AS, Gribben C, Bishop J, et al. Effect of Vaccination on Transmission of SARS-CoV-2. NEJM September 8, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2106757?query=featured_home

Effet de la vaccination sur la transmission du SRAS-CoV-2

Grande étude sur 194 362 membres des familles de 144 525 soignants en Écosse, parmi lesquels 113 253  avaient reçu au moins une dose de Pfizer-BioNTech ou du vaccin AstraZeneca. Le risque relatif pour qu'un membre de la famille soit infecté était de 0,70 (IC à 95 %, 0,63 à 0,78) pour la période commençant 14 jours après la première dose et de 0,46 (IC à 95 %, 0,30 à 0,70) pour la période commençant 14 jours après la seconde dose. Comme tous les cas survenus chez les membres de la famille n'ont pas été transmis par le soignant, l'effet de la vaccination peut être plus important que le laissent entendre les résultats ci-dessus.

Incredible huge study on 194,362 household members of 144,525 health care workers from Scotland, among them 113,253 HCWs who had received at least one dose of either Pfizer–BioNTech or the AstraZeneca vaccine. The hazard ratio for a household member to become infected was 0.70 (95% CI, 0.63 to 0.78) for the period beginning 14 days after the first dose and 0.46 (95% CI, 0.30 to 0.70) for the period beginning 14 days after the second dose. As not all cases in the household members were transmitted from the health care worker, the effect of vaccination may be larger.

 

Michalakis Y, Sofonea MT, Alizon S, et al. SARS-CoV-2 viral RNA levels are not “viral load”. Trends in Microbiology September 03, 2021. https://www.cell.com/trends/microbiology/fulltext/S0966-842X(21)00208-0#%20

Les niveaux d'ARN viral du SRAS-CoV-2 ne sont pas une « charge virale ». 

Yannis Michalakis et ses collègues soutiennent que l'amplification actuelle de la cible RT-qPCR ne distingue pas l'ARN réplicatif de l'ARN transcriptionnel. Bien que les analyses des valeurs de Ct restent informatives, les assimiler à la charge virale peut conduire à des conclusions erronées car on ignore actuellement si (et dans quelle mesure) la variation de Ct reflète une variation de la charge virale ou de l'expression des gènes.

Yannis Michalakis and colleagues argue that current RT-qPCR target amplification does not distinguish replicative from transcriptional RNA. Although analyses of Ct values remain informative, equating them with viral load may lead to flawed conclusions as it is presently unknown whether (and to what extent) variation in Ct reflects variation in viral load or in gene expression.

Somekh I, Stein M, Karakis I, et al. Characteristics of SARS-CoV-2 Infections in Israeli Children During the Circulation of Different SARS-CoV-2 Variants. JAMA Netw Open September 7, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2783851?resultClick=1

Caractéristiques des infections au SARS-CoV-2 chez les enfants israéliens au cours de la circulation de différents variants du SARS-CoV-2. 

Dans cette étude observationnelle, les taux de transmission des enfants âgés de 0 à 9 ans à d'autres contacts ont doublé pendant la période de circulation B.1.1.7 (variant anglais) en Israël. Cependant, les taux d'hospitalisation chez les enfants ont diminué.

In this observational study, transmission rates from children aged 0 to 9 years to other contacts were doubled during the time of B.1.1.7 circulation in Israel. However, hospitalization rates among children decreased.

11 septembre 2021

Bégin, P., Callum, J., Jamula, E. et al. Convalescent plasma for hospitalized patients with COVID-19: an open-label, randomized controlled trial. Nat Med September 8, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01488-2

 Plasma de convalescents pour les patients hospitalisés atteints de COVID-19 : un essai contrôlé randomisé en ouvert. 

Énorme essai contrôlé randomisé, enfonçant le dernier clou dans le cercueil du plasma de convalescent. Celui-ci n'a pas réduit le risque d'intubation ou de décès chez les patients hospitalisés atteints de COVID-19. De plus, la transfusion de plasma de convalescent avec des profils d'anticorps défavorables pourrait être associée à de moins bons résultats cliniques par rapport aux soins standard. 

Huge RCT, providing the last nail in the coffin for convalescent plasma (CP). CP did not reduce the risk of intubation or death in hospitalized patients with COVID-19. Moreover, transfusion of convalescent plasma with unfavorable antibody profiles could be associated with worse clinical outcomes compared to standard care. “The lack of benefit and the potential concern of harm caution against the unrestricted use of convalescent plasma for hospitalized patients with COVID-19”.

Wilkinson E, Giovanetti M, Tegally H, et al. A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa. Science Sepember 9, 2021. https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj4336

Une année de surveillance génomique révèle comment la pandémie de SRAS-CoV-2 s'est déroulée en Afrique. 

Reconstruction phylogéographique des schémas de dissémination virale (passés), suggérant un lien épidémiologique fort entre l'Europe et l'Afrique, avec 64% des importations virales détectables en Afrique provenant d'Europe et 41% des exportations virales détectables d'Afrique intéressant l'Europe. Conclusion forte : « Si la pandémie n'est pas maîtrisée en Afrique, nous pourrions assister à la production de variants qui pourraient profondément affecter la population en Afrique et dans le monde. »

Phylogeographic reconstruction of (past) viral dissemination patterns, suggesting a strong epidemiological linkage between Europe and Africa, with 64% of detectable viral imports into Africa originating in Europe and 41% of detectable viral exports from Africa landing in Europe. Strong conclusion: “If the pandemic is not controlled in Africa, we may see the production of vaccine escape variants that may profoundly affect the population in Africa and across the world.”

10 septembre 2021

Kharbanda EO, Haapala J, DeSilva M, et al. Spontaneous Abortion Following COVID-19 Vaccination During Pregnancy. JAMA Network September 8, 2021 https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2784193?resultClick=1

 Avortement spontané suite à la vaccination COVID-19 pendant la grossesse. 

Dans cette vaste étude de surveillance de 105 446 grossesses uniques, 13 160 avortements spontanés et 92 286 grossesses en cours ont été identifiés. Les avortements spontanés n'avaient pas augmenté les risques après exposition à une vaccination contre l'ARNm COVID-19 au cours des 28 jours précédents par rapport aux grossesses en cours (1,02 ; IC à 95 %, 0,96-1,08).

In this large surveillance study of 105446 unique pregnancies, 13160 spontaneous abortions and 92286 ongoing pregnancies were identified. Spontaneous abortions did not have an increased odds of exposure to a COVID-19 mRNA vaccination in the prior 28 days compared with ongoing pregnancies (adjusted odds ratio, 1.02; 95% CI, 0.96-1.08).

Dagan N, Barda N, Biron-Shental T, et al. Effectiveness of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine in pregnancy. Nat Med September 7, 2021. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01490-8

 Israël : Efficacité du vaccin COVID-19 à ARNm BNT162b2 pendant la grossesse. 

Papier du jour. Au total, 10 861 femmes enceintes vaccinées ont été appariées à 10 861 témoins enceintes non vaccinées en utilisant les caractéristiques démographiques et cliniques. Les résultats de l'étude concernaient une infection documentée par le SRAS-CoV-2, la COVID-19 symptomatique, une hospitalisation liée à la COVID-19, une maladie grave et le décès. L'efficacité estimée du vaccin de 7 à 56 jours après la deuxième dose était de 96 % (intervalle de confiance à 95 % : 89-100 %) pour toute infection documentée, 97 % (91-100 %) pour les infections avec symptômes documentés et 89 % (43- 100%) pour les hospitalisations liées à la COVID-19.

Paper of the day. A total of 10,861 vaccinated pregnant women were matched to 10,861 unvaccinated pregnant controls using demographic and clinical characteristics. Study outcomes included documented infection with SARS-CoV-2, symptomatic COVID-19, COVID-19-related hospitalization, severe illness and death. Estimated vaccine effectiveness from 7 through to 56 d after the second dose was 96% (95% confidence interval 89–100%) for any documented infection, 97% (91–100%) for infections with documented symptoms and 89% (43–100%) for COVID-19-related hospitalization.

Grint DJ, Wing K, Houlihan C, et al. Severity of SARS-CoV-2 alpha variant (B.1.1.7) in England. Clin Infect Dis September 6, 2021, ciab754, https://doi.org/10.1093/cid/ciab754

 Gravité du variant alpha du SARS-CoV-2 (B.1.1.7) en Angleterre. 

En utilisant les données de 185 234 personnes testées positives pour le SRAS-CoV-2, dans une analyse entièrement ajustée tenant compte de la démographie et des comorbidités au niveau individuel ainsi que de la variation régionale de l'incidence de l'infection, les auteurs ont trouvé l'alpha associé à 73% de risques plus élevés de décès toutes causes confondues et 62 % de risques d'hospitalisation plus élevés que le virus de type sauvage.

Using data from 185,234 people who tested positive for SARS-CoV-2 in the community, in fully adjusted analysis accounting for individual-level demographics and comorbidities as well as regional variation in infection incidence, the authors found alpha associated with 73% higher hazards of all-cause death and 62% higher hazards of hospital admission, compared to wild-type virus.

9 septembre 2021

Hippisley-Cox J et coll.: Risk of thrombocytopenia and thromboembolism after covid-19 vaccination and SARS-CoV-2 positive testing: self-controlled case series study. BMJ 2021;374:n1931. doi.org/10.1136/BMJ.N1931

Rapporté par le JIM

Risque de thrombocytopénie et de thromboembolie après vaccination contre le covid-19 et test positif au SRAS-CoV-2 : étude de série de cas auto-contrôlée.

Ce risques est réel, ils est plus faible que celui associé à une infection par le SARS-CoV-2 dans la même population. En effet, après un test positif, le risque de thombocytopénie est multiplié par plus de 5, celui de thrombose veineuse par 14 et celui de thrombose artérielle par 2.  

En pratique, cela correspond à un excès de 107 thrombocytopénies pour 10 millions de personnes vaccinées par le ChAdOx1 nCoV-19 (OxfordAstraZeneca), ou 66 accidents thromboemboliques ou 7 thromboses des sinus cérébraux. Pour le vaccin BNT162b2 mRNA (Pfizer-BioNTech), le risque supplémentaire est de 143 cas d’accidents vasculaires ischémiques pour 10 millions de vaccinés.

Mais pour 10 millions de sujets infectés par le SARS-CoV-2, l’on peut attendre 934 cas supplémentaires de thrombocytopénies, 12 614 accidents thromboemboliques veineux, 1 699 accidents vasculaires cérébraux ischémiques et 20 thromboses des sinus cérébraux.


 

 

 

Boscolo A, Pasin L, Sella N, et al. Outcomes of COVID-19 patients intubated after failure of non-invasive ventilation: a multicenter observational study. Scientific Reports September 6, 2021, volume 11, Article number: 17730. https://www.nature.com/articles/s41598-021-96762-1

Italie. Les objectifs de la présente étude sont :

(1) enquêter sur la mortalité à l'hôpital chez les patients en soins intensifs avec COVID-19 nécessitant une intubation endotrachéale après un échec de la VNI (ventilation non invasive) et

(2) évaluer si la durée d'application de la VNI affecte la survie des patients. Cette étude observationnelle multicentrique a inclus tous les patients adultes COVID-19 admis dans les vingt-cinq unités de soins intensifs du réseau de soins intensifs COVID-19 en Vénétie (de février à avril 2020), qui ont subi une intubation endotrachéale après échec de la VNI.

Parmi les 704 patients admis en soins intensifs au cours de la période d'étude, 280 (40 %) ont présenté les critères d'inclusion. L'âge médian était de 69 [60-76] ans ; 219 patients (78 %) étaient de sexe masculin. La mortalité hospitalière était de 43 %. Seuls la durée de la VNI avant l'admission en soins intensifs (OR 2,03 (IC à 95 % 1,06–4,98), p = 0,03) et l'âge (OR 1,18 (IC à 95 % 1,04–1,33), p < 0,01) ont été identifiés comme facteurs de risque indépendants de mortalité à l'hôpital; tandis que la durée de la VNI après l'admission en soins intensifs n'a pas affecté les résultats des patients. La mortalité hospitalière des patients en soins intensifs intubés après échec de la VNI était de 43 %. Le nombre de jours sous VNI avant l'admission en soins intensifs et l'âge ont été évalués comme des facteurs de risque potentiels d'une plus grande mortalité à l'hôpital.

Among 280 patients who underwent endotracheal intubation, only the length of NIV application before ICU admission (OR 2.03) and age (OR 1.18) were identified as independent risk factors of in-hospital mortality.

Torres JR. Are rapid antigen SARS-Cov-2 tests effective for mass screening of travelers at airports? The Olympic experience. Journal of Travel Medicine 03 September 2021, taab135, https://academic.oup.com/jtm/advance-article/doi/10.1093/jtm/taab135/6363815?searchresult=1

Jaime Torres fait valoir qu'un nombre important de porteurs asymptomatiques ne seront pas détectés par le dépistage de masse des voyageurs dans les aéroports au moyen de tests antigéniques rapides, à moins que des stratégies supplémentaires, telles qu'une quarantaine supervisée, des retests fréquents et un suivi étroit des personnes testées positives ne soient également soigneusement mis en œuvre.

Jaime Torres argues that a significant number of asymptomatic carriers will fail to be detected via mass screening of travelers at airports by means of rapid antigenic tests, unless additional strategies, such as supervised quarantine, frequent retesting and close follow up of those who test positive are also carefully implemented.

8 septembre 2021

Shan KJ, Wei C, Wang Y, et al. Host-specific asymmetric accumulation of mutation types reveals that the origin of SARS-CoV-2 is consistent with a natural process. The Innovation. August 30, 2021. https://www.cell.com/the-innovation/fulltext/S2666-6758(21)00084-9

 L'accumulation asymétrique spécifique à l'hôte de types de mutations révèle que l'origine du SRAS-CoV-2 est cohérente avec un processus naturel. 

Some data-driven support for the natural origin of SARS-CoV-2.

Seppälä E, Veneti L, Starrfelt J, et al. Vaccine effectiveness against infection with the Delta (B.1.617.2) variant, Norway, April to August 2021. Euro Surveill September 2, 2021;26(35):pii=2100793. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.35.2100793

Efficacité vaccinale contre l'infection par le variant Delta (B.1.617.2), Norvège, d'avril à août 2021. 

L'efficacité ajustée contre l'infection par le variant Delta est de 22 % chez les sujets partiellement vaccinés et de 65 % chez ceux complètement vaccinés, contre 55 % et 84 %, respectivement, contre le variant Alpha.

The adjusted VE against infection with the Delta variant was 22% among those partly vaccinated and 65% among those fully vaccinated, compared with 55% and 84%, respectively, against the Alpha variant.

Rosca EC, Heneghan C, Spencer EA, et al. Transmission of SARS-CoV-2 associated with aircraft travel: A systematic review. Journal of Travel Medicine September 3, 2021. taab133, https://doi.org/10.1093/jtm/taab133

Les données suggèrent que le SRAS-CoV-2 peut être transmis pendant les voyages en avion, mais les données publiées ne permettent aucune évaluation concluante de la probabilité et/ou de l'incidence.

Current evidence is very limited. Data suggests SARS-CoV-2 can be transmitted during aircraft travel, but published data do not permit any conclusive assessment of likelihood and/or extent.

7 septembre 2021

Delahoy MJ, Ujamaa D, Whitaker M, et al. Hospitalizations Associated with COVID-19 Among Children and Adolescents — COVID-NET, 14 States, March 1, 2020–August 14, 2021. MMWR September 3, 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7036e2.htm?s_cid=mm7036e2_w

Les taux d'hospitalisation hebdomadaires associés au COVID-19 ont augmenté rapidement de fin juin à mi-août 2021 chez les enfants et adolescents américains âgés de 0 à 17 ans ; à la mi-août, le taux chez les enfants âgés de 0 à 4 ans était près de 10 fois supérieur au taux 7 semaines plus tôt (coïncidant avec la circulation généralisée de Delta). Les taux d'hospitalisation étaient 10 fois plus élevés chez les adolescents non vaccinés que chez les adolescents complètement vaccinés.

Weekly COVID-19–associated hospitalization rates rose rapidly during late June to mid-August 2021 among U.S. children and adolescents aged 0–17 years; by mid-August, the rate among children aged 0–4 years was nearly 10 times the rate 7 weeks earlier (coincident with widespread circulation of Delta). Hospitalization rates were 10 times higher among unvaccinated than among fully vaccinated adolescents.

6 septembre 2021

Siegel DA, Reses HE, Cool AJ, et al. Trends in COVID-19 Cases, Emergency Department Visits, and Hospital Admissions Among Children and Adolescents Aged 0–17 Years — United States, August 2020–August 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 3 September 2021. DOI: https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7036e1.htm?s_cid=mm7036e1_w

Parmi les enfants et adolescents américains âgés de 0 à 17 ans, les cas de COVID-19 et les visites aux urgences et hospitalisations associées ont augmenté de juin 2021 à août 2021. Au cours d'une période de 2 semaines en août 2021, les visites aux urgences et les hospitalisations associées à la COVID-19 pour les enfants et les adolescents atteints de COVID-19 confirmé étaient plus élevés dans les États des USA où la couverture vaccinale était la plus faible.

Among U.S. children and adolescents aged 0–17 years, COVID-19 cases and associated ED visits and hospital admissions increased during June 2021–August 2021. During a 2-week period in August 2021, COVID-19–associated ED visits and hospital admissions for children and adolescents with confirmed COVID-19 were highest in states with lowest vaccination coverage.

Hawrilenko M, Krohus E, Tandon P, et al. The Association Between School Closures and Child Mental Health During COVID-19. JAMA Netw Open September 3, 2021; 4(9):e2124092. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2783714?resultClick=1

Dans cette étude menée auprès de 2324 adultes avec au moins 1 enfant d'âge scolaire, une petite association entre les fermetures d'écoles et les pires résultats en matière de santé mentale des enfants a été observée. Les enfants de familles à faible revenu éprouvent plus de problèmes de santé mentale associés aux fermetures d'écoles.

In this survey study of 2324 adults with at least 1 school-aged child, a small association between school closures and worse child mental health outcomes was observed. Children from families with lower income experiencing more mental health problems associated with school closures.

Klein NP, Lewis N, Goddard K. Surveillance for Adverse Events After COVID-19 mRNA Vaccination. JAMA September 3, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2784015?resultClick=1

Anaphylaxie avec Pfizer et Moderna : incidence comparable.

Un total de 11 845 128 doses de vaccins à ARNm (57% BNT162b2 = Pfizer ; 6 175 813 premières doses et 5 669 315 secondes doses) ont été administrées à 6,2 millions de personnes (âge moyen, 49 années; 54 % de femmes). L'incidence de l'anaphylaxie confirmée était de 4,8 (IC à 95 %, 3,2-6,9) par million de doses de BNT162b2 et de 5,1 (IC à 95 %, 3,3-7,6) par million de doses d'ARNm-1273 (Moderna).

In this interim analysis of 6.2 million persons who received 11.8 million doses of an mRNA vaccine, event rates for 23 serious health outcomes were not significantly higher for individuals 1 to 21 days after vaccination compared with similar individuals at 22 to 42 days after vaccination.

5 septembre 2021

Matthias J, Patrick S, Wiringa A, et al. Epidemiologically Linked COVID-19 Outbreaks at a Youth Camp and Men’s Conference — Illinois, June–July 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 31 August 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7035e4.htm?s_cid=mm7035e4_w

Le 30 juin 2021, le ministère de la Santé publique de l'Illinois a signalé deux événements organisés conjointement : un camp religieux de 5 jours pour les personnes âgées de 14 à 18 ans et une conférence pour hommes de 2 jours. Ni la vaccination COVID-19 ni les tests COVID-19 n'étaient requis avant l'un ou l'autre événement. Au 13 août, un total de 180 cas confirmés et probables ont été identifiés parmi les participants aux deux événements et leurs contacts étroits. Parmi les 122 cas primaires (cas qui ont pu être rattachés à la présence au camp ou à la conférence), 104 (85 %) concernaient des personnes non complètement vaccinées et 18 (15 %) étaient des personnes complètement vaccinées. Huit des 38 (21 %) contacts étroits des 18 personnes complètement vaccinées ont par la suite été infectés par le SRAS-CoV-2.

On June 30, 2021, the Illinois Department of Public Health reported two events sponsored by the same organization: a 5-day overnight church camp for persons aged 14–18 years and a 2-day men’s conference. Believe it or not, neither COVID-19 vaccination nor COVID-19 testing was required before either event. As of August 13, a total of 180 confirmed and probable cases had been identified among attendees at the two events and their close contacts. Among 122 primary cases, 104 (85%) were in persons not fully vaccinated, and 18 (15%) were in fully vaccinated persons. Eight of 38 (21%) close contacts of the 18 fully vaccinated persons subsequently became infected with SARS-CoV-2.

Ben David SSS, Potasman I, Rahamim-Cohen D. Rate of Recurrent Guillain-Barré Syndrome After mRNA COVID-19 Vaccine BNT162b2. JAMA Neurol September 1, 2021; https://jamanetwork.com/journals/jamaneurology/fullarticle/2783708?resultClick=1

Israël : les recommandations gouvernementales n'excluent pas de la vaccination à ARNm les personnes ayant présenté préalablement  un syndrome de Guillain et Barré ; dans cette étude de cohorte de 702 patients, une seule personne a eu besoin de soins médicaux de courte durée pour une rechute de son syndrome antérieur, ce qui représente un risque minime.

In this cohort study of 702 patients, only 1 person needed short medical care for relapse of their previous syndrome, representing a minimal risk.

 4 septembre 2021

Fenton L, Gribben C, Caldwell D, et al.  Risk of hospital admission with covid-19 among teachers compared with healthcare workers and other adults of working age in Scotland, March 2020 to July 2021: population based case-control study. BMJ September 2, 2021, 374 https://www.bmj.com/content/374/bmj.n2060

Risque d'hospitalisation avec covid-19 chez les enseignants par rapport aux soignants  et aux autres adultes en âge de travailler en Écosse de mars 2020 à juillet 2021. 
Les risques de COVID-19 chez les enseignants et les membres de leur famille : pas  de risque accru d'hospitalisation ou de COVID-19 grave , que ce soit par rapport aux soignants ou aux autres adultes en âge de travailler dans la population générale.

The risks of COVID-19 among teachers and their household members: neither was shown to be at increased risk of hospital admission or severe COVID-19 at any time, whether compared with healthcare workers or with adults of working age in the general population.

Strich JR, Tian X, Samour M, et al. Fostamatinib for the treatment of hospitalized adults with COVD-19 A randomized trial. Clinical Infectious Diseases September 1, ciab732.  https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab732/6358811

Le fostamatinib est un nouvel inhibiteur de la tyrosine kinase de la rate qui pourrait améliorer l'activation de Fc (liaison immunoglobuline-antigène) et atténuer les effets nocifs de la réponse immunitaire anti-COVID-19. Chez 59 patients COVID-19 nécessitant une hospitalisation, l'ajout de fostamatinib au traitement standard s'est avéré sans danger et les patients présentaient des résultats cliniques améliorés par rapport au placebo. A confirmer.

Fostamatinib is a novel spleen tyrosine kinase inhibitor that could ameliorate Fc activation and attenuate harmful effects of the anti-COVID-19 immune response. In 59 COVID-19 patients requiring hospitalization, the addition of fostamatinib to standard of care was safe and patients were observed to have improved clinical outcomes compared to placebo. According to the authors, this warrants further validation in larger confirmatory trials.

3 septembre 2021

Keehner J, Horton LE, Binkin NJ, et al. Resurgence of SARS-CoV-2 Infection in a Highly Vaccinated Health System Workforce. NEJM September 1, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2112981?query=featured_home

Augmentation rapide des cas parmi le personnel de l'Université de Californie de San Diego pour la Santé, coïncidant avec la domination du variant Delta, et incluant des cas parmi les personnes complètement vaccinées. Cependant, l'augmentation a également coïncidé avec la fin de l'obligation de port du masque en Californie.


Rapidly increasing cases among the workforce of the University of California San Diego Health, coinciding with the dominance of the Delta variant, and including cases among fully vaccinated persons. However, the increase was also coincident with the end of California’s mask mandate at the same time.

Oster Y, Benenson S, Harpaz LY, et al. Association Between Exposure Characteristics and the Risk for COVID-19 Infection Among Health Care Workers With and Without BNT162b2 Vaccination. JAMA Netw Open September 1, 2021;4(9):e2125394. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2783675?resultClick=1

Cette étude cas-témoins a révélé que l'exposition à des membres positifs pour le SRAS-CoV-2 dans la famille était un facteur de risque associé à l'infection chez les soignants vaccinés. L'exposition domestique est généralement plus prolongée et plus proche que l'exposition occasionnelle ou l'exposition au travail et ne se produit pas avec le masque ou la distanciation, exposant une personne à une dose infectieuse plus élevée et donc plus contagieuse.

This case-control study found that exposure to SARS-CoV-2–positive household members was a risk factor associated with infection among vaccinated HCWs. Household exposure is usually longer and closer than casual exposure or exposure at work and does not include masking or distancing, exposing one to a higher infectious dose and thus being more contagious.

Boehmer TK, Kompaniyets L, Lavery AM, et al. Association Between COVID-19 and Myocarditis Using Hospital-Based Administrative Data — United States, March 2020–January 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. ePub: 31 August 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7035e5.htm

USA : dans cette étude, la fréquence des consultations de patients hospitalisés pour myocardite était 42% plus élevée en 2020 qu'en 2019. Le risque de myocardite chez les patients atteints de COVID-19 entre mars 2020 et janvier 2021 était près de 16 fois plus élevé que chez les patients sans COVID-19, l'association entre COVID-19 et la myocardite étant plus prononcée chez les enfants et les personnes âgées. De plus, dans cette cohorte, environ 40 % des patients atteints de myocardite avaient des antécédents de COVID-19.

In this study, the occurrence of myocarditis inpatient encounters was 42% higher in 2020 than in 2019. The risk for myocarditis among patients with COVID-19 during March 2020–January 2021 was nearly 16 times as high as the risk among patients without COVID-19, with the association between COVID-19 and myocarditis being most pronounced among children and older adults. Further, in this cohort, approximately 40% of patients with myocarditis had a history of COVID-19.

Marconi VC, Ramanan AV, de Bono S, et al. Efficacy and safety of baricitinib for the treatment of hospitalised adults with COVID-19 (COV-BARRIER): a randomised, double-blind, parallel-group, placebo-controlled phase 3 trial. Lancet Resp Med September 01, 2021. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00331-3/fulltext

Baricitinib : le premier traitement immunomodulateur pour réduire la mortalité par COVID-19 dans un essai contrôlé vs placebo.

Efficacité et sécurité du baricitinib pour le traitement des adultes hospitalisés atteints de COVID-19 (COV-BARRIER) : un essai de phase 3 randomisé, en double aveugle, en groupes parallèles, contrôlé vs placebo. 
Le baricitinib « est une option de traitement oral potentiellement efficace ». Dans cet énorme essai de phase III sur 1527 patients COVID-19 hospitalisés, la mortalité toutes causes confondues à 28 jours était de 8 % avec baricitinib et de 13 % sous placebo (risque relatif : 0,57, IC à 95 % : 0,41 à 0,78), un rapport de 38 % réduction de la mortalité; un décès supplémentaire a été évité pour 20 participants traités par baricitinib.


Baricitinib “is a potentially effective oral treatment option”. In this huge Phase III trial on 1527 hospitalized COVID-19 patients, the 28-day all-cause mortality was 8% for baricitinib and 13% for placebo (hazard ratio 0.57, 95% CI: 0.41–0.78), a 38% relative reduction in mortality; one additional death was prevented per 20 baricitinib-treated participants.

2 septembre 2021

Shavit R, Maoz-Segal R, Iancovici-Kidon M, et al. Prevalence of Allergic Reactions After Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccination Among Adults With High Allergy Risk. JAMA Netw Open August 31, 2021; 4(8):e2122255. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2783626?resultClick=1

Israël : prévalence des réactions allergiques après la vaccination Pfizer-BioNTech COVID-19 chez les adultes à haut risque d'allergie. 

Dans cette étude de cohorte de 8102 personnes ayant des antécédents d'allergies, un algorithme a été utilisé pour en définir 429 (soit 5 %) comme « hautement allergiques » ; ce groupe a été sélectionné pour recevoir une vaccination sous surveillance médicale. Au total, 98 % des personnes hautement allergiques n'ont eu aucune réaction allergique, 6 (soit 1 %) ont eu des réactions allergiques légères et 3 (soit 0,7 %) ont eu des réactions anaphylactiques.

Remarque personnelle (B. Pradines) : il semble prudent de vacciner les personnes hautement allergiques en milieu hospitalier.

In this cohort study of 8102 individuals with a history of allergies, an algorithm was used to define 429 (5%) as “highly allergic”; this group was referred to receive immunization under medical supervision. A total of 98% of the highly allergic individuals had no allergic reaction, 6 (1%) had mild allergic responses, and 3 (0.7%) had anaphylactic reactions.

Davies P, du Pré P, Krishnan H, et al. One-Year Outcomes of Critical Care Patients Post–COVID-19 Multisystem Inflammatory Syndrome in Children. JAMA Pediatr August 30, 2021. file:///C:/Users/hoffm/AppData/Local/Temp/jamapediatrics_davies_2021_ld_210022_1629993053.04292.pdf

 Suivi du syndrome de Kawasaki chez 68 enfants : évolution satisfaisante à un an pour la majorité d'entre eux.

Small study on 68 children. The majority had good outcomes with no significant medium- or long-term sequelae.

1er septembre 2021

Huang L, Yao Q, Gu X, et al. 1-year outcomes in hospital survivors with COVID-19: a longitudinal cohort study. Lancet August 28, 2021. Volume 398, ISSUE 10302, P747-758. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)01755-4

La plus grande étude de cohorte, sur 1276 survivants du COVID-19 qui avaient été hospitalisés et qui ont eu un suivi d'un an. La proportion de patients présentant au moins un symptôme séquellaire est passée de 68 % à 6 mois à 49 % à 12 mois. 88% des patients qui étaient employés avant COVID-19 avaient repris leur travail d'origine à 12 mois. Cependant, 12 % ne l'ont pas repris. La fatigue ou la faiblesse musculaire était encore présente dans 20 %.

The largest cohort study by far, on 1276 COVID-19 survivors who had been hospitalized and who had a follow up of one year. The proportion of patients with at least one sequelae symptom decreased from 68% at 6 months to 49% at 12 months. 88% of patients who were employed before COVID-19 had returned to their original work at 12 months. However, 12% did not (see below). Fatigue or muscle weakness was still present in 20%.

Knowlton KU. Insights from a murine model of COVID-19 mRNA vaccination-induced myopericarditis: Could accidental intravenous vaccine injection induce myopericarditis? Clin Inf Dis August 28, 2021, ciab741 https://doi.org/10.1093/cid/ciab741

Modèle murin de myopéricardite induite par la vaccination par l'ARNm du COVID-19 : une injection accidentelle de vaccin par voie intraveineuse pourrait-elle induire une myopéricardite ? 

Kirk Knowlton de Salt Lake City estime que les données actuelles suggèrent que cela est plausible et qu'il serait intéressant de le confirmer.

Kirk Knowlton from Salt Lake City believes that the current data suggest that this is plausible and that it would be appropriate to consider further.

Steensels D, Pierlet N, Penders J, et al. Comparison of SARS-CoV-2 Antibody Response Following Vaccination With BNT162b2 and mRNA-1273. JAMA August 30, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2783797?resultClick=1

Cette vaste étude de cohorte prospective chez des soignants belges a démontré une immunogénicité humorale significativement plus élevée du vaccin à ARNm-1273 (Moderna) par rapport au vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech), chez les participants infectés et non infectés, et dans toutes les catégories d'âge. Selon les auteurs, la teneur en ARNm plus élevée dans l'ARNm-1273 par rapport à BNT162b2 et l'intervalle plus long entre les injections (4 semaines vs 3 semaines pour BNT162b2) pourraient expliquer cette différence.

This large prospective cohort study in Belgian HCWs demonstrated a significantly higher humoral immunogenicity of the mRNA-1273 vaccine (Moderna) compared with the BNT162b2 vaccine (Pfizer-BioNTech), in infected as well as in uninfected participants, and across age categories. According to the authors, the higher mRNA content in mRNA-1273 compared with BNT162b2 and the longer interval between priming (4 weeks vs 3 weeks for BNT162b2) might explain this difference.

Auwaerter PG. The Race to Understand Post–COVID-19. Ann Int Med August 31, 2021. https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M21-3072

Quelques réflexions et idées. « Même si seulement 10 % des patients présentent des symptômes persistants après COVID-19, le nombre de personnes atteintes atteindra facilement des dizaines de millions. » Et, « si la science n'avance pas avec diligence dans la prise en charge multidisciplinaire des soins post-COVID-19, le vide sera rapidement comblé par la pseudoscience et le charlatanisme. »

Some thoughts and ideas. “Even if only 10% of patients experience persistent symptoms after COVID-19, the number afflicted will easily be tens of millions.” And, “If science does not move with dispatch in addressing post–COVID-19 care in a multidisciplinary manner, the vacuum will be quickly filled by pseudoscience and quackery.”

31 août 2021

The continuous evolution of SARS-CoV-2 in South Africa: a new lineage with rapid accumulation of mutations of concern and global detection
Cathrine Scheepers, Josie Everatt, Daniel G. Amoako, Anele Mnguni, Arshad Ismail, Boitshoko Mahlangu, Constantinos Kurt Wibmer, Eduan Wilkinson, Houriiyah Tegally, James Emmanuel San, Jennifer Giandhari, Noxolo Ntuli, Sureshnee Pillay, Thabo Mohale, Yeshnee Naidoo, Zamantungwa T. Khumalo, Zinhle Makatini, NGS-SA, Alex Sigal, Carolyn Williamson, Florette Treurnicht, Koleka Mlisana, Marietjie Venter, Nei-yuan Hsiao, Nicole Wolter, Nokukhanya Msomi, Richard Lessells, Tongai Maponga, Wolfgang Preiser, Penny L. Moore, Anne von Gottberg, Tulio de Oliveira, Jinal N. Bhiman

Kephart JL, Delclòs-Alió X, Rodríguez DA, et al. The effect of population mobility on COVID-19 incidence in 314 Latin American cities: a longitudinal ecological study with mobile phone location data. Lancet Dig Health August 26, 2021. https://doi.org/10.1016/S2589-7500(21)00174-6

Effet de la mobilité de la population sur l'incidence du COVID-19 dans 314 villes d'Amérique latine : une étude écologique longitudinale avec des données de localisation de téléphones portables.

Les interventions visant à promouvoir la distanciation sociale qui ciblent des zones spécifiques au sein des villes pourraient considérablement atténuer la transmission du SRAS-CoV-2 tout en réduisant les perturbations régionales ou à l'échelle de la ville. Une mobilité hebdomadaire inférieure de 10 % était associée à une incidence inférieure de 8,6 % (IC à 95 % de 7,6 à 9,6) de COVID-19 la semaine suivante. Là où nous retrouvons le dilemme entre liberté et sécurité.

Interventions to promote social distancing that target specific areas within cities might substantially mitigate SARS-CoV-2 transmission while reducing regional or citywide disruption. A 10% lower weekly mobility was associated with 8.6% (95% CI 7.6–9.6) lower incidence of COVID-19 in the following week.

Twohig KA, Nyberg T, Zaidi A, et al. Hospital admission and emergency care attendance risk for SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) compared with alpha (B.1.1.7) variants of concern: a cohort study. Lancet Inf Dis August 27, 2021. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00475-8

Grande étude nationale en Angleterre, indiquant un risque plus élevé d'admission à l'hôpital ou en soins d'urgence pour les patients atteints de COVID-19 infectés par le delta par rapport à l'alpha. Le risque relatif d'admission à l'hôpital dans les 14 jours était de 2,26 (IC à 95 % 1,32–3,89) après stratification et ajustement par régression pour les facteurs de confusion.

Large national study from England, indicating a higher hospital admission or emergency care attendance risk for patients with COVID-19 infected with delta compared with alpha. The HR of hospital admission within 14 days was 2.26 (95% CI 1.32–3.89) after stratification and regression adjustment for confounders.

Lam-Hine T, McCurdy SA, Santora L, et al. Outbreak Associated with SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) Variant in an Elementary School — Marin County, California, May–June 2021. MMWR 27 August 2021. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7035e2.htm?s_cid=mm7035e2_w

Le variant Delta est rapide. Un enseignant infecté non vacciné a continué à travailler pendant 2 jours avant de pratiquer un test. À l'occasion, pendant cette période, l'enseignant lisait à haute voix sans masque devant la classe malgré les exigences de l'école pour se masquer en intérieur. Résultat : 26 infections. Les étudiants étaient assis sur cinq rangées; malgré le port du masque, le taux d'attaque dans les deux rangées les plus proches du bureau de l'enseignant était de 80 % (8/10) et de 28 % (4/14) dans les trois dernières rangées.

Delta is fast. An unvaccinated infected teacher continued to work for 2 days before receiving a test. On occasion during this time, the teacher read aloud unmasked to the class despite school requirements to mask while indoors. Results: 26 infections. Students were seated in five rows; despite masking, the attack rate in the two rows seated closest to the teacher’s desk was 80% (8/10) and was 28% (4/14) in the three back rows.

30 août 2021

Levy I, Wieder-Finesod A, Litchevsky V, et al. Immunogenicity and safety of the BNT162b2 mRNA Covid-19 vaccine in people living with HIV-1. Clin Microbiol Infection August 23, 2021. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2021.07.031

VIH : une étude de cohorte de 143 patients indique que le vaccin Pfizer/BNT semble immunogène et sûr chez les patients sous traitement antirétroviral (TAR) avec un nombre de CD4 conservé et une charge virale supprimée.

A cohort study of 143 PLWH indicating that the Pfizer/BNT vaccine appears immunogenic and safe in those patients who are on ART with unsuppressed CD4 count and suppressed viral load.

Jarnig G, Jaunig J, van Poppel MN, et al. Association of COVID-19 Mitigation Measures With Changes in Cardiorespiratory Fitness and Body Mass Index Among Children Aged 7 to 10 Years in Austria.  JAMA Netw Open August 26, 2021; 4(8):e2121675. https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2783511?resultClick=1

Dans cette étude de cohorte d'enfants autrichiens âgés de 7 à 10 ans, les niveaux de forme physique ont diminué et l'IMC a augmenté de septembre 2019 à septembre 2020, très probablement en association avec les mesures d'atténuation du COVID-19. La proportion d'enfants en surpoids ou obèses a augmenté de 3,1 % chez les filles et de 4,5 % chez les garçons.

In this cohort study of Austrian children aged 7 to 10 years, fitness levels decreased and BMI increased from September 2019 to September 2020, most likely in association with COVID-19 mitigation measures. The proportion of overweight or obese children increased by 3.1% among girls and 4.5% among boys.

Theuring S, Thielecke M, van Loon W, et al. SARS-CoV-2 infection and transmission in school settings during the second COVID-19 wave: a cross-sectional study, Berlin, Germany, November 2020. Euro Surveill. 2021;26(34):pii=2100184. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.34.2100184

L'infection par le SRAS-CoV-2 dans les écoles de Berlin pendant le pic de transmission en novembre 2020 semblait faible. La transmission secondaire en classe n'a pas eu lieu, et dans les ménages connectés, le taux d'attaque était d'environ 1% (rappelez-vous - c'était avant Delta).

SARS-CoV-2 infection activity in Berlin schools during peak transmission in November 2020 appeared to be low. Secondary transmission in class did not happen, and in connected households the attack rate was around 1% (remember – this was prior to Delta).

29 août 2021

Uzun G, Althaus K, Bakchoul T. No Correlation between Anti-PF4 and Anti–SARS-CoV-2 Antibodies after ChAdOx1 nCoV-19 Vaccination. NEJM August 25, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2111305?query=featured_home

Cette étude ne soutient pas l'hypothèse selon laquelle la réponse immunitaire contre les protéines du SRAS-CoV-2 conduit à la formation d'anticorps anti-facteur plaquettaire 4 chez les patients atteints de thrombocytopénie thrombotique immunitaire induite par le vaccin (VITT). Autrement dit, la VITT n'a pas encore livré tous ses secrets même si elle est mieux connue donc mieux traitée.

This study does not support the hypothesis that the immune response against SARS-CoV-2 proteins leads to the formation of anti-platelet factor 4 antibodies in patients with vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia.

Willeit P, Bernar B, Zurl C, et al. Sensitivity and specificity of the antigen-based anterior nasal self-testing programme for detecting SARS-CoV-2 infection in schools, Austria, March 2021. Euro Surveill. 2021;26(34):pii=2100797. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.34.2100797

Les données de ce programme de dépistage national introduit dans les écoles autrichiennes en janvier 2021 montrent que seul un (petit) sous-ensemble d'individus infectés est détecté par des tests antigèniques. Les auteurs recommandent des mesures supplémentaires telles que des masques ou l'aération ainsi que le passage à des approches basées sur la RT-PCR.

Data from this nationwide screening program introduced in Austrian schools in January 2021 show that only a (small) subset of infected individuals are detected with antigen-based testing. The authors recommend additional measures such as face masks or ventilation as well as switching to RT-qPCR based approaches.

Van Blargan LA, Adams LJ, Liu Z, et al. A potently neutralizing SARS-CoV-2 antibody inhibits variants of concern by utilizing unique binding residues in a highly conserved epitope. Immunity August 18, 2021. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.08.016

Présentation d'un nouvel anticorps monnoclonal, SARS2-38, qui neutralise puissamment tous les variants préoccupants du SARS-CoV-2 testés et protège les souris contre le défi posé par plusieurs souches de SARS-CoV-2. L'analyse structurelle a montré que le SARS2-38 engage un épitope conservé à proximité du motif de liaison au récepteur.

Presentation of a new mAb, SARS2-38, that potently neutralizes all SARS-CoV-2 variants of concern tested and protects mice against challenge by multiple SARS-CoV-2 strains. Structural analysis showed that SARS2-38 engages a conserved epitope proximal to the receptor binding motif.

28 août 2021

Ge Y, Martinez L, Sun S, et al. COVID-19 Transmission Dynamics Among Close Contacts of Index Patients With COVID-19A Population-Based Cohort Study in Zhejiang Province, China. JAMA Intern Med August 23, 2021. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2783099

Constat intéressant : les contacts infectés à partir de patients index asymptomatiques étaient moins susceptibles de présenter des symptômes de la COVID-19, ce qui suggère que la quantité d'exposition peut être associée à la présentation clinique.

Interesting finding: infected contacts of asymptomatic index patients were less likely to present with COVID-19 symptoms, suggesting that amount of exposure may be associated with clinical presentation between close contacts.

Barda N, Dagan N, Ben-Shlomo Y, et al. Safety of the BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccine in a Nationwide Setting. NEJM August 25, 2021. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2110475?query=featured_home

Cet ensemble de données d'observation impliquant plus de 2,4 millions de personnes vaccinées d'Israël identifie un risque excessif de lymphadénopathie (78,4 événements pour 100 000 personnes), de zona (15,8 événements), d'appendicite (5,0 événements) et de myocardite (2,7 événements). Comparé au risque d'événements indésirables associés à l'infection par le SRAS-CoV-2, cela n'a presque aucun sens.

This observational data set involving more than 2.4 million vaccinated persons from Israel identified an excess risk of lymphadenopathy (78.4 events per 100,000 persons), herpes zoster infection (15.8 events), appendicitis (5.0 events), and myocarditis (2.7 events). Compared to the risk of adverse events associated with SARS-CoV-2 infection, this is almost meaningless.

Hippisley-Cox J, Patone M, Mei XW, et al. Risk of thrombocytopenia and thromboembolism after covid-19 vaccination and SARS-CoV-2 positive testing: self-controlled case series study. BMJ August 27, 2021; 374 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.n1931

 Ces données au niveau des patients obtenues pour environ 30 millions de personnes vaccinées en Angleterre montrent que les risques légèrement accrus d'événements hématologiques et vasculaires sévères après les premières doses des vaccins Oxford/AZ et Pfizer/BNT étaient minimes par rapport aux événements sensiblement plus élevés et plus prolongés après Infection au SRAS-CoV-2 dans la même population.

Same direction as above. This patient level data obtained for approximately 30 million people vaccinated in England shows that the slightly increased risks of severe hematological and vascular events after the first doses of the Oxford/AZ and Pfizer/BNT vaccines were minimal vs the substantially higher and more prolonged events after SARS-CoV-2 infection in the same population.

Wang CC, Prather KA, Sznitman J, et al. Airborne transmission of respiratory viruses. Science August 27, 2021. Vol. 373, Issue 6558, eabd9149. https://science.sciencemag.org/content/373/6558/eabd9149

Oubliez les gouttelettes et les surfaces inertes. Selon cette revue de littérature, la transmission aéroportée est la forme de transmission dominante. Les meilleurs arguments ? La nette différence entre la transmission intérieure et extérieure (les gouttelettes entraînées par la gravité se comportent de manière identique à l'intérieur et à l'extérieur) et le rôle démontré d'une mauvaise ventilation : les gouttelettes et la transmission par les vecteurs passifs (surfaces inertes) ne sont pas affectées par la ventilation.

Forget droplets and fomites. According to this comprehensive review, airborne transmission is the dominant form of transmission. The best arguments? The distinct difference between indoor and outdoor transmission (gravity-driven droplets behave identically indoors and outdoors) and the demonstrated role of poor ventilation (droplets and fomite transmission are not affected by ventilation).

Pei S, Yamana TK, Kandula S, et al. Burden and characteristics of COVID-19 in the United States during 2020. Nature August 27, 2021. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03914-4

Environ un tiers de la population américaine a été infecté. Le taux national de mortalité par infection au cours de la seconde moitié de 2020 oscille autour de 0,30 %, bien au-dessus des estimations pour la grippe saisonnière (< 0,08 %) et la pandémie de grippe de 2009 (0,0076 %).

Roughly one third of the US population has been infected. The national infection fatality rate during the latter half of 2020 hovers around 0.30%, well above estimates for both seasonal influenza (< 0.08%) and the 2009 influenza pandemic (0.0076%).

27 août 2021

Petti S. Undetected and relatively sustained SARS-CoV-2 circulation worldwide during the year 2019. Clinical Infectious Diseases August 2021, ciab727, https://doi.org/10.1093/cid/ciab727

Un bref résumé des données actuelles suggérant l'hypothèse qu'en 2019, la circulation du SARS-CoV-2 était déjà relativement soutenue en Europe et en Amérique.

A brief summary on current data suggesting the hypothesis that in 2019, SARS-CoV-2 circulation was already relatively sustained in Europe and America.

Narayanan S, Chua CV, Baddley JW. COVID-19 associated Mucormycosis (CAM): risk factors and mechanisms of disease. Clin Inf Dis, August 22, 2021, ciab726, https://doi.org/10.1093/cid/ciab726

Prévalence élevée de mucormycose (maladie du champignon noir) en Inde. Ont été identifiés comme facteurs de risque : un diabète non diagnostiqué ou mal contrôlé, une dérégulation immunitaire induite par la COVID-19 et des thérapeutiques comme les stéroïdes provoquant une suppression immunitaire dans un contexte d'accès limité aux soins . 

High background prevalence of mucormycosis in India, undiagnosed or poorly controlled diabetes, COVID-19 induced immune dysregulation, and therapies like steroids which cause immune suppression in the setting of limited healthcare access amidst a pandemic surge created a perfect storm. This paper reviews currently identified risk factors and pathogenesis of COVID-19 associated mucormycosis.

Burdzovic Andreas J, Scott Brunbirg G. Self-reported Mental and Physical Health Among Norwegian Adolescents Before and During the COVID-19 Pandemic. JAMA Netw Open August 24 2021;4(8):e2121934. doi:10.1001/jamanetworkopen.2021.21934

La plupart des adolescents font face de manière adéquate aux conditions imposées par la pandémie. Cependant, ils courent un risque élevé de devenir accros au canapé : cette grande étude de cohorte incluant 2536 adolescents a révélé que les adolescents norvégiens commençant l'école secondaire pendant l'année de COVID-19 avaient moins de chances de participer à un sport que leurs pairs ayant débuté l'école secondaire les années précédentes, mais pas de manière significative quant aux symptômes de dépression, aux liaisons amicales et à la santé physique.

Most adolescents cope adequately with the pandemic conditions. However, they are at high risk becoming couch potatoes: this large cohort study including 2536 adolescents found that Norwegian adolescents starting high school during the COVID-19 year had lower odds of sports participation than their peers starting high school in preceding years, but no significant differences in depression symptoms, friendships, and physical health.

 

Dans le JIM du 20 août 2021, deux cas de VITT

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